Codigo para análisis de reportes SIZSE

V 1.0

Autor Alfredo Acosta PhD

alfredojavier55@gmail.com

Consultor epidemiología

Departamento de medicina veterinaria preventiva Universidad São Paulo

https://github.com/alfredojavier55/Reportes_Agrocalidad_VigEpi

library(dplyr);library(lubridate);library(ggplot2); library(scales); library(readxl); library(tidyr)

## 
## Attaching package: 'dplyr'

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## 
##     filter, lag

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## 
##     intersect, setdiff, setequal, union

## 
## Attaching package: 'lubridate'

## The following objects are masked from 'package:base':
## 
##     date, intersect, setdiff, union

Juntar archivos vigilancia (join-vig) —-

setwd("~/Dropbox/Consultoria Agro/")
# Excel 2019 ----
vge19 <- read_excel("GENERAL_2019.xls")
vr19 <- read_excel("RESULTADOS_2019.xls", col_names = TRUE)

## New names:
## • `F. REGISTRO` -> `F. REGISTRO...3`
## • `PATOLOGÍA` -> `PATOLOGÍA...18`
## • `ESPECIE` -> `ESPECIE...20`
## • `REGISTRO` -> `REGISTRO...27`
## • `ESPECIE` -> `ESPECIE...31`
## • `PATOLOGÍA` -> `PATOLOGÍA...32`
## • `REGISTRO` -> `REGISTRO...40`
## • `F. REGISTRO` -> `F. REGISTRO...41`

vc19 <- read_excel("CIERRE_2019.xls")

## New names:
## • `ESPECIE` -> `ESPECIE...22`
## • `ESPECIE` -> `ESPECIE...31`

# Excel 2020 ----
vge20 <- read_excel("GENERAL_2020.xls")
vr20 <- read_excel("RESULTADOS_2020.xls")

## New names:
## • `F. REGISTRO` -> `F. REGISTRO...3`
## • `PATOLOGÍA` -> `PATOLOGÍA...18`
## • `ESPECIE` -> `ESPECIE...20`
## • `REGISTRO` -> `REGISTRO...27`
## • `ESPECIE` -> `ESPECIE...31`
## • `PATOLOGÍA` -> `PATOLOGÍA...32`
## • `REGISTRO` -> `REGISTRO...40`
## • `F. REGISTRO` -> `F. REGISTRO...41`

vc20 <- read_excel("CIERRE_2020.xls")

## New names:
## • `ESPECIE` -> `ESPECIE...22`
## • `ESPECIE` -> `ESPECIE...31`

# Excel 2021 ----
vge21 <- read_excel("GENERAL_2021.xls")
vr21 <- read_excel("RESULTADOS_2021.xls")

## New names:
## • `F. REGISTRO` -> `F. REGISTRO...3`
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## New names:
## • `ESPECIE` -> `ESPECIE...22`
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Reorganizar vge para enlazar 2019-2021 —-

colnames(vge19)

##  [1] "# ORDEN"             "# ALERTA"            "F. REGISTRO"        
##  [4] "SEMANA"              "PROVINCIA"           "CANTÓN"             
##  [7] "PARROQUIA"           "UTM WGS-84"          "C.C/C.I/RUC"        
## [10] "PROPIETARIO"         "PREDIO"              "T. EXPLOTACIÓN"     
## [13] "NOTIFICADOR"         "F. 1er ENFERMO"      "F. NOTIFICACIÓN"    
## [16] "F. 1era VISITA"      "SÍNDROME PRESUNTIVO" "PATOLOGÍA"          
## [19] "RESULTADO"           "ESPECIE"             "EDAD"               
## [22] "MUESTREO POR EEB"    "T. ALIMENTACIÓN"     "RAZÓN MUESTREO"     
## [25] "ESTADO"              "¿SUPERVISADO?"       "REGISTRO"

colnames(vge20)

