Výpočty vodaři

Schopnosti ryb překonávat rychlosti proudů

Úvod

Schopnosti ryb překonávat rychlosti proudu jsou klíčovým faktorem při navrhování rybích přechodů. Tyto schopnosti se mění napříč druhy, ale i s velikostí ryby, nebo schopností individua. KRP - odborná skupina AOPK, zřízená k řešení problematiky migrační prostupnosti vodních toků. Součástí zasedání této komise jsou i hodnocení připravovaných projektů, kde se členové vyjadřují k jednotlivým parametrům plánované stavby. Rychlost proudu je jedním z nich.

Data

#### --------  VSTUPNÍ DATA --------- #####

druh=c("pstruh_o","strevle_p","vranka_o","vranka_p","jelec_t","ostroretka_s",
       "parma_o","cejn_v","mnik_j","mihule_p","uhor_o","jelec_p","plotice_o",
       "lipan_p","hrouzek_o","mrenka_m")

velikost=c(30,7,8,8,30,30,35,25,50,18,20,20,20,20,12.3,7.2)

s_rychlost=c(3.1,1.1,0.6,0.6,1.5,1.6,1.8,0.6,1.3,0.5,1.15,
             1.51,1.47,1.66,1.18,0.84)

#m_rychlost_norma = c(0.75,0.55,0,0,0.8,0.85,0.9,0.5,0.8,
#                     0.5)

intervals=seq(from=min(s_rychlost)-0.001,to = max(s_rychlost)+0.001,
              length.out = length(druh)) # Je vhodnější dělit na intervaly rychlost ryb nebo 0-4? ... viz řádek níž

#intervals=seq(from= 0 ,to = 4 ,length.out = length(druh))


#### -------- ÚPRAVY DAT --------- ###

# Data pro graf na základě dat z normy
intervals_norma=seq(from=min(s_rychlost)-0.001,to = max(s_rychlost)+0.001,
                    length.out = 10)

pc_druhu_norma=NULL
for (i in 1:10){
  pc_druhu_norma[i]=sum(s_rychlost[1:10]>intervals_norma[i])
  #print(i)
}


# Data pro Graf procentuálního zastoupení všech druhů v datasetu

pc_druhu=NULL
for (i in 1:length(druh)){
  pc_druhu[i]=sum(s_rychlost>intervals[i])
  #print(i)
}

# procentuální zastoupení množství druhů
prc_druhu=(pc_druhu/length(druh))*100  

Prvních 10 ryb je z normy pro stavění rybích přechodů, zbytek je z literatury (skoková rychlost 11. - 16. druhu je zzískána z publikace: MIGRACE RYB, RYBÍ PŘECHODY A ZPŮSOB JEJICH TESTOVÁNÍ (Slavík O. Vančura Z. a kol. 2012), která cituje další autory) . Pokud je v normě uveden interval je vždy počítáno s nejnižší uvedenou rychlostí. Ze skokové rychlosti je počítáno kolik rybích druhů je ještě schopno překonat danou rychlost proudu rozdělenou do 16 intervalů mezi minimální a maximální skokovou rychlostí.

(Měl bych popřemýšlet jestli vyrovnat se rychlosti proudu znamená ji překonat)

ryby=data.frame(
  druh,
  s_rychlost,
  velikost
  )

ryby

Grafy

plot(pc_druhu_norma~intervals_norma,
     main = c("Závislost počtu druhů ryb Z NORMY na rychlosti proudu,","kterou jsou ještě schopny překonat"),
     ylab = "Počet druhů",
     xlab = "Rychlost proudu v m/s",
     type = "b"
       )
abline(v=c(1,1.2), col=c("green","red"))

GRAF

plot(prc_druhu~intervals,
     main = c("Závislost počtu druhů ryb na rychlosti proudu,","kterou jsou ještě schopny překonat"),
     ylab = "Počet druhů [%]",
     xlab = "Rychlost proudu v m/s",
     type = "l"
       )
abline(v=c(1,1.2), col=c("green","red"))

GRAF

Hodnocení fragmentace na základě DCI

Úvod

Index DCI (Dendric conectivity index) hodnotí míru fragmentace formou pravděpodobnosti s jakou je organismus schopen se dostat z jednoho náhodného místa na toku do místa druhého. Je schopný hodnotit říční sítě, průchodnost překážek nebo rozdíly mezi potamodromní a anadromní migrací. Podrobně jej popisuje následující článek: A new measure of longitudinal connectivity for stream networks.

Tento index je založen na jednoduchém vzorci:

K jeho výpočtu je možné použít nástroj FIPEX, nebo R package s názvem “dci”.

Popis balíčku dci

Ukázka funkce

Databáze profilu, které šly na KRP a monitoringů na RP

Úvod

Popis databáze Struktura, kterou mám aktuálně v hlavě je popsána následujícím rozpracovaným ER diagramem. Jsou tam uvedeny názvy tabulek, které by dle mého měly obsáhnout celou šíři požadovaných dat. Názvy sloupců jsou spíše orientační (aktuálně v řešení).

Konzultoval jsem, kde by se tyto data daly uchovat, aby byly dostupné a k budoucímu užití. Došel jsem k názoru, že ideální by bylo spojit tuto databázi s databízí migračních bariér, což by mohlo zároveň proběhnout s její plánovanou aktualizací.

Přínosy - Elektronizace záznamů jednání KRP. - Rozšíření databáze migračních bariér o zajímavé a již nasbíraná ale i v budoucnu získaná data - k zobrazení, či analýzám.

