PWP-TT Model
José A. RT-Maturana
March 10, 2022
The main goal of this paper is to estimate the risk of SUD treatment readmission. Since we have a database with multiple entries by subject, we think that time-to-event models of recurrent events are more appropriate.
cpdata is a data frame with a counting process structure, you can read more in Amorim & Cai,2015.
## Rows: 109,756
## Columns: 22
## $ tipo_programa <dbl+lbl> 1, 1, 2, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 1, 1, 1, 1, 1~
## $ tipo_centro <dbl+lbl> 2, 1, 1, 1, 2, 2, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 1, 2~
## $ edad_al_ing <dbl> 41.47023, 36.15606, 45.97399, 21.35250, 29.7~
## $ compromiso_biopsicosocial <dbl+lbl> 2, 3, 2, 2, NA, 3, 2, 3, 3, 3, ~
## $ escolaridad <dbl+lbl> 3, 3, 1, 2, 3, 2, 2, 3, 3, 3, 3, 2, 3, 3~
## $ sex <dbl+lbl> 1, 1, 2, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 1, 1, 1, 1, 1~
## $ edad_inicio <dbl> 14, 14, 23, 14, 22, 20, 18, 16, 16, 20, 12, ~
## $ es_conyugal <dbl+lbl> 3, 3, 3, 3, 2, 3, 1, 3, 3, 2, 3, 1, 3, 3~
## $ freq_cons <dbl+lbl> 4, 6, 5, 4, 4, 6, 6, 6, 6, 6, 4, 2, 6, 6~
## $ estatus_ocupacional <dbl+lbl> 3, 1, 2, 3, 2, 1, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 1, 1~
## $ sus <dbl+lbl> 5, 5, 1, 5, 2, 1, 2, 2, 2, 1, 3, 3, 5, 5~
## $ anoing <dbl+lbl> 10, 5, 10, 4, 8, 6, 5, 8, 8, 10, ~
## $ ing <dbl> 18019, 16078, 17907, 15441, 17291, 16520, 15~
## $ egres <dbl> 18213, 16377, 18169, 15710, 17326, 16734, 16~
## $ egreso <dbl+lbl> 6, 4, 1, 4, 2, 1, 4, 1, 3, 5, 1, 1, 2, 2~
## $ event <dbl> 2, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 1, 2, 1, 1, 1, 1, 1, 1,~
## $ id <dbl> 1, 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 7, 8, 9, 10, 11, 12,~
## $ status <dbl> 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,~
## $ terap_dis <dbl> 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,~
## $ fd <dbl> 16078, 16078, 17907, 15441, 17291, 16520, 15~
## $ tstop <dbl> 194, 1941, 306, 2772, 922, 1693, 2347, 330, ~
## $ tstart <dbl> 0, 194, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 330, 0, 0, 0, 0, 0~## id tstart tstop status
## 1 1 0 194 0
## 2 1 194 1941 1
## 3 2 0 306 0
## 4 3 0 2772 0
## 5 4 0 922 0
## 6 5 0 1693 0
## 7 6 0 2347 0
## 8 7 0 330 1
## 9 7 330 834 0
## 10 8 0 385 0
## 11 9 0 2854 0
## 12 10 0 1128 0
## 13 11 0 1539 0
## 14 12 0 2688 0
## 15 13 0 2346 0
## 16 14 0 1043 0
## 17 15 0 1041 1
## 18 15 1041 3117 0
## 19 16 0 1000 0
## 20 17 0 352 0The main variable is terap_dis. We think that a patient with a discharge without clinical advice have a higher risk of readmission -terap_dis -age -freq_cons
Descriptive statistics
summary(cpdata)## tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial
## PG :97439 Private:33322 Min. :14.88 Mild : 9268
## EM :12220 Public :76406 1st Qu.:27.76 Moderate:60116
## NA's: 97 NA's : 28 Median :34.33 Severe :38439
## Mean :36.08 NA's : 1933
## 3rd Qu.:42.91
## Max. :88.84
## NA's :8
## escolaridad sex edad_inicio es_conyugal
## Mayor a secundaria:19473 M:80305 Min. : 5.00 Married :36362
## Secundaria o menor:60782 F:29451 1st Qu.:14.00 Separated:11923
## Primaria o menor :29059 Median :15.00 Single :60008
## NA's : 442 Mean :16.39 Widower : 1265
## 3rd Qu.:18.00 NA's : 198
## Max. :74.00
## NA's :6823
## freq_cons estatus_ocupacional sus anoing
## 1 : 1848 1 :39711 Alcohol :34834 Min. : 1.000
## 2 : 3899 2 :50638 Cocaine :20067 1st Qu.: 4.000
## 3 : 6995 3 :19406 Marijuana : 6548 Median : 6.000
## 4 :28888 NA's: 1 Other : 1926 Mean : 6.239
## 5 :17567 Cocaine paste:46380 3rd Qu.: 9.000
## 6 :49991 NA's : 1 Max. :10.000
## NA's: 568
## ing egres egreso event
## Min. :13621 Min. :14232 Min. :1.000 Min. : 1.000
## 1st Qu.:15785 1st Qu.:15989 1st Qu.:1.000 1st Qu.: 1.000
## Median :16610 Median :16842 Median :2.000 Median : 1.000
## Mean :16533 Mean :16749 Mean :2.797 Mean : 1.316
## 3rd Qu.:17386 3rd Qu.:17609 3rd Qu.:4.000 3rd Qu.: 1.000
## Max. :18199 Max. :18213 Max. :7.000 Max. :10.000
## NA's :20
## id status terap_dis
## Min. : 1 Min. :0.0000 Discharge w/o clinical Advice:85364
## 1st Qu.:21169 1st Qu.:0.0000 Terapeutic discharge :24371
## Median :42445 Median :0.0000 NA's : 21
## Mean :42470 Mean :0.2251
## 3rd Qu.:63797 3rd Qu.:0.0000
## Max. :85048 Max. :1.0000
##
## fd tstop tstart
## Min. :13621 Min. : 1 Min. : 0.0
## 1st Qu.:15462 1st Qu.: 520 1st Qu.: 0.0
## Median :16324 Median :1167 Median : 0.0
## Mean :16308 Mean :1370 Mean : 113.9
## 3rd Qu.:17182 3rd Qu.:2059 3rd Qu.: 0.0
## Max. :18199 Max. :4592 Max. :2101.0
## EXPLORACIÓN DE VARIABLES CUANTITATIVAS
Edad al ingreso
## `stat_bin()` using `bins = 30`. Pick better value with `binwidth`.
Sesgo a la derecha, hay menores de edad porque SENDA hace algunas excepciones muy puntuales.