##  [1] "# ORDEN"             "# ALERTA"            "F. REGISTRO"        
##  [4] "SEMANA"              "PROVINCIA"           "CANTÓN"             
##  [7] "PARROQUIA"           "UTM WGS-84"          "C.C/C.I/RUC"        
## [10] "PROPIETARIO"         "PREDIO"              "T. EXPLOTACIÓN"     
## [13] "NOTIFICADOR"         "F. 1er ENFERMO"      "F. NOTIFICACIÓN"    
## [16] "F. 1era VISITA"      "SÍNDROME PRESUNTIVO" "PATOLOGÍA"          
## [19] "RESULTADO"           "ESPECIE"             "EDAD"               
## [22] "MUESTREO POR EEB"    "T. ALIMENTACIÓN"     "RAZÓN MUESTREO"     
## [25] "ESTADO"              "¿SUPERVISADO?"       "REGISTRO"

colnames(vge21)

##  [1] "# ORDEN"             "# ALERTA"            "F. REGISTRO"        
##  [4] "SEMANA"              "PROVINCIA"           "CANTÓN"             
##  [7] "PARROQUIA"           "UTM WGS-84"          "C.C/C.I/RUC"        
## [10] "PROPIETARIO"         "PREDIO"              "T. EXPLOTACIÓN"     
## [13] "NOTIFICADOR"         "F. 1er ENFERMO"      "F. NOTIFICACIÓN"    
## [16] "F. 1era VISITA"      "SÍNDROME PRESUNTIVO" "PATOLOGÍA"          
## [19] "RESULTADO"           "ESPECIE"             "EDAD"               
## [22] "MUESTREO POR EEB"    "T. ALIMENTACIÓN"     "RAZÓN MUESTREO"     
## [25] "ESTADO"              "¿SUPERVISADO?"       "REGISTRO"

vge <- rbind(vge19,vge20,vge21)

colnames(vge) <-tolower(iconv(colnames(vge), to='ASCII//TRANSLIT'))
colnames(vge) <- gsub(" ","_", colnames(vge))
colnames(vge) <- gsub("#","n", colnames(vge))
colnames(vge)

##  [1] "n_orden"             "n_alerta"            "f._registro"        
##  [4] "semana"              "provincia"           "canton"             
##  [7] "parroquia"           "utm_wgs-84"          "c.c/c.i/ruc"        
## [10] "propietario"         "predio"              "t._explotacion"     
## [13] "notificador"         "f._1er_enfermo"      "f._notificacion"    
## [16] "f._1era_visita"      "sindrome_presuntivo" "patologia"          
## [19] "resultado"           "especie"             "edad"               
## [22] "muestreo_por_eeb"    "t._alimentacion"     "razon_muestreo"     
## [25] "estado"              "?supervisado?"       "registro"

Reorganizar vr para enlazar 2019-2021 —-

colnames(vr19)

##  [1] "# ORDEN"             "# ALERTA"            "F. REGISTRO...3"    
##  [4] "SEMANA"              "PROVINCIA"           "CANTÓN"             
##  [7] "PARROQUIA"           "UTM WGS-84"          "C.C/C.I/RUC"        
## [10] "PROPIETARIO"         "PREDIO"              "T. EXPLOTACIÓN"     
## [13] "NOTIFICADOR"         "F. 1er ENFERMO"      "F. NOTIFICACIÓN"    
## [16] "F. 1era VISITA"      "SÍNDROME PRESUNTIVO" "PATOLOGÍA...18"     
## [19] "RESULTADO"           "ESPECIE...20"        "EDAD"               
## [22] "MUESTREO POR EEB"    "T. ALIMENTACIÓN"     "RAZÓN MUESTREO"     
## [25] "ESTADO"              "¿SUPERVISADO?"       "REGISTRO...27"      
## [28] "¿COLECTA?"           "# VISITA"            "F. INFORME"         
## [31] "ESPECIE...31"        "PATOLOGÍA...32"      "PRUEBA SOLICITADA"  
## [34] "LABORATORIO"         "CANT. MUESTRAS"      "POSITIVOS"          
## [37] "NEGATIVOS"           "INDETERMINADOS"      "REACTIVOS"          
## [40] "REGISTRO...40"       "F. REGISTRO...41"    "¿LIBERADO?"         
## [43] "F. LIBERADO"         "DÍAS EN LIBERAR"     "RECOMENDACIONES"    
## [46] "RESPONSABLE"

colnames(vr20)

