Analisis preliminar covid GCBA

## New names:
## Rows: 252 Columns: 120
## -- Column specification
## -------------------------------------------------------- Delimiter: "," chr
## (108): Código de sujeto, Event Name, El paciente contesta, ¿Continuar?,... dbl
## (1): Intervalo entre dosis (días) lgl (4): ¿Cuantos días de internación en sala
## general?, ¿Cuantos días de ... date (7): Fecha del llamado, Fecha de
## nacimiento, ¿En qué fecha se dió la ...
## i Use `spec()` to retrieve the full column specification for this data. i
## Specify the column types or set `show_col_types = FALSE` to quiet this message.
## * `Complete?` -> `Complete?...73`
## * `Complete?` -> `Complete?...118`
## * `Complete?` -> `Complete?...120`

Panorama general

Data flow

Stage	n
Calls	179
Failed calls	30
Included calls	96
Follow up	59

Dropout reasons

base_baseline_dropouts %>% select(`El paciente contesta`) %>% 
  filter(`El paciente contesta`!= "Sí") %>%
  rename(dropout_reason = `El paciente contesta`)%>%
  tbl_summary()

Characteristic	N = 301
dropout_reason
Contesta	7 (23%)
Es menor de edad	5 (17%)
No contesta	18 (60%)
1 n (%)

Demographics

base_baseline2 %>% select(Sexo, age, `¿Tuvo una infección por covid?`, `Profesional de la salud`, `¿Se vacunó?`) %>% 
  tbl_summary(by=`¿Tuvo una infección por covid?`, missing="no") %>%
  add_p()

Characteristic	No, N = 11	Sí, N = 941	p-value2
Sexo			0.5
Femenino	0 (0%)	51 (54%)
Masculino	1 (100%)	43 (46%)
age	44 (44, 44)	48 (34, 59)	0.9
Profesional de la salud			>0.9
No	1 (100%)	83 (88%)
Sí	0 (0%)	11 (12%)
¿Se vacunó?			>0.9
No	0 (0%)	23 (25%)
Sí	1 (100%)	70 (75%)
1 n (%); Median (IQR)
2 Fisher's exact test; Wilcoxon rank sum test

ggplot(base_baseline2, aes(x=age,fill=Sexo))+
  geom_density(alpha=.5)+
  theme_classic()+
  ggtitle("Sex distribution")

ggplot(base_baseline2, aes(y=age,fill=Sexo))+
  geom_boxplot()+
  theme_classic()

Medical history

base_baseline2 %>% select(Enf_cardiaca,
                          HTA,
                          EPOC,
                          Asma,
                          IRC,
                          Hepatopatia_cronica,
                          Det_cognitivo,
                          Epilepsia,
                          Parkinson,
                          Cefalea,
                          Diabetes,
                          Tuberculosis,
                          Asplenia,
                          Neoplasia,
                          Enf_autoinmune,
                          Obesidad,
                          TBQ,
                          Otro,
                          Ninguna) %>% tbl_summary()

Characteristic	N = 961
Enf_cardiaca
Checked	4 (4.2%)
Unchecked	92 (96%)
HTA
Checked	19 (20%)
Unchecked	77 (80%)
EPOC
Checked	2 (2.1%)
Unchecked	94 (98%)
Asma
Checked	13 (14%)
Unchecked	83 (86%)
IRC
Unchecked	96 (100%)
Hepatopatia_cronica
Unchecked	96 (100%)
Det_cognitivo
Checked	1 (1.0%)
Unchecked	95 (99%)
Epilepsia
Unchecked	96 (100%)
Parkinson
Unchecked	96 (100%)
Cefalea
Checked	3 (3.1%)
Unchecked	93 (97%)
Diabetes
Checked	4 (4.2%)
Unchecked	92 (96%)
Tuberculosis
Checked	1 (1.0%)
Unchecked	95 (99%)
Asplenia
Unchecked	96 (100%)
Neoplasia
Checked	4 (4.2%)
Unchecked	92 (96%)
Enf_autoinmune
Checked	7 (7.3%)
Unchecked	89 (93%)
Obesidad
Checked	9 (9.4%)
Unchecked	87 (91%)
TBQ
Checked	6 (6.2%)
Unchecked	90 (94%)
Otro
Checked	9 (9.4%)
Unchecked	87 (91%)
Ninguna
Checked	49 (51%)
Unchecked	47 (49%)
1 n (%)

by group of age

base_baseline2 %>% select(Enf_cardiaca,
                          HTA,
                          EPOC,
                          Asma,
                          IRC,
                          Hepatopatia_cronica,
                          Det_cognitivo,
                          Epilepsia,
                          Parkinson,
                          Cefalea,
                          Diabetes,
                          Tuberculosis,
                          Asplenia,
                          Neoplasia,
                          Enf_autoinmune,
                          Obesidad,
                          TBQ,
                          Otro,
                          Ninguna, age_group) %>% tbl_summary(by=age_group) %>% add_p()

## 6 observations missing `age_group` have been removed. To include these observations, use `forcats::fct_explicit_na()` on `age_group` column before passing to `tbl_summary()`.