## `stat_bin()` using `bins = 30`. Pick better value with `binwidth`.
Distribución asimétrica, leptocurtica, y con sesgo positivo. Presencia de valores atÃpicos. Los extremos se encuentran a los 5 y 74 años
CATEGORICAL DATA ANALYSIS
Tipo de centro
##
## Private Public
## 0.3036782 0.6963218La muestra se compone de 70% de pacientes en instituciones públicas y 30% privadas.
tipo de programa
##
## PG EM
## 0.8885636 0.1114364El 89% corresponde a programas de poblacion general, mientras que el 11 al programa especÃfico de mujeres.
tipo de sustancia consumida
##
## Alcohol Cocaine Marijuana Other Cocaine paste
## 0.31737962 0.18283450 0.05966015 0.01754818 0.42257756La mayoria se encuentra en rehabilitación por consumo de pasta base, seguido del alcohol y en tercer lugar la cocaÃna.
Compromiso biopsicosocial
##
## Mild Moderate Severe
## 0.08595569 0.55754338 0.35650093##
## FALSE TRUE
## 0.98238821 0.01761179Sexo
##
## M F
## 0.7316684 0.2683316##
## FALSE
## 1Escolaridad
##
## Mayor a secundaria Secundaria o menor Primaria o menor
## 0.1781382 0.5560312 0.2658305##
## FALSE TRUE
## 0.995972885 0.004027115Estado conyugal
##
## Married Separated Single Widower
## 0.3318973 0.1088282 0.5477281 0.0115464Motivo de egreso
##
## Discharge w/o clinical Advice Terapeutic discharge
## 0.7779104 0.2220896Missing data analysis
## tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial
## Mode :logical Mode :logical Mode :logical Mode :logical
## FALSE:109659 FALSE:109728 FALSE:109748 FALSE:107823
## TRUE :97 TRUE :28 TRUE :8 TRUE :1933
## escolaridad sex edad_inicio es_conyugal
## Mode :logical Mode :logical Mode :logical Mode :logical
## FALSE:109314 FALSE:109756 FALSE:102933 FALSE:109558
## TRUE :442 TRUE :6823 TRUE :198
## freq_cons estatus_ocupacional sus anoing
## Mode :logical Mode :logical Mode :logical Mode :logical
## FALSE:109188 FALSE:109755 FALSE:109755 FALSE:109756
## TRUE :568 TRUE :1 TRUE :1
## ing egres egreso event
## Mode :logical Mode :logical Mode :logical Mode :logical
## FALSE:109756 FALSE:109756 FALSE:109736 FALSE:109756
## TRUE :20
## id status terap_dis fd
## Mode :logical Mode :logical Mode :logical Mode :logical
## FALSE:109756 FALSE:109756 FALSE:109735 FALSE:109756
## TRUE :21
## tstop tstart
## Mode :logical Mode :logical
## FALSE:109756 FALSE:109756
## Las variables que tienen más NA son edad_inicio y compromiso_biopsicosocial.
## egres event status estatus_ocupacional sus edad_al_ing egreso terap_dis
## 99984 1 1 1 1 1 1 1 1
## 6577 1 1 1 1 1 1 1 1
## 1803 1 1 1 1 1 1 1 1
## 76 1 1 1 1 1 1 1 1
## 472 1 1 1 1 1 1 1 1
## 59 1 1 1 1 1 1 1 1
## 26 1 1 1 1 1 1 1 1
## 324 1 1 1 1 1 1 1 1
## 64 1 1 1 1 1 1 1 1
## 12 1 1 1 1 1 1 1 1
## 1 1 1 1 1 1 1 1 1
## 5 1 1 1 1 1 1 1 1
## 2 1 1 1 1 1 1 1 1
## 136 1 1 1 1 1 1 1 1
## 15 1 1 1 1 1 1 1 1
## 11 1 1 1 1 1 1 1 1
## 1 1 1 1 1 1 1 1 1
## 2 1 1 1 1 1 1 1 1
## 24 1 1 1 1 1 1 1 1
## 7 1 1 1 1 1 1 1 1
## 1 1 1 1 1 1 1 1 1
## 94 1 1 1 1 1 1 1 1
## 2 1 1 1 1 1 1 1 1
## 1 1 1 1 1 1 1 1 1
## 18 1 1 1 1 1 1 1 1
## 9 1 1 1 1 1 1 1 1
## 1 1 1 1 1 1 1 1 0
## 16 1 1 1 1 1 1 0 0
## 1 1 1 1 1 1 1 0 0
## 1 1 1 1 1 1 1 0 0
## 1 1 1 1 1 1 1 0 0
## 1 1 1 1 1 1 1 0 0
## 8 1 1 1 1 1 0 1 1
## 1 1 1 1 0 0 1 1 1
## 0 0 0 1 1 8 20 21
## tipo_centro tipo_programa es_conyugal escolaridad freq_cons
## 99984 1 1 1 1 1
## 6577 1 1 1 1 1
## 1803 1 1 1 1 1
## 76 1 1 1 1 1
## 472 1 1 1 1 0
## 59 1 1 1 1 0
## 26 1 1 1 1 0
## 324 1 1 1 0 1
## 64 1 1 1 0 1
## 12 1 1 1 0 1
## 1 1 1 1 0 1
## 5 1 1 1 0 0
## 2 1 1 1 0 0
## 136 1 1 0 1 1
## 15 1 1 0 1 1
## 11 1 1 0 1 1
## 1 1 1 0 1 1
## 2 1 1 0 1 0
## 24 1 1 0 0 1
## 7 1 1 0 0 1
## 1 1 1 0 0 0
## 94 1 0 1 1 1
## 2 1 0 1 1 1
## 1 1 0 1 1 1
## 18 0 1 1 1 1
## 9 0 1 1 1 1
## 1 1 1 1 1 1
## 16 1 1 1 1 1
## 1 1 1 1 1 1
## 1 1 1 1 1 1
## 1 1 1 1 0 1
## 1 0 1 1 1 1
## 8 1 1 1 1 1
## 1 1 1 0 0 0
## 28 97 198 442 568
## compromiso_biopsicosocial edad_inicio
## 99984 1 1 0
## 6577 1 0 1
## 1803 0 1 1
## 76 0 0 2
## 472 1 1 1
## 59 1 0 2
## 26 0 1 2
## 324 1 1 1
## 64 1 0 2
## 12 0 1 2
## 1 0 0 3
## 5 1 1 2
## 2 1 0 3
## 136 1 1 1
## 15 1 0 2
## 11 0 1 2
## 1 0 0 3
## 2 1 1 2
## 24 1 1 2
## 7 1 0 3
## 1 1 1 3
## 94 1 1 1
## 2 1 0 2
## 1 0 1 2
## 18 1 1 1
## 9 1 0 2
## 1 1 1 1
## 16 1 1 2
## 1 1 0 3
## 1 0 1 3
## 1 1 1 3
## 1 1 1 3
## 8 1 0 2
## 1 0 0 7
## 1933 6823 10140## $rr
## tipo_programa tipo_centro edad_al_ing
## tipo_programa 109659 109631 109651
## tipo_centro 109631 109728 109720
## edad_al_ing 109651 109720 109748
## compromiso_biopsicosocial 107727 107795 107815
## escolaridad 109217 109286 109306
## edad_inicio 102838 102914 102933
## es_conyugal 109461 109530 109550
## freq_cons 109091 109160 109180
## estatus_ocupacional 109658 109727 109747
## sus 109658 109727 109747
## egres 109659 109728 109748
## egreso 109639 109709 109728
## event 109659 109728 109748
## status 109659 109728 109748
## terap_dis 109638 109708 109727
## compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio
## tipo_programa 107727 109217 102838
## tipo_centro 107795 109286 102914
## edad_al_ing 107815 109306 102933
## compromiso_biopsicosocial 107823 107395 101079
## escolaridad 107395 109314 102566
## edad_inicio 101079 102566 102933
## es_conyugal 107638 109149 102759
## freq_cons 107282 108755 102427
## estatus_ocupacional 107823 109314 102933
## sus 107823 109314 102933
## egres 107823 109314 102933
## egreso 107804 109295 102914
## event 107823 109314 102933
## status 107823 109314 102933
## terap_dis 107803 109294 102913
## es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus
## tipo_programa 109461 109091 109658 109658
## tipo_centro 109530 109160 109727 109727
## edad_al_ing 109550 109180 109747 109747
## compromiso_biopsicosocial 107638 107282 107823 107823
## escolaridad 109149 108755 109314 109314
## edad_inicio 102759 102427 102933 102933
## es_conyugal 109558 108994 109558 109558
## freq_cons 108994 109188 109188 109188
## estatus_ocupacional 109558 109188 109755 109755
## sus 109558 109188 109755 109755
## egres 109558 109188 109755 109755
## egreso 109538 109168 109735 109735
## event 109558 109188 109755 109755
## status 109558 109188 109755 109755
## terap_dis 109537 109167 109734 109734
## egres egreso event status terap_dis
## tipo_programa 109659 109639 109659 109659 109638
## tipo_centro 109728 109709 109728 109728 109708
## edad_al_ing 109748 109728 109748 109748 109727
## compromiso_biopsicosocial 107823 107804 107823 107823 107803
## escolaridad 109314 109295 109314 109314 109294
## edad_inicio 102933 102914 102933 102933 102913
## es_conyugal 109558 109538 109558 109558 109537
## freq_cons 109188 109168 109188 109188 109167
## estatus_ocupacional 109755 109735 109755 109755 109734
## sus 109755 109735 109755 109755 109734
## egres 109756 109736 109756 109756 109735
## egreso 109736 109736 109736 109736 109735
## event 109756 109736 109756 109756 109735
## status 109756 109736 109756 109756 109735
## terap_dis 109735 109735 109735 109735 109735
##
## $rm
## tipo_programa tipo_centro edad_al_ing
## tipo_programa 0 28 8
## tipo_centro 97 0 8
## edad_al_ing 97 28 0
## compromiso_biopsicosocial 96 28 8
## escolaridad 97 28 8
## edad_inicio 95 19 0
## es_conyugal 97 28 8
## freq_cons 97 28 8
## estatus_ocupacional 97 28 8
## sus 97 28 8
## egres 97 28 8
## egreso 97 27 8
## event 97 28 8
## status 97 28 8
## terap_dis 97 27 8
## compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio
## tipo_programa 1932 442 6821
## tipo_centro 1933 442 6814
## edad_al_ing 1933 442 6815
## compromiso_biopsicosocial 0 428 6744
## escolaridad 1919 0 6748
## edad_inicio 1854 367 0
## es_conyugal 1920 409 6799
## freq_cons 1906 433 6761
## estatus_ocupacional 1932 441 6822
## sus 1932 441 6822
## egres 1933 442 6823
## egreso 1932 441 6822
## event 1933 442 6823
## status 1933 442 6823
## terap_dis 1932 441 6822
## es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egres
## tipo_programa 198 568 1 1 0
## tipo_centro 198 568 1 1 0
## edad_al_ing 198 568 1 1 0
## compromiso_biopsicosocial 185 541 0 0 0
## escolaridad 165 559 0 0 0
## edad_inicio 174 506 0 0 0
## es_conyugal 0 564 0 0 0
## freq_cons 194 0 0 0 0
## estatus_ocupacional 197 567 0 0 0
## sus 197 567 0 0 0
## egres 198 568 1 1 0
## egreso 198 568 1 1 0
## event 198 568 1 1 0
## status 198 568 1 1 0
## terap_dis 198 568 1 1 0
## egreso event status terap_dis
## tipo_programa 20 0 0 21
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## edad_al_ing 20 0 0 21
