# 02 de Octubre de 2013
library(survey)
## Attaching package: 'survey'
##
## The following object(s) are masked from 'package:graphics':
##
## dotchart
options(OutDec = ",")
# load('~/Dropbox/odontologia/maestria
# licet/julio_2013/datos_licet_25072013.RData')
# load('C:/Users/usuario/Dropbox/odontologia/maestria
# licet/julio_2013/datos_licet_25072013.RData')
# load('~/Dropbox/odontologia/maestria
# licet/julio_2013/datos_licet_25072013.RData')
load("~/Dropbox/odontologia/maestria licet/setiembre2013/datos_licet_12092013.RData")
library(car)
## Loading required package: MASS Loading required package: nnet
names(diseniopost1$variables)[425:452]
## [1] "prebewe.rec" "GolosinasB"
## [3] "erodentina.rec" "riesgoerosion.rec"
## [5] "Frecuencia.cepillado.rec2" "Frecuencia.cepillado.rec1"
## [7] "bewes" "Sexo.rec"
## [9] "Nivel.Socieconomico.rec" "Nivel.Educativo.de.la.Madre1.rec"
## [11] "Tipo.de.Escuela.rec" "FrCepDenti.rec"
## [13] "UsoDentifrico3.rec" "Consitencia_Cepillo.rec"
## [15] "IGS.rec" "RefrColalight.rec"
## [17] "JugFrutas.rec" "Bebidas_energizantes.rec"
## [19] "Yogurt.rec" "Bruxismo.rec"
## [21] "BuchTragar.rec" "FormBeber.rec"
## [23] "AlterGastrica.rec" "MedResp.rec"
## [25] "Natac2vec.rec" "bedeportediario.rec"
## [27] "RefrCola.rec" "Nive.Educativo.de.la.Madre2.rec"
summary(diseniopost1$variables[, 425:452])
## prebewe.rec GolosinasB erodentina.rec riesgoerosion.rec
## Min. :0,000 1 :849 ausente :1086 Length:1154
## 1st Qu.:0,000 2 :270 presente: 50 Class :character
## Median :1,000 NA's: 35 NA's : 18 Mode :character
## Mean :0,531
## 3rd Qu.:1,000
## Max. :1,000
## NA's :18
## Frecuencia.cepillado.rec2 Frecuencia.cepillado.rec1 bewes
## 2 :873 1 :238 Min. : 0,00
## 3 :238 2 :377 1st Qu.: 0,00
## NA's: 43 3 :496 Median : 5,00
## NA's: 43 Mean : 8,61
## 3rd Qu.:16,00
## Max. :47,00
##
## Sexo.rec Nivel.Socieconomico.rec Nivel.Educativo.de.la.Madre1.rec
## 1-F:603 1-BAJO :572 1-Incomplete Education: 91
## 2-M:551 2-MEDIO:285 2-Basic :683
## 3-ALTO :281 3-Medium :201
## NA's : 16 4-High :137
## NA's : 42
##
##
## Tipo.de.Escuela.rec FrCepDenti.rec UsoDentifrico3.rec
## 1-Public :220 1-1 vez al dia o menos:238 1-Yes:1119
## 2-Private:934 2- 2 veces al dia :377 2-No : 25
## 3-3 o mas veces al dia:496 NA's : 10
## NA's : 43
##
##
##
## Consitencia_Cepillo.rec IGS.rec
## 1 :183 1-Mas de 60 : 92
## 2 :227 2-De 45 a 60 :134
## 3 :552 3 -Menos o igual a 45:928
## NA's:192
##
##
##
## RefrColalight.rec JugFrutas.rec
## 2-Todos los dias :555 1-Nunca o raramente : 48
## 3-Nunca o raramente:544 2-Todos los dias :889
## Mas de 3 veces : 38 3-Mas de 3 veces al dia:204
## NA's : 17 NA's : 13
##
##
##
## Bebidas_energizantes.rec Yogurt.rec
## 1-Nunca o raramente :665 1-Mas de 3 veces al dia: 44
## 2-Todos los dias :434 2-Todos los dias :784
## Mas de 3 veces al dia: 13 3-Nunca o raramente :299
## NA's : 42 NA's : 27
##
##
##
## Bruxismo.rec BuchTragar.rec FormBeber.rec AlterGastrica.rec
## 1-No :954 1-No :839 1-Con sorbete: 80 1-No :1062
## 2-Yes:164 2-Yes:129 2-Por el pico:164 2-Yes: 63
## NA's : 36 NA's :186 3-Con vaso :902 NA's : 29
## NA's : 8
##
