Ce document explique comment télécharger des indices hydrobiologiques depuis Hubeau, convertir IBD et IBMR en EQR, affecter une classe de qualité aux résultats selon la typologie des stations de mesures.
Chargement de donnees hydrobiologiques depuis Hubeau
A partir de la plateforme Hubeau, on télécharge les données hydrobiologiques disponibles sur la station 04207400.
donnees<-import_hubeau_indices_hbio(liste_stations = c("04207400"))
str(donnees)
## 'data.frame': 211 obs. of 40 variables:
## $ CdParametre : chr "1000" "1000" "1000" "1000" ...
## $ NomParametre : chr "Indice Biologique Global Normalisé (I.B.G.N.)" "Indice Biologique Global Normalisé (I.B.G.N.)" "Indice Biologique Global Normalisé (I.B.G.N.)" "Indice Biologique Global Normalisé (I.B.G.N.)" ...
## $ CdStationMesureEauxSurface: chr "04207400" "04207400" "04207400" "04207400" ...
## $ libelle_station_hydrobio : chr "FLUME à PACE" "FLUME à PACE" "FLUME à PACE" "FLUME à PACE" ...
## $ uri_station_hydrobio : logi NA NA NA NA NA NA ...
## $ date_prelevement : chr "2000-07-18T00:00:00Z" "2001-09-04T00:00:00Z" "2002-08-21T00:00:00Z" "2004-07-16T00:00:00Z" ...
## $ RsAna : num 14 14 15 12 14 18 28 27 29 20 ...
## $ CdUniteMesure : chr "X" "X" "X" "X" ...
## $ coordonnee_x : num 344948 344948 344948 344948 344948 ...
## $ coordonnee_y : num 6797470 6797470 6797470 6797470 6797470 ...
## $ code_projection : chr "2154" "2154" "2154" "2154" ...
## $ code_cours_eau : chr "J7214000" "J7214000" "J7214000" "J7214000" ...
## $ libelle_cours_eau : logi NA NA NA NA NA NA ...
## $ uri_cours_eau : logi NA NA NA NA NA NA ...
## $ code_masse_eau : chr "GR0112" "GR0112" "GR0112" "GR0112" ...
## $ libelle_masse_eau : logi NA NA NA NA NA NA ...
## $ uri_masse_eau : logi NA NA NA NA NA NA ...
## $ code_sous_bassin : logi NA NA NA NA NA NA ...
## $ libelle_sous_bassin : logi NA NA NA NA NA NA ...
## $ code_bassin : logi NA NA NA NA NA NA ...
## $ libelle_bassin : logi NA NA NA NA NA NA ...
## $ code_commune : chr "35210" "35210" "35210" "35210" ...
## $ libelle_commune : chr "Pacé" "Pacé" "Pacé" "Pacé" ...
## $ code_departement : chr "35" "35" "35" "35" ...
## $ libelle_departement : chr "Ille-et-Vilaine" "Ille-et-Vilaine" "Ille-et-Vilaine" "Ille-et-Vilaine" ...
## $ code_region : chr "53" "53" "53" "53" ...
## $ libelle_region : chr "Bretagne" "Bretagne" "Bretagne" "Bretagne" ...
## $ CdSupport : chr "13" "13" "13" "13" ...
## $ libelle_support : chr "Macroinvertébrés aquatiques" "Macroinvertébrés aquatiques" "Macroinvertébrés aquatiques" "Macroinvertébrés aquatiques" ...
## $ CdQualAna : chr "1" "1" "1" "1" ...
## $ libelle_qualification : chr "correcte" "correcte" "correcte" "correcte" ...
## $ CdMethode : chr "0" "0" "0" "0" ...
## $ libelle_methode : chr "Méthode inconnue" "Méthode inconnue" "Méthode inconnue" "Méthode inconnue" ...
## $ libelle_accreditation : chr "Inconnu" "Inconnu" "Inconnu" "Inconnu" ...
## $ latitude : logi NA NA NA NA NA NA ...
## $ longitude : logi NA NA NA NA NA NA ...
## $ geometry : logi NA NA NA NA NA NA ...
## $ DatePrel : Date, format: "2000-07-18" "2001-09-04" ...
## $ HeurePrel : chr "00:00:00" "00:00:00" "00:00:00" "00:00:00" ...
## $ CdAccreAna : chr "0" "0" "0" "0" ...
Conversion des notes IBD et IBMR en EQR
Le package tools4DCE fournit une table avec les paramètres nécessaires au calcul des EQR selon la typologie de cours d’eau, conformément à l’arrêté ministériel du 25 janvier 2010 modifié.