## compromiso_biopsicosocial 19 0 0 20
## escolaridad 19 0 0 20
## edad_inicio 19 0 0 20
## es_conyugal 20 0 0 21
## freq_cons 20 0 0 21
## estatus_ocupacional 20 0 0 21
## sus 20 0 0 21
## egres 20 0 0 21
## egreso 0 0 0 1
## event 20 0 0 21
## status 20 0 0 21
## terap_dis 0 0 0 0
##
## $mr
## tipo_programa tipo_centro edad_al_ing
## tipo_programa 0 97 97
## tipo_centro 28 0 28
## edad_al_ing 8 8 0
## compromiso_biopsicosocial 1932 1933 1933
## escolaridad 442 442 442
## edad_inicio 6821 6814 6815
## es_conyugal 198 198 198
## freq_cons 568 568 568
## estatus_ocupacional 1 1 1
## sus 1 1 1
## egres 0 0 0
## egreso 20 19 20
## event 0 0 0
## status 0 0 0
## terap_dis 21 20 21
## compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio
## tipo_programa 96 97 95
## tipo_centro 28 28 19
## edad_al_ing 8 8 0
## compromiso_biopsicosocial 0 1919 1854
## escolaridad 428 0 367
## edad_inicio 6744 6748 0
## es_conyugal 185 165 174
## freq_cons 541 559 506
## estatus_ocupacional 0 0 0
## sus 0 0 0
## egres 0 0 0
## egreso 19 19 19
## event 0 0 0
## status 0 0 0
## terap_dis 20 20 20
## es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egres
## tipo_programa 97 97 97 97 97
## tipo_centro 28 28 28 28 28
## edad_al_ing 8 8 8 8 8
## compromiso_biopsicosocial 1920 1906 1932 1932 1933
## escolaridad 409 433 441 441 442
## edad_inicio 6799 6761 6822 6822 6823
## es_conyugal 0 194 197 197 198
## freq_cons 564 0 567 567 568
## estatus_ocupacional 0 0 0 0 1
## sus 0 0 0 0 1
## egres 0 0 0 0 0
## egreso 20 20 20 20 20
## event 0 0 0 0 0
## status 0 0 0 0 0
## terap_dis 21 21 21 21 21
## egreso event status terap_dis
## tipo_programa 97 97 97 97
## tipo_centro 27 28 28 27
## edad_al_ing 8 8 8 8
## compromiso_biopsicosocial 1932 1933 1933 1932
## escolaridad 441 442 442 441
## edad_inicio 6822 6823 6823 6822
## es_conyugal 198 198 198 198
## freq_cons 568 568 568 568
## estatus_ocupacional 1 1 1 1
## sus 1 1 1 1
## egres 0 0 0 0
## egreso 0 20 20 0
## event 0 0 0 0
## status 0 0 0 0
## terap_dis 1 21 21 0
##
## $mm
## tipo_programa tipo_centro edad_al_ing
## tipo_programa 97 0 0
## tipo_centro 0 28 0
## edad_al_ing 0 0 8
## compromiso_biopsicosocial 1 0 0
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## edad_inicio 2 9 8
## es_conyugal 0 0 0
## freq_cons 0 0 0
## estatus_ocupacional 0 0 0
## sus 0 0 0
## egres 0 0 0
## egreso 0 1 0
## event 0 0 0
## status 0 0 0
## terap_dis 0 1 0
## compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio
## tipo_programa 1 0 2
## tipo_centro 0 0 9
## edad_al_ing 0 0 8
## compromiso_biopsicosocial 1933 14 79
## escolaridad 14 442 75
## edad_inicio 79 75 6823
## es_conyugal 13 33 24
## freq_cons 27 9 62
## estatus_ocupacional 1 1 1
## sus 1 1 1
## egres 0 0 0
## egreso 1 1 1
## event 0 0 0
## status 0 0 0
## terap_dis 1 1 1
## es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egres
## tipo_programa 0 0 0 0 0
## tipo_centro 0 0 0 0 0
## edad_al_ing 0 0 0 0 0
## compromiso_biopsicosocial 13 27 1 1 0
## escolaridad 33 9 1 1 0
## edad_inicio 24 62 1 1 0
## es_conyugal 198 4 1 1 0
## freq_cons 4 568 1 1 0
## estatus_ocupacional 1 1 1 1 0
## sus 1 1 1 1 0
## egres 0 0 0 0 0
## egreso 0 0 0 0 0
## event 0 0 0 0 0
## status 0 0 0 0 0
## terap_dis 0 0 0 0 0
## egreso event status terap_dis
## tipo_programa 0 0 0 0
## tipo_centro 1 0 0 1
## edad_al_ing 0 0 0 0
## compromiso_biopsicosocial 1 0 0 1
## escolaridad 1 0 0 1
## edad_inicio 1 0 0 1
## es_conyugal 0 0 0 0
## freq_cons 0 0 0 0
## estatus_ocupacional 0 0 0 0
## sus 0 0 0 0
## egres 0 0 0 0
## egreso 20 0 0 20
## event 0 0 0 0
## status 0 0 0 0
## terap_dis 20 0 0 21
##
## Variables sorted by number of missings:
## Variable Count
## sex 6.216517e-02
## compromiso_biopsicosocial 1.761179e-02
## es_conyugal 5.175116e-03
## escolaridad 4.027115e-03
## edad_inicio 1.804002e-03
## tipo_programa 8.837786e-04
## tipo_centro 2.551113e-04
## egreso 1.913335e-04
## anoing 1.822224e-04
## edad_al_ing 7.288895e-05
## freq_cons 9.111119e-06
## estatus_ocupacional 9.111119e-06
## sus 0.000000e+00
## ing 0.000000e+00
## egres 0.000000e+00
Under MCAR, distributions of the two colored boxplots are expected to be equal Van Buuren & Groothuis-Oudshoorn,2011. Imputation methods seems to be unnecessary, but we will do it anyway. Despite that we did not found any problematic missingness patterns, MCAR is a very strong assumption and we have to be cautious.
## [1] 0.08903386The rule of thumb says that for every percent of incomplete cases, we should use M = 1. In this case, we have 8.9%, thus, we should have at least M = 9.
IMPUTATION: MICE & RANDOM FOREST
system.time({
tryCatch(imp <- mice(cpdata, m = 10, method = "pmm", maxit = 20, seed = 500),
error = function(e) { print(e);message("Error: Unable to run MICE")})
})##
## iter imp variable
## 1 1 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 1 2 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 1 3 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 1 4 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 1 5 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 1 6 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 1 7 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 1 8 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 1 9 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 1 10 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 2 1 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 2 2 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 2 3 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 2 4 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 2 5 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 2 6 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 2 7 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 2 8 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 2 9 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 2 10 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 3 1 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 3 2 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 3 3 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 3 4 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 3 5 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 3 6 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 3 7 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 3 8 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 3 9 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 3 10 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 4 1 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 4 2 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 4 3 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 4 4 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 4 5 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 4 6 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 4 7 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
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## 4 9 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 4 10 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 5 1 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 5 2 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 5 3 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 5 4 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 5 5 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 5 6 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 5 7 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 5 8 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 5 9 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 5 10 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 6 1 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 6 2 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 6 3 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
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## 6 6 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
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## 7 1 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 7 2 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 7 3 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 7 4 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 7 5 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 7 6 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 7 7 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 7 8 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 7 9 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 7 10 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
