Estimativa de Densidade Básica utilizando o Pilodyn

Referência: Warrier, K. C. (2014). Use of Pilodyn for Rapid and Reliable Estimation of Wood Basic Density in Clones of Casuarina equisetifolia.

Artigo

1 Instalação de Pacotes

install.packages("tidyverse") # pacote com vários pacotes para manipulação de dados
install.packages("readxl") # pacote para leitura de arquivos excel
install.packages("ggpubr") # plotar regressão no gráfico (linear)
install.packages("kableExtra") #tabelas no RMarkdown
install.packages("dplyr") # manipulação de dados

2 Pacotes Utilizados

library(tidyverse) # pacote com vários pacotes para manipulação de dados
library(readxl) # pacote para leitura de arquivos excel
library(ggpubr) # plotar regressão no gráfico (linear)
library(kableExtra) #tabelas no RMarkdown
library(dplyr) # manipulação de dados

3 Importar os dados

tb <- read_excel("Dados_xilofogos_pilodyn-densidade.xls",
                 sheet = "Pilodyn")

4 Ver o Banco de dados

Com a função kbldo pacote KableExtra, você atribui um título a tabela, com a função kable_classic, é possivel criar uma tabela de formato classico, estilo ABNT e atribuir forma da fonte, e tamanho da fonte. E com a função scroll_box, é possivel criar uma barra vertical e horizontal para minimizar o tamanho da tabela no seu RMarkdown, assim você pode inserir sua tabela sem que ela ocupe muito espaço no seu relatório.

tb %>%
  kbl(caption = "Tabela de dados do Pilodyn") %>%
  kable_classic(full_width = F, html_font = "Times", font_size = 20)%>%
  scroll_box(width = "500px", height = "300px")
Tabela de dados do Pilodyn
clones Pilodyn densidade
1 4.40 0.84
2 4.98 0.76
3 5.08 0.77
4 4.28 0.83
5 4.63 0.78
6 4.40 0.84
7 6.80 0.59
8 4.33 0.82
9 5.28 0.75
10 5.23 0.72
11 4.40 0.78
12 5.10 0.75
13 4.75 0.79
14 4.63 0.77
15 5.78 0.73
16 4.53 0.78
17 4.65 0.80
18 4.83 0.75
19 5.58 0.72
20 5.73 0.71
21 4.35 0.83
22 4.65 0.76
23 4.63 0.77
24 4.13 0.82
25 5.65 0.69
26 4.53 0.77
27 5.28 0.75
28 4.88 0.78
29 5.30 0.74
30 4.05 0.83
31 4.30 0.79
32 4.73 0.77
33 8.83 0.46
34 5.15 0.74
35 4.30 0.82
36 4.28 0.80
37 4.75 0.75
38 4.93 0.74
39 5.33 0.73
40 5.48 0.72
41 5.70 0.75
42 5.60 0.74
43 4.65 0.82
44 4.83 0.80
45 5.73 0.77
46 5.05 0.79
47 5.23 0.75
48 5.50 0.75
49 5.65 0.78
50 4.78 0.80
51 5.15 0.73
52 5.40 0.73
53 5.45 0.70
54 4.43 0.86
55 4.70 0.78
56 5.25 0.75
57 5.28 0.78
58 5.18 0.76
59 6.05 0.69

Observação: O pacote kableExtra fornece várias comandos para Editar suas Tabelas. Neste Link: De Hao Zhu, tem várias dicas para personalização de tabelas pelo pacote.

5 Histograma para verificar a distribuição dos dados da variável resposta

P.S.: Com o comando echo, Você mostra o resultado, mas não o chunk.

6 Tabela Descritivas de Média e Desvio Padrão

Com o comando get_summary_statsé possivel obter dados descritivos (média e desvio padrão) do seu banco de dados. Com a função kabledo pacote, monta-se o cabeçalho da tabela, e com a função kable_styling, defini-se a fonte e o tamanho da fonte.

resumo <- tb %>% 
  get_summary_stats(densidade, type = "mean_sd")

kable(resumo,
      col.names = c("Densidade", "n", "Média", "Desvio Padrão")) %>%
  kable_styling(full_width = F, html_font = "Times", font_size = 20)
Densidade n Média Desvio Padrão
densidade 59 0.761 0.06

7 Gráfico com a regressão e ajuste da reta linear