Ecologia Numérica
Douglas Thierry
2023-01-15
Descrição de Comunidades Biológicas
Atividade 2.1 -
Parte 1:
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
## Inclusão da base de dados do pacote 'vegan', a BCI, e em seguida o código para gerar o número de espécies contidas em cada uma das 50 unidades amostrais -
data("BCI")
specnumber(BCI)## 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
## 93 84 90 94 101 85 82 88 90 94 87 84 93 98 93 93 93 89 109 100
## 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40
## 99 91 99 95 105 91 99 85 86 97 77 88 86 92 83 92 88 82 84 80
## 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50
## 102 87 86 81 81 86 102 91 91 93Parte 2:
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
## Código e output representando o número de indivíduos em cada amostra (n amostral) -
rowSums(BCI)## 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20
## 448 435 463 508 505 412 416 431 409 483 401 366 409 438 462 437 381 347 433 429
## 21 22 23 24 25 26 27 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39 40
## 408 418 340 392 442 407 417 387 364 475 421 459 436 447 601 430 435 447 424 489
## 41 42 43 44 45 46 47 48 49 50
## 402 414 407 409 444 430 425 415 427 432Parte 3:
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
## Código e output a respeito da abundância de cada uma das espécies amostradas -
colSums(BCI)## Abarema.macradenia Vachellia.melanoceras
## 1 3
## Acalypha.diversifolia Acalypha.macrostachya
## 2 1
## Adelia.triloba Aegiphila.panamensis
## 92 23
## Alchornea.costaricensis Alchornea.latifolia
## 156 1
## Alibertia.edulis Allophylus.psilospermus
## 1 27
## Alseis.blackiana Amaioua.corymbosa
## 983 3
## Anacardium.excelsum Andira.inermis
## 22 28
## Annona.spraguei Apeiba.glabra
## 27 236
## Apeiba.tibourbou Aspidosperma.desmanthum
## 21 52
## Astrocaryum.standleyanum Astronium.graveolens
## 201 39
## Attalea.butyracea Banara.guianensis
## 33 1
## Beilschmiedia.pendula Brosimum.alicastrum
## 294 188
## Brosimum.guianense Calophyllum.longifolium
## 1 55
## Casearia.aculeata Casearia.arborea
## 23 100
## Casearia.commersoniana Casearia.guianensis
## 3 2
## Casearia.sylvestris Cassipourea.guianensis
## 54 87
## Cavanillesia.platanifolia Cecropia.insignis
## 19 264
## Cecropia.obtusifolia Cedrela.odorata
## 25 2
## Ceiba.pentandra Celtis.schippii
## 39 38
## Cespedesia.spathulata Chamguava.schippii
## 2 3
## Chimarrhis.parviflora Maclura.tinctoria
## 1 1
## Chrysochlamys.eclipes Chrysophyllum.argenteum
## 2 85
## Chrysophyllum.cainito Coccoloba.coronata
## 25 22
## Coccoloba.manzinellensis Colubrina.glandulosa
## 13 1
## Cordia.alliodora Cordia.bicolor
## 63 325
## Cordia.lasiocalyx Coussarea.curvigemma
## 364 55
## Croton.billbergianus Cupania.cinerea
## 98 1
## Cupania.latifolia Cupania.rufescens
## 12 4
## Cupania.seemannii Dendropanax.arboreus
## 47 88
## Desmopsis.panamensis Diospyros.artanthifolia
## 13 16
## Dipteryx.oleifera Drypetes.standleyi
## 33 285
## Elaeis.oleifera Enterolobium.schomburgkii
## 21 2
## Erythrina.costaricensis Erythroxylum.macrophyllum
## 26 18
## Eugenia.florida Eugenia.galalonensis
## 81 12
## Eugenia.nesiotica Eugenia.oerstediana
## 55 177
## Faramea.occidentalis Ficus.colubrinae
## 1717 1
## Ficus.costaricana Ficus.insipida
## 7 3
## Ficus.maxima Ficus.obtusifolia
## 4 7
## Ficus.popenoei Ficus.tonduzii
## 3 23
## Ficus.trigonata Ficus.yoponensis
## 5 6
## Garcinia.intermedia Garcinia.madruno
## 92 12
## Genipa.americana Guapira.myrtiflora
## 23 99
## Guarea.fuzzy Guarea.grandifolia
## 68 10
## Guarea.guidonia Guatteria.dumetorum
## 376 244
## Guazuma.ulmifolia Guettarda.foliacea
## 38 85
## Gustavia.superba Hampea.appendiculata
## 644 13
## Hasseltia.floribunda Heisteria.acuminata
## 229 7
## Heisteria.concinna Hirtella.americana
## 288 5
## Hirtella.triandra Hura.crepitans
## 681 101
## Hieronyma.alchorneoides Inga.acuminata
## 41 26
## Inga.cocleensis Inga.goldmanii
## 52 49
## Inga.laurina Inga.semialata
## 10 98
## Inga.nobilis Inga.oerstediana
## 67 2
## Inga.pezizifera Inga.punctata
## 20 10
## Inga.ruiziana Inga.sapindoides
## 5 76
