Introducción

A partir de esta presentación, se elaborará una genealogía utilizando librería de análisis avanzados de genética:Kinship2 open source que permite crear y manipular datos de genealogía. Es importante conocer los términos: matrices, data.frame y pedigree.

Una matriz es un vector que tiene asociado dos dimensiones. Todos los elementos de una matriz deben ser del mismo tipo.

Un data frame es parecido a una matriz, ya que es una estructura bidimensional con sus filas y columnas, pero con la diferencia de que las distintas columnas de un data frame pueden ser de distintos tipos. Esto lo hace muy versátil.

Y graficar un objeto pedigree se trata de la función plot que representa distintos tipos de datos.

Parentesco

El parentesco es la relación o conexión que existe entre familiares o parientes. Tenemos familiares cercanos y otros no tantos, y ese parentesco o relación debe ser medida en grados, donde la relación más cercana corresponde al primer grado, la que está un poco más lejana segundo grado, y así sucesivamente.

El parentesco surge de un vínculo familiar

Genealogía

Es una ciencia dedicada al estudio de los antepasados y la descendencia de una familia. Genealogía proviene del griego «genos» que significa descendencia o nacimiento y «logos» que significa ciencia. Tal estudio concede el conocimiento de la participación de un individuo en un grupo amplio familiar, relacionados con la sangre. Esta ciencia demuestra por medio de estudios la esencia o identidad de una persona, el raíz de la misma y sus orígenes.

SCRIPT PARA CALCULAR PARENTESCO

1.- Crear script R y metadata.

2.- Habilitar librería kinship2.

3.- Crear vectores con información de genealogía (ID, padres, madres) y fenotipos (sexo, afectado, estado).

4.- Crear tabla de genealogía con uniendo los vectores con data.frame().

5.- Crear objeto tipo pedigree con nueva función pedigree().

6.- Graficar objeto pedigree con plot().

7.- Crear matriz de parentescos con nueva función kinship()*2.

Ejemplo: Creando tabla genealógica

Coeficientes de parentesco

Graficar Genealogía

Conclusión

Es importante tener conociemiento acerca de las genealogías, porque son útiles para mostrar características físicas que se transmiten de generación en generación. Informan acerca de la herencia y permiten el análisis de la transmisión de diferentes características.

Referencias

#1 - Definición de genealogía #link

#2 - Definición de parentesco #link

#3 - Términos #link