## There was an error in 'add_p()/add_difference()' for variable 'IRC', p-value omitted:
## Error in stats::fisher.test(c("Unchecked", "Unchecked", "Unchecked", "Unchecked", : 'x' and 'y' must have at least 2 levels

## There was an error in 'add_p()/add_difference()' for variable 'Hepatopatia_cronica', p-value omitted:
## Error in stats::fisher.test(c("Unchecked", "Unchecked", "Unchecked", "Unchecked", : 'x' and 'y' must have at least 2 levels

## There was an error in 'add_p()/add_difference()' for variable 'Epilepsia', p-value omitted:
## Error in stats::fisher.test(c("Unchecked", "Unchecked", "Unchecked", "Unchecked", : 'x' and 'y' must have at least 2 levels

## There was an error in 'add_p()/add_difference()' for variable 'Parkinson', p-value omitted:
## Error in stats::fisher.test(c("Unchecked", "Unchecked", "Unchecked", "Unchecked", : 'x' and 'y' must have at least 2 levels

## There was an error in 'add_p()/add_difference()' for variable 'Asplenia', p-value omitted:
## Error in stats::fisher.test(c("Unchecked", "Unchecked", "Unchecked", "Unchecked", : 'x' and 'y' must have at least 2 levels

Characteristic	<20, N = 31	20-40, N = 201	40-60, N = 441	60-80, N = 201	>80, N = 31	p-value2
Enf_cardiaca						0.021
Checked	0 (0%)	0 (0%)	0 (0%)	4 (20%)	0 (0%)
Unchecked	3 (100%)	20 (100%)	44 (100%)	16 (80%)	3 (100%)
HTA						0.011
Checked	1 (33%)	0 (0%)	9 (20%)	8 (40%)	1 (33%)
Unchecked	2 (67%)	20 (100%)	35 (80%)	12 (60%)	2 (67%)
EPOC						0.8
Checked	0 (0%)	0 (0%)	1 (2.3%)	1 (5.0%)	0 (0%)
Unchecked	3 (100%)	20 (100%)	43 (98%)	19 (95%)	3 (100%)
Asma						>0.9
Checked	0 (0%)	2 (10%)	6 (14%)	4 (20%)	0 (0%)
Unchecked	3 (100%)	18 (90%)	38 (86%)	16 (80%)	3 (100%)
IRC
Unchecked	3 (100%)	20 (100%)	44 (100%)	20 (100%)	3 (100%)
Hepatopatia_cronica
Unchecked	3 (100%)	20 (100%)	44 (100%)	20 (100%)	3 (100%)
Det_cognitivo						0.067
Checked	0 (0%)	0 (0%)	0 (0%)	0 (0%)	1 (33%)
Unchecked	3 (100%)	20 (100%)	44 (100%)	20 (100%)	2 (67%)
Epilepsia
Unchecked	3 (100%)	20 (100%)	44 (100%)	20 (100%)	3 (100%)
Parkinson
Unchecked	3 (100%)	20 (100%)	44 (100%)	20 (100%)	3 (100%)
Cefalea						>0.9
Checked	0 (0%)	0 (0%)	2 (4.5%)	1 (5.0%)	0 (0%)
Unchecked	3 (100%)	20 (100%)	42 (95%)	19 (95%)	3 (100%)
Diabetes						0.2
Checked	0 (0%)	0 (0%)	1 (2.3%)	3 (15%)	0 (0%)
Unchecked	3 (100%)	20 (100%)	43 (98%)	17 (85%)	3 (100%)
Tuberculosis						0.5
Checked	0 (0%)	0 (0%)	0 (0%)	1 (5.0%)	0 (0%)
Unchecked	3 (100%)	20 (100%)	44 (100%)	19 (95%)	3 (100%)
Asplenia
Unchecked	3 (100%)	20 (100%)	44 (100%)	20 (100%)	3 (100%)
Neoplasia						0.6
Checked	0 (0%)	0 (0%)	2 (4.5%)	2 (10%)	0 (0%)
Unchecked	3 (100%)	20 (100%)	42 (95%)	18 (90%)	3 (100%)
Enf_autoinmune						0.5
Checked	1 (33%)	1 (5.0%)	3 (6.8%)	1 (5.0%)	0 (0%)
Unchecked	2 (67%)	19 (95%)	41 (93%)	19 (95%)	3 (100%)
Obesidad						0.9
Checked	0 (0%)	1 (5.0%)	6 (14%)	2 (10%)	0 (0%)
Unchecked	3 (100%)	19 (95%)	38 (86%)	18 (90%)	3 (100%)
TBQ						>0.9
Checked	0 (0%)	2 (10%)	3 (6.8%)	1 (5.0%)	0 (0%)
Unchecked	3 (100%)	18 (90%)	41 (93%)	19 (95%)	3 (100%)
Otro						>0.9
Checked	0 (0%)	1 (5.0%)	5 (11%)	2 (10%)	0 (0%)
Unchecked	3 (100%)	19 (95%)	39 (89%)	18 (90%)	3 (100%)
Ninguna						0.005
Checked	2 (67%)	15 (75%)	22 (50%)	4 (20%)	2 (67%)
Unchecked	1 (33%)	5 (25%)	22 (50%)	16 (80%)	1 (33%)
1 n (%)
2 Fisher's exact test

Covid infection

base_baseline2 %>% select(`¿Requirió hospitalización?`, `Requirio oxígeno   (se lo pusieron en una máscara o una bigotera, o le dijeron que lo necesitaba pero no lo tenía)`,`¿Requirio intubación o respirador?`) %>%tbl_summary(missing = "no")