##  [1] "# ORDEN"             "# ALERTA"            "F. REGISTRO...3"    
##  [4] "SEMANA"              "PROVINCIA"           "CANTÓN"             
##  [7] "PARROQUIA"           "UTM WGS-84"          "C.C/C.I/RUC"        
## [10] "PROPIETARIO"         "PREDIO"              "T. EXPLOTACIÓN"     
## [13] "NOTIFICADOR"         "F. 1er ENFERMO"      "F. NOTIFICACIÓN"    
## [16] "F. 1era VISITA"      "SÍNDROME PRESUNTIVO" "PATOLOGÍA...18"     
## [19] "RESULTADO"           "ESPECIE...20"        "EDAD"               
## [22] "MUESTREO POR EEB"    "T. ALIMENTACIÓN"     "RAZÓN MUESTREO"     
## [25] "ESTADO"              "¿SUPERVISADO?"       "REGISTRO...27"      
## [28] "¿COLECTA?"           "# VISITA"            "F. INFORME"         
## [31] "ESPECIE...31"        "PATOLOGÍA...32"      "PRUEBA SOLICITADA"  
## [34] "LABORATORIO"         "CANT. MUESTRAS"      "POSITIVOS"          
## [37] "NEGATIVOS"           "INDETERMINADOS"      "REACTIVOS"          
## [40] "REGISTRO...40"       "F. REGISTRO...41"    "¿LIBERADO?"         
## [43] "F. LIBERADO"         "DÍAS EN LIBERAR"     "RECOMENDACIONES"    
## [46] "RESPONSABLE"

colnames(vr21)

##  [1] "# ORDEN"             "# ALERTA"            "F. REGISTRO...3"    
##  [4] "SEMANA"              "PROVINCIA"           "CANTÓN"             
##  [7] "PARROQUIA"           "UTM WGS-84"          "C.C/C.I/RUC"        
## [10] "PROPIETARIO"         "PREDIO"              "T. EXPLOTACIÓN"     
## [13] "NOTIFICADOR"         "F. 1er ENFERMO"      "F. NOTIFICACIÓN"    
## [16] "F. 1era VISITA"      "SÍNDROME PRESUNTIVO" "PATOLOGÍA...18"     
## [19] "RESULTADO"           "ESPECIE...20"        "EDAD"               
## [22] "MUESTREO POR EEB"    "T. ALIMENTACIÓN"     "RAZÓN MUESTREO"     
## [25] "ESTADO"              "¿SUPERVISADO?"       "REGISTRO...27"      
## [28] "¿COLECTA?"           "# VISITA"            "F. INFORME"         
## [31] "ESPECIE...31"        "PATOLOGÍA...32"      "PRUEBA SOLICITADA"  
## [34] "LABORATORIO"         "CANT. MUESTRAS"      "POSITIVOS"          
## [37] "NEGATIVOS"           "INDETERMINADOS"      "REACTIVOS"          
## [40] "REGISTRO...40"       "F. REGISTRO...41"    "¿LIBERADO?"         
## [43] "F. LIBERADO"         "DÍAS EN LIBERAR"     "RECOMENDACIONES"    
## [46] "RESPONSABLE"

vr <- rbind(vr19,vr20,vr21)
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colnames(vr) <- gsub(" ","_", colnames(vr))
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colnames(vr)

##  [1] "n_orden"             "n_alerta"            "f._registro...3"    
##  [4] "semana"              "provincia"           "canton"             
##  [7] "parroquia"           "utm_wgs-84"          "c.c/c.i/ruc"        
## [10] "propietario"         "predio"              "t._explotacion"     
## [13] "notificador"         "f._1er_enfermo"      "f._notificacion"    
## [16] "f._1era_visita"      "sindrome_presuntivo" "patologia...18"     
## [19] "resultado"           "especie...20"        "edad"               
## [22] "muestreo_por_eeb"    "t._alimentacion"     "razon_muestreo"     
## [25] "estado"              "?supervisado?"       "registro...27"      
## [28] "?colecta?"           "n_visita"            "f._informe"         
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## [34] "laboratorio"         "cant._muestras"      "positivos"          
## [37] "negativos"           "indeterminados"      "reactivos"          
## [40] "registro...40"       "f._registro...41"    "?liberado?"         
## [43] "f._liberado"         "dias_en_liberar"     "recomendaciones"    
## [46] "responsable"

Reorganizar vr para enlazar 2019-2021 —-

colnames(vc19)