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## 8 2 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 8 3 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
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## 10 3 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 10 4 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
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## 10 9 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 10 10 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 11 1 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 11 2 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 11 3 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 11 4 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
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## 11 10 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 12 1 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 12 2 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 12 3 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 12 4 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 12 5 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 12 6 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 12 7 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 12 8 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 12 9 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 12 10 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 13 1 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 13 2 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 13 3 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 13 4 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 13 5 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 13 6 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 13 7 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 13 8 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 13 9 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 13 10 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 14 1 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 14 2 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 14 3 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 14 4 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 14 5 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 14 6 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 14 7 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 14 8 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 14 9 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 14 10 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 15 1 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 15 2 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 15 3 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 15 4 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 15 5 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 15 6 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 15 7 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 15 8 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 15 9 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 15 10 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 16 1 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 16 2 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 16 3 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 16 4 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 16 5 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 16 6 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 16 7 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 16 8 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 16 9 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 16 10 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 17 1 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 17 2 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 17 3 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 17 4 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 17 5 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 17 6 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 17 7 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 17 8 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 17 9 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 17 10 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 18 1 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 18 2 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 18 3 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 18 4 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 18 5 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 18 6 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 18 7 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 18 8 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 18 9 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 18 10 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 19 1 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 19 2 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 19 3 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 19 4 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 19 5 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 19 6 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 19 7 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 19 8 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 19 9 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 19 10 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 20 1 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 20 2 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 20 3 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 20 4 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 20 5 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 20 6 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 20 7 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 20 8 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 20 9 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis
## 20 10 tipo_programa tipo_centro edad_al_ing compromiso_biopsicosocial escolaridad edad_inicio es_conyugal freq_cons estatus_ocupacional sus egreso terap_dis## user system elapsed
## 1668.98 64.45 1753.10#Error: cannot allocate vector of size 53.9 Gb
#Error in solve.default(xtx + diag(pen)) :
# system is computationally singular: reciprocal condition number = 2.04429e-16
set.seed(2125)
system.time({
rfimp <- missRanger(
cpdata,
formula = . ~ . - row - id,
num.trees = 200,
returnOOB=T,
maxiter=20,
verbose = 2,
seed = 2125)
})##
## Missing value imputation by random forests## Warning in terms.formula(reformulate(z), data = data[1, ]): 'varlist' has
## changed (from nvar=22) to new 23 after EncodeVars() -- should no longer happen!##
## Variables to impute: tipo_programa, tipo_centro, edad_al_ing, compromiso_biopsicosocial, escolaridad, edad_inicio, es_conyugal, freq_cons, estatus_ocupacional, sus, egreso, terap_dis
## Variables used to impute: tipo_programa, tipo_centro, edad_al_ing, compromiso_biopsicosocial, escolaridad, sex, edad_inicio, es_conyugal, freq_cons, estatus_ocupacional, sus, anoing, ing, egres, egreso, event, status, terap_dis, fd, tstop, tstart
## estts_ sus edd_l_ egreso trp_ds tp_cnt tp_prg es_cny esclrd frq_cn cmprm_ edd_nc
## iter 1: 0.5065 0.5116 0.8190 0.6591 0.0000 0.2786 0.0706 0.4064 0.4567 0.5254 0.3639 0.8275
## iter 2: 0.0000 0.0017 0.0106 0.0011 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0025 0.0000 0.0221
## iter 3: 0.0000 0.0014 0.0112 0.0011 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0022 0.0000 0.0219
## iter 4: 0.0000 0.0013 0.0111 0.0012 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0017 0.0000 0.0207
## iter 5: 0.0000 0.0013 0.0114 0.0013 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0023 0.0000 0.0224 ## user system elapsed
## 2500.86 16.34 444.70#load("imputed.RData")
tryCatch(
micedata <- complete(imp,3),
error = function(e) { print(e);message("Error: Unable to run MICE")})Random forest is faster and easier to implement than MICE. Since we don’t have to specify any estimation method. Predictive mean matching (PMM) is often used for numerical variables, thus, we have to look further to test if the imputations are plausible.
