Agora vamos descrever a comunidade

Usando 2 metodos (quadrado aleatório e transectos inviesados)

Usandos os quadrados aleatórios

base_culinaria <-read.csv("https://raw.githubusercontent.com/fplmelo/ecoaplic/main/content/collection/eco_num/com_cul.csv", row.names = 1) # adcionando a base de dados criada em aula ao R

base_q <- base_culinaria[ ,1:10] #separando em duas bases, a q dos quadrados
base_t <- base_culinaria[ ,11:20] #e a base t dos transectos

Pergunta: Qual o número de especies

library(vegan) #carregando os pacotes
## Carregando pacotes exigidos: permute
## Carregando pacotes exigidos: lattice
## This is vegan 2.6-2
library(tidyverse)
## ── Attaching packages
## ───────────────────────────────────────
## tidyverse 1.3.2 ──
## ✔ ggplot2 3.3.6      ✔ purrr   0.3.4 
## ✔ tibble  3.1.8      ✔ dplyr   1.0.10
## ✔ tidyr   1.2.0      ✔ stringr 1.4.1 
## ✔ readr   2.1.2      ✔ forcats 0.5.2 
## ── Conflicts ────────────────────────────────────────── tidyverse_conflicts() ──
## ✖ dplyr::filter() masks stats::filter()
## ✖ dplyr::lag()    masks stats::lag()
specnumber(base_q) #verificando a frequencia da base dos quadrados
##      arroz_c      arroz_e        milho      ervilha feijao_preto    carioca_c 
##            9            5            0            2            0            2 
##    carioca_e    mac_paraf     mac_tubo    mac_espag 
##            3            0            0            4
specnumber(t(base_q)) #verificando o numero de especies por amostra da base dos quadrados
##  q1  q2  q3  q4  q5  q6  q7  q8  q9 q10 
##   1   1   3   5   3   1   3   2   2   4

Como encontrar o total de espécies?

abund_q <- rowSums(base_q) #usando a soma do numero de linhas para determinar a abundancia da base q

Graficandos os numeros acima

base_q %>% # Aq2ui eu criei minha solição...
  rownames_to_column("species") %>% # foi criada uma coluna usando os nomes das linhas chamada de species
  mutate(ab_spe=rowSums(base_q)) %>% # adicionou uma coluna nova a base q com as somas das abundâncias
  filter(ab_spe > 0) %>% # deixamos apenas as somas maiores que zero, para nao incluir as especies ausentes
  count() # contamos o total
##   n
## 1 6
base_q %>% 
  rownames_to_column("species") %>%
  mutate(ab_spe=rowSums(base_q)) %>% 
  filter(ab_spe > 0) %>% #repetimos o codigo anterior 
  arrange(desc(ab_spe)) %>% #colocamos em ordem decrescente porem precisamos usar outro comando para fixar
  mutate(species=factor(species, level = species)) %>% #as ordens foram estabelecidas
  ggplot(aes(x=species, y=ab_spe))+
  geom_line(group = 1)+geom_point(size = 3)->graf_abund_q

graf_abund_q

base_t %>% 
  rownames_to_column("species") %>%
  mutate(ab_spe=rowSums(base_t)) %>% 
  filter(ab_spe > 0) %>% # repetimos o mesmo para a base t dos transectos
  arrange(desc(ab_spe)) %>% 
  mutate(species=factor(species, level = species)) %>% 
  ggplot(aes(x=species, y=ab_spe))+
  geom_line(group = 1)+geom_point(size = 3)->graf_abund_t

graf_abund_t

# unimos os graficos para poder visualizar as diferenças e semelhanças entre eles

library(cowplot)
plot_grid(graf_abund_q, graf_abund_t, labels = c("quadrados", "transectos"), ncol = 2)

acum_q<-specaccum(t(base_q)) # criamos dois graficos para mostrar a curva acumulativa dos nossos dados 
acum_t<-specaccum(t(base_t))
plot(acum_q, ci.type = "poly", col = "blue", lwd = 2, ci.lty = 0, 
    ci.col = "lightblue", main = "quadrantes", xlab = "Número de amostras", 
    ylab = "Número de espécies")

plot(acum_t, ci.type = "poly", col = "blue", lwd = 2, ci.lty = 0, 
    ci.col = "lightblue", main = "transectos", xlab = "Número de amostras", 
    ylab = "Número de espécies") # note que essa curva não parece assintotizada

specpool(base_q)# Esses são métodos de estimação de riqueza (chao, jack1, jack2, boot, etc... os .se são os valores do erro padrão)
##     Species   chao  chao.se jack1 jack1.se    jack2     boot  boot.se  n
## All      10 12.025 3.089144  12.7 2.056696 13.67778 11.35255 1.588261 10
specpool(base_t)# etimadores para transecto
##     Species chao   chao.se jack1 jack1.se    jack2    boot  boot.se  n
## All      10 10.3 0.7035624  11.8 1.272792 9.133333 11.3759 1.480355 10
install.packages("tidyverse")
## Warning: package 'tidyverse' is in use and will not be installed

sxrdctfvygbuhnijmnnwf