##  [1] "# ORDEN"             "# ALERTA"            "F. REGISTRO"        
##  [4] "SEMANA"              "F. CIERRE"           "DÍAS EN CERRAR"     
##  [7] "PROVINCIA"           "CANTÓN"              "PARROQUIA"          
## [10] "UTM WGS-84"          "C.C/C.I/RUC"         "PROPIETARIO"        
## [13] "PREDIO"              "T. EXPLOTACIÓN"      "NOTIFICADOR"        
## [16] "F. 1er ENFERMO"      "F. NOTIFICACIÓN"     "F. 1era VISITA"     
## [19] "SÍNDROME PRESUNTIVO" "PATOLOGÍA"           "RESULTADO"          
## [22] "ESPECIE...22"        "EDAD"                "ESTADO"             
## [25] "¿SUPERVISADO?"       "¿VACUNÓ?"            "FOCAL"              
## [28] "DOSIS FOCAL"         "PERIFOCAL"           "DOSIS PERIFOCAL"    
## [31] "ESPECIE...31"        "# EXISTENTES"        "# ENFERMOS"         
## [34] "# MUERTOS"           "# SACRIFICADOS"      "REGISTRO INICIAL"

colnames(vc20)

##  [1] "# ORDEN"             "# ALERTA"            "F. REGISTRO"        
##  [4] "SEMANA"              "F. CIERRE"           "DÍAS EN CERRAR"     
##  [7] "PROVINCIA"           "CANTÓN"              "PARROQUIA"          
## [10] "UTM WGS-84"          "C.C/C.I/RUC"         "PROPIETARIO"        
## [13] "PREDIO"              "T. EXPLOTACIÓN"      "NOTIFICADOR"        
## [16] "F. 1er ENFERMO"      "F. NOTIFICACIÓN"     "F. 1era VISITA"     
## [19] "SÍNDROME PRESUNTIVO" "PATOLOGÍA"           "RESULTADO"          
## [22] "ESPECIE...22"        "EDAD"                "ESTADO"             
## [25] "¿SUPERVISADO?"       "¿VACUNÓ?"            "FOCAL"              
## [28] "DOSIS FOCAL"         "PERIFOCAL"           "DOSIS PERIFOCAL"    
## [31] "ESPECIE...31"        "# EXISTENTES"        "# ENFERMOS"         
## [34] "# MUERTOS"           "# SACRIFICADOS"      "REGISTRO INICIAL"

colnames(vc21)

##  [1] "# ORDEN"             "# ALERTA"            "F. REGISTRO"        
##  [4] "SEMANA"              "F. CIERRE"           "DÍAS EN CERRAR"     
##  [7] "PROVINCIA"           "CANTÓN"              "PARROQUIA"          
## [10] "UTM WGS-84"          "C.C/C.I/RUC"         "PROPIETARIO"        
## [13] "PREDIO"              "T. EXPLOTACIÓN"      "NOTIFICADOR"        
## [16] "F. 1er ENFERMO"      "F. NOTIFICACIÓN"     "F. 1era VISITA"     
## [19] "SÍNDROME PRESUNTIVO" "PATOLOGÍA"           "RESULTADO"          
## [22] "ESPECIE...22"        "EDAD"                "ESTADO"             
## [25] "¿SUPERVISADO?"       "¿VACUNÓ?"            "FOCAL"              
## [28] "DOSIS FOCAL"         "PERIFOCAL"           "DOSIS PERIFOCAL"    
## [31] "ESPECIE...31"        "# EXISTENTES"        "# ENFERMOS"         
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vc <- rbind(vc19,vc20,vc21)

colnames(vc) <-tolower(iconv(colnames(vc), to='ASCII//TRANSLIT'))
colnames(vc) <- gsub(" ","_", colnames(vc))
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colnames(vc)

##  [1] "n_orden"             "n_alerta"            "f._registro"        
##  [4] "semana"              "f._cierre"           "dias_en_cerrar"     
##  [7] "provincia"           "canton"              "parroquia"          
## [10] "utm_wgs-84"          "c.c/c.i/ruc"         "propietario"        
## [13] "predio"              "t._explotacion"      "notificador"        
## [16] "f._1er_enfermo"      "f._notificacion"     "f._1era_visita"     
## [19] "sindrome_presuntivo" "patologia"           "resultado"          
## [22] "especie...22"        "edad"                "estado"             
## [25] "?supervisado?"       "?vacuno?"            "focal"              
## [28] "dosis_focal"         "perifocal"           "dosis_perifocal"    
## [31] "especie...31"        "n_existentes"        "n_enfermos"         
## [34] "n_muertos"           "n_sacrificados"      "registro_inicial"

