En este laboratorio estaremos analizando los datos de sus observaciones de una red trófica, utilizando el paquete foodweb. Este nos permite calcular algunos índices que describen la red trófica y visualizar la misma.
Usando una hoja de cálculo crear una tabla con las variables depredador, presa, e interaccion, en la que van a colocar, por línea, el nombre abreviado del depredador, el nombre abreviado de la presa, y el número 1 para indicar que observaron (o tienen evidencia) de la interacción depredador-presa, herbívoro-productor primario, canibalismo o equivalente.
El ejemplo siguiente presenta una red trófica a partir de datos de la Reserva de Humacao. A continuación se muestra el código para leer el archivo redtrofica-reserva2022.csv construido a partir de sus datos.
interact <- read.csv("data/redtrofica-reserva2022.csv")
interact## depredador presa interaccion
## 1 Tyrannus_dominicensis abejas 1
## 2 Anolis_spp adulto_Diptera 1
## 3 Eleutherodactylus_spp adulto_Diptera 1
## 4 Melanerpes_portoricensis adulto_Diptera 1
## 5 Orthemis Aedes_spp 1
## 6 Brachymesia_furcata Aedes_spp 1
## 7 Todus_mexicanus alevillas 1
## 8 Ninfa_brachy_furca alevines 1
## 9 Awaous_tajasica algas 1
## 10 Lepomis_microlophus algas 1
## 11 Mugil_curema algas 1
## 12 Oreochromis_mossambicus algas 1
## 13 Tilapia_rendalli algas 1
## 14 Anas_bahamensis algas 1
## 15 Coenobita_clypeatus algas 1
## 16 Crassostrea_rhizhophorae algas 1
## 17 Elacatinus_gemmatus algas 1
## 18 Gallinula_chloropus algas 1
## 19 Gobionellus_oceanicus algas 1
## 20 Goniopsis_cruentata algas 1
## 21 Grapsus_grapsus algas 1
## 22 Larva_aedes algas 1
## 23 Minuca_pugnax algas 1
## 24 Ocypodinae algas 1
## 25 Callinectes_sapidus almejas 1
## 26 Gallinula_chloropus anfibios 1
## 27 Pelecanus_occidentalis anfibios 1
## 28 Ardea_alba anfibios 1
## 29 Anolis_spp Anolis_cristatellus 1
## 30 Anolis_spp Anolis_krugi 1
## 31 Anolis_spp Anolis_spp 1
## 32 Herpestes_auropunctatus Anolis_spp 1
## 33 Todus_mexicanus Anolis_spp 1
## 34 Anolis_spp Anolis_stratulus 1
## 35 Solenopsis_sp aphid_secretions 1
## 36 Brachymesia_furcata Aphrissa_statira 1
## 37 Orthemis Apis 1
## 38 Aves_spp Apis_mellifera 1
## 39 Brachymesia_furcata Apis_mellifera 1
## 40 Anolis_spp aracnidos 1
## 41 Anthracothorax aracnidos 1
## 42 Coccyzus_minor aracnidos 1
## 43 Coereba_flaveola aracnidos 1
## 44 Crotophaga_ani aracnidos 1
## 45 Melanerpes_portoricensis aracnidos 1
## 46 Anolis_spp Araneae_spp 1
## 47 Gerridae_sp Araneae_spp 1
## 48 Goniopsis_cruentata Aratus_pisonii 1
## 49 Himantopus_mexicanus artemia 1
## 50 Gerridae_sp Arthropoda_spp 1
## 51 Solenopsis_sp Arthropoda_spp 1
## 52 Gallinula_chloropus artropodos 1
## 53 Gallinula_galeata aves 1
## 54 Pelecanus_occidentalis aves 1
## 55 Xenopsaris_albinucha aves 1
## 56 Tyrannus_dominicensis avispas 1
## 57 Larva_aedes bacterias 1
## 58 Ocypodinae bacterias 1
## 59 Grapsus_grapsus bat_guano 1
## 60 Anolis_spp Blattodea _spp 1
## 61 Aves_spp Blattodea _spp 1
## 62 