##
##
## MedResp.rec Natac2vec.rec bedeportediario.rec
## 1-No :959 1-No :808 1-Water :806
## 2-Yes:170 2-Yes:182 2-Gatorade:126
## NA's : 25 NA's :164 3-other : 42
## NA's :180
##
##
##
## RefrCola.rec Nive.Educativo.de.la.Madre2.rec
## 1-Nunca o raramente :141 1-ELEMENTARY SCHOOL :326
## 2-Todos los dias :720 2-HIGH SCHOOL :577
## 3-Mas de 3 veces al dia:280 3-COLLEGE-UNIVERSITY:209
## NA's : 13 NA's : 42
##
##
##
modelomulti_ero.logit3 <- svyglm(erodentina.rec ~ Sexo + Nive.Educativo.de.la.Madre2.rec +
Tipo.de.Escuela + IGS.rec + RefrCola.rec + Bebidas_energizantes.rec + Yogurt.rec +
AlterGastrica.rec, design = diseniopost1, family = quasibinomial())
names(modelomulti_ero.logit3)
## [1] "coefficients" "residuals" "fitted.values"
## [4] "effects" "R" "rank"
## [7] "qr" "family" "linear.predictors"
## [10] "deviance" "aic" "null.deviance"
## [13] "iter" "weights" "prior.weights"
## [16] "df.residual" "df.null" "y"
## [19] "converged" "boundary" "model"
## [22] "na.action" "call" "formula"
## [25] "terms" "data" "offset"
## [28] "control" "method" "contrasts"
## [31] "xlevels" "naive.cov" "cov.unscaled"
## [34] "survey.design"
modelomulti_ero.logit3
## Stratified 1 - level Cluster Sampling design (with replacement)
## With (44) clusters.
## postStratify(disenio1, ~categor.rec + Sexo, tabla.pob)
##
## Call: svyglm(formula = erodentina.rec ~ Sexo + Nive.Educativo.de.la.Madre2.rec +
## Tipo.de.Escuela + IGS.rec + RefrCola.rec + Bebidas_energizantes.rec +
## Yogurt.rec + AlterGastrica.rec, design = diseniopost1, family = quasibinomial())
##
## Coefficients:
## (Intercept)
## -5,214
## SexoM
## 1,327
## Nive.Educativo.de.la.Madre2.rec2-HIGH SCHOOL
## -0,554
## Nive.Educativo.de.la.Madre2.rec3-COLLEGE-UNIVERSITY
## -0,144
## Tipo.de.Escuela2-Privada
## 0,969
## IGS.rec2-De 45 a 60
## 1,202
## IGS.rec3 -Menos o igual a 45
## 1,817
## RefrCola.rec2-Todos los dias
## 0,334
## RefrCola.rec3-Mas de 3 veces al dia
## 0,909
## Bebidas_energizantes.rec2-Todos los dias
## 0,325
## Bebidas_energizantes.recMas de 3 veces al dia
## 1,837
## Yogurt.rec2-Todos los dias
## -1,719
## Yogurt.rec3-Nunca o raramente
## -1,468
## AlterGastrica.rec2-Yes
## -15,644
##
## Degrees of Freedom: 1013 Total (i.e. Null); 26 Residual
## (140 observations deleted due to missingness)
## Null Deviance: 370
## Residual Deviance: 322 AIC: NA
# aca esta la cantidad de observaciones que se consideraron para el modelo
# Eso tambien puede verse en donde dice Degrees of Freedom: 1013 Total
# (i.e. Null); 26 Residual (140 observations deleted due to missingness)
# Null Deviance: 369,8 Residual Deviance: 322,5 AIC: NA 1154-140=1014
length(modelomulti_ero.logit3$fitted.values)
## [1] 1014
summary(modelomulti_ero.logit3)