IMPUTATION DIAGNOSIS
imp_plot <- function(var, data1,data2,data3) {
ggplot(data1,aes({{var}}),colour = "white", stat = "identity") +
geom_bar(alpha = 0.8, position = "stack") +
geom_bar(data = data2, alpha =0.2, color = "red") +
geom_bar(data = data3, alpha =0.2, color = "green")
}imp_plot(compromiso_biopsicosocial,cpdata,micedata,rfimp)
ggplot(rfimp, aes(edad_inicio))+
geom_density()+
geom_density(data = cpdata,alpha = 0.2,color = "red")
summary(cpdata$edad_inicio)## Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max. NA's
## 5.00 14.00 15.00 16.39 18.00 74.00 6823sd(cpdata$edad_inicio,na.rm = TRUE)## [1] 5.475746summary(rfimp$edad_inicio)## Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max.
## 5.00 14.00 15.00 16.46 18.00 74.00sd(rfimp$edad_inicio)## [1] 5.379998summary(micedata$edad_inicio)## Min. 1st Qu. Median Mean 3rd Qu. Max.
## 5.00 14.00 15.00 16.43 18.00 74.00sd(micedata$edad_inicio)## [1] 5.521278PWP-TT
#load(paste0(path,"/imputed_ags.RData"))
paste0("Patients with more than one inmediate readmission: ",
rfimp %>% dplyr::filter(event <=3) %>% dplyr::group_by(id) %>%
dplyr::summarise(sum2= length(tstop[tstop==tstart])) %>%
dplyr::filter(sum2>1) %>% nrow())## [1] "Patients with more than one inmediate readmission: 0"rfimp <-rfimp %>% dplyr::filter(event <=3) %>% dplyr::mutate(tstop=dplyr::case_when(tstop==tstart~tstop+1,T~tstop))
cpdata <- cpdata %>% dplyr::filter(event <=3) %>% dplyr::mutate(tstop=dplyr::case_when(tstop==tstart~tstop+1,T~tstop))
pwp_tt_raw <- coxph(Surv(tstart,tstop,status==1) ~ terap_dis*strata(event) + sex + edad_inicio + es_conyugal + sus+ escolaridad + compromiso_biopsicosocial + tipo_programa + estatus_ocupacional
+ freq_cons + edad_al_ing+cluster(id)+strata(event), data = cpdata)
pwp_tt_imp <- coxph(Surv(tstart,tstop,status==1) ~ terap_dis*strata(event) + sex + edad_inicio + es_conyugal + sus+ escolaridad + compromiso_biopsicosocial + tipo_programa + estatus_ocupacional
+ freq_cons + edad_al_ing+cluster(id)+strata(event), data = rfimp)
pwp_tt_raw_2 <- coxph(Surv(tstart,tstop,status==1) ~ terap_dis*strata(event) + sex + edad_inicio + es_conyugal + sus+ escolaridad + compromiso_biopsicosocial + tipo_programa + estatus_ocupacional
+ freq_cons + edad_al_ing+strata(event), data = cpdata)
pwp_tt_imp_2 <- coxph(Surv(tstart,tstop,status==1) ~ terap_dis*strata(event) + sex + edad_inicio + es_conyugal + sus+ escolaridad + compromiso_biopsicosocial + tipo_programa + estatus_ocupacional
+ freq_cons + edad_al_ing+strata(event), data = rfimp)PWP-GT
#PWP-GT
rfimp <- rfimp %>%
mutate(tstart2 = 0,
tstop2 = dplyr::case_when(tstop-tstart==0~0.01,T~tstop-tstart))
cpdata <- cpdata %>%
mutate(tstart2 = 0,
tstop2 = dplyr::case_when(tstop-tstart==0~0.01,T~tstop-tstart))
pwp_gt_raw <- coxph(Surv(tstart2,tstop2,status==1) ~ terap_dis*strata(event) + sex + edad_inicio + es_conyugal + sus+ escolaridad + compromiso_biopsicosocial + tipo_programa + estatus_ocupacional
+ freq_cons + edad_al_ing+cluster(id)+strata(event), data = cpdata)
pwp_gt_imp <- coxph(Surv(tstart2,tstop2,status==1) ~ terap_dis*strata(event) + sex + edad_inicio + es_conyugal + sus+ escolaridad + compromiso_biopsicosocial + tipo_programa + estatus_ocupacional
+ freq_cons + edad_al_ing+cluster(id)+strata(event), data = rfimp)
pwp_gt_raw_2 <- coxph(Surv(tstart2,tstop2,status==1) ~ terap_dis*strata(event) + sex + edad_inicio + es_conyugal + sus+ escolaridad + compromiso_biopsicosocial + tipo_programa + estatus_ocupacional+ freq_cons + edad_al_ing+strata(event), data = cpdata)
pwp_gt_imp_2 <- coxph(Surv(tstart2,tstop2,status==1) ~ terap_dis*strata(event) + sex + edad_inicio + es_conyugal + sus+ escolaridad + compromiso_biopsicosocial + tipo_programa + estatus_ocupacional+ freq_cons + edad_al_ing+strata(event), data = rfimp)
#Warning in agreg.fit(X, Y, istrat, offset, init, control, weights = weights, :
# Loglik converged before variable 37 ; beta may be infinite. aic1 <- round(extractAIC(pwp_tt_raw)[2],1)
aic2 <- round(extractAIC(pwp_tt_imp)[2],1)