Characteristic	N = 961
¿Requirió hospitalización?
No	80 (86%)
Sí	13 (14%)
Requirio oxígeno (se lo pusieron en una máscara o una bigotera, o le dijeron que lo necesitaba pero no lo tenía)
No	78 (89%)
Sí	10 (11%)
¿Requirio intubación o respirador?
No	86 (98%)
Sí	2 (2.3%)
1 n (%)

Síntomas agudos

base_baseline2 %>% select(anosmia   ,
                          ageusia   ,
                          cefalea   ,
                          delirium  ,
                          somnolencia   ,
                          mareos    ,
                          convulsiones  ,
                          debilidad_motora  ,
                          debilidad_motora_peoria   ,
                          dolor_musucular   ,
                          lesiones_piel ,
                          alucinaciones ,
                          memoria_concentracion ,
                          suenio    ,
                          ansiedad  ,
                          apatia    ,
                          depresion ,
                          agitacion ,
                          brote ,
                          otro  ,
                          ninguno) %>% tbl_summary()

Characteristic	N = 961
anosmia
Checked	50 (52%)
Unchecked	46 (48%)
ageusia
Checked	44 (46%)
Unchecked	52 (54%)
cefalea
Checked	52 (54%)
Unchecked	44 (46%)
delirium
Checked	3 (3.1%)
Unchecked	93 (97%)
somnolencia
Checked	11 (11%)
Unchecked	85 (89%)
mareos
Checked	7 (7.3%)
Unchecked	89 (93%)
convulsiones
Unchecked	96 (100%)
debilidad_motora
Checked	21 (22%)
Unchecked	75 (78%)
debilidad_motora_peoria
Checked	2 (2.1%)
Unchecked	94 (98%)
dolor_musucular
Checked	51 (53%)
Unchecked	45 (47%)
lesiones_piel
Checked	2 (2.1%)
Unchecked	94 (98%)
alucinaciones
Checked	2 (2.1%)
Unchecked	94 (98%)
memoria_concentracion
Checked	21 (22%)
Unchecked	75 (78%)
suenio
Checked	27 (28%)
Unchecked	69 (72%)
ansiedad
Checked	28 (29%)
Unchecked	68 (71%)
apatia
Checked	22 (23%)
Unchecked	74 (77%)
depresion
Checked	45 (47%)
Unchecked	51 (53%)
agitacion
Checked	4 (4.2%)
Unchecked	92 (96%)
brote
Checked	2 (2.1%)
Unchecked	94 (98%)
otro
Checked	17 (18%)
Unchecked	79 (82%)
ninguno
Checked	13 (14%)
Unchecked	83 (86%)
1 n (%)

Síntomas agudos por severidad

base_baseline2 %>% select(anosmia   ,
                          ageusia   ,
                          cefalea   ,
                          delirium  ,
                          somnolencia   ,
                          mareos    ,
                          convulsiones  ,
                          debilidad_motora  ,
                          debilidad_motora_peoria   ,
                          dolor_musucular   ,
                          lesiones_piel ,
                          alucinaciones ,
                          memoria_concentracion ,
                          suenio    ,
                          ansiedad  ,
                          apatia    ,
                          depresion ,
                          agitacion ,
                          brote ,
                          otro  ,
                          ninguno, age_group) %>% tbl_summary(age_group) %>% add_p()