Výstupy - zobrazení některých informací v databázi migračních bariér - možnost zobrazení a stažení dat pro pracovníky AOPK - Transfer monitoringů do NDOP

Vstupy - Import shromážděných dat při založení - Formulář z jednání KRP

Fyzická Data

V této kapitole jsou vytvořeny vektory s názvy tabulek a sloupců

Pritomni_clenove <- c("Id_jednani","cl1_ZdenekMyslik","cl2_Zdenek_Vogl","cl3_NikolaKofentova","cl4_PavelMarek","cl5_MilosHolub","cl6_PavelVrana","cl7_JiriMusil","cl8_KamilFarsky","cl9_PetrHartich","cl10_KarelVrana","cl11_RadkaJakoubkova","cl12_JanKoutny","cl13_RomanZajicek","cl14_JiriNeudert","cl15_TomasBartusek","cl16_MartinCapek","cl17_PavelMoravec")
Jednani_komise <- c("Id_jednani","Id_prekazky","Id_RP","Datum","Pocet_clenu")
Pricna_prekazka <- c("Id_prekazky","Typ_prekazky","Tok","Ricni_km","Pritomnost_RP","GPS_Prekazky","Povodi","Majitel_stavby")
Rybi_prechod <- c("Id_PR","Id_prekazky","Typ_RP","Delka_RP","Sklon_RP","GPS_RP___?___","Provozovatel","Zrizovatel","Projektant")
Monitoring_RP <- c("Id_PR","Zprava_odkaz","Pocet_druhu","Zhotovitel","Zpusob_monitoringu","Pritomnost_chranenych_druhu")
Druhy <- c("!__Zjištěné druhy a jejich počty__!")
Vlastnosti_druhu <- c("Rybi_pasmo","Skokova_rychlost","Maximalni_rychlost","Typ_migrace","Stupen_ohrozeni_v_CR")

Tabulky_databaze <- list(Pritomni_clenove,Jednani_komise,Pricna_prekazka,Rybi_prechod,Monitoring_RP,Druhy,Vlastnosti_druhu)
Tabulky_databaze

## [[1]]
##  [1] "Id_jednani"           "cl1_ZdenekMyslik"     "cl2_Zdenek_Vogl"     
##  [4] "cl3_NikolaKofentova"  "cl4_PavelMarek"       "cl5_MilosHolub"      
##  [7] "cl6_PavelVrana"       "cl7_JiriMusil"        "cl8_KamilFarsky"     
## [10] "cl9_PetrHartich"      "cl10_KarelVrana"      "cl11_RadkaJakoubkova"
## [13] "cl12_JanKoutny"       "cl13_RomanZajicek"    "cl14_JiriNeudert"    
## [16] "cl15_TomasBartusek"   "cl16_MartinCapek"     "cl17_PavelMoravec"   
## 
## [[2]]
## [1] "Id_jednani"  "Id_prekazky" "Id_RP"       "Datum"       "Pocet_clenu"
## 
## [[3]]
## [1] "Id_prekazky"    "Typ_prekazky"   "Tok"            "Ricni_km"      
## [5] "Pritomnost_RP"  "GPS_Prekazky"   "Povodi"         "Majitel_stavby"
## 
## [[4]]
## [1] "Id_PR"         "Id_prekazky"   "Typ_RP"        "Delka_RP"     
## [5] "Sklon_RP"      "GPS_RP___?___" "Provozovatel"  "Zrizovatel"   
## [9] "Projektant"   
## 
## [[5]]
## [1] "Id_PR"                       "Zprava_odkaz"               
## [3] "Pocet_druhu"                 "Zhotovitel"                 
## [5] "Zpusob_monitoringu"          "Pritomnost_chranenych_druhu"
## 
## [[6]]
## [1] "!__Zjištěné druhy a jejich počty__!"
## 
## [[7]]
## [1] "Rybi_pasmo"           "Skokova_rychlost"     "Maximalni_rychlost"  
## [4] "Typ_migrace"          "Stupen_ohrozeni_v_CR"

Data - papír

Data uložená ve složkách v papírové podobě

• Kde: …
• Styčná osoba: Pavel Marek, Andrea Šikýřová
• Od kdy do kdy: do 2008
• Typy dokumentů: Přihlášky KRP; Pozvánky; Mailu; Stanoviska; Projektových dokumentací

Data - Pavel M / …

Data na hard-disku PC Pavla Marka - doplněno archivem mailu a papírovýma složkama

• Kde: PC Pavel Marek
• Styčná osoba: Pavel Marek, Jirka Petřivalský
• Od kdy do kdy: 2008 - 2016
• Typy dokumentů: …

Data - PRŘS a OPŽP

Data samostatně evidované (cca 20-30 RP v PRŘS) - OPŽP a PRŘS se můžou duplikovat

• Kde: …
• Styčná osoba: …
• Od kdy do kdy: od 1996 a od 2008
• Typy dokumentů: …

Data - excel

Data ve dvou excelových tabulkách před 2008 a od?

• Kde: Někde u Zdeňka a Pavla
• Styčná osoba: Pavel Marek, Zdeněk Vogl
• Od kdy do kdy: …
• Typy dokumentů: Excelová tabulka

Data - S

Data ve složkách na S/ob/odd/KRP

• Kde: společný disk S
• Styčná osoba: Pavel Marek, Zdeněk Vogl
• Od kdy do kdy: 2016 - 2023
• Typy dokumentů: …

Data - DMB

Data v databázi migračních bariér - třízené podle ř. km - který km ví Zdeněk K.

• Kde: …
• Styčná osoba: Zdeněk Kučera, Nikola Kofentová
• Od kdy do kdy: …
• Typy dokumentů: databáze