##
## Call:
## svyglm(formula = erodentina.rec ~ Sexo + Nive.Educativo.de.la.Madre2.rec +
## Tipo.de.Escuela + IGS.rec + RefrCola.rec + Bebidas_energizantes.rec +
## Yogurt.rec + AlterGastrica.rec, design = diseniopost1, family = quasibinomial())
##
## Survey design:
## postStratify(disenio1, ~categor.rec + Sexo, tabla.pob)
##
## Coefficients:
## Estimate Std. Error
## (Intercept) -5,214 1,411
## SexoM 1,327 0,476
## Nive.Educativo.de.la.Madre2.rec2-HIGH SCHOOL -0,554 0,373
## Nive.Educativo.de.la.Madre2.rec3-COLLEGE-UNIVERSITY -0,144 0,583
## Tipo.de.Escuela2-Privada 0,969 0,696
## IGS.rec2-De 45 a 60 1,202 1,276
## IGS.rec3 -Menos o igual a 45 1,817 1,125
## RefrCola.rec2-Todos los dias 0,334 0,504
## RefrCola.rec3-Mas de 3 veces al dia 0,909 0,740
## Bebidas_energizantes.rec2-Todos los dias 0,325 0,317
## Bebidas_energizantes.recMas de 3 veces al dia 1,837 0,759
## Yogurt.rec2-Todos los dias -1,719 0,708
## Yogurt.rec3-Nunca o raramente -1,468 0,770
## AlterGastrica.rec2-Yes -15,644 0,444
## t value Pr(>|t|)
## (Intercept) -3,70 0,0010 **
## SexoM 2,79 0,0098 **
## Nive.Educativo.de.la.Madre2.rec2-HIGH SCHOOL -1,48 0,1498
## Nive.Educativo.de.la.Madre2.rec3-COLLEGE-UNIVERSITY -0,25 0,8075
## Tipo.de.Escuela2-Privada 1,39 0,1754
## IGS.rec2-De 45 a 60 0,94 0,3551
## IGS.rec3 -Menos o igual a 45 1,62 0,1182
## RefrCola.rec2-Todos los dias 0,66 0,5134
## RefrCola.rec3-Mas de 3 veces al dia 1,23 0,2305
## Bebidas_energizantes.rec2-Todos los dias 1,03 0,3147
## Bebidas_energizantes.recMas de 3 veces al dia 2,42 0,0228 *
## Yogurt.rec2-Todos los dias -2,43 0,0224 *
## Yogurt.rec3-Nunca o raramente -1,91 0,0676 .
## AlterGastrica.rec2-Yes -35,22 <2e-16 ***
## ---
## Signif. codes: 0 '***' 0,001 '**' 0,01 '*' 0,05 '.' 0,1 ' ' 1
##
## (Dispersion parameter for quasibinomial family taken to be 0,7922)
##
## Number of Fisher Scoring iterations: 17
confint(modelomulti_ero.logit3)
## 2,5 % 97,5 %
## (Intercept) -7,9788 -2,44937
## SexoM 0,3933 2,26021
## Nive.Educativo.de.la.Madre2.rec2-HIGH SCHOOL -1,2847 0,17744
## Nive.Educativo.de.la.Madre2.rec3-COLLEGE-UNIVERSITY -1,2860 0,99896
## Tipo.de.Escuela2-Privada -0,3945 2,33300
## IGS.rec2-De 45 a 60 -1,2999 3,70306
## IGS.rec3 -Menos o igual a 45 -0,3871 4,02147
## RefrCola.rec2-Todos los dias -0,6545 1,32297
## RefrCola.rec3-Mas de 3 veces al dia -0,5418 2,35889
## Bebidas_energizantes.rec2-Todos los dias -0,2959 0,94492
## Bebidas_energizantes.recMas de 3 veces al dia 0,3494 3,32458
## Yogurt.rec2-Todos los dias -3,1059 -0,33160
## Yogurt.rec3-Nunca o raramente -2,9762 0,04071
## AlterGastrica.rec2-Yes -16,5142 -14,77328
reporte <- data.frame(modelomulti_ero.logit3$coefficients, exp(modelomulti_ero.logit3$coefficients))
colnames(reporte) <- c("coef", "exp_coef")
reporte
## coef exp_coef
## (Intercept) -5,2141 5,439e-03
## SexoM 1,3268 3,769e+00
## Nive.Educativo.de.la.Madre2.rec2-HIGH SCHOOL -0,5537 5,748e-01
## Nive.Educativo.de.la.Madre2.rec3-COLLEGE-UNIVERSITY -0,1435 8,663e-01
## Tipo.de.Escuela2-Privada 0,9693 2,636e+00
## IGS.rec2-De 45 a 60 1,2016 3,325e+00
## IGS.rec3 -Menos o igual a 45 1,8172 6,155e+00
## RefrCola.rec2-Todos los dias 0,3342 1,397e+00
## RefrCola.rec3-Mas de 3 veces al dia 0,9085 2,481e+00
## Bebidas_energizantes.rec2-Todos los dias 0,3245 1,383e+00
## Bebidas_energizantes.recMas de 3 veces al dia 1,8370 6,278e+00
## Yogurt.rec2-Todos los dias -1,7188 1,793e-01
## Yogurt.rec3-Nunca o raramente -1,4678 2,304e-01
## AlterGastrica.rec2-Yes -15,6437 1,607e-07