# Eliminar no necesarios
rm(vr19,vr20,vr21,vge19,vge20,vge21,vc19,vc20,vc21)

Revisión de datos exportados —

Revisando columnas duplicadas resultados

#no son iguales se refiere al registro del lab
table(ifelse(vr$f._registro...3 == vr$f._registro...41, 1,0))

## 
##    0 
## 1410

# 936 iguales, 447 no iguales porque, 
table(ifelse(vr$patologia...18 == vr$patologia...32,1,0))

## 
##   0   1 
## 447 963

# No son iguales, a que se refiere
table(ifelse(vr$registro...27 == vr$registro...40, 1,0))

## 
##    0 
## 1410

#Son iguales podrian eliminarse?
table(ifelse(vr$especie...20 == vr$especie...31, 1,0))

## 
##    1 
## 1410

#Revisando columnas duplicadas cierre

#todos iguales
table(ifelse(vc$especie...22 == vc$especie...22, 1,0))

## 
##   1 
## 706

Juntar archivos vigilancia (join-vig) —-

# -- Vigilancia general ----
v0 <- left_join(vc, vr)

## Joining, by = c("n_orden", "n_alerta", "semana", "provincia", "canton",
## "parroquia", "utm_wgs-84", "c.c/c.i/ruc", "propietario", "predio",
## "t._explotacion", "notificador", "f._1er_enfermo", "f._notificacion",
## "f._1era_visita", "sindrome_presuntivo", "resultado", "edad", "estado",
## "?supervisado?", "especie...31")

v1 <- left_join(v0,vge)

## Joining, by = c("n_orden", "n_alerta", "f._registro", "semana", "provincia",
## "canton", "parroquia", "utm_wgs-84", "c.c/c.i/ruc", "propietario", "predio",
## "t._explotacion", "notificador", "f._1er_enfermo", "f._notificacion",
## "f._1era_visita", "sindrome_presuntivo", "patologia", "resultado", "edad",
## "estado", "?supervisado?", "muestreo_por_eeb", "t._alimentacion",
## "razon_muestreo")

colnames(v1)

##  [1] "n_orden"             "n_alerta"            "f._registro"        
##  [4] "semana"              "f._cierre"           "dias_en_cerrar"     
##  [7] "provincia"           "canton"              "parroquia"          
## [10] "utm_wgs-84"          "c.c/c.i/ruc"         "propietario"        
## [13] "predio"              "t._explotacion"      "notificador"        
## [16] "f._1er_enfermo"      "f._notificacion"     "f._1era_visita"     
## [19] "sindrome_presuntivo" "patologia"           "resultado"          
## [22] "especie...22"        "edad"                "estado"             
## [25] "?supervisado?"       "?vacuno?"            "focal"              
## [28] "dosis_focal"         "perifocal"           "dosis_perifocal"    
## [31] "especie...31"        "n_existentes"        "n_enfermos"         
## [34] "n_muertos"           "n_sacrificados"      "registro_inicial"   
## [37] "f._registro...3"     "patologia...18"      "especie...20"       
## [40] "muestreo_por_eeb"    "t._alimentacion"     "razon_muestreo"     
## [43] "registro...27"       "?colecta?"           "n_visita"           
## [46] "f._informe"          "patologia...32"      "prueba_solicitada"  
## [49] "laboratorio"         "cant._muestras"      "positivos"          
## [52] "negativos"           "indeterminados"      "reactivos"          
## [55] "registro...40"       "f._registro...41"    "?liberado?"         
## [58] "f._liberado"         "dias_en_liberar"     "recomendaciones"    
## [61] "responsable"         "especie"             "registro"