Anolis_spp Bombyliidae 1
## 63 Aves_spp Brachymesia_furcata 1
## 64 Brachymesia_furcata Brachymesia_furcata 1
## 65 Orthemis Burnsius 1
## 66 Fregata_magnificens calamares 1
## 67 Fregata_minor calamares 1
## 68 Thalasseus_maximus calamares 1
## 69 Xenopsaris_albinucha calamares 1
## 70 Gallinula_galeata camarones 1
## 71 Thalasseus_maximus camarones 1
## 72 Podilymbus_podiceps camarones 1
## 73 Butoroides_virescens cangrejos 1
## 74 Gallinula_galeata cangrejos 1
## 75 Thalasseus_maximus cangrejos 1
## 76 Crotophaga_ani caracoles 1
## 77 Gallinula_galeata caracoles 1
## 78 Melanerpes_portoricensis caracoles 1
## 79 Coenobita_clypeatus caracoles 1
## 80 Grapsus_grapsus mo_animal 1
## 81 Ocypode_quadrata mo_animal 1
## 82 Iguana_iguana mo_animal 1
## 83 Anolis_spp Cecidomyiinae 1
## 84 Diapterus_plumieri Cetengraulis_edentulus 1
## 85 Megalops_atlanticus Cetengraulis_edentulus 1
## 86 Pelecanus_occidentalis Cetengraulis_edentulus 1
## 87 Tilapia_rendalli Cetengraulis_edentulus 1
## 88 Trachemys_stejnegeri Cetengraulis_endentulus 1
## 89 Brachymesia_furcata Chrysomya_rufifacies 1
## 90 Apis Coccoloba_uvifera 1
## 91 Banded_Caracol Coccoloba_uvifera 1
## 92 Burnsius Coccoloba_uvifera 1
## 93 Fulgoroidea Coccoloba_uvifera 1
## 94 Proarna_hilaris Coccoloba_uvifera 1
## 95 Sericoceros_krugii Coccoloba_uvifera 1
## 96 Awaous_tajasica copepodos 1
## 97 Elacatinus_gemmatus copepodos 1
## 98 Gobionellus_boleosoma copepodos 1
## 99 Anas_bahamensis corteza 1
## 100 Peces Crassostrea_rhizhophorae 1
## 101 Todus_mexicanus crisopas 1
## 102 Goniopsis_cruentata mo_animal 1
## 103 Ardea_alba crustaceos 1
## 104 Ardea_cinerea crustaceos 1
## 105 Ardea_herodias crustaceos 1
## 106 Bubulcus_ibis crustaceos 1
## 107 Butorides_virescens crustaceos 1
## 108 Cairina_moschata crustaceos 1
## 109 Caranx_latus crustaceos 1
## 110 Centropomus_ensiferus crustaceos 1
## 111 Centropomus_pectinatus crustaceos 1
## 112 Centropomus_undecimalis crustaceos 1
## 113 Coenobita_clypeatus crustaceos 1
## 114 Egretta_caerulea crustaceos 1
## 115 Egretta_garzetta crustaceos 1
## 116 Egretta_rufescens crustaceos 1
## 117 Egretta_thula crustaceos 1
## 118 Egretta_tricolor crustaceos 1
## 119 Eloeotris_pisonis crustaceos 1
## 120 Elops_saurus crustaceos 1
## 121 Eucinostomus_melanopterus crustaceos 1
## 122 Eugerres_plumieri crustaceos 1
## 123 Fregata_magnificens crustaceos 1
## 124 Fregata_minor crustaceos 1
## 125 Gobiomorus_dormitor crustaceos 1
## 126 Gobionellus_boleosoma crustaceos 1
## 127 Gobionellus_oceanicus crustaceos 1
## 128 Goniopsis_cruentata crustaceos 1
## 129 Grapsus_grapsus crustaceos 1
## 130 Ixobrychus_exilis crustaceos 1
## 131 Lepomis_microlophus crustaceos 1
## 132 Leucophaeus_atricilla crustaceos 1
## 133 Lutjanus_jocu crustaceos 1
## 134 Megalops_atlanticus crustaceos 1
## 135 Microphis_lineatus crustaceos 1
## 136 Nyctanassa_violaceae crustaceos 1
## 137 Nycticorax_violaceus crustaceos 1
## 138 Ocypodinae crustaceos 1
## 139 Oxyura_jamaicensis