DeNA課題

library(tidyverse)

## ── Attaching packages ─────────────────────────────────────── tidyverse 1.3.2 ──
## ✔ ggplot2 3.3.6      ✔ purrr   0.3.5 
## ✔ tibble  3.1.8      ✔ dplyr   1.0.10
## ✔ tidyr   1.2.1      ✔ stringr 1.4.1 
## ✔ readr   2.1.3      ✔ forcats 0.5.2 
## ── Conflicts ────────────────────────────────────────── tidyverse_conflicts() ──
## ✖ dplyr::filter() masks stats::filter()
## ✖ dplyr::lag()    masks stats::lag()

library(readxl)
library(lubridate)

## 
##  次のパッケージを付け加えます: 'lubridate' 
## 
##  以下のオブジェクトは 'package:base' からマスクされています:
## 
##     date, intersect, setdiff, union

library(tableone)
library(skimr)
library(svglite)
library(haven)
library(summarytools)

## Warning in system2("/usr/bin/otool", c("-L", shQuote(DSO)), stdout = TRUE): 命令
## ''/usr/bin/otool' -L '/Library/Frameworks/R.framework/Resources/library/tcltk/
## libs//tcltk.so'' の実行は状態 1 を持ちました

## 
##  次のパッケージを付け加えます: 'summarytools' 
## 
##  以下のオブジェクトは 'package:tibble' からマスクされています:
## 
##     view

library(naniar)

## 
##  次のパッケージを付け加えます: 'naniar' 
## 
##  以下のオブジェクトは 'package:skimr' からマスクされています:
## 
##     n_complete

library(devtools)

##  要求されたパッケージ usethis をロード中です

library(reader)

##  要求されたパッケージ NCmisc をロード中です 
## 
##  次のパッケージを付け加えます: 'reader' 
## 
##  以下のオブジェクトは 'package:NCmisc' からマスクされています:
## 
##     cat.path, get.ext, rmv.ext

library(stringr)
library(missForest)
library(ggplot2)

tsvファイルの読み込み read.delim()？　read_tsv

setwd("/Users/ichitachikamasa/Desktop/DeSC")
df <- read_tsv("data/output/性年齢区分別の基礎率.tsv")

## Rows: 69 Columns: 13
## ── Column specification ────────────────────────────────────────────────────────
## Delimiter: "\t"
## chr  (3): 保険者種別, 性別, 年齢区分
## dbl (10): Exposure, 死亡件数, 入院件数, 入院日数, 平均空腹時血糖, 月次死亡発生率, 年次死亡発生率, 月次入院発生率, 年次...
## 
## ℹ Use `spec()` to retrieve the full column specification for this data.
## ℹ Specify the column types or set `show_col_types = FALSE` to quiet this message.

ggpolotで年齢分布を描図

ggplot(df,aes(x=年齢区分,y=Exposure,fill=保険者種別))+
  facet_wrap(~ 性別)+
  geom_col(position=position_dodge())+
  theme_minimal(base_family = "HiraKakuProN-W3")+
  theme(axis.text.x = element_text(angle=90, hjust=1,size=5))+
  theme(axis.text.y = element_text(size=5))+
　theme(legend.text = element_text(size=5))+
  theme(legend.title = element_text(size=7))

ggplot(df,aes(x=年齢区分,y=年次入院発生率,group = 保険者種別, color = 保険者種別))+
  geom_line()+
  facet_wrap(~ 性別)+
  theme_minimal(base_family = "HiraKakuProN-W3")+
  theme(axis.text.x = element_text(angle=90, hjust=1,size=5))+
  theme(axis.text.y = element_text(size=5))+
　theme(legend.text = element_text(size=7))+
  theme(legend.title = element_text(size=7))

ggplot(df,aes(x=年齢区分,y=年次死亡発生率,group = 保険者種別, color = 保険者種別))+
  geom_line()+
  facet_wrap(~ 性別)+
  theme_minimal(base_family = "HiraKakuProN-W3")+
  theme(axis.text.x = element_text(angle=90, hjust=1,size=5))+
  theme(axis.text.y = element_text(size=5))+
　theme(legend.text = element_text(size=7))+
  theme(legend.title = element_text(size=7))

ggplot(df,aes(x=年齢区分,y=平均空腹時血糖,group = 保険者種別, color = 保険者種別))+
  geom_line()+
  facet_wrap(~ 性別)+
  theme_minimal(base_family = "HiraKakuProN-W3")+
  theme(axis.text.x = element_text(angle=90, hjust=1,size=5))+
  theme(axis.text.y = element_text(size=5))+
　theme(legend.text = element_text(size=7))+
  theme(legend.title = element_text(size=7))

## Warning: Removed 12 row(s) containing missing values (geom_path).