Characteristic	<20, N = 31	20-40, N = 201	40-60, N = 441	60-80, N = 201	>80, N = 31	p-value2
anosmia						0.2
Checked	2 (67%)	14 (70%)	22 (50%)	9 (45%)	0 (0%)
Unchecked	1 (33%)	6 (30%)	22 (50%)	11 (55%)	3 (100%)
ageusia						0.6
Checked	2 (67%)	12 (60%)	20 (45%)	7 (35%)	1 (33%)
Unchecked	1 (33%)	8 (40%)	24 (55%)	13 (65%)	2 (67%)
cefalea						0.084
Checked	0 (0%)	9 (45%)	29 (66%)	9 (45%)	1 (33%)
Unchecked	3 (100%)	11 (55%)	15 (34%)	11 (55%)	2 (67%)
delirium						0.002
Checked	0 (0%)	0 (0%)	0 (0%)	1 (5.0%)	2 (67%)
Unchecked	3 (100%)	20 (100%)	44 (100%)	19 (95%)	1 (33%)
somnolencia						0.035
Checked	0 (0%)	0 (0%)	6 (14%)	3 (15%)	2 (67%)
Unchecked	3 (100%)	20 (100%)	38 (86%)	17 (85%)	1 (33%)
mareos						0.3
Checked	0 (0%)	1 (5.0%)	2 (4.5%)	4 (20%)	0 (0%)
Unchecked	3 (100%)	19 (95%)	42 (95%)	16 (80%)	3 (100%)
convulsiones
Unchecked	3 (100%)	20 (100%)	44 (100%)	20 (100%)	3 (100%)
debilidad_motora						0.4
Checked	0 (0%)	2 (10%)	11 (25%)	6 (30%)	1 (33%)
Unchecked	3 (100%)	18 (90%)	33 (75%)	14 (70%)	2 (67%)
debilidad_motora_peoria						>0.9
Checked	0 (0%)	0 (0%)	2 (4.5%)	0 (0%)	0 (0%)
Unchecked	3 (100%)	20 (100%)	42 (95%)	20 (100%)	3 (100%)
dolor_musucular						0.6
Checked	1 (33%)	8 (40%)	26 (59%)	11 (55%)	2 (67%)
Unchecked	2 (67%)	12 (60%)	18 (41%)	9 (45%)	1 (33%)
lesiones_piel						0.064
Checked	0 (0%)	0 (0%)	0 (0%)	1 (5.0%)	1 (33%)
Unchecked	3 (100%)	20 (100%)	44 (100%)	19 (95%)	2 (67%)
alucinaciones						0.064
Checked	0 (0%)	0 (0%)	0 (0%)	1 (5.0%)	1 (33%)
Unchecked	3 (100%)	20 (100%)	44 (100%)	19 (95%)	2 (67%)
memoria_concentracion						0.024
Checked	0 (0%)	1 (5.0%)	8 (18%)	9 (45%)	1 (33%)
Unchecked	3 (100%)	19 (95%)	36 (82%)	11 (55%)	2 (67%)
suenio						0.066
Checked	0 (0%)	2 (10%)	15 (34%)	9 (45%)	0 (0%)
Unchecked	3 (100%)	18 (90%)	29 (66%)	11 (55%)	3 (100%)
ansiedad						0.7
Checked	1 (33%)	4 (20%)	14 (32%)	8 (40%)	1 (33%)
Unchecked	2 (67%)	16 (80%)	30 (68%)	12 (60%)	2 (67%)
apatia						0.3
Checked	0 (0%)	3 (15%)	11 (25%)	6 (30%)	2 (67%)
Unchecked	3 (100%)	17 (85%)	33 (75%)	14 (70%)	1 (33%)
depresion						0.14
Checked	2 (67%)	5 (25%)	22 (50%)	12 (60%)	2 (67%)
Unchecked	1 (33%)	15 (75%)	22 (50%)	8 (40%)	1 (33%)
agitacion						0.2
Checked	0 (0%)	1 (5.0%)	1 (2.3%)	1 (5.0%)	1 (33%)
Unchecked	3 (100%)	19 (95%)	43 (98%)	19 (95%)	2 (67%)
brote						0.064
Checked	0 (0%)	0 (0%)	0 (0%)	1 (5.0%)	1 (33%)
Unchecked	3 (100%)	20 (100%)	44 (100%)	19 (95%)	2 (67%)
otro						0.7
Checked	1 (33%)	3 (15%)	7 (16%)	5 (25%)	0 (0%)
Unchecked	2 (67%)	17 (85%)	37 (84%)	15 (75%)	3 (100%)
ninguno						0.5
Checked	0 (0%)	3 (15%)	7 (16%)	1 (5.0%)	1 (33%)
Unchecked	3 (100%)	17 (85%)	37 (84%)	19 (95%)	2 (67%)
1 n (%)
2 Fisher's exact test

Síntomas agudos por grupo etario

base_baseline2 %>% select(anosmia   ,
                          ageusia   ,
                          cefalea   ,
                          delirium  ,
                          somnolencia   ,
                          mareos    ,
                          convulsiones  ,
                          debilidad_motora  ,
                          debilidad_motora_peoria   ,
                          dolor_musucular   ,
                          lesiones_piel ,
                          alucinaciones ,
                          memoria_concentracion ,
                          suenio    ,
                          ansiedad  ,
                          apatia    ,
                          depresion ,
                          agitacion ,
                          brote ,
                          otro  ,
                          ninguno, `¿Requirió hospitalización?`) %>% tbl_summary(`¿Requirió hospitalización?`) %>% add_p()

Characteristic	No, N = 801	Sí, N = 131	p-value2
anosmia			0.017
Checked	47 (59%)	3 (23%)
Unchecked	33 (41%)	10 (77%)
ageusia			0.059
Checked	41 (51%)	3 (23%)
Unchecked	39 (49%)	10 (77%)
cefalea			0.7
Checked	44 (55%)	8 (62%)
Unchecked	36 (45%)	5 (38%)
delirium			0.050
Checked	1 (1.2%)	2 (15%)
Unchecked	79 (99%)	11 (85%)
somnolencia			0.2
Checked	8 (10%)	3 (23%)
Unchecked	72 (90%)	10 (77%)
mareos			0.3
Checked	5 (6.2%)	2 (15%)
Unchecked	75 (94%)	11 (85%)
convulsiones
Unchecked	80 (100%)	13 (100%)
debilidad_motora			0.7
Checked	19 (24%)	2 (15%)
Unchecked	61 (76%)	11 (85%)
debilidad_motora_peoria			>0.9
Checked	2 (2.5%)	0 (0%)
Unchecked	78 (98%)	13 (100%)
dolor_musucular			0.085
Checked	41 (51%)	10 (77%)
Unchecked	39 (49%)	3 (23%)
lesiones_piel			0.018
Checked	0 (0%)	2 (15%)
Unchecked	80 (100%)	11 (85%)
alucinaciones			0.3
Checked	1 (1.2%)	1 (7.7%)
Unchecked	79 (99%)	12 (92%)
memoria_concentracion			0.5
Checked	17 (21%)	4 (31%)
Unchecked	63 (79%)	9 (69%)
suenio			0.5
Checked	22 (28%)	5 (38%)
Unchecked	58 (72%)	8 (62%)
ansiedad			0.2
Checked	22 (28%)	6 (46%)
Unchecked	58 (72%)	7 (54%)
apatia			0.5
Checked	18 (22%)	4 (31%)
Unchecked	62 (78%)	9 (69%)
depresion			0.3
Checked	37 (46%)	8 (62%)
Unchecked	43 (54%)	5 (38%)
agitacion			0.092
Checked	2 (2.5%)	2 (15%)
Unchecked	78 (98%)	11 (85%)
brote			0.3
Checked	1 (1.2%)	1 (7.7%)
Unchecked	79 (99%)	12 (92%)
otro			0.2
Checked	13 (16%)	4 (31%)
Unchecked	67 (84%)	9 (69%)
ninguno			>0.9
Checked	11 (14%)	1 (7.7%)
Unchecked	69 (86%)	12 (92%)
1 n (%)
2 Pearson's Chi-squared test; Fisher's exact test