crustaceos 1
## 140 Pelacanus_occidentalis crustaceos 1
## 141 Strongylura_timucu crustaceos 1
## 142 Thalasseus_maximus crustaceos 1
## 143 Tilapia_rendalli crustaceos 1
## 144 Xenopsaris_albinucha crustaceos 1
## 145 Anolis_spp Curaciberis_spp 1
## 146 Caranx_hippos crustaceos 1
## 147 Awaous_tajasica detrito 1
## 148 Grapsus_grapsus detrito 1
## 149 Minuca_pugnax detrito 1
## 150 Mugil_curema detrito 1
## 151 Mugil_liza detrito 1
## 152 Oreochromis_mossambicus detrito 1
## 153 Poecilia_reticulata detrito 1
## 154 Poecilia_vivipara detrito 1
## 155 Pelecanus_occidentalis Diapterus_plumieri 1
## 156 Minuca_pugnax diatomeas 1
## 157 Ocypode_quadrata donax 1
## 158 Grapsus_grapsus droppings 1
## 159 Elacatinus_gemmatus ectoparasitos 1
## 160 Herpestes_auropunctatus Eleutherodactylus_spp 1
## 161 Melanerpes_portoricensis Eleutherodactylus_spp 1
## 162 Crotophaga_ani escarabajos 1
## 163 Tyrannus_dominicensis escarabajos 1
## 164 Melanerpes_portoricensis escorpiones 1
## 165 Grapsus_grapsus esponjas 1
## 166 Anolis_spp Exophthalmus_quindecimpinctatus 1
## 167 Cetengraulis_edentulus fitoplancton 1
## 168 Cetengraulis_endentulus fitoplancton 1
## 169 Crassostrea_rhizhophorae fitoplancton 1
## 170 Mercenaria_sp fitoplancton 1
## 171 Mugil_liza fitoplancton 1
## 172 Mytilidae fitoplancton 1
## 173 Tilapia_rendalli fitoplancton 1
## 174 Zooplancton fitoplancton 1
## 175 Larva_aedes fitoplancton 1
## 176 Grapsus_grapsus fitoplancton 1
## 177 Minuca_pugnax fitoplancton 1
## 178 Gallinula_chloropus flores 1
## 179 Gecarcinus_lateralis flores 1
## 180 Anolis_spp formicidae 1
## 181 Eleutherodactylus_spp formicidae 1
## 182 Melanerpes_portoricensis formicidae 1
## 183 Pholidoscelis_exsul formicidae 1
## 184 Dendrocygna_arborea frutos 1
## 185 Iguana_iguana frutos 1
## 186 Melanerpes_portoricensis frutos 1
## 187 Paratrechina_longicornis frutos 1
## 188 Solenopsis_sp frutos 1
## 189 Columba_passerina frutos 1
## 190 Columba_squamosa frutos 1
## 191 Caranx_latus gastropodos/bivalvos 1
## 192 Centropomus_undecimalis gastropodos/bivalvos 1
## 193 Eucinostomus_melanopterus gastropodos/bivalvos 1
## 194 Eugerres_plumieri gastropodos/bivalvos 1
## 195 Gobiomorus_dormitor gastropodos/bivalvos 1
## 196 Lepomis_microlophus gastropodos/bivalvos 1
## 197 Lutjanus_jocu gastropodos/bivalvos 1
## 198 Ardea_cinerea gecko 1
## 199 Ardea_herodias gecko 1
## 200 Bubulcus_ibis gecko 1
## 201 Butorides_virescens gecko 1
## 202 Egretta_caerulea gecko 1
## 203 Egretta_garzetta gecko 1
## 204 Egretta_rufescens gecko 1
## 205 Egretta_thula gecko 1
## 206 Egretta_tricolor gecko 1
## 207 Ixobrychus_exilis gecko 1
## 208 Nyctanassa_violaceae gecko 1
## 209 Aves_spp Gerridae_sp 1
## 210 Gerridae_sp Gerridae_sp 1
## 211 Peces_spp Gerridae_sp 1
## 212 Iguana_iguana Goniopsis_cruentata 1
## 213 Anas_discors gorgojos 1
## 214 Dendrocygna_arborea granos 1
## 215 Cardisoma_guanhumi gusanos 1
## 216 Centropomus_undecimalis gusanos 1
## 217 Coenobita_clypeatus gusanos 