## tibble [456 x 6] (S3: tbl_df/tbl/data.frame)
## $ NOM_INDICE : chr [1:456] "IBD" "IBD" "IBD" "IBD" ...
## $ CdParametre : chr [1:456] "5856" "5856" "5856" "5856" ...
## $ TYPEFR : Factor w/ 163 levels "G1","G10","G10/21",..: 1 3 4 5 121 121 6 7 9 10 ...
## $ NOTE_REFERENCE: num [1:456] 20 19 19 19 17.4 17.4 17.4 17.4 20 18.1 ...
## $ NOTE_MINI : num [1:456] 5 5 5 5 1 1 1 1 5 1 ...
## $ SPECIFICITE : chr [1:456] "CAS_GENERAL" "CAS_GENERAL" "CAS_GENERAL" "CAS_GENERAL" ...
Calcul des EQR
Le package contient une fonction pour calculer les EQR.
donnees_IBD<-donnees%>%subset(CdParametre=="5856" & !is.na(RsAna))
donnees_IBD$EQR<-sapply(donnees_IBD$RsAna, function(x){calcule_EQR_hbio(x, CdParametre='5856', typologie="P12-A")})
Graphique des résultats
Le package permet de mettre facilement les résultats sous forme graphique
Création d’un seuil qualité :
seuil_IBD<-makeSeuils(CdParametre = "5856", type_seuil = "DCE", specificites = "<10000 km2")
graphDCE_points(donnees_IBD, col_valeurs = "EQR", seuils=seuil_IBD, ymini=0, ymaxi=1) + ylab("EQR")
Calcul de la classe de qualité correspondant à chaque résultat
Il permet également d’affecter une classe de qualité à chaque résultat.
Création d’un seuil qualité :
donnees_IBD$CLASSE<-sapply(donnees_IBD$EQR, function(x){affecte_une_classe(x, seuil_IBD)})
Chargement des listes floristiques depus Hubeau et recalcule de l’IBD via le SEEE
Import des listes floristiques
liste_flo<-import_hubeau_liste_hbio(liste_stations = "04195400", indice="dia")
str(head(liste_flo, 3))
## 'data.frame': 3 obs. of 45 variables:
## $ code_station_hydrobio : chr "04195400" "04195400" "04195400"
## $ libelle_station_hydrobio : chr "OUST à SAINT-MARTIN-DES-PRES" "OUST à SAINT-MARTIN-DES-PRES" "OUST à SAINT-MARTIN-DES-PRES"
## $ uri_station_hydrobio : logi NA NA NA
## $ date_prelevement : Date, format: "2007-09-05" "2008-08-26" ...
## $ code_support : chr "10" "10" "10"
## $ libelle_support : chr "Diatomées benthiques" "Diatomées benthiques" "Diatomées benthiques"
## $ code_appel_taxon : chr NA NA NA
## $ libelle_appel_taxon : chr NA NA NA
## $ codes_taxons_parents :List of 3
## ..$ : NULL
## ..$ : NULL
## ..$ : NULL
## $ libelles_taxons_parents :List of 3
## ..$ : NULL
## ..$ : NULL
## ..$ : NULL
## $ code_type_resultat : chr NA NA NA
## $ libelle_type_resultat : chr NA NA NA
## $ resultat_taxon : num NA NA NA
## $ code_qualification : chr "1" "1" "1"
## $ libelle_qualification : chr "correcte" "correcte" "correcte"
## $ code_methode : chr "0" "0" "0"
## $ libelle_methode : chr "Méthode inconnue" "Méthode inconnue" "Méthode inconnue"
## $ libelle_liste_faune_flore: chr NA NA NA
## $ code_lot : logi NA NA NA
## $ hauteur_moyenne_lame_eau : logi NA NA NA
## $ largeur_moyenne_lame_eau : num NA NA 0
## $ longueur_prospectee : num NA NA 0
## $ codes_indices_operation :List of 3
## ..$ : NULL
## ..$ : NULL
## ..