Postcovid 6months

Sintomas postcovid

base_follow_up[,88:117] %>% tbl_summary()

Characteristic	N = 591
Dolor de cabeza
No	36 (62%)
Si pero ya mejoró	11 (19%)
Si y continua	11 (19%)
Unknown	1
Dolor muscular
No	32 (55%)
Si pero ya mejoró	10 (17%)
Si y continua	16 (28%)
Unknown	1
Pérdida de olfato
No	39 (67%)
Si pero ya mejoró	15 (26%)
Si y continua	4 (6.9%)
Unknown	1
Pérdida de gusto
No	44 (76%)
Si pero ya mejoró	11 (19%)
Si y continua	3 (5.2%)
Unknown	1
Problemas para tragar
No	58 (100%)
Unknown	1
Problemas para orinar o contener la orina
No	55 (95%)
Si pero ya mejoró	2 (3.4%)
Si y continua	1 (1.7%)
Unknown	1
Inestabilidad o mareo
No	47 (81%)
Si pero ya mejoró	3 (5.2%)
Si y continua	8 (14%)
Unknown	1
Malestar en la piel, quemazón o dolor
No	55 (95%)
Si y continua	3 (5.2%)
Unknown	1
Perdida de sensibilidad en la cara, brazos o piernas
No	53 (91%)
Si pero ya mejoró	2 (3.4%)
Si y continua	3 (5.2%)
Unknown	1
Debilidad en brazos y piernas
No	45 (78%)
Si pero ya mejoró	4 (6.9%)
Si y continua	9 (16%)
Unknown	1
Convulsiones
No	58 (100%)
Unknown	1
Temblores en el cuerpo
No	55 (95%)
Si pero ya mejoró	3 (5.2%)
Unknown	1
Caídas
No	56 (97%)
Si pero ya mejoró	1 (1.7%)
Si y continua	1 (1.7%)
Unknown	1
Enlentecimiento para caminar o moverme
No	44 (76%)
Si pero ya mejoró	5 (8.6%)
Si y continua	9 (16%)
Unknown	1
Problemas para concentrarse
No	41 (71%)
Si pero ya mejoró	3 (5.2%)
Si y continua	14 (24%)
Unknown	1
Problemas para recordar eventos o hechos recientes
No	42 (72%)
Si pero ya mejoró	3 (5.2%)
Si y continua	13 (22%)
Unknown	1
Pezadez o sensación de liviandad en la cabeza
No	51 (88%)
Si pero ya mejoró	2 (3.4%)
Si y continua	5 (8.6%)
Unknown	1
Sensación de embotamiento mental
No	42 (72%)
Si pero ya mejoró	3 (5.2%)
Si y continua	13 (22%)
Unknown	1
Desmayos
No	57 (98%)
Si pero ya mejoró	1 (1.7%)
Unknown	1
Zumbidos en los oidos
No	52 (90%)
Si pero ya mejoró	1 (1.7%)
Si y continua	5 (8.6%)
Unknown	1
Problemas para ver
No	49 (84%)
Si y continua	9 (16%)
Unknown	1
Problemas para escuchar
No	57 (98%)
Si y continua	1 (1.7%)
Unknown	1
Problemas para conciliar o mantener el sueno.
No	43 (74%)
Si pero ya mejoró	2 (3.4%)
Si y continua	13 (22%)
Unknown	1
Cambios de personalidad o conducta
No	49 (84%)
Si pero ya mejoró	3 (5.2%)
Si y continua	6 (10%)
Unknown	1
Fatiga o cansancio extremo
No	35 (60%)
Si pero ya mejoró	8 (14%)
Si y continua	15 (26%)
Unknown	1
Ansiedad o preocupación
No	35 (60%)
Si pero ya mejoró	5 (8.6%)
Si y continua	18 (31%)
Unknown	1
Animo decaído o triste
No	37 (64%)
Si pero ya mejoró	9 (16%)
Si y continua	12 (21%)
Unknown	1
Pérdida de interés o falta de sensación de placer
No	41 (71%)
Si pero ya mejoró	9 (16%)
Si y continua	8 (14%)
Unknown	1
Alucinaciones
No	57 (98%)
Si pero ya mejoró	1 (1.7%)
Unknown	1
Somnoliencia durante el día o necesidad de dormir más horas por la noche
No	42 (72%)
Si pero ya mejoró	3 (5.2%)
Si y continua	13 (22%)
Unknown	1
1 n (%)