1
## 218 Eucinostomus_melanopterus gusanos 1
## 219 Eugerres_plumieri gusanos 1
## 220 Gallinula_galeata gusanos 1
## 221 Goniopsis_cruentata gusanos 1
## 222 Ichthyaetus_melanocephalus gusanos 1
## 223 Lepomis_microlophus gusanos 1
## 224 Ocypodinae gusanos 1
## 225 Oxyura_jamaicensis gusanos 1
## 226 Anas_bahamensis hojas 1
## 227 Larva_Aphrissa_statira hojas 1
## 228 Oxyura_jamaicensis hojas 1
## 229 Minuca_pugnax hongos 1
## 230 Ocypodinae hongos 1
## 231 Gallinula_chloropus huevos 1
## 232 Ocypode_quadrata huevos 1
## 233 Iguana_iguana huevos_Anas_bohamensis 1
## 234 Fregata_magnificens huevos_aves 1
## 235 Grapsus_grapsus huevos_aves 1
## 236 Microphis_lineatus huevos_peces 1
## 237 Diptera Hymenachnea_amplexicaulis 1
## 238 Anas_discors insectos 1
## 239 Anthracothorax insectos 1
## 240 Aranae_ssp insectos 1
## 241 Ardea_alba insectos 1
## 242 Ardea_cinerea insectos 1
## 243 Ardea_herodias insectos 1
## 244 Awaous_tajasica insectos 1
## 245 Bubulcus_ibis insectos 1
## 246 Butorides_virescens insectos 1
## 247 Cairina_moschata insectos 1
## 248 Coccyzus_vieilloti insectos 1
## 249 Columba_passerina insectos 1
## 250 Columba_squamosa insectos 1
## 251 Egretta_caerulea insectos 1
## 252 Egretta_garzetta insectos 1
## 253 Egretta_rufescens insectos 1
## 254 Egretta_thula insectos 1
## 255 Egretta_tricolor insectos 1
## 256 Elops_saurus insectos 1
## 257 Eugerres_plumieri insectos 1
## 258 Fulica_caribaea insectos 1
## 259 Gallinula_galeata insectos 1
## 260 Gecarcinus_lateralis insectos 1
## 261 Gobiomorus_dormitor insectos 1
## 262 Gobionellus_oceanicus insectos 1
## 263 Himantopus_mexicanus insectos 1
## 264 Ichthyaetus_melanocephalus insectos 1
## 265 Ixobrychus_exilis insectos 1
## 266 Melanerpes_portoricensis insectos 1
## 267 Myiarchus_crinitus insectos 1
## 268 Nyctanassa_violaceae insectos 1
## 269 Nycticorax_violaceus insectos 1
## 270 Otus_nudipes insectos 1
## 271 Oxyura_jamaicensis insectos 1
## 272 Poecilia_reticulata insectos 1
## 273 Poecilia_vivipara insectos 1
## 274 Tilapia_rendalli insectos 1
## 275 Podilymbus_podiceps insectos 1
## 276 Anas_bahamensis invertebrados 1
## 277 Cardisoma_guanhumi invertebrados 1
## 278 Casmerodus_albus Anolis_spp 1
## 279 Coccyzus_vieilloti Anolis_spp 1
## 280 Crotophaga_ani Anolis_spp 1
## 281 Quiscalus_niger Anolis_spp 1
## 282 Tyrannus_dominicensis Anolis_spp 1
## 283 Apis Laguncularia_racemosa 1
## 284 Burnsius Laguncularia_racemosa 1
## 285 Fulgoroidea Laguncularia_racemosa 1
## 286 Iguana_iguana Laguncularia_racemosa 1
## 287 Proarna_hilaris Laguncularia_racemosa 1
## 288 Sericoceros_krugii Laguncularia_racemosa 1
## 289 Diapterus_plumieri larvas_Diptera 1
## 290 Megalops_atlanticus larvas_Diptera 1
## 291 Tilapia_rendalli larvas_Diptera 1
## 292 Coenobita_clypeatus larvas 1
## 293 Gallinula_galeata larvas 1
## 294 Podilymbus_podiceps larvas 1
## 295 Melanerpes_portoricensis larvas_escarabajo 1
## 296 Anolis_spp Lepismas_sp 1
## 297 Anolis_spp Leucauge_argyra 1
## 