Juntando tres reportes general, resultados, cierre

v2 <- v1 %>%
  # filter(patologia == "Peste porcina clásica")%>%
  # filter(prueba_solicitada == "PESTE PORCINA CLÁSICA (AG.)" |
  #          prueba_solicitada == "PESTE PORCINA CLÁSICA (PCR)")%>%
  group_by(n_orden, provincia, canton, parroquia, f._1er_enfermo, f._notificacion, especie...22, patologia...32,
           prueba_solicitada, resultado, notificador, t._explotacion) %>%
  summarise(poblacion=sum(n_existentes, n_muertos, n_sacrificados), enfermos=sum(n_enfermos), muertos=sum(n_muertos), 
            sacrificados=sum(n_sacrificados), afectados=sum(n_muertos, n_sacrificados), positivos=sum(positivos), 
            total_muestras=sum(cant._muestras), indeterminado=sum(indeterminados), reactivo=sum(reactivos))

## `summarise()` has grouped output by 'n_orden', 'provincia', 'canton',
## 'parroquia', 'f._1er_enfermo', 'f._notificacion', 'especie...22',
## 'patologia...32', 'prueba_solicitada', 'resultado', 'notificador'. You can
## override using the `.groups` argument.

  v2$ano <- year(dmy(v2$f._1er_enfermo))
  v2$mes <- month(dmy(v2$f._1er_enfermo))

Total de eventos

length(unique(v2$n_orden))

## [1] 706

v2$f._notificacion <- dmy(v2$f._1er_enfermo)
# Changing to floor date week
# v2$semana <- floor_date(v2$f._1er_enfermo, "week")
# Best visualizations by month

Total de notificaciones vigilancia general (enfermedades porcinas)

length(unique(v2$n_orden))

## [1] 706

# Numero de ordenes
v2 %>%
  group_by(ano)%>%
  summarise(notifi=length(unique(n_orden)))

## # A tibble: 5 × 2
##     ano notifi
##   <dbl>  <int>
## 1  2017      2
## 2  2018     17
## 3  2019    271
## 4  2020    201
## 5  2021    215

Notificaciones por provincia

length(unique(v2$n_orden))

## [1] 706

# Numero de ordenes
v2 %>%
  group_by(ano)%>%
  summarise(notifi=length(unique(n_orden)))

## # A tibble: 5 × 2
##     ano notifi
##   <dbl>  <int>
## 1  2017      2
## 2  2018     17
## 3  2019    271
## 4  2020    201
## 5  2021    215

Total de notificaciones por provincia

v2 %>%
  group_by(ano, provincia)%>%
  summarise(notificaciones=length(unique(n_orden)))%>%
  arrange(desc(notificaciones))%>%
  spread(key = ano, value = notificaciones)

## `summarise()` has grouped output by 'ano'. You can override using the `.groups`
## argument.

## # A tibble: 23 × 6
##    provincia  `2017` `2018` `2019` `2020` `2021`
##    <chr>       <int>  <int>  <int>  <int>  <int>
##  1 AZUAY          NA     NA     12      6      5
##  2 BOLIVAR        NA      1     29     27     18
##  3 CAÑAR          NA     NA      8      3      8
##  4 CARCHI         NA     NA      1     NA      4
##  5 CHIMBORAZO     NA     NA      2      4      2
##  6 COTOPAXI       NA     NA     11      4      9
##  7 EL ORO          2      1      3     NA      7
##  8 ESMERALDAS     NA     NA      9     14      7
##  9 GUAYAS         NA      2     10     13     12
## 10 IMBABURA       NA     NA     10      3      5
## # … with 13 more rows

Total de notificaciones por provincia organizadas por número

v2 %>%
  group_by(ano, provincia)%>%
  filter(ano == 2019)%>%
  summarise(notificaciones=length(unique(n_orden)))%>%
  arrange(desc(notificaciones))

## `summarise()` has grouped output by 'ano'. You can override using the `.groups`
## argument.

## # A tibble: 23 × 3
## # Groups:   ano [1]
##      ano provincia        notificaciones
##    <dbl> <chr>                     <int>
##  1  2019 NAPO                         34
##  2  2019 BOLIVAR                      29
##  3  2019 PICHINCHA                    26
##  4  2019 LOS RIOS                     18
##  5  2019 PASTAZA                      18
##  6  2019 LOJA                         14
##  7  2019 ZAMORA CHINCHIPE             14
##  8  2019 AZUAY                        12
##  9  2019 COTOPAXI                     11
## 10  2019 MORONA SANTIAGO              11
## # … with 13 more rows