Postcovid por severidad

base_columnas<-base_baseline2 %>% select(`Código de sujeto`, age_group, `¿Requirió hospitalización?`)

base_follow_up2<-left_join(base_follow_up, base_columnas, by="Código de sujeto")

base_follow_up2 %>% select(88:117,`¿Requirió hospitalización?.y`) %>% tbl_summary(by=`¿Requirió hospitalización?.y`, missing="no") %>% add_p()

Characteristic	No, N = 461	Sí, N = 101	p-value2
Dolor de cabeza			0.077
No	28 (62%)	6 (60%)
Si pero ya mejoró	10 (22%)	0 (0%)
Si y continua	7 (16%)	4 (40%)
Dolor muscular			0.8
No	24 (53%)	6 (60%)
Si pero ya mejoró	7 (16%)	2 (20%)
Si y continua	14 (31%)	2 (20%)
Pérdida de olfato			0.3
No	28 (62%)	9 (90%)
Si pero ya mejoró	13 (29%)	1 (10%)
Si y continua	4 (8.9%)	0 (0%)
Pérdida de gusto			0.8
No	33 (73%)	9 (90%)
Si pero ya mejoró	9 (20%)	1 (10%)
Si y continua	3 (6.7%)	0 (0%)
Problemas para tragar
No	45 (100%)	10 (100%)
Problemas para orinar o contener la orina			>0.9
No	43 (96%)	10 (100%)
Si pero ya mejoró	1 (2.2%)	0 (0%)
Si y continua	1 (2.2%)	0 (0%)
Inestabilidad o mareo			0.8
No	37 (82%)	8 (80%)
Si pero ya mejoró	3 (6.7%)	0 (0%)
Si y continua	5 (11%)	2 (20%)
Malestar en la piel, quemazón o dolor			0.5
No	43 (96%)	9 (90%)
Si y continua	2 (4.4%)	1 (10%)
Perdida de sensibilidad en la cara, brazos o piernas			>0.9
No	40 (89%)	10 (100%)
Si pero ya mejoró	2 (4.4%)	0 (0%)
Si y continua	3 (6.7%)	0 (0%)
Debilidad en brazos y piernas			0.6
No	35 (78%)	8 (80%)
Si pero ya mejoró	2 (4.4%)	1 (10%)
Si y continua	8 (18%)	1 (10%)
Convulsiones
No	45 (100%)	10 (100%)
Temblores en el cuerpo			>0.9
No	43 (96%)	10 (100%)
Si pero ya mejoró	2 (4.4%)	0 (0%)
Caídas			0.3
No	44 (98%)	9 (90%)
Si pero ya mejoró	0 (0%)	1 (10%)
Si y continua	1 (2.2%)	0 (0%)
Enlentecimiento para caminar o moverme			0.8
No	35 (78%)	7 (70%)
Si pero ya mejoró	4 (8.9%)	1 (10%)
Si y continua	6 (13%)	2 (20%)
Problemas para concentrarse			0.8
No	33 (73%)	7 (70%)
Si pero ya mejoró	2 (4.4%)	0 (0%)
Si y continua	10 (22%)	3 (30%)
Problemas para recordar eventos o hechos recientes			>0.9
No	33 (73%)	8 (80%)
Si pero ya mejoró	3 (6.7%)	0 (0%)
Si y continua	9 (20%)	2 (20%)
Pezadez o sensación de liviandad en la cabeza			0.041
No	40 (89%)	8 (80%)
Si pero ya mejoró	0 (0%)	2 (20%)
Si y continua	5 (11%)	0 (0%)
Sensación de embotamiento mental			0.6
No	33 (73%)	6 (60%)
Si pero ya mejoró	2 (4.4%)	1 (10%)
Si y continua	10 (22%)	3 (30%)
Desmayos			>0.9
No	44 (98%)	10 (100%)
Si pero ya mejoró	1 (2.2%)	0 (0%)
Zumbidos en los oidos			0.11
No	42 (93%)	8 (80%)
Si pero ya mejoró	0 (0%)	1 (10%)
Si y continua	3 (6.7%)	1 (10%)
Problemas para ver			>0.9
No	37 (82%)	9 (90%)
Si y continua	8 (18%)	1 (10%)
Problemas para escuchar			>0.9
No	44 (98%)	10 (100%)
Si y continua	1 (2.2%)	0 (0%)
Problemas para conciliar o mantener el sueno.			0.2
No	35 (78%)	6 (60%)
Si pero ya mejoró	0 (0%)	1 (10%)
Si y continua	10 (22%)	3 (30%)
Cambios de personalidad o conducta			0.14
No	41 (91%)	7 (70%)
Si pero ya mejoró	2 (4.4%)	1 (10%)
Si y continua	2 (4.4%)	2 (20%)
Fatiga o cansancio extremo			0.6
No	27 (60%)	5 (50%)
Si pero ya mejoró	7 (16%)	1 (10%)
Si y continua	11 (24%)	4 (40%)
Ansiedad o preocupación			0.8
No	27 (60%)	6 (60%)
Si pero ya mejoró	4 (8.9%)	0 (0%)
Si y continua	14 (31%)	4 (40%)
Animo decaído o triste			0.3
No	31 (69%)	5 (50%)
Si pero ya mejoró	6 (13%)	1 (10%)
Si y continua	8 (18%)	4 (40%)
Pérdida de interés o falta de sensación de placer			0.073
No	35 (78%)	5 (50%)
Si pero ya mejoró	4 (8.9%)	3 (30%)
Si y continua	6 (13%)	2 (20%)
Alucinaciones			0.2
No	45 (100%)	9 (90%)
Si pero ya mejoró	0 (0%)	1 (10%)
Somnoliencia durante el día o necesidad de dormir más horas por la noche			0.8
No	33 (73%)	7 (70%)
Si pero ya mejoró	3 (6.7%)	0 (0%)
Si y continua	9 (20%)	3 (30%)
1 n (%)
2 Fisher's exact test

base_follow_up2 %>% select(88:117,age_group.y) %>% tbl_summary(by=age_group.y, missing="no") %>% add_p()

