Biogrid Full data to table

读取完整的Biogrid数据，2455821条记录，使用Interactor A or B物种为taxid:2697049，筛选包括SARS-CoV-2的相互作用数据，27625条记录，然后标准化

Intact

完整数据 1194447条记录

https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/intact/current/psimitab taxonomy ID: 2697049 是 Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi 从完整的Intact PSIMITAB中提取SARS-CoV-2的子集， 7074条记录

因为对于单个数据集，Interactor A B完全相同，有可能有多个实验证据支持，因此对这样的数据我们进行合并成一个记录，并将证据合并。 Biogrid: 19715条记录， IntAct: 3654条记录

因为Interactor A B有可能互换，因此我们针对两个数据集合，生成排序的Interactor A’— Interactor B’作为Index,以合并两个数据集合

因为两个数据集中的相互作用有个别Interactor没有UniProt ID，可能是 ChEBI 或者 EBI ID，因为我们排除了这部分数据，BioGrid:18758, IntAct:3631 否则的话数据合并不能处理。

对于某一数据集　相同的相互作用，如ACE2—S与S—ACE2我们认为相同, 我们设计的Index也是相同的，我们仅取第一条记录，以便仅数据合并。BioGrid:14798 IntAct: 3526

合并数据条目：15650

表格见sarscov2_merged_subcol_vxxx.xlsx

注：相互作用物种现在不局限于人，所以有多个S－ACE2相互作用的数据，因为ACE2是来自不同物种的，其UniProt ID不同。

## png 
##   2

## [1] 15650    15

对于Interaction detection method和Interaction type, 使用PSI-MI Ontology进行简化，规则如下：相同分支，取子节点（信息更特异），不同分支则保留多个 https://ontobee.org/ontology/MI https://github.com/HUPO-PSI/psi-mi-CV

使用Uniprot的缩记词作为物种的名称，以生成Interaciton ID, taxonomy https://www.uniprot.org/taxonomy/9365 Mnemonic助记词 https://www.uniprot.org/taxonomy?query=*

Uniprot ID to gene Symbol 使用Uniprot数据库映射，保证Gene Symbol标准化，而不是像原来直接从相互作用表格中提取Gene Symbol, 因为有多个uniport ID 映射到相同GeneSymbol的情况，如HLA … …

个别的记录仅有Uniprot ID而没有Gene symbol, 则使用Uniprot代替, 以生成Interaction name

sarscov2_ppi_species_highlevel_vxxx.csv sarscov2_ppi_species_highlevel_vxxx.xlxs