aic3 <- round(extractAIC(pwp_gt_raw)[2],1)
aic4 <- round(extractAIC(pwp_gt_imp)[2],1)
stargazer::stargazer(pwp_tt_raw, pwp_tt_imp, pwp_gt_raw, pwp_gt_imp,
type = "html",
title = "Estimated PWP-TT and PWP-GT models",
column.labels = c("PWP-TT Raw", "PWP-TT imp","PWP-GT Raw","PWP-GT imp"),
dep.var.caption = " ",
colnames = FALSE,
dep.var.labels = c(" "," "),
covariate.labels = c("Therapeutic Discharge",
"Female","Separated",
"Single","Widower",
"Cocaine","Marijuana",
"Other subs",
"Cocaine Paste",
"Secondary ed",
"Primary ed",
"Moderate compromise",
"Severe compromise",
"Woman specific",
"Employee",
"Inactive",
"1 day/w",
"2-3 days/w",
"4-6 days/w",
"<1 day/w",
"Not use",
"Daily",
"Age",
"TD x Strata2",
"TD x Strata3"),
model.numbers = FALSE,
keep.stat = c("wald","ll","lr"),
add.lines = list(c("AIC",aic1,aic2,aic3,aic4)))| PWP-TT Raw | PWP-TT imp | PWP-GT Raw | PWP-GT imp | |
| Therapeutic Discharge | -0.217*** | -0.241*** | -0.209*** | -0.231*** |
| (0.020) | (0.019) | (0.020) | (0.019) | |
| Female | 0.201*** | 0.194*** | 0.195*** | 0.190*** |
| (0.019) | (0.019) | (0.019) | (0.019) | |
| Separated | -0.006*** | -0.012*** | -0.005*** | -0.010*** |
| (0.001) | (0.001) | (0.001) | (0.001) | |
| Single | 0.021 | 0.005 | 0.015 | 0.002 |
| (0.024) | (0.024) | (0.024) | (0.024) | |
| Widower | -0.053*** | -0.033** | -0.058*** | -0.039** |
| (0.016) | (0.015) | (0.016) | (0.015) | |
| Cocaine | -0.112 | -0.101 | -0.107 | -0.101 |
| (0.072) | (0.071) | (0.072) | (0.071) | |
| Marijuana | 0.192*** | 0.172*** | 0.184*** | 0.169*** |
| (0.022) | (0.021) | (0.022) | (0.021) | |
| Other subs | -0.081** | -0.153*** | -0.061* | -0.127*** |
| (0.035) | (0.034) | (0.035) | (0.034) | |
| Cocaine Paste | 0.025 | -0.046 | 0.054 | -0.017 |
| (0.056) | (0.055) | (0.056) | (0.055) | |
| Secondary ed | 0.346*** | 0.319*** | 0.354*** | 0.329*** |
| (0.018) | (0.018) | (0.018) | (0.018) | |
| Primary ed | -0.100*** | -0.090*** | -0.094*** | -0.087*** |
| (0.018) | (0.018) | (0.018) | (0.018) | |
| Moderate compromise | -0.271*** | -0.270*** | -0.252*** | -0.254*** |
| (0.021) | (0.021) | (0.021) | (0.021) | |
| Severe compromise | 0.056* | 0.064** | 0.063** | 0.068** |
| (0.029) | (0.028) | (0.029) | (0.028) | |
| Woman specific | 0.268*** | 0.263*** | 0.278*** | 0.271*** |
| (0.031) | (0.030) | (0.031) | (0.030) | |
| Employee | 0.236*** | 0.252*** | 0.223*** | 0.238*** |
| (0.024) | (0.023) | (0.024) | (0.023) | |
| Inactive | -0.110*** | -0.094*** | -0.109*** | -0.096*** |
| (0.016) | (0.016) | (0.016) | (0.016) | |
| 1 day/w | -0.080*** | -0.038* | -0.076*** | -0.041** |
| (0.019) | (0.019) | (0.019) | (0.019) | |
| 2-3 days/w | 0.040 | 0.043 | 0.046 | 0.046 |
| (0.069) | (0.066) | (0.069) | (0.066) | |
| 4-6 days/w | 0.098 | 0.075 | 0.098 | 0.077 |
| (0.064) | (0.062) | (0.064) | (0.062) | |
| <1 day/w | 0.118* | 0.106* | 0.121** | 0.107* |
| (0.059) | (0.057) | (0.059) | (0.057) | |
| Not use | 0.139** | 0.115* | 0.139** | 0.117** |
| (0.060) | (0.058) | (0.060) | (0.058) | |
| Daily | 0.135** | 0.131** | 0.132** | 0.128** |
| (0.058) | (0.056) | (0.058) | (0.056) | |
| Age | -0.011*** | -0.008*** | -0.011*** | -0.009*** |
| (0.001) | (0.001) | (0.001) | (0.001) | |
| TD x Strata2 | -0.003 | 0.017 | -0.001 | 0.016 |
| (0.042) | (0.041) | (0.042) | (0.041) | |
| TD x Strata3 | 0.092 | 0.117 | 0.049 | 0.062 |
| (0.071) | (0.070) | (0.071) | (0.070) | |
| AIC | 461260.8 | 488804.4 | 475083.9 | 501879.7 |
| Log Likelihood | -230,605.400 | -244,377.200 | -237,517.000 | -250,914.900 |
| Wald Test (df = 25) | 2,758.550*** | 2,810.140*** | 2,926.780*** | 2,972.250*** |
| LR Test (df = 25) | 2,972.078*** | 2,993.410*** | 2,921.859*** | 2,942.982*** |
| Note: | p<0.1; p<0.05; p<0.01 | |||
Exploring Interactions
The idea is to construct confidence intervals for the interactions. The problem is that we have a non linear combination. To do this, we have to specify the variance-covariance matrix and use parametric bootstrap.