Characteristic	<20, N = 11	20-40, N = 91	40-60, N = 271	60-80, N = 151	>80, N = 31	p-value2
Dolor de cabeza						0.4
No	1 (100%)	7 (78%)	15 (56%)	8 (57%)	2 (67%)
Si pero ya mejoró	0 (0%)	2 (22%)	7 (26%)	1 (7.1%)	0 (0%)
Si y continua	0 (0%)	0 (0%)	5 (19%)	5 (36%)	1 (33%)
Dolor muscular						0.2
No	1 (100%)	6 (67%)	14 (52%)	5 (36%)	3 (100%)
Si pero ya mejoró	0 (0%)	2 (22%)	6 (22%)	1 (7.1%)	0 (0%)
Si y continua	0 (0%)	1 (11%)	7 (26%)	8 (57%)	0 (0%)
Pérdida de olfato						0.9
No	1 (100%)	6 (67%)	16 (59%)	11 (79%)	3 (100%)
Si pero ya mejoró	0 (0%)	3 (33%)	8 (30%)	2 (14%)	0 (0%)
Si y continua	0 (0%)	0 (0%)	3 (11%)	1 (7.1%)	0 (0%)
Pérdida de gusto						0.6
No	1 (100%)	6 (67%)	19 (70%)	13 (93%)	2 (67%)
Si pero ya mejoró	0 (0%)	3 (33%)	5 (19%)	1 (7.1%)	1 (33%)
Si y continua	0 (0%)	0 (0%)	3 (11%)	0 (0%)	0 (0%)
Problemas para tragar
No	1 (100%)	9 (100%)	27 (100%)	14 (100%)	3 (100%)
Problemas para orinar o contener la orina						0.8
No	1 (100%)	9 (100%)	26 (96%)	13 (93%)	3 (100%)
Si pero ya mejoró	0 (0%)	0 (0%)	1 (3.7%)	0 (0%)	0 (0%)
Si y continua	0 (0%)	0 (0%)	0 (0%)	1 (7.1%)	0 (0%)
Inestabilidad o mareo						0.3
No	1 (100%)	9 (100%)	22 (81%)	10 (71%)	2 (67%)
Si pero ya mejoró	0 (0%)	0 (0%)	3 (11%)	0 (0%)	0 (0%)
Si y continua	0 (0%)	0 (0%)	2 (7.4%)	4 (29%)	1 (33%)
Malestar en la piel, quemazón o dolor						0.4
No	1 (100%)	9 (100%)	26 (96%)	12 (86%)	3 (100%)
Si y continua	0 (0%)	0 (0%)	1 (3.7%)	2 (14%)	0 (0%)
Perdida de sensibilidad en la cara, brazos o piernas						0.6
No	1 (100%)	9 (100%)	25 (93%)	11 (79%)	3 (100%)
Si pero ya mejoró	0 (0%)	0 (0%)	1 (3.7%)	1 (7.1%)	0 (0%)
Si y continua	0 (0%)	0 (0%)	1 (3.7%)	2 (14%)	0 (0%)
Debilidad en brazos y piernas						0.4
No	1 (100%)	9 (100%)	21 (78%)	8 (57%)	3 (100%)
Si pero ya mejoró	0 (0%)	0 (0%)	2 (7.4%)	1 (7.1%)	0 (0%)
Si y continua	0 (0%)	0 (0%)	4 (15%)	5 (36%)	0 (0%)
Convulsiones
No	1 (100%)	9 (100%)	27 (100%)	14 (100%)	3 (100%)
Temblores en el cuerpo						>0.9
No	1 (100%)	9 (100%)	26 (96%)	13 (93%)	3 (100%)
Si pero ya mejoró	0 (0%)	0 (0%)	1 (3.7%)	1 (7.1%)	0 (0%)
Caídas						0.3
No	1 (100%)	9 (100%)	27 (100%)	12 (86%)	3 (100%)
Si pero ya mejoró	0 (0%)	0 (0%)	0 (0%)	1 (7.1%)	0 (0%)
Si y continua	0 (0%)	0 (0%)	0 (0%)	1 (7.1%)	0 (0%)
Enlentecimiento para caminar o moverme						0.2
No	1 (100%)	8 (89%)	21 (78%)	9 (64%)	2 (67%)
Si pero ya mejoró	0 (0%)	1 (11%)	4 (15%)	0 (0%)	0 (0%)
Si y continua	0 (0%)	0 (0%)	2 (7.4%)	5 (36%)	1 (33%)
Problemas para concentrarse						0.6
No	1 (100%)	7 (78%)	20 (74%)	9 (64%)	2 (67%)
Si pero ya mejoró	0 (0%)	1 (11%)	0 (0%)	1 (7.1%)	0 (0%)
Si y continua	0 (0%)	1 (11%)	7 (26%)	4 (29%)	1 (33%)
Problemas para recordar eventos o hechos recientes						0.8
No	1 (100%)	8 (89%)	20 (74%)	9 (64%)	2 (67%)