298 Trachemys_stejnegeri Libellulidae_larva 1
## 299 Tyrannus_dominicensis libelulas 1
## 300 Anas_bahamensis madera 1
## 301 Casmerodus_albus mamiferos_pequeños 1
## 302 Otus_nudipes mamiferos_pequeños 1
## 303 Fregata_minor medusas 1
## 304 Xenopsaris_albinucha medusas 1
## 305 Pelecanus_occidentalis Megalops_atlanticus 1
## 306 Callinectes_sapidus mejillones 1
## 307 Coenobita_clypeatus mejillones 1
## 308 Peces Mercenaria_sp 1
## 309 Minuca_pugnax microbios 1
## 310 Goniopsis_cruentata Minuca_pugnax 1
## 311 Anolis_spp mo_animal 1
## 312 Callinectes_sapidus mo_animal 1
## 313 Chrysomya_rufifacies mo_animal 1
## 314 Gecarcinus_lateralis mo_animal 1
## 315 Goniopsis_cruentata mo_animal 1
## 316 Ornidia_obesa mo_animal 1
## 317 Paratrechina_longicornis mo_animal 1
## 318 Solenopsis_sp mo_animal 1
## 319 Larva_aedes mo_peces 1
## 320 Callinectes_sapidus mo_plantas 1
## 321 Gecarcinus_lateralis mo_plantas 1
## 322 Goniopsis_cruentata mo_plantas 1
## 323 Anas_bahamensis mo_plantas 1
## 324 Anthracothorax mo_plantas 1
## 325 Aves_spp mo_plantas 1
## 326 Blattodea _spp mo_plantas 1
## 327 Cairina_moschata mo_plantas 1
## 328 Coccyzus_minor mo_plantas 1
## 329 Coereba_flaveola mo_plantas 1
## 330 Columba_squamosa mo_plantas 1
## 331 Crotophaga_ani mo_plantas 1
## 332 Fulica_caribaea mo_plantas 1
## 333 Gallinula_galeata mo_plantas 1
## 334 Larva_aedes mo_plantas 1
## 335 Larva_coleaoptera_sp mo_plantas 1
## 336 Lepismas_sp mo_plantas 1
## 337 Melanerpes_portoricensis mo_plantas 1
## 338 Myiarchus_crinitus mo_plantas 1
## 339 Nasutitermes_costalis mo_plantas 1
## 340 Tyrannus_dominicensis mo_plantas 1
## 341 Zenaida_asiatica mo_plantas 1
## 342 Zenaida_auriculata mo_plantas 1
## 343 Coleaoptera_sp mo_plantas 1
## 344 Goniopsis_cruentata moluscos 1
## 345 Grapsus_grapsus moluscos 1
## 346 Leucophaeus_atricilla moluscos 1
## 347 Ocypode_quadrata moluscos 1
## 348 Ocypodinae moluscos 1
## 349 Oxyura_jamaicensis moluscos 1
## 350 Coccyzus_minor moscas 1
## 351 Todus_mexicanus moscas 1
## 352 Himantopus_mexicanus mosquitas 1
## 353 Anolis_spp Musca_domestica 1
## 354 Peces Mytilidae 1
## 355 Anolis_spp Nasutitermes_costalis 1
## 356 Araneae_spp Nasutitermes_costalis 1
## 357 Aves_spp Nasutitermes_costalis 1
## 358 Orthemis Nasutitermes_sp 1
## 359 Aphrissa_statira nectar 1
## 360 Fregata_magnificens neonato_tortuga_marina 1
## 361 Ninfa_brachy_furca Ninfa_brachy_furca 1
## 362 Anolis_spp Ocyptamus_cylindricus 1
## 363 Anolis_spp Ommatius_spp 1
## 364 Trachemys_stejnegeri Oreochromis_mossambicus 1
## 365 Brachymesia_furcata Ornidia_obesa 1
## 366 Orthemis Orthemis 1
## 367 Coccyzus_minor orugas 1
## 368 Crotophaga_ani orugas 1
## 369 Callinectes_sapidus otras 1
## 370 Anolis_spp Paratrechina_longicornis 1
## 371 Ardea_alba peces 1
## 372 Ardea_cinerea peces 1
## 373 Ardea_herodias peces 1
## 374 Bubulcus_ibis peces 1
## 375 Butorides_virescens peces 1
## 376 Cairina_moschata peces 1
## 377 Caranx_hippos peces 1
## 378 Caranx_latus peces 