Markdown é uma linguagem de marcação, ou seja, não é uma linguagem de programação. Linguagens de marcação dizem como algo deve ser entendido, mas não têm capacidade de processamento e execução de funções.

Por exemplo, HTML é uma linguagem de marcação. Ela apenas diz como uma página web está estruturada, mas não executa nenhum processamento. O Markdown, da mesma forma, apenas informa como um documento está estruturado.

No entanto, a vantagem do Markdown é a sua simplicidade e a possibilidade de utilização de uma linguagem comum para a criação de vários tipos de documentos.

Por exemplo, um mesmo código Markdown pode ser convertido para HTML, LaTeX (gera pdf’s), docx etc.

Para isso, é necessário um conversor, que lê um código em Markdown e, considerando a escolha do output desejado, converte o arquivo para a linguagem desejada. Isto ficará mais claro com os exemplos.

RMarkdown é a possibilidade de executar-se scripts em R (além de outras linguagens) e incorporá-los a um arquivo Markdown (extensão .md). O pacote knitr executará “pedaços” (chunk) de códigos e gerará um arquivo .md com os códigos e seus resultados.

Na sequência, o pandoc, que é um conversor, converte-o para a linguagem desejada, gerando os arquivos nos formatos escolhidos (.html, .docx, .pdf, .odt) (http://rmarkdown.rstudio.com). A Figura 1 ilustra o processo:

Figura 1: renderização de documentos em Rmarkdown.

• Reprodutibilidade. Isto é importante quando um estudo é realizado. Pode ser que em algum momento após a realização do seu estudo outro analista/pesquisador deseje replicá-lo. Um documento que une o código às explicações pode ser fundamental neste momento.

• Compartilhamento de informação. É possível que você tenha aprendido a usar um novo pacote e ache que ele pode ser interessante para outros colegas. Com o RMarkdown, você poderá criar um documento com exemplos de uso do pacote, facilmente compartilhável.

• Documentação de Rotinas. A criação de rotinas para a realização de tarefas repetitivas é cada vez mais comum. No entanto, é importante que haja uma boa documentação da rotina para que você ou outro colega possa entender e dar manutenção à rotina no futuro.

• Relatórios parametrizados. O RMarkdown facilita a criação de relatórios, inclusive dashboards, em que a estrutura é padrão, mas os dados dependem de um parâmetro. Por exemplo, relatórios de balança comercial por unidade da federação (UF). No caso, a UF seria um parâmetro que variaria de relatório para relatório.

install.packages("rmarkdown")
library(rmarkdown)

Figura 2: passos para inicialização do Rmarkdown

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  YAML (Configurações)
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  Textos e Markdown

  Code Chunks

 Textos e Markdown

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title: "Primeiro Exemplo para o Curso de R"
author: "Paulo"
date: "29 de setembro de 2021"
output:
  html_document: default
  lang: pt-br
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plot(rnorm(100))
# Cabeçalho de primeiro nível
## Cabeçalho de segundo nível
### Cabeçalho de terceiro nível

O YAML é o responsável pelas configurações dos documentos. Basicamente, estamos informando qual é o título do documento, a data de criação, o nome do autor e o tipo de output que desejamos.

No exemplo, está definido como output html_document. Caso quiséssemos um arquivo no formato Word (.docx), o output poderia ser modificado para word_document.

Cada formato possui um conjunto de opções disponíveis. Nesse caso, é importante consultar a página de cada formato disponível na documentação do RMarkdown.

Os Code Chunks são pedaços de código em R que podem ser executados para gerar resultados que serão incorporados ao documento.

Você pode inserir um chunk manualmente ou com o atalho CTRL + ALT + I.

É possível incluir uma série de opções relacionadas à execução do código. Falaremos destas opções mais adiante.

Figura 3: renderizando um documento em Rmarkdown

- # seção
- ## Sub-seção
- ### Sub-subseção
- *itálico*
- **Negrito**
- `mean(x)` (código R no texto - retorna: mean(x))
- `r mean(c(2, 3, 4))` (código R processado no texto - retorna: 3)
- ![Título Opcional](images/code_chunk.png) (inclui imagens salvas no computador)
- Tabelas :
  Coluna 1      | Coluna 2
-------------: | :-------------:
10  | Brasil
20  | China
Fonte: MDIC.
- Links: [MDIC](www.mdic.gov.br)
- Equação latex: Modelo linear simples: $y_i = \alpha + \beta x_i + e_i$

Figura 4: opções de chunk R

A HTML é a linguagem de marcação para construção de páginas web. Assim, se criarmos um documento e escolhermos como opção de output html_document, o resultado será uma página a ser aberta em browsers. Outros formatos do markdown, como flexdashboard e ioslides, também geram páginas html. Cada tipo de formato tem um conjunto de aspectos específicos. Abaixo listamos os principais para html:

• A aparência e o estilo são definidos por um arquivo no formato css. Isso impõe uma dificuldade adicional para a formatação do documento. O Rmarkdown fornece alguns temas e pacotes que também podem fornecer documentos com alguma formatação de estilo.

• Único formato que aceita htmlwidgets (o próprio nome indica isso).

Para a criação de PDFs pelo RMarkdown, utiliza-se o LaTeX (pronuncia-se: Lah-tech or Lay-tech), que é um sistema de preparação de documentos muito utilizado pela comunidade científica. Inicialmente, o RMarkdown abstrai para o usuário a necessidade de saber-se essa linguagem.

Entre as vantagens do LaTeX estão:

• Numeração automática de seções (e os demais níveis) e de equações;

• Criação automática de legendas com base em arquivos .bib;

• Facilidade de referências cruzadas no documento.

É possível usar templates e, para gerar código em latex, é necessário ter alguma instalação TEX disponível.

A geração de word segue a geração dos demais formatos. No entanto, templates apenas funcionam para definir estilos que serão usados no documento.

Atualmente, devido a limitações do conversor (pandoc), é difícil ter-se total acesso à formatação do documento.