$ : NULL
## $ coordonnee_x : num 258244 258244 258244
## $ coordonnee_y : num 6819140 6819140 6819140
## $ code_projection : chr "2154" "2154" "2154"
## $ code_cours_eau : chr "J8--0230" "J8--0230" "J8--0230"
## $ libelle_cours_eau : logi NA NA NA
## $ uri_cours_eau : logi NA NA NA
## $ code_masse_eau : chr "GR0126A" "GR0126A" "GR0126A"
## $ libelle_masse_eau : logi NA NA NA
## $ uri_masse_eau : logi NA NA NA
## $ code_sous_bassin : logi NA NA NA
## $ libelle_sous_bassin : logi NA NA NA
## $ code_bassin : logi NA NA NA
## $ libelle_bassin : logi NA NA NA
## $ code_commune : chr "22313" "22313" "22313"
## $ libelle_commune : chr "Saint-Martin-des-Prés" "Saint-Martin-des-Prés" "Saint-Martin-des-Prés"
## $ code_departement : chr "22" "22" "22"
## $ libelle_departement : chr "Côtes d'Armor" "Côtes d'Armor" "Côtes d'Armor"
## $ code_region : chr "53" "53" "53"
## $ libelle_region : chr "Bretagne" "Bretagne" "Bretagne"
## $ latitude : logi NA NA NA
## $ longitude : logi NA NA NA
## $ geometry : logi NA NA NA
Appel du SEEE pour calculer l’indicateur IBD
calcule_SEEE_IBD(liste_flo)
## CODE_OPERATION CODE_STATION DATE CODE_PAR LIB_PAR
## 1 04195400*2013-07-19 04195400 19/07/2013 8060 NbTaxonsIBDcontributifs
## 2 04195400*2013-07-19 04195400 19/07/2013 8059 NbUniteDiatomique
## 3 04195400*2013-07-19 04195400 19/07/2013 5856 IndiceBioDiat
## 4 04195400*2014-06-17 04195400 17/06/2014 8060 NbTaxonsIBDcontributifs
## 5 04195400*2014-06-17 04195400 17/06/2014 8059 NbUniteDiatomique
## 6 04195400*2014-06-17 04195400 17/06/2014 5856 IndiceBioDiat
## 7 04195400*2015-06-23 04195400 23/06/2015 8060 NbTaxonsIBDcontributifs
## 8 04195400*2015-06-23 04195400 23/06/2015 8059 NbUniteDiatomique
## 9 04195400*2015-06-23 04195400 23/06/2015 5856 IndiceBioDiat
## 10 04195400*2016-06-07 04195400 07/06/2016 8060 NbTaxonsIBDcontributifs
## 11 04195400*2016-06-07 04195400 07/06/2016 8059 NbUniteDiatomique
## 12 04195400*2016-06-07 04195400 07/06/2016 5856 IndiceBioDiat
## 13 04195400*2017-10-03 04195400 03/10/2017 8060 NbTaxonsIBDcontributifs
## 14 04195400*2017-10-03 04195400 03/10/2017 8059 NbUniteDiatomique
## 15 04195400*2017-10-03 04195400 03/10/2017 5856 IndiceBioDiat
## 16 04195400*2018-08-28 04195400 28/08/2018 8060 NbTaxonsIBDcontributifs
## 17 04195400*2018-08-28 04195400 28/08/2018 8059 NbUniteDiatomique
## 18 04195400*2018-08-28 04195400 28/08/2018 5856 IndiceBioDiat
## 19 04195400*2019-09-11 04195400 11/09/2019 8060 NbTaxonsIBDcontributifs
## 20 04195400*2019-09-11 04195400 11/09/2019 8059 NbUniteDiatomique
## 21 04195400*2019-09-11 04195400 11/09/2019 5856 IndiceBioDiat
## 22 04195400*2020-06-23 04195400 23/06/2020 8060 NbTaxonsIBDcontributifs
## 23 04195400*2020-06-23 04195400 23/06/2020 8059 NbUniteDiatomique
## 24 04195400*2020-06-23 04195400 23/06/2020 5856 IndiceBioDiat
## RESULTAT COMMENTAIRES
## 1 31.0
## 2 408.0
## 3 20.0
## 4 22.0
## 5 403.0
## 6 17.6
## 7 13.0
## 8 410.0
## 9 20.0
## 10 23.0
## 11 405.0
## 12 17.8
## 13 23.0
## 14 368.0
## 15 17.7 Attention, moins de 400 individus au total (368)
## 16 37.0
## 17 386.0
## 18 15.7 Attention, moins de 400 individus au total (386)
## 19 38.0
## 20 341.0
## 21 18.0 Attention, moins de 400 individus au total (341)
## 22 25.0
## 23 388.0
## 24 20.0 Attention, moins de 400 individus au total (388)