Total de notificaciones por provincia organizadas por número

v2 %>%
  group_by(ano, provincia)%>%
  filter(ano == 2020)%>%
  summarise(notificaciones=length(unique(n_orden)))%>%
  arrange(desc(notificaciones))

## `summarise()` has grouped output by 'ano'. You can override using the `.groups`
## argument.

## # A tibble: 21 × 3
## # Groups:   ano [1]
##      ano provincia       notificaciones
##    <dbl> <chr>                    <int>
##  1  2020 BOLIVAR                     27
##  2  2020 PICHINCHA                   24
##  3  2020 LOJA                        22
##  4  2020 NAPO                        18
##  5  2020 ESMERALDAS                  14
##  6  2020 GUAYAS                      13
##  7  2020 MANABI                      10
##  8  2020 ORELLANA                    10
##  9  2020 MORONA SANTIAGO              7
## 10  2020 PASTAZA                      7
## # … with 11 more rows

v2 %>%
  group_by(ano, provincia)%>%
  summarise(Notificaciones=length(unique(n_orden)))%>%
  ggplot(aes(x=provincia,y=Notificaciones))+
  geom_col()+
  facet_grid(vars(ano))+
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, size=6))

## `summarise()` has grouped output by 'ano'. You can override using the `.groups`
## argument.

v2 %>%
  group_by(ano, provincia)%>%
  summarise(Notificaciones=length(unique(n_orden)))%>%
  arrange(desc(Notificaciones))%>%
  ggplot(aes(x=provincia,y=Notificaciones))+
  geom_col()+
  facet_grid(vars(ano))+
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, size=6))

## `summarise()` has grouped output by 'ano'. You can override using the `.groups`
## argument.

Notificações por tipo de notificador

v2 %>%
  group_by(ano, notificador)%>%
  summarise(notificaciones=length(unique(n_orden)))%>%
  arrange(desc(notificaciones))%>%
  spread(key = ano, value = notificaciones)

## `summarise()` has grouped output by 'ano'. You can override using the `.groups`
## argument.

## # A tibble: 5 × 6
##   notificador                `2017` `2018` `2019` `2020` `2021`
##   <chr>                       <int>  <int>  <int>  <int>  <int>
## 1 ADMINISTRADOR DEL PREDIO       NA     NA     NA     NA     15
## 2 FUNCIONARIO DE AGROCALIDAD      1     NA      8      5     12
## 3 INFORMANTE ZOOSANITARIO        NA      5     91     46     63
## 4 OTROS                           1      2      9     10      3
## 5 PROPIETARIO DEL PREDIO         NA     10    163    140    122

v2 %>%
  group_by(ano, notificador)%>%
  summarise(Notificaciones=length(unique(n_orden)))%>%
  arrange(desc(Notificaciones))%>%
  ggplot(aes(x=notificador,y=Notificaciones))+
  geom_col()+
  facet_grid(vars(ano))+
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, size=6))

## `summarise()` has grouped output by 'ano'. You can override using the `.groups`
## argument.

Notificações por tipo de explotación

v2 %>%
  group_by(ano, t._explotacion)%>%
  summarise(notificaciones=length(unique(n_orden)))%>%
  arrange(desc(notificaciones))%>%
  spread(key = ano, value = notificaciones)

## `summarise()` has grouped output by 'ano'. You can override using the `.groups`
## argument.

## # A tibble: 7 × 6
##   t._explotacion `2017` `2018` `2019` `2020` `2021`
##   <chr>           <int>  <int>  <int>  <int>  <int>
## 1 CARNE              NA     NA      2     NA      2
## 2 COMERCIAL           1      2     33     15     22
## 3 FAMILIAR           NA      6     49     29      4
## 4 INDUSTRIAL          1      1      4      1      6
## 5 MIXTA              NA     NA      4      2      1
## 6 PORCINOS           NA     NA      1      1     NA
## 7 TRASPATIO          NA      8    178    153    180

v2 %>%
  group_by(ano, t._explotacion)%>%
  summarise(Notificaciones=length(unique(n_orden)))%>%
  arrange(desc(Notificaciones))%>%
  ggplot(aes(x=t._explotacion,y=Notificaciones))+
  geom_col()+
  facet_grid(vars(ano))+
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 90, size=6))

