Introducción

La endogamia es la práctica de contraer matrimonio entre personas de ascendencia común, de una misma localidad o comarca, o de un mismo grupo social.

El principal efecto derivado de la endogamia es conocido como depresión consanguínea, que consiste en la disminución de la eficacia biológica debido a la pérdida de variabilidad genética. Este fenómeno provoca que se produzca una acumulación de mutaciones y que estas mutaciones que, en condiciones normales quedarían enmascaradas por la presencia de la copia correcta del alelo, sean expresadas, causando la disminución en la eficacia del organismo y en algunos casos, determinando su inviabilidad o su muerte prematura.

A continuación, aprenderemos a crear una genealogía endogámica paso a paso en R studio.

knitr::include_graphics(“imagen1.jpg”)

Cómo crear una genealogía endogámica en R studio

Lo primero que hay que hacer es ingresar los datos de la familia que queremos estudiar. Ejemplo:

id= c("padre","madre","hija","cria_1","cria_2","cria_3")

padres= c(NA,NA,"padre","padre","padre","padre")

madres= c(NA,NA,"madre","hija","hija","hija")

sexo= c(1,2,2,1,1,1)

afectado= c(0,0,0,1,1,1)

estado= c(0,0,0,0,0,1)

Sexo= 1 (Hombre) y 2 (Mujer)

Afectado= 0 (No afectado por la endogamia) y 1 (Afectado por la endogamia)

Estado= 0 (Vivo) y 1 (Muerto)

Cómo crear una genealogía endogámica en R studio

Lo segundo que hay que hacer es transformar esos datos en un data frame y luego a pedigree. Ejemplo:

familia= data.frame(id,padres,madres,sexo,afectado,estado)

Ped <- with(familia, pedigree(id=id, dadid=padres, momid=madres, sex=sexo, affected=afectado, status=estado))

Cómo crear una genealogía endogámica en R studio

Por último, realizar la gráfica y si se desea sacar el porcentaje de parentesco. Ejemplo:

plot(Ped, col = "blue")

knitr::include_graphics(“imagen2.jpeg”)

kinship(Ped)*2 

knitr::include_graphics(“imagen3.jpg”)

Conclusión

Se pudo observar que la endogamia es un grave problema, que incluso puede causar la muerte de ciertos individuos en una camada de cachorros.

Además que R studio es una gran herramienta que puede crear de forma fácil genealogías que sean sencillas de visualizar.

Referencias

1° Definición de endogamia (https://dle.rae.es/endogamia)

2° Definición de endogamia (https://genotipia.com/efectos-consanguinidad-poblaciones-humanas/)