Si pero ya mejoró	0 (0%)	0 (0%)	1 (3.7%)	2 (14%)	0 (0%)
Si y continua	0 (0%)	1 (11%)	6 (22%)	3 (21%)	1 (33%)
Pezadez o sensación de liviandad en la cabeza						0.6
No	1 (100%)	9 (100%)	24 (89%)	10 (71%)	3 (100%)
Si pero ya mejoró	0 (0%)	0 (0%)	1 (3.7%)	1 (7.1%)	0 (0%)
Si y continua	0 (0%)	0 (0%)	2 (7.4%)	3 (21%)	0 (0%)
Sensación de embotamiento mental						0.2
No	1 (100%)	8 (89%)	18 (67%)	9 (64%)	2 (67%)
Si pero ya mejoró	0 (0%)	0 (0%)	0 (0%)	3 (21%)	0 (0%)
Si y continua	0 (0%)	1 (11%)	9 (33%)	2 (14%)	1 (33%)
Desmayos						>0.9
No	1 (100%)	9 (100%)	26 (96%)	14 (100%)	3 (100%)
Si pero ya mejoró	0 (0%)	0 (0%)	1 (3.7%)	0 (0%)	0 (0%)
Zumbidos en los oidos						0.7
No	1 (100%)	9 (100%)	24 (89%)	12 (86%)	3 (100%)
Si pero ya mejoró	0 (0%)	0 (0%)	0 (0%)	1 (7.1%)	0 (0%)
Si y continua	0 (0%)	0 (0%)	3 (11%)	1 (7.1%)	0 (0%)
Problemas para ver						0.7
No	1 (100%)	8 (89%)	23 (85%)	10 (71%)	3 (100%)
Si y continua	0 (0%)	1 (11%)	4 (15%)	4 (29%)	0 (0%)
Problemas para escuchar						0.5
No	1 (100%)	9 (100%)	27 (100%)	13 (93%)	3 (100%)
Si y continua	0 (0%)	0 (0%)	0 (0%)	1 (7.1%)	0 (0%)
Problemas para conciliar o mantener el sueno.						0.2
No	1 (100%)	9 (100%)	20 (74%)	8 (57%)	2 (67%)
Si pero ya mejoró	0 (0%)	0 (0%)	0 (0%)	1 (7.1%)	0 (0%)
Si y continua	0 (0%)	0 (0%)	7 (26%)	5 (36%)	1 (33%)
Cambios de personalidad o conducta						0.12
No	1 (100%)	9 (100%)	25 (93%)	10 (71%)	2 (67%)
Si pero ya mejoró	0 (0%)	0 (0%)	0 (0%)	3 (21%)	0 (0%)
Si y continua	0 (0%)	0 (0%)	2 (7.4%)	1 (7.1%)	1 (33%)
Fatiga o cansancio extremo						0.8
No	1 (100%)	6 (67%)	16 (59%)	6 (43%)	2 (67%)
Si pero ya mejoró	0 (0%)	2 (22%)	4 (15%)	2 (14%)	0 (0%)
Si y continua	0 (0%)	1 (11%)	7 (26%)	6 (43%)	1 (33%)
Ansiedad o preocupación						0.3
No	1 (100%)	7 (78%)	17 (63%)	6 (43%)	2 (67%)
Si pero ya mejoró	0 (0%)	1 (11%)	0 (0%)	2 (14%)	0 (0%)
Si y continua	0 (0%)	1 (11%)	10 (37%)	6 (43%)	1 (33%)
Animo decaído o triste						0.2
No	1 (100%)	7 (78%)	19 (70%)	7 (50%)	1 (33%)
Si pero ya mejoró	0 (0%)	2 (22%)	1 (3.7%)	3 (21%)	1 (33%)
Si y continua	0 (0%)	0 (0%)	7 (26%)	4 (29%)	1 (33%)
Pérdida de interés o falta de sensación de placer						0.3
No	1 (100%)	8 (89%)	19 (70%)	10 (71%)	1 (33%)
Si pero ya mejoró	0 (0%)	1 (11%)	2 (7.4%)	3 (21%)	1 (33%)
Si y continua	0 (0%)	0 (0%)	6 (22%)	1 (7.1%)	1 (33%)
Alucinaciones						0.074
No	1 (100%)	9 (100%)	27 (100%)	14 (100%)	2 (67%)
Si pero ya mejoró	0 (0%)	0 (0%)	0 (0%)	0 (0%)	1 (33%)
Somnoliencia durante el día o necesidad de dormir más horas por la noche						>0.9
No	1 (100%)	6 (67%)	20 (74%)	10 (71%)	3 (100%)
Si pero ya mejoró	0 (0%)	0 (0%)	2 (7.4%)	1 (7.1%)	0 (0%)
Si y continua	0 (0%)	3 (33%)	5 (19%)	3 (21%)	0 (0%)
1 n (%)
2 Fisher's exact test