## `summarise()` has grouped output by 'ano'. You can override using the `.groups`
## argument.

Total de notificaciones por ano vigilancia dirigida PPC

# Numero de ordenes vigilancia PPC
v2 %>%
  group_by(ano)%>%
    filter(prueba_solicitada == "PESTE PORCINA CLÁSICA (AG.)" |
    prueba_solicitada == "PESTE PORCINA CLÁSICA (PCR)") %>%
  summarise(notifi=length(unique(n_orden)))

## # A tibble: 4 × 2
##     ano notifi
##   <dbl>  <int>
## 1  2018      1
## 2  2019    159
## 3  2020    101
## 4  2021    125

Total de brotes por ano

v2 <- v1 %>%
  filter(prueba_solicitada == "PESTE PORCINA CLÁSICA (AG.)" |
          prueba_solicitada == "PESTE PORCINA CLÁSICA (PCR)")%>%
  group_by(n_orden, provincia, canton, parroquia, f._1er_enfermo, f._notificacion, especie...22, patologia...32,
           prueba_solicitada, resultado) %>%
  summarise(poblacion=sum(n_existentes, n_muertos, n_sacrificados), enfermos=sum(n_enfermos), muertos=sum(n_muertos), 
            sacrificados=sum(n_sacrificados), afectados=sum(n_muertos, n_sacrificados), positivos=sum(positivos), 
            total_muestras=sum(cant._muestras), indeterminado=sum(indeterminados), reactivo=sum(reactivos))%>%
  mutate(ano=year(dmy(f._1er_enfermo)))

## `summarise()` has grouped output by 'n_orden', 'provincia', 'canton',
## 'parroquia', 'f._1er_enfermo', 'f._notificacion', 'especie...22',
## 'patologia...32', 'prueba_solicitada'. You can override using the `.groups`
## argument.

  v2 %>%
    group_by(ano)%>%
    summarise(eventos=length(unique(n_orden)))

## # A tibble: 4 × 2
##     ano eventos
##   <dbl>   <int>
## 1  2018       1
## 2  2019     159
## 3  2020     101
## 4  2021     125

  v2 %>%
    group_by(ano)%>%
    filter(positivos >=1)%>%
    summarise(brotes=length(unique(n_orden)))

## # A tibble: 3 × 2
##     ano brotes
##   <dbl>  <int>
## 1  2019     34
## 2  2020     21
## 3  2021     15

Total de brotes por ano

  v2 %>%
    group_by(ano)%>%
    filter(prueba_solicitada == "PESTE PORCINA CLÁSICA (AG.)" |
             prueba_solicitada == "PESTE PORCINA CLÁSICA (PCR)") %>%
    filter(positivos >=1)%>%
    summarise(brotes=length(unique(n_orden)))

## # A tibble: 3 × 2
##     ano brotes
##   <dbl>  <int>
## 1  2019     34
## 2  2020     21
## 3  2021     15

Reportes de Vigilancia epidemiológica Agrocalidad (RVEA)

Alfredo Acosta

28/07/2022

Codigo para análisis de reportes SIZSE

V 1.0

Autor Alfredo Acosta PhD

alfredojavier55@gmail.com

Consultor epidemiología

Departamento de medicina veterinaria preventiva Universidad São Paulo

https://github.com/alfredojavier55/Reportes_Agrocalidad_VigEpi

Juntar archivos vigilancia (join-vig) —-

Reorganizar vge para enlazar 2019-2021 —-

Reorganizar vr para enlazar 2019-2021 —-

Reorganizar vr para enlazar 2019-2021 —-

Revisión de datos exportados —

Revisando columnas duplicadas resultados

Juntar archivos vigilancia (join-vig) —-

Juntando tres reportes general, resultados, cierre

Total de eventos

Total de notificaciones vigilancia general (enfermedades porcinas)

Notificaciones por provincia

Total de notificaciones por provincia

Total de notificaciones por provincia organizadas por número

Total de notificaciones por provincia organizadas por número

Notificações por tipo de notificador

Notificações por tipo de explotación

Total de notificaciones por ano vigilancia dirigida PPC

Total de brotes por ano

Total de brotes por ano