## Inga.spectabilis Inga.umbellifera
## 14 14
## Jacaranda.copaia Lacistema.aggregatum
## 236 33
## Lacmellea.panamensis Laetia.procera
## 51 12
## Laetia.thamnia Lafoensia.punicifolia
## 27 5
## Licania.hypoleuca Licania.platypus
## 14 10
## Lindackeria.laurina Lonchocarpus.heptaphyllus
## 64 121
## Luehea.seemannii Macrocnemum.roseum
## 93 25
## Maquira.guianensis.costaricana Margaritaria.nobilis
## 167 2
## Marila.laxiflora Maytenus.schippii
## 10 21
## Miconia.affinis Miconia.argentea
## 8 70
## Miconia.elata Miconia.hondurensis
## 1 7
## Mosannona.garwoodii Myrcia.gatunensis
## 15 5
## Myrospermum.frutescens Nectandra.cissiflora
## 7 33
## Nectandra.lineata Nectandra.purpurea
## 10 4
## Ochroma.pyramidale Ocotea.cernua
## 5 29
## Ocotea.oblonga Ocotea.puberula
## 36 22
## Ocotea.whitei Oenocarpus.mapora
## 184 788
## Ormosia.amazonica Ormosia.coccinea
## 1 5
## Ormosia.macrocalyx Pachira.quinata
## 3 1
## Pachira.sessilis Perebea.xanthochyma
## 9 21
## Cinnamomum.triplinerve Picramnia.latifolia
## 16 45
## Piper.reticulatum Platymiscium.pinnatum
## 9 61
## Platypodium.elegans Posoqueria.latifolia
## 43 15
## Poulsenia.armata Pourouma.bicolor
## 755 13
## Pouteria.fossicola Pouteria.reticulata
## 2 203
## Pouteria.stipitata Prioria.copaifera
## 31 345
## Protium.costaricense Protium.panamense
## 111 50
## Protium.tenuifolium Pseudobombax.septenatum
## 381 8
## Psidium.friedrichsthalianum Psychotria.grandis
## 4 2
## Pterocarpus.rohrii Quararibea.asterolepis
## 80 724
## Quassia.amara Randia.armata
## 4 248
## Sapium.broadleaf Sapium.glandulosum
## 3 17
## Schizolobium.parahyba Senna.dariensis
## 2 1
## Simarouba.amara Siparuna.guianensis
## 289 13
## Siparuna.pauciflora Sloanea.terniflora
## 16 78
## Socratea.exorrhiza Solanum.hayesii
## 346 12
## Sorocea.affinis Spachea.membranacea
## 28 8
## Spondias.mombin Spondias.radlkoferi
## 29 63
## Sterculia.apetala Swartzia.simplex.var.grandiflora
## 26 218
## Swartzia.simplex.continentalis Symphonia.globulifera
## 118 26
## Handroanthus.guayacan Tabebuia.rosea
## 30 68
## Tabernaemontana.arborea Tachigali.versicolor
## 322 98
## Talisia.nervosa Talisia.princeps
## 1 3
## Terminalia.amazonia Terminalia.oblonga
## 28 43
## Tetragastris.panamensis Tetrathylacium.johansenii
## 379 7
## Theobroma.cacao Thevetia.ahouai
## 12 2
## Tocoyena.pittieri Trattinnickia.aspera
## 5 40
## Trema.micrantha Trichanthera.gigantea
## 15 2
## Trichilia.pallida Trichilia.tuberculata
## 82 1681
## Trichospermum.galeottii Triplaris.cumingiana
## 1 147
## Trophis.caucana Trophis.racemosa
## 33 32
## Turpinia.occidentalis Unonopsis.pittieri
## 58 163
## Virola.multiflora Virola.sebifera
## 25 617
## Virola.surinamensis Vismia.baccifera
## 164 1
## Vochysia.ferruginea Xylopia.macrantha
## 12 143
## Zanthoxylum.ekmanii Zanthoxylum.juniperinum
## 149 45
## Zanthoxylum.panamense Zanthoxylum.setulosum
## 67 1
## Zuelania.guidonia
## 10Resultado parte 3: Faramea occidentalis foi a espécie mais abundante com 1717 indivíduos amostrados, seguida por Trichilia tuberculata com n = 1681 e Alseis blackiana com n = 983.
Parte 4:
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
## Código e plot da curva de acumunlação de espécies amostradas -
curvadeacum <-specaccum(BCI, "random")
plot(curvadeacum, ci.type="poly", col="red", lwd=2, ci.lty=0, ci.col="lightgray")
boxplot(curvadeacum, col="orange", add=TRUE, pch="+")
Resultado parte 4: a curva obtida têm a média de todas as curvas de rarefação possíveis para o conjunto dos dados analisados; a suavização da curva em uma assíntota acompanhada de uma a diminuição gradual do erro associado ao longo da mesma indica que o esforço amostral foi adequado para obter se não todas, quase todas as espécies que ocorrem no local do estudo.
Parte 5:
knitr::opts_chunk$set(echo=TRUE)
## código e plot com o ranking de abundância de espécies com vários modelos -
mod2 <- radfit(BCI[1,])
plot(mod2)
Resultado parte 5: o gráfico obtido parece demonstrar aquilo que se espera encontrar em uma comunidade equilibrada: poucas espécies dominantes e raras e a grande maioria moderadamente ou relativamente abundante.