Guía de trabajo fin de curso

Introducción

En esta guía prepararemos una presentación de uno de los trabajos realizados durante el curso. Lo haremos utilizando Rmarkdown en formato Slidy. Slidy permite genera presentaciones dinámicas similares a PowerPoint de Microsoft con la particularidad que se pueden compartir en internet en el sitio RPubs de Rstudio.

Aquí algunos ejemplos de presentaciones de alumnos del curso Genes y Genomas del semestre anterior.

Objetivos de aprendizaje

Los objetivos de aprendizaje de esta guía son:

1.- Elaborar una presentación (Slidy) con la resolución de un problema de genética usando Rmarkdown.

2.- Publicar una presentación Slidy en Rpubs del Laboratorio de genética y genómica aplicada.

Ejercicios

Ejercicio 1. Seleccionar un trabajo de genética para realizar la presentación Slody.

Elegir uno de los trabajos realizados durante el curso para realizar una presentación Slidy y ser publicada en RPubs. Los trabajos realizados durante el curso fueron:

Clase 01: Rasgos con herencia mendeliana: gen SRY, gen TYR y gen ABO (Rstudio.cloud = no)

Clase 02: Heredabilidad (Rstudio.cloud = si)

Clase 03: Parentesco y genealogías (Rstudio.cloud = si)

Clase 04: Endogamia (Rstudio.cloud = si)

Clase 05: Código genético y mutaciones (Rstudio.cloud = no)

Clase 07: Base de datos NCBI: genes y genomas (Rstudio.cloud = no)

Clase 08: Bioinformática (Rstudio.cloud = si)

Clase 09: Evolución (Rstudio.cloud = si)

Clase 10: Genética forense: Muerte misteriosa en el campus (Rstudio.cloud = no)

Clase 11: Genética forense: Huella genética y pruebas de paternidad (Rstudio.cloud = no)

Si escoges un trabajo con Rstudio.cloud = si, debes ingresar al repositorio de tu trabajo y ahí elaborar tu presentación Slidy usando las librerias, datos y códigos disponibles.

Si escoges un trabajo con Rstudio.cloud = no, ingresa a este nuevo repositorio para realizar tu trabajo y crear tu presentación.

Trabajo de fin de curso

Ejercicio 2. Elaborar archivo Rmarkdown

Elabora un archivo o file con extensión .Rmd y configúralo para exportar el resultado como una presentación dinámica html (Slidy). Seleccione File > New file > R Markdwon.

En el título colocar el nombre del trabajo seleccionado.

Figura 1. Ejemplo de como incorporar imagenes.

Luego guarde inmediatamente su script como Trabajo_fin_de_curso_nombre.Rmd. Al finalizar la actividad deberá publicar su presentación Slidy en RPubs.

Ejercicio 3. Configuración del reporte.

En el primer bloque de códigos o chunk configure los comandos de la siguiente manera knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE) y cargue las mismas librerías utilizados en el trabajo elegido junto con la librería knitr.

# Puedes instalar librerias con el comando library().
library(knitr)

Ejercicio 4. Preparar una presentación Slidy

Preparar una presentación Slidy con 8 o 10 diapositivas presentando el trabajo elegido.

a. ¿Cómo crear diapositivas?

Para crear diferentes diapositivas puede usar ## al comenzar una frase.

b. ¿Cómo agregar una imagen a la diapositiva?

Para incorporar una imagen que ayude a entender y hacer más entretenida su presentación busca magenes en google, descargalas a tu computadora y luego súbelas con el boton Upload

Usa el comando knitr::include_graphics como se muestra en el siguiente ejemplo.

knitr::include_graphics("Fig_camaleon.jpg")

Figura 1. Ejemplo de como incorporar imagenes.

c. Introducción

Incluye dos o tres diapositivas de introducción de tu trabajo. Define conceptos, explica el propósito del trabajo, agrega figuras o esquemas.

d. Desarrollo

Incluye 4 o 5 dispositivas con tablas, figuras o análisis de genes según sea el trabajo realizado.

e. Finaliza con una conslución del trabajo y agrega referencias

Incluye una diapositiva para la conclusión del trabajo y otra con las referencias científicas de utilizadas en el desarrollo de la presentación. Por ejemplo:

1 - Definición de mutación link

2.- Secuencia de proteína Spidroin-1 de la araña Trichonephila clavipes link

#1 - Definición de mutación.
#[link](https://www.genome.gov/es/genetics-glossary/Mutacion)

#2.- Secuencia de proteína Spidroin-1 de la araña *Trichonephila clavipes* 
#[link](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/P19837.3?report=fasta)

Ejercicio 5. Imprimir presentación

Para imprimir la presentación se debe realizar con el botón Knit como se indica a continuación.

Figura 2. Imprimir la presentación en formato Slidy.

Ejercicio 6. Publicar en RPubs

Una vez compilada su presentación Slidy seleccionar Publish en la sección derecha superior de su archivo html, como se indica en la imagen.

Figura 2. Imprimir la presentación en formato Slidy.

Posteriormente elegir publicar en RPubs. Entrarán a la página del Laboratorio de Genética Y Genómica Aplicada donde sus trabajos serán publicados y de acceso libre en internet. Utilizar Username: LG2A y Password: Beta2021

Completar la información solicitada, en descripción del trabajo deben colocar Trabajo de fin de curso

Referencia de como hacer presentaciones Slidy

1.- Presentaciones Slidy link