Relatório do curso
Primeiros passos no Rmarkdown
Títulos e subtítulos
O número de # definem os títulos e subtítulos. Dois ## definem os subtitulos, três ### definem novos subtitulos e assim por diante.
Listas numeradas
É possivel fazer listas numerdas incluindo um número e ponto. Ex. 1. 1. 1. Precisa dar um enter no parágrafo e um tab.
- primeiro intem
- segundo intem
- terceiro intem
Listas não numeradas
Também da pra fazer listas nao numeradas com um travessão:
- Item 1
- Item 2
- Item 3
Negrito
Para usar o negrito utiliza dois asteriscos.
Itálico
Para usar o itálico utiliza um asterisco.
Destacar comandos
Utiliza-se o crases para indicar um comando a ser visualizado em destaque no texto. Como table(pinguins$ilha)
Citação
Para incluir citação inseri um >
Segundo o conteúdo do curso de verão USP
Links
Para incluir links dois colchetes mostra o texto e dois parenteses inseri o link.
Figuras
Para inserir figuras primeiro o simbolo de exclamação, seguido de parenteses e colchetes.
[
Códigos nos chucks
Tem alguns comandos no chuck que evitam que mensagens indesejadas apareçam. Ou pode definir se ocódigo deve ser executado ou se quer que o comando fique visivel no documento.
library(here)Importando a base de dados
Existe diferenca entre o diretório do projeto e o diretório do markdown. O diretório do markdown é a pasta onde o arquivo foi salvo.
caminho <- here::here("dados", "pinguins.csv")
pinguins <- readr::read_csv(caminho)## Rows: 344 Columns: 8
## ── Column specification ────────────────────────────────────────────────────────
## Delimiter: ","
## chr (3): especie, ilha, sexo
## dbl (5): comprimento_bico, profundidade_bico, comprimento_nadadeira, massa_c...
##
## ℹ Use `spec()` to retrieve the full column specification for this data.
## ℹ Specify the column types or set `show_col_types = FALSE` to quiet this message.dplyr::glimpse(pinguins)## Rows: 344
## Columns: 8
## $ especie <chr> "Pinguim-de-adélia", "Pinguim-de-adélia", "Pingu…
## $ ilha <chr> "Torgersen", "Torgersen", "Torgersen", "Torgerse…
## $ comprimento_bico <dbl> 39.1, 39.5, 40.3, NA, 36.7, 39.3, 38.9, 39.2, 34…
## $ profundidade_bico <dbl> 18.7, 17.4, 18.0, NA, 19.3, 20.6, 17.8, 19.6, 18…
## $ comprimento_nadadeira <dbl> 181, 186, 195, NA, 193, 190, 181, 195, 193, 190,…
## $ massa_corporal <dbl> 3750, 3800, 3250, NA, 3450, 3650, 3625, 4675, 34…
## $ sexo <chr> "macho", "fêmea", "fêmea", NA, "fêmea", "macho",…
## $ ano <dbl> 2007, 2007, 2007, 2007, 2007, 2007, 2007, 2007, …Códigos no meio do texto
Aqui vou escrever um texto que apresenta um resultado no corpo do texto.
A base de dados pinguins apresenta dados referente à 344 pinguins, das seguintes espécies: Pinguim-de-adélia, Pinguim-gentoo, ePinguim-de-barbicha Os dados foram coletados entre os anos 2007e 2009. O peso médio dos pinguins amostrados foi de 42 kg. Os dados foram obtidos através do pacote Palmer Penguins.