1
## 379 Casmerodus_albus peces 1
## 380 Centropomus_ensiferus peces 1
## 381 Centropomus_pectinatus peces 1
## 382 Centropomus_undecimalis peces 1
## 383 Egretta_caerulea peces 1
## 384 Egretta_garzetta peces 1
## 385 Egretta_rufescens peces 1
## 386 Egretta_thula peces 1
## 387 Egretta_tricolor peces 1
## 388 Eloeotris_pisonis peces 1
## 389 Elops_saurus peces 1
## 390 Eucinostomus_melanopterus peces 1
## 391 Fregata_magnificens peces 1
## 392 Fregata_minor peces 1
## 393 Fulica_caribaea peces 1
## 394 Gallinula_chloropus peces 1
## 395 Gallinula_galeata peces 1
## 396 Gobiomorus_dormitor peces 1
## 397 Goniopsis_cruentata peces 1
## 398 Grapsus_grapsus peces 1
## 399 Ichthyaetus_melanocephalus peces 1
## 400 Ixobrychus_exilis peces 1
## 401 Leucophaeus_atricilla peces 1
## 402 Lutjanus_jocu peces 1
## 403 Megalops_atlanticus peces 1
## 404 Nyctanassa_violaceae peces 1
## 405 Nycticorax_violaceus peces 1
## 406 Oxyura_jamaicensis peces 1
## 407 Pandion_haliaetus peces 1
## 408 Pelecanus_occidentalis peces 1
## 409 Podilymbus_podiceps peces 1
## 410 Quiscalus_niger peces 1
## 411 Strongylura_timucu peces 1
## 412 Thalasseus_maximus peces 1
## 413 Xenopsaris_albinucha peces 1
## 414 Iguana_iguana pichones_Anas_bohamensis 1
## 415 Melanerpes_portoricensis piquijuyes 1
## 416 Goniopsis_cruentata plancton 1
## 417 Aedes_aegypti nectar 1
## 418 Cairina_moschata plantas_acuaticas 1
## 419 Anas_discors plantas 1
## 420 Gallinula_chloropus plantas 1
## 421 Cardisoma_guanhumi plantas_herbaceas 1
## 422 Trachemys plantas_acuaticas 1
## 423 Coccyzus_minor polillas 1
## 424 Crotophaga_ani polillas 1
## 425 Todus_mexicanus polillas 1
## 426 Larva_aedes protozoa 1
## 427 Apis Pterocarpus_officinalis 1
## 428 Burnsius Pterocarpus_officinalis 1
## 429 Fulgoroidea Pterocarpus_officinalis 1
## 430 Nasutitermes_sp Pterocarpus_officinalis 1
## 431 Proarna_hilaris Pterocarpus_officinalis 1
## 432 Sericoceros_krugii Pterocarpus_officinalis 1
## 433 Ardea_cinerea ranas 1
## 434 Ardea_herodias ranas 1
## 435 Bubulcus_ibis ranas 1
## 436 Butorides_virescens ranas 1
## 437 Casmerodus_albus ranas 1
## 438 Coccyzus_minor ranas 1
## 439 Egretta_caerulea ranas 1
## 440 Egretta_garzetta ranas 1
## 441 Egretta_rufescens ranas 1
## 442 Egretta_thula ranas 1
## 443 Egretta_tricolor ranas 1
## 444 Ixobrychus_exilis ranas 1
## 445 Nyctanassa_violaceae ranas 1
## 446 Quiscalus_niger ranas 1
## 447 Butoroides_virescens renacuajos 1
## 448 Gallinula_galeata renacuajos 1
## 449 Quiscalus_niger renacuajos 1
## 450 Trachemys renacuajos 1
## 451 Cairina_moschata reptiles 1
## 452 Pandion_haliaetus reptiles_pequeños 1
## 453 Apis Rhizophora_mangle 1
## 454 Burnsius Rhizophora_mangle 1
## 455 Fulgoroidea Rhizophora_mangle 1
## 456 Proarna_hilaris Rhizophora_mangle 1
## 457 Sericoceros_krugii Rhizophora_mangle 1
## 458 Ardea_cinerea roedores 1
## 459 Ardea_herodias roedores 1
## 460 Bubulcus_ibis roedores 1
## 461 Butorides_virescens roedores 1
## 462 Egretta_caerulea