Téléchargement des packages

Pour utiliser les données il faut disposer du package R {aspe}. Ceci nécessite une machine avec des versions de R et RStudio récentes, l’outil Rtools et le package {devtools}. Si {aspe} n’est pas installé il faut le télécharger et le compiler :

devtools::install_github("PascalIrz/aspe")

Ensuite, activation :

library(tidyverse)
library(aspe)

Chargement des données

Pour charger en mémoire ces données on utilise la fonction load() en adaptant le chemin.

load(file = "../../../raw_data/tables_sauf_mei_2022_05_30_12_49_01.RData")

Constitution du jeu de données

On va d’abord constituer une table “passerelle” qui opère les jointures entre les différentes tables de la base, lui ajouter le département pour pouvoir filtrer à partir de la base nationale, rajouter la date de l’opération et le libellé de la station.

passerelle <- mef_creer_passerelle() %>% 
  mef_ajouter_dept() %>% 
  filter(dept %in% c(44, 85, 49, 53, 72)) %>% 
  mef_ajouter_ope_date() %>% 
  mef_ajouter_libelle() %>% 
  left_join(y = station %>% 
              select(sta_id, sta_code_sandre))

On va ensuite venir greffer sur cette base des éléments pour constituer d’une part un tableau ipr comprenant aussi les métriques, et, d’autre part un tableau poissons avec les effectifs capturés. Ces deux tableaux ont en commun le champ ope_id, identifiant de l’opération de pêche, qui permet de les joindre si nécessaire.

ipr <- passerelle %>% 
  select(-pre_id, -lop_id) %>% 
  distinct() %>% 
  mef_ajouter_ipr() %>% 
  mef_ajouter_metriques() %>% 
  filter(!is.na(ipr)) %>% 
  mef_ajouter_ope_env()

poissons <- passerelle %>% 
  filter(ope_id %in% ipr$ope_id) %>% 
  mef_ajouter_lots() %>% 
  group_by(sta_code_sandre,
           ope_id,
           esp_code_alternatif) %>% 
    summarise(effectif = sum(lop_effectif)) %>% 
  ungroup() %>% 
  pivot_wider(names_from = esp_code_alternatif,
              values_from = effectif)

Export en Excel

On exporte les résultats dans un fichier Excel. Outre les deux tableaux ci-dessus on ajoute le référentiel taxonomique qui précise les taxons représentés par les codes à trois lettres.

ma_liste <- list("ipr" = ipr,
                 "poissons" = poissons,
                 "taxonomie" = passerelle_taxo)

openxlsx::write.xlsx(x = ma_liste,
                     file = "../processed_data/aspe_ipr_pdl.xlsx",
                     overwrite = T)