Un exemple de rapport avec R-Markdown

Ce rapport R-Markdown présente quelques exemples de customisation qui peut être effectués. Le format de sortie est le .html.

Exploration du jeu de données airquality

Importation

Chargeons la bibliothèque tidyverse.

library(tidyverse)

data(airquality)
airquality

Résumé statistique

summary(airquality) %>% knitr:: kable()

	Ozone	Solar.R	Wind	Temp	Month	Day
	Min. : 1.00	Min. : 7.0	Min. : 1.700	Min. :56.00	Min. :5.000	Min. : 1.0
	1st Qu.: 18.00	1st Qu.:115.8	1st Qu.: 7.400	1st Qu.:72.00	1st Qu.:6.000	1st Qu.: 8.0
	Median : 31.50	Median :205.0	Median : 9.700	Median :79.00	Median :7.000	Median :16.0
	Mean : 42.13	Mean :185.9	Mean : 9.958	Mean :77.88	Mean :6.993	Mean :15.8
	3rd Qu.: 63.25	3rd Qu.:258.8	3rd Qu.:11.500	3rd Qu.:85.00	3rd Qu.:8.000	3rd Qu.:23.0
	Max. :168.00	Max. :334.0	Max. :20.700	Max. :97.00	Max. :9.000	Max. :31.0
	NA’s :37	NA’s :7	NA	NA	NA	NA

Quelques graphiques avec le package ggplot2

Transformons notre jeu de données en :

• créant une nouvelle variable Mois

• en enlevant les lignes où il y a des données manquantes

ordre_mois<-c("May","June","July","August","September")
dataairquality <- airquality %>%
tibble() %>%
mutate(Mois=month.name[Month]) %>%
mutate(Mois=factor(x=Mois, levels=ordre_mois)) %>%
drop_na() 

dataairquality %>%
  ggplot(aes(x=Solar.R, y=Ozone)) + 
  geom_point(aes(colour=Mois)) +
  theme_bw()

ggplot(dataairquality, aes(x=Ozone, y=Mois)) +
geom_violin(alpha=0.5, aes(fill=Mois), show.legend = FALSE) +
geom_boxplot(width=0.1, aes(fill=Mois), show.legend = FALSE) +
theme_minimal()

Un exemple de cartographie interactive

On peut intégrer des cartes interactives. On utilisera le package leaflet.

library(leaflet)
leaflet() %>%
  addTiles() %>%  
  addMarkers(lng=2.3577403, lat=48.8451211, popup="Ma localisation professionnelle")