knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
library(readxl)
library(UsingR)

## Loading required package: MASS

## Loading required package: HistData

## Loading required package: Hmisc

## Loading required package: lattice

## Loading required package: survival

## Loading required package: Formula

## Loading required package: ggplot2

## 
## Attaching package: 'Hmisc'

## The following objects are masked from 'package:base':
## 
##     format.pval, units

## 
## Attaching package: 'UsingR'

## The following object is masked from 'package:survival':
## 
##     cancer

library(knitr)

Introducción

¿Qué es la heredabilidad?

Es un cálculo estadistico que cuantifica la variación fenotipica de un rasgo o característica determinado por el genoma al ser heredado.

Características

Este cálculo se basa en las características observables de un individuo. Esta característica que se comparte entre progenitor e hijos, se forman por uno o más genes (rasgos poligénicos).

.

knitr::include_graphics("marisopa.png")

Cómo se calcula?

Se analiza la expresión de las características presentes en progenitores que se desea observar en los hijos.

Después se grafican los datos obteniendo 2 posibilidades distintas, efecto aditivo (se observa un grafico con crecimiento exponencial) y sin efecto (se observa un grafico con pendiente 0).

Gráficos

knitr::include_graphics("grafi.png")

Ejemplos

Tonos de piel

knitr::include_graphics("piel.png")

Ejemplos 2

##Estatura

knitr::include_graphics("estatura.jpeg")

En esta presentación se utilizará como ejemplo la comparación de la estatura de padres con la de hijos. # Heredabilidad en R studio R studio como herramienta bioinformatica también sirve para realizar analisis estadísticos, tales como, calcular la heredablididad.

Para lo cual se deben realizar los siguientes pasos: Primero, se realiza una recolección de datos, los cuales posterior mente se cargan en R Studio.

Instalar librerías y crear objetos

Lo principal para trabajar es instalar librerías que nos permitan crear los objetos necesarios para realizar nuestro analisis.

Para esto se usan los comandos: * directorio “getwd()” . * Listar los archivos del directorio actual “list.files()”. * Crear una lista del archivo, en este ejemplo, la estatura “ls(Estatura)”. * Para instalar la libreria “readxl” se utiliza “library(readxl)”. *Para instalar la libreria “UsingR” se utiliza library(UsingR).

Cargar datos estadísticos

Después de subir el archivo en excel con los datos que se desean evaluar, se utiliza el comando “search()”; en el caso de nuestro ejemplo se utiliza search(“Estatura”). Esto para cargar los datos que se encuentran en la librería.

Para leer la hoja 1, 2 o X del archivo excel. Se utiliza el siguiente comando: *Estatura <- read_xlsx(“Estatura.xlsx”, sheet = 1) El valor de sheet se puede cambiar según el número de Hoja que se desee analizar. El formato del archivo en excel es “.xlsx”

Graficar

Para graficar se crea una tabla utilizando los datos del excel con el comando “head(Estatura)” y luego obtenemos el promedio utilizando el comando “tail(Estatura)”

Para determinar caracteristicas como la clase de la muestra se utiliza el comando “class()”, en este caso “class(estaruta)”

Finalmente, para crear un histograma se utiliza el comando “hist()” En el caso de este ejemplo se utiliza hist(Estatura$ID_height_cm, col=blues9,ylab = “Parent_height_cm”, xlab=“ID_height_cm”, main=“histograma la estatura”) primero se coloca el título del gráfico, luego el color en col y “labx y LabY definen los valores de X e Y”

Analisis final

Para calcular promedio de estatura de padres o hijos se utiliza el comando “mean(Estatura$ID_height_cm) poniendo entre parentecis el nombre de la columna que contiene los valores que correspondan.

Gráfico final

Para analizar la heredabilidad se utiliza el comando “plot()” En el ejemplo: plot(Estatura\(ID_height_cm, Estatura\)Parent_height_cm, col=“red”, cex=0.5, main = “hijos vs padres”) Donde se analiza el cambio de estatura entre hijos y padres.

Luego, de este gráfico, se calcula una ecuación de la recta con el comando “lm()”, en el caso del ejemplo sería: lm(Estatura\(Parent_height_cm ~ Estatura\)ID_height_cm) EL valor de la pendiente, será el valor de heredabilidad de la característica estudiada.

Finalmente con la misma ecuacipon, se calcula la pendiente del gráfico, el cual nos dirá si hay o no heredabilidad en la característica que estamos analizando, con el comando abline( X,Y, col=), donde col, es el color de la línea que marca nuestra pendiente.

Se puede agregar texto al gráfico para especificar los parámetros que se observan con el comando “text(X=,Y= #coordenadas Label=”heredabilidad=X”)”

Conclusión

El uso de Rstudio cloud como herramienta bioinformatica, es efectivo al momento de comparar datos de manera cualitativa, como cuantitativa, ya que al ser una herramienta multifacética, permite abordar nuestras investigaciones de muchos ángulos a la vez.

Referencias

https://medlineplus.gov/spanish/genetica/entender/herencia/heredabilidad/#:~:text=En%20t%C3%A9rminos%20cient%C3%ADficos%2C%20la%20heredabilidad,atribuirse%20a%20la%20variaci%C3%B3n%20gen%C3%A9tica.