$$
A = \[\begin{bmatrix} 1 & 1 & 0\\ 1 & 0 & 1 \\ \end{bmatrix}\]$$
ci.boot <- function(model){
set.seed(133)
summary(model)
A = matrix(c(1,1,1,0,0,1), ncol=3)
b <- matrix(coef(model)[c(1,24,25)], ncol=1)
V <- vcov(model)[c(1,24,25),c(1,24,25)]
B <- MASS::mvrnorm(25000, b, V)
nlcom <- exp(A %*% b)
nlsim <- exp(A %*% t(B))
nlcis <- apply(nlsim, 1, quantile, c(.025,.975))
nlcis<- unname(nlcis)
print(nlcis)
}
ci_tt_raw <- ci.boot(pwp_tt_raw)## [,1] [,2]
## [1,] 0.7446862 0.7690852
## [2,] 0.8635317 1.0082535ci_tt_imp <- ci.boot(pwp_tt_imp)## [,1] [,2]
## [1,] 0.7428273 0.7709393
## [2,] 0.8596507 1.0083690ci_gt_raw <- ci.boot(pwp_gt_raw)## [,1] [,2]
## [1,] 0.7548951 0.7466366
## [2,] 0.8712829 0.9706836ci_gt_imp <- ci.boot(pwp_gt_imp)## [,1] [,2]
## [1,] 0.7515869 0.7401965
## [2,] 0.8657437 0.9601594tab_int_ci <- data.frame(
Model = c("PWP-TT raw","PWP-TT imp","PWP-GT raw","PWP-GT imp"),
TDxStrata1 = c(round(exp(coef(pwp_tt_raw)[1]),2),
round(exp(coef(pwp_tt_imp)[1]),2),
round(exp(coef(pwp_gt_raw)[1]),2),
round(exp(coef(pwp_gt_imp)[1]),2)),
TDxStrata2 = c(round(exp(coef(pwp_tt_raw)[1]+coef(pwp_tt_raw)[24]),2),
round(exp(coef(pwp_tt_imp)[1]+coef(pwp_tt_imp)[24]),2),
round(exp(coef(pwp_gt_raw)[1]+coef(pwp_gt_raw)[24]),2),
round(exp(coef(pwp_gt_imp)[1]+coef(pwp_gt_raw)[24]),2)),
TDxStrata3 = c(round(exp(coef(pwp_tt_raw)[1]+coef(pwp_tt_raw)[25]),2),
round(exp(coef(pwp_tt_imp)[1]+coef(pwp_tt_imp)[25]),2),
round(exp(coef(pwp_gt_raw)[1]+coef(pwp_gt_raw)[25]),2),
round(exp(coef(pwp_gt_imp)[1]+coef(pwp_gt_imp)[25]),2))
)
CIS1 <- c(paste(round(exp(confint(pwp_tt_raw)[1]),2),round(exp(confint(pwp_tt_raw)[1,2]),2),sep="-"),
paste(round(exp(confint(pwp_tt_imp)[1]),2),round(exp(confint(pwp_tt_imp)[1,2]),2),sep="-"),
paste(round(exp(confint(pwp_gt_raw)[1]),2),round(exp(confint(pwp_gt_raw)[1,2]),2),sep="-"),
paste(round(exp(confint(pwp_gt_imp)[1]),2),round(exp(confint(pwp_gt_imp)[1,2]),2),sep="-"))
CIS2 <- c(paste(round(ci_tt_raw[1],2),round(ci_tt_raw[2,1],2),sep="-"),
paste(round(ci_tt_imp[1],2),round(ci_tt_imp[2,1],2),sep="-"),
paste(round(ci_gt_raw[1],2),round(ci_gt_raw[2,1],2),sep="-"),
paste(round(ci_gt_imp[1],2),round(ci_gt_imp[2,1],2),sep="-"))
CIS3 <- c(paste(round(ci_tt_raw[1,2],2),round(ci_tt_raw[2,2],2),sep="-"),
paste(round(ci_tt_imp[1,2],2),round(ci_tt_imp[2,2],2),sep="-"),
paste(round(ci_gt_raw[1,2],2),round(ci_gt_raw[2,2],2),sep="-"),
paste(round(ci_gt_imp[1,2],2),round(ci_gt_imp[2,2],2),sep="-"))
tab_int_ci$CIS1 <- CIS1
tab_int_ci$CIS2 <- CIS2
tab_int_ci$CIS3 <- CIS3
tab_int_ci <- tab_int_ci[,c(1,2,5,3,6,4,7)]## Loading required package: mvtnorm## Loading required package: TH.data## Loading required package: MASS##
## Attaching package: 'MASS'## The following object is masked from 'package:dplyr':
##
## select##
## Attaching package: 'TH.data'## The following object is masked from 'package:MASS':
##
## geyser## Error in newx - xmeans[match(newstrat, row.names(xmeans)), ]: arreglos de dimensón no compatibles## Linear combination of parameters:
##
## (1 * terap_disTerapeutic discharge:strata(event)event=2) + (1 * terap_disTerapeutic discharge:strata(event)event=3)
##
## Estimate Std. Error Wald z P>|z| Exp(Est) Lower CL Upper CL
## 0.048 0.085 0.57 0.57 1 0.89 1.2
##
## Cox proportional hazards model fit using coxph()
## Tie handling method: efron
##
## Linear combination of parameters:
##
## (1 * terap_disTerapeutic discharge) + (1 * terap_disTerapeutic discharge:strata(event)event=2)
##
## Estimate Std. Error Wald z P>|z| Exp(Est) Lower CL Upper CL
## -0.21 0.037 -5.7 1.1e-08 0.81 0.75 0.87
##
## Cox proportional hazards model fit using coxph()
## Tie handling method: efron
##
## Linear combination of parameters:
##
## (1 * terap_disTerapeutic discharge) + (1 * terap_disTerapeutic discharge:strata(event)event=3)
##
## Estimate Std. Error Wald z P>|z| Exp(Est) Lower CL Upper CL
## -0.16 0.067 -2.4 0.017 0.85 0.75 0.97
##
## Cox proportional hazards model fit using coxph()
## Tie handling method: efron
##
## Linear combination of parameters:
##
## (1 * terap_disTerapeutic discharge:strata(event)event=2) + (1 * terap_disTerapeutic discharge:strata(event)event=3)
##
## Estimate Std. Error Wald z P>|z| Exp(Est) Lower CL Upper CL
## 0.088 0.088 1 0.32 1.1 0.92 1.3
##
## Cox proportional hazards model fit using coxph()
## Tie handling method: efron
##
## Linear combination of parameters:
##
## (1 * terap_disTerapeutic discharge) + (1 * terap_disTerapeutic discharge:strata(event)event=2)
##
## Estimate Std. Error Wald z P>|z| Exp(Est) Lower CL Upper CL
## -0.22 0.038 -5.8 5.3e-09 0.8 0.74 0.86
##
## Cox proportional hazards model fit using coxph()
## Tie handling method: efron
##
## Linear combination of parameters:
##
## (1 * terap_disTerapeutic discharge) + (1 * terap_disTerapeutic discharge:strata(event)event=3)
##
## Estimate Std. Error Wald z P>|z| Exp(Est) Lower CL Upper CL
## -0.13 0.069 -1.8 0.068 0.88 0.77 1
##
## Cox proportional hazards model fit using coxph()
## Tie handling method: efron
##
## Linear combination of parameters:
##
## (1 * terap_disTerapeutic discharge:strata(event)event=2) + (1 * terap_disTerapeutic discharge:strata(event)event=3)
##
## Estimate Std. Error Wald z P>|z| Exp(Est) Lower CL Upper CL
## 0.078 0.084 0.93 0.35 1.1 0.92 1.3
##
## Cox proportional hazards model fit using coxph()
## Tie handling method: efron
##
## Linear combination of parameters:
##
## (1 * terap_disTerapeutic discharge) + (1 * terap_disTerapeutic discharge:strata(event)event=2)
##
## Estimate Std. Error Wald z P>|z| Exp(Est) Lower CL Upper CL
## -0.21 0.036 -5.9 2.8e-09 0.81 0.75 0.87
##
## Cox proportional hazards model fit using coxph()
## Tie handling method: efron
##
## Linear combination of parameters:
##
## (1 * terap_disTerapeutic discharge) + (1 * terap_disTerapeutic discharge:strata(event)event=3)
##
## Estimate Std. Error Wald z P>|z| Exp(Est) Lower CL Upper CL
## -0.17 0.066 -2.6 0.01 0.84 0.74 0.96
##
## Cox proportional hazards model fit using coxph()
## Tie handling method: efron
##
## Linear combination of parameters:
##
## (1 * terap_disTerapeutic discharge:strata(event)event=2) + (1 * terap_disTerapeutic discharge:strata(event)event=3)
##
## Estimate Std. Error Wald z P>|z| Exp(Est) Lower CL Upper CL
## 0.13 0.087 1.5 0.12 1.1 0.96 1.4
##
## Cox proportional hazards model fit using coxph()
## Tie handling method: efron
##
## Linear combination of parameters:
##
## (1 * terap_disTerapeutic discharge) + (1 * terap_disTerapeutic discharge:strata(event)event=2)
##
## Estimate Std. Error Wald z P>|z| Exp(Est) Lower CL Upper CL
## -0.22 0.037 -6 1.9e-09 0.8 0.74 0.86
##
## Cox proportional hazards model fit using coxph()
## Tie handling method: efron
##
## Linear combination of parameters:
##
## (1 * terap_disTerapeutic discharge) + (1 * terap_disTerapeutic discharge:strata(event)event=3)
##
## Estimate Std. Error Wald z P>|z| Exp(Est) Lower CL Upper CL
## -0.12 0.068 -1.8 0.068 0.88 0.77 1
##
## Cox proportional hazards model fit using coxph()
## Tie handling method: efron## Warning: `funs()` was deprecated in dplyr 0.8.0.
## Please use a list of either functions or lambdas:
##
## # Simple named list:
## list(mean = mean, median = median)
##
## # Auto named with `tibble::lst()`:
## tibble::lst(mean, median)
##
## # Using lambdas
## list(~ mean(., trim = .2), ~ median(., na.rm = TRUE))| mods | conflev | est | se.est | wald.z | pvalue | exp.est | se.exp.est | lower.bound | upper.bound |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| PWP-GT Raw | 0.95 | 0.05 | 0.09 | 0.57 | 0.57 | 1.05 | 0.09 | 0.89 | 1.24 |
| PWP-GT Raw | 0.95 | -0.21 | 0.04 | -5.71 | 0.00 | 0.81 | 0.03 | 0.75 | 0.87 |
| PWP-GT Raw | 0.95 | -0.16 | 0.07 | -2.39 | 0.02 | 0.85 | 0.06 | 0.75 | 0.97 |
| PWP-TT Raw | 0.95 | 0.09 | 0.09 | 1.00 | 0.32 | 1.09 | 0.10 | 0.92 | 1.30 |
| PWP-TT Raw | 0.95 | -0.22 | 0.04 | -5.84 | 0.00 | 0.80 | 0.03 | 0.74 | 0.86 |
| PWP-TT Raw | 0.95 | -0.13 | 0.07 | -1.83 | 0.07 | 0.88 | 0.06 | 0.77 | 1.01 |
| PWP-GT Imp | 0.95 | 0.08 | 0.08 | 0.93 | 0.35 | 1.08 | 0.09 | 0.92 | 1.28 |
| PWP-GT Imp | 0.95 | -0.21 | 0.04 | -5.94 | 0.00 | 0.81 | 0.03 | 0.75 | 0.87 |
| PWP-GT Imp | 0.95 | -0.17 | 0.07 | -2.56 | 0.01 | 0.84 | 0.06 | 0.74 | 0.96 |
| PWP-TT Imp | 0.95 | 0.13 | 0.09 | 1.54 | 0.12 | 1.14 | 0.10 | 0.96 | 1.36 |
| PWP-TT Imp | 0.95 | -0.22 | 0.04 | -6.00 | 0.00 | 0.80 | 0.03 | 0.74 | 0.86 |
| PWP-TT Imp | 0.95 | -0.12 | 0.07 | -1.82 | 0.07 | 0.88 | 0.06 | 0.77 | 1.01 |
| V1 | rn | Estimate | SE | 2.5 % | 97.5 % |
|---|---|---|---|---|---|
| PWP-GT Raw |
terap_disTerapeutic discharge - terap_disTerapeutic discharge:strata(event)event=2
|
0.81 | 1.05 | 0.73 | 0.90 |
| PWP-GT Raw |
terap_disTerapeutic discharge - terap_disTerapeutic discharge:strata(event)event=2
|
0.81 | 1.05 | 0.73 | 0.90 |
| PWP-GT Raw |
terap_disTerapeutic discharge:strata(event)event=2 - terap_disTerapeutic discharge:strata(event)event=3
|
0.95 | 1.08 | 0.82 | 1.10 |
| PWP-TT Raw |
terap_disTerapeutic discharge - terap_disTerapeutic discharge:strata(event)event=2
|
0.81 | 1.06 | 0.72 | 0.90 |
| PWP-TT Raw |
terap_disTerapeutic discharge - terap_disTerapeutic discharge:strata(event)event=2
|
0.81 | 1.06 | 0.72 | 0.90 |
| PWP-TT Raw |
terap_disTerapeutic discharge:strata(event)event=2 - terap_disTerapeutic discharge:strata(event)event=3
|
0.91 | 1.08 | 0.78 | 1.06 |
| PWP-GT Imp |
terap_disTerapeutic discharge - terap_disTerapeutic discharge:strata(event)event=2
|
0.78 | 1.05 | 0.71 | 0.86 |
| PWP-GT Imp |
terap_disTerapeutic discharge - terap_disTerapeutic discharge:strata(event)event=2
|
0.78 | 1.05 | 0.71 | 0.86 |
| PWP-GT Imp |
terap_disTerapeutic discharge:strata(event)event=2 - terap_disTerapeutic discharge:strata(event)event=3
|
0.96 | 1.08 | 0.82 | 1.11 |
| PWP-TT Imp |
terap_disTerapeutic discharge - terap_disTerapeutic discharge:strata(event)event=2
|
0.77 | 1.06 | 0.69 | 0.86 |
| PWP-TT Imp |
terap_disTerapeutic discharge - terap_disTerapeutic discharge:strata(event)event=2
|
0.77 | 1.06 | 0.69 | 0.86 |
| PWP-TT Imp |
terap_disTerapeutic discharge:strata(event)event=2 - terap_disTerapeutic discharge:strata(event)event=3
|
0.91 | 1.08 | 0.78 | 1.05 |
| Model | TDxStrata1 | CIS1 | TDxStrata2 | CIS2 | TDxStrata3 | CIS3 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| PWP-TT raw | 0.80 | 0.77-0.84 | 0.80 | 0.74-0.86 | 0.88 | 0.77-1.01 |
| PWP-TT imp | 0.79 | 0.76-0.82 | 0.80 | 0.74-0.86 | 0.88 | 0.77-1.01 |
| PWP-GT raw | 0.81 | 0.78-0.84 | 0.81 | 0.75-0.87 | 0.85 | 0.75-0.97 |
| PWP-GT imp | 0.79 | 0.76-0.82 | 0.79 | 0.75-0.87 | 0.84 | 0.74-0.96 |