Inserir figuras no texto com ajustes de página
knitr::include_graphics("https://d33wubrfki0l68.cloudfront.net/aee91187a9c6811a802ddc524c3271302893a149/a7003/images/bandthree2.png")
Ilustração dos pinguins
Tabelas
A função kable usa todo o espaco da pagina por padrão. O kabe extra mostra mais opcoes pra fazer tabelas mais
torg <- pinguins |>
dplyr::filter(ilha == "Torgersen") |>
dplyr::select (comprimento_bico:massa_corporal)
knitr::kable(torg)| comprimento_bico | profundidade_bico | comprimento_nadadeira | massa_corporal |
|---|---|---|---|
| 39.1 | 18.7 | 181 | 3750 |
| 39.5 | 17.4 | 186 | 3800 |
| 40.3 | 18.0 | 195 | 3250 |
| NA | NA | NA | NA |
| 36.7 | 19.3 | 193 | 3450 |
| 39.3 | 20.6 | 190 | 3650 |
| 38.9 | 17.8 | 181 | 3625 |
| 39.2 | 19.6 | 195 | 4675 |
| 34.1 | 18.1 | 193 | 3475 |
| 42.0 | 20.2 | 190 | 4250 |
| 37.8 | 17.1 | 186 | 3300 |
| 37.8 | 17.3 | 180 | 3700 |
| 41.1 | 17.6 | 182 | 3200 |
| 38.6 | 21.2 | 191 | 3800 |
| 34.6 | 21.1 | 198 | 4400 |
| 36.6 | 17.8 | 185 | 3700 |
| 38.7 | 19.0 | 195 | 3450 |
| 42.5 | 20.7 | 197 | 4500 |
| 34.4 | 18.4 | 184 | 3325 |
| 46.0 | 21.5 | 194 | 4200 |
| 35.9 | 16.6 | 190 | 3050 |
| 41.8 | 19.4 | 198 | 4450 |
| 33.5 | 19.0 | 190 | 3600 |
| 39.7 | 18.4 | 190 | 3900 |
| 39.6 | 17.2 | 196 | 3550 |
| 45.8 | 18.9 | 197 | 4150 |
| 35.5 | 17.5 | 190 | 3700 |
| 42.8 | 18.5 | 195 | 4250 |
| 40.9 | 16.8 | 191 | 3700 |
| 37.2 | 19.4 | 184 | 3900 |
| 36.2 | 16.1 | 187 | 3550 |
| 42.1 | 19.1 | 195 | 4000 |
| 34.6 | 17.2 | 189 | 3200 |
| 42.9 | 17.6 | 196 | 4700 |
| 36.7 | 18.8 | 187 | 3800 |
| 35.1 | 19.4 | 193 | 4200 |
| 38.6 | 17.0 | 188 | 2900 |
| 37.3 | 20.5 | 199 | 3775 |
| 35.7 | 17.0 | 189 | 3350 |
| 41.1 | 18.6 | 189 | 3325 |
| 36.2 | 17.2 | 187 | 3150 |
| 37.7 | 19.8 | 198 | 3500 |
| 40.2 | 17.0 | 176 | 3450 |
| 41.4 | 18.5 | 202 | 3875 |
| 35.2 | 15.9 | 186 | 3050 |
| 40.6 | 19.0 | 199 | 4000 |
| 38.8 | 17.6 | 191 | 3275 |
| 41.5 | 18.3 | 195 | 4300 |
| 39.0 | 17.1 | 191 | 3050 |
| 44.1 | 18.0 | 210 | 4000 |
| 38.5 | 17.9 | 190 | 3325 |
| 43.1 | 19.2 | 197 | 3500 |
Tabelas com datatable tem opcoes dinamicas.
DT::datatable(torg)reactable::reactable(torg)quantidade_de_especies <- pinguins |>
dplyr::count(especie, sort =TRUE) |>
janitor::adorn_totals()
reactable::reactable(quantidade_de_especies)Renomeando titulo de tabelas
quantidade_de_especies |>
dplyr::rename("Espécie"= especie, "Número de Pinguins" = n) |>
knitr::kable()| Espécie | Número de Pinguins |
|---|---|
| Pinguim-de-adélia | 152 |
| Pinguim-gentoo | 124 |
| Pinguim-de-barbicha | 68 |
| Total | 344 |
Centralizando tabelas
quantidade_de_especies |>
dplyr::rename("Espécie"= especie, "Número de Pinguins" = n) |>
knitr::kable() |>
kableExtra::kable_styling(full_width = FALSE)| Espécie | Número de Pinguins |
|---|---|
| Pinguim-de-adélia | 152 |
| Pinguim-gentoo | 124 |
| Pinguim-de-barbicha | 68 |
| Total | 344 |
Gerando arquivo PDF
Para isso basta inserir no cabeçalho (YAML) o seguinte comando: knit: pagedown::chrome_print ou pode fazer isso utilizando a função padedown::chrome_print("caminho/ate/arquivo").
Mudar o tema do HTML
Para mudar o tema incluir: output: prettydoc::html_pretty:theme: architect ou output: prettydoc::html_pretty:theme: architect