knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
library(knitr)
library(kinship2)

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Parentesco

El parentesco es la relación que existe entre personas unidas por un ancestro en común, este se determina por el número de generaciones entre los individuos y se pide entre 0-1.

knitr::include_graphics ("a.jpeg")

Genealogías

La genealogía es el estudio y seguimiento de la ascendencia y descendencia de una persona o familia y puede expresarse con un árbol genealógico.

El árbol genealógico es una presentación gráfica que expone los datos genealógico de manera simple, mediante una relación visual de formas.

knitr::include_graphics ("b.jpeg")

Tabla de Genealogía

Una tabla de genealogía nos permite asignar un id a una persona en específico, clarificar su ascendencia, sexo, estado (vivo o muerto) y si está sano o enfermo.

knitr::include_graphics ("Familia.png")

Paso a paso

Para llevar a cabo la tabla de genealogía debemos partir creando un script con nuestros datos, seguido de un library kinship2 con los comandos:

# ----------------------------------------------------------
# Cálculo de parentesco y elaboración de genealogía
# Ariadna Campos
# 5 abril 2022
# OCE 070 - GENES Y GENOMAS
# ----------------------------------------------------------
# Habilita paquete kinship2 
library(kinship2)

Luego creamos vectores de genealogía (ID, padres, madres) y fenotipos (sexo, afectado, estado) teniendo las siguientes consideraciones: 1) Estado: 0 vivo y 1 muerto. 2) Sexo: 1 varón y 2 mujer. 3) Afectado: 0 sano y 1 enfermo.

# CREA VECTORES 
id <-c ("Adriana","Pedro","Gladys","Arturo","José","Beatriz","Josefa","Isidora","Belén","Patricia","Ariadna")
padres <-c (NA,NA,NA,NA,"Arturo","Pedro","José","José","José","José","José")
madres <-c (NA,NA,NA,NA,"Gladys","Adriana","Beatriz","Beatriz","Beatriz","Beatriz","Beatriz")
sexo <-c (2,1,2,1,1,2,2,2,2,2,2)
afectado <-c (1,0,1,0,0,1,0,0,0,0,0)
estado <-c (0,0,0,1,0,0,0,0,0,0,0)

Debiese verse como en las siguientes imágenes:

knitr::include_graphics("1.png")

knitr::include_graphics("2.png")

Paso a paso

Se elabora un dataframe y luego se crea un objeto pedigree con los siguientes comandos:

familia <- data.frame(id,padres,madres,sexo,afectado,estado)
class(familia)
familia

Ped <- with(familia, pedigree(id=id, dadid=padres, momid=madres, sex=sexo, affected=afectado, status=estado))
class(Ped)
Ped

En base al pedigree elaboramos la genealogía y luego el parentesco con los siguientes comandos:

plot(Ped, cex = 1)

parentesco <- kinship(Ped)*2
class(parentesco)
parentesco

Debiese verse de la siguiente manera:

knitr::include_graphics ("3.png")

knitr::include_graphics ("4.png")

Tabla de Parentesco

Con los pasos anteriores obtendremos una tabla de parentesco como la de la imagen.

knitr::include_graphics ("Parentesco.png")

Genealogía

Con los pasos anteriores obtendremos una genealogía como la de la imagen y cambiar el color con los siguientes comandos:

plot(Ped, cex = 1, col = "blue")

knitr::include_graphics ("Genealogía.png")

Conclusión

El estudio del parentesco y la genealogía es de vital importancia para los estudios genéticos familiares, puesto que nos permite advertir a los familiares sobre las probabilidades de contraer enfermedades de origen genético, las cuales son heredadas a la descendencia.

Referencias

1 - Importancia de la genealogía y parentesco link

2 - Genealogía link