roedores 1
## 463 Egretta_garzetta roedores 1
## 464 Egretta_rufescens roedores 1
## 465 Egretta_thula roedores 1
## 466 Egretta_tricolor roedores 1
## 467 Ixobrychus_exilis roedores 1
## 468 Nyctanassa_violaceae roedores 1
## 469 Otus_nudipes roedores 1
## 470 Pandion_haliaetus roedores 1
## 471 Quiscalus_niger roedores 1
## 472 Ardea_cinerea saltamontes 1
## 473 Ardea_herodias saltamontes 1
## 474 Bubulcus_ibis saltamontes 1
## 475 Butorides_virescens saltamontes 1
## 476 Coccyzus_minor saltamontes 1
## 477 Crotophaga_ani saltamontes 1
## 478 Egretta_caerulea saltamontes 1
## 479 Egretta_garzetta saltamontes 1
## 480 Egretta_rufescens saltamontes 1
## 481 Egretta_thula saltamontes 1
## 482 Egretta_tricolor saltamontes 1
## 483 Ixobrychus_exilis saltamontes 1
## 484 Nyctanassa_violaceae saltamontes 1
## 485 Aedes_aegypti sangre_animal 1
## 486 Anas_bahamensis semillas 1
## 487 Columba_livia semillas 1
## 488 Columba_passerina semillas 1
## 489 Columba_squamosa semillas 1
## 490 Dendrocygna_arborea semillas 1
## 491 Oxyura_jamaicensis semillas 1
## 492 Cairina_moschata semillas_graminea 1
## 493 Dendrocygna_arborea semillas_palma 1
## 494 Elops_saurus sepia 1
## 495 Lutjanus_jocu sepia 1
## 496 Ardea_cinerea serpientes 1
## 497 Ardea_herodias serpientes 1
## 498 Bubulcus_ibis serpientes 1
## 499 Butorides_virescens serpientes 1
## 500 Egretta_caerulea serpientes 1
## 501 Egretta_garzetta serpientes 1
## 502 Egretta_rufescens serpientes 1
## 503 Egretta_thula serpientes 1
## 504 Egretta_tricolor serpientes 1
## 505 Gallinula_galeata serpientes 1
## 506 Ixobrychus_exilis serpientes 1
## 507 Nyctanassa_violaceae serpientes 1
## 508 Quiscalus_niger serpientes 1
## 509 Anolis_spp Solenopsis_sp 1
## 510 Anolis_spp Solenoptera_spp 1
## 511 Iguana_iguana Terminalia_catappa 1
## 512 Melanerpes_portoricensis termitas 1
## 513 Apis Thespesia_populnea 1
## 514 Burnsius Thespesia_populnea 1
## 515 Cecidomyiinae Thespesia_populnea 1
## 516 Fulgoroidea Thespesia_populnea 1
## 517 Proarna_hilaris Thespesia_populnea 1
## 518 Sericoceros_krugii Thespesia_populnea 1
## 519 Pelecanus_occidentalis Tilapia_rendalli 1
## 520 Trachemys_stejnegeri Tilapia_rendalli 1
## 521 Fregata_minor tortugas 1
## 522 Pelecanus_occidentalis tortugas 1
## 523 Xenopsaris_albinucha tortugas 1
## 524 Anolis_spp Toxomerus_pulchellus 1
## 525 Columba_passerina plantas 1
## 526 Dendrocygna_arborea hierba 1
## 527 Grapsus_grapsus young sea turtles 1
## 528 Callinectes_sapidus young_crabs 1
## 529 Crassostrea_rhizhophorae zooplancton 1
## 530 Anchovia_clupeoides zooplancton 1
## 531 Caranx_latus zooplancton 1
## 532 Cetengraulis_edentulus zooplancton 1
## 533 Cetengraulis_endentulus zooplancton 1
## 534 Elacatinus_gemmatus zooplancton 1
## 535 Eucinostomus_melanopterus zooplancton 1
## 536 Gobionellus_boleosoma zooplancton 1
## 537 Gobionellus_oceanicus zooplancton 1
## 538 Lepomis_microlophus zooplancton 1
## 539 Mercenaria_sp zooplancton 1
## 540 Microphis_lineatus zooplancton 1
## 541 Mugil_curema zooplancton 1
## 542 Mytilidae zooplancton 1
## 543 Oreochromis_mossambicus zooplancton 1
## 544 Poecilia_reticulata zooplancton 1
## 545 Tilapia_rendalli zooplancton 1
## 546 Gerridae_sp zooplancton 1A continuación vamos a crear la matriz de interacciones:
#obtener los nombres de filas y columnas (todas las especies)
nameVals <- sort(unique(unlist(interact[1:2])))
# construir una matriz de ceros (0) con todas las especies
matriz <- matrix(0, length(nameVals), length(nameVals), dimnames = list(nameVals, nameVals))
# llenar la matriz con los valores (1) de los pares depredador-presa
matriz[as.matrix(interact[c("presa", "depredador")])] <- interact[["interaccion"]]Usando el paquete foodweb podemos calcular algunos de los índices que describen la estructura de una red alimentaria.
Algunos de estos índices o características de las redes tróficas son los siguientes:
Posición trófica: posición de la especie (\(S_i\)) en la red trófica:
Enlaces (Links): número de conexiones entre las especies consumidoras y las especies consumidas (L).
Conectancia (Connectance): describe la cantidad de enlaces que ocurren en relación a los posibles enlaces en la red: \[C = \frac{L}{S(S-1)/2}\]
Densidad de enlaces (Link density): se refiere al número promedio de enlaces alimentarios por especie: \[\frac{L}{S}\]
Niveles tróficos (Trophic positions): número de posiciones tróficas separables.
Fracciones de especies (Frac.): pueden referirse a la fracción de especies: basales, intermedias, topes, omnívoras, caníbales, herbívoras.
Presa:Depredador (Prey:Predator): razón entre especies presa y especies depredadoras.
Cálcularemos los valores anteriores usando el paquete foodweb:
library(foodweb)
library(dplyr)
library(gt)
write.table(matriz, file = "redreserva.csv", append=FALSE, sep=",", row.names=FALSE, col.names=FALSE)
analyse.single(filename = "redreserva.csv", omn = "TRUE", cann = "TRUE", positions = "TRUE", maxlevels = 8)## [1] "Check your current working directory for the output file(s). Network parameters are in a file with the name Results-redreserva.csv"indices <- t(indices)
index <- as.data.frame(indices)
index %>%
gt(
rownames_to_stub = TRUE
) %>%
tab_header(
title = "Tabla 1. Indices de la red trófica"
)| Tabla 1. Indices de la red trófica | |
|---|---|
| V1 | |
| Web ID | redreserva.csv |
| Species richness | 250 |
| Total # Links | 545 |
| Connectance | 0.00872 |
| Link density | 2.18 |
| Frac omniv | 0.08 |
| Frac cannib | 0.208 |
| Total # trophic positions | 5 |
| Frac basal | 0.48 |
| Frac intermediate | 0.484 |
| Frac top | 0.036 |
| Frac herbiv | 0.428 |
| Prey:Predator | 1.85384615384615 |
Ahora podemos visualizar la red trófica, pero antes debemos indicar una cantidad de colores y sus respectivos radios de separación, que sea igual al número de posiciones (niveles) tróficos obtenidos en el análisis:
library(rgl)
plotweb(col=c("green","blue","brown","orange","red"),radii=c(30,20,20,50,40))
rglwidget()