Wiek zmarłych z powodu COVID19

Dane

Dane pobrane ze strony https://basiw.mz.gov.pl/index.html#/visualization?id=3761 (najpierw) potem ze strony https://dane.gov.pl/pl/dataset/2582,statystyki-zakazen-i-zgonow-z-powodu-covid-19-z-uw gdzie zostały przeniesione. Dane są w wybitnie dziwnym formacie (do tego do 2020-12-31 w postaci pliku XLSX a od 2021 pliku CSV o innej liczbie/wartościach kolumn):

• Ni to indywidualne ni to pogrupowane, bo jeżeli zmarły miał tą samą płeć, wiek, powiat, dzień zgonu, choroby współistniejące, obniżoną odporność oraz status względem szczepienia, to pole `liczba_zaraportowanych_zgonow’ > 1 (no bo przez czysty przypadek takich w powiecie tego dnia zmarło dwóch, albo trzech); Nigdy bym nie wpadł, że tak można komplikować życie. Ale dla geniuszy z MZ nie ma rzeczy niemożliwych

• w zasadzie są bez polskich znaków (np pelna_dawka) ale uzupełniająca już ma jakieś diakrytyki oczywiście nie UTF8 tylko pewnie wg Windzianego układu CP1250. Uwaga: w wersji pobranej w 2021-12-24 nie ma już diakrytyków uzupelniajaca zamiast uzupełniająca.

• Status względem szczepień (kolumna dawka_ost) podaje taką informację: jedna_dawka, pelna_dawka, przypominajaca, uzupełniająca. Oraz nic nie zawiera co zapewne oznacza, że nie szczepiony. Mnie uczyli że żadna rubryka nie powinna być pusta: nie szczepienie powinni być jawnie oznaczeni. Zresztą tak jest w kolumnie w_pelni_zaszczepiony, która zawiera T/N a przecież mogłaby zawierać T i nic…

Niestety już na dzień dobry można się zorientować że ten kto te dane gromadzi, no wygląda na dyletanta. Jednego z wielu, którzy się kręcą wokół tej pandemii…

Plik poprawiono (za pomocą prostego skryptu w Perlu) w ten sposób, że wiersze w których liczba_zaraportowanych_zgonow > 1, zostały stosowną liczbę razy powtórzone. Następnie dane z lat 2020–2021/2 scalono innym skryptem Perla (zamieniając teryt na nazwę województwa dla pliku 2021/2). Ostatecznie plik zgony_i.csv (za cały okres pandemi) zawiera następujące kolumny: data, woj, plec (K/M), wiek, kat_wiek (nie używana), dawka_ost (jedna_dawka, pelna_dawka, przypominajaca), czy_wspolistniejace (0 jeżeli nie było/1 jeżeli były)

Cały rok

Średnie wieku zmarłych wg tygodni (10% oznacza pierwszy decyl zmarłych, a 25% pierwszy kwartyl); Linie są wyznaczone metodą wygładzania LOESS

Średnia wieku 106314 zmarłych to 75.4 lat.

Liczba zmarłych wg tygodni. W szczególności w tych tygodniach, w których średnie wieku zmarłych były względnie niskie (32–36) liczba zgonów też była niska.

Liczba zmarłych w podziale na ogółem i tych w wieku 50 lat i mniej:

Czwarta fala

W dalszej części analizujemy tylko dane dla tzw. 4-tej fali porównując zaszczepionych i nie zaszczepionych. Nie analizujemy początku roku, bo tam zaszczepionych było mało, potem było wygaszenie pandemii. Od 35 tygodnia (2021-W35-1) liczba zgonów rośnie a jednocześnie już wględnie znaczący odsetek populacji jest zaszczepiony (około 50%)

Definiujemy 3 grupy wieku 0–39, 40–59, 60 i więcej. Szczepionych dzielimy na 2 grupy: nieszczepionych wcale lub raz oraz dwa lub więcej razy szczepionych:

## tylko 4 fala 
iv_wave_start <- ISOweek2date(iv_wave_start_week)

d4 <- d0 %>% filter (as.Date(date) >= as.Date(iv_wave_start)) %>%
## recode dawka
  mutate(dawka_ost=fct_recode(dawka_ost,
      '0/1' = 'jedna_dawka',
      'pełna' = 'pelna_dawka',
      'pełna' = 'przypominajaca',
       ## zamienione na `przypominajaca` Perlem
       ##'2' = 'uzupe\xb3niaj\xb9ca',
      'pełna' = 'uzupelniajaca',
      '0/1' = '')) %>%
  ## recode age
  mutate(grupa_wieku = case_when(
    vek  < 40 ~ "<40]",
    vek >= 40 & vek < 60 ~ "40-60]",
    vek >= 60 ~ "60>"  ))

## Warning: Unknown levels in `f`: uzupelniajaca

lzgonow <- nrow(d4)
first.week <- first(d4$data)

Liczba zgonów w tak zdefiniowanym okresie (tj od 2021-08-30 tygodnia) wyniosła 31553.

W dalszej części analizy porównujemy zaszczepionych co najmniej dwa razy oraz nie zaszczepionych wcale. Tych co raz szczepieni pomijamy bo jest ich mało.

Zależność wiek a zaszczepienie (0/1 oznacza że nie był zaszczepiony lub był zaszczepiony raz) w procentach:

	<40]	40-60]	60>	Sum
0/1	1.3976484	7.374893	64.41543	73.18797
pełna	0.1362786	1.502234	25.17352	26.81203
Sum	1.5339270	8.877127	89.58895	100.00000

Zwróćmy uwagę, że 64.4% zgonów (od 2021-08-30 tygodnia 2021 przypominam), to osoby niezaszczepione/raz szczepione w wieku 60 lat i więcej. Warto też zwrócić uwagę, że na tę grupę wieku przypada 89.6% wszystkich zgonów.

Średni wiek w grupach niezaszczepionych (dawka_ost = 0/1) oraz tych zaszczepionych dwa lub więcej razy (dawka_ost = pełna):

grupa_wieku	dawka_ost	średnia	mediana	n
<40]	0/1	32.46032	34	441
<40]	pełna	32.67442	35	43
40-60]	0/1	51.76880	53	2327
40-60]	pełna	52.79536	54	474
60>	0/1	78.71966	80	20325
60>	pełna	78.26476	78	7943

Zgony wg grup wieku (stała skala w poszczególnych grupach wiekowych)

To samo co na poprzednim, ale różna skala w poszczególnych grupach wiekowych:

Zmarli bez chorób współistniejących

W kolejnej części analizy porównujemy dane dla 4-tej fali porównując zaszczepionych co najmniej podwójnie i nie zaszczepionych wcale w grupie tych, dla których wyłączną przyczyną zgonu był COVID19 (tzw. zmarli bez chorób współistniejących):

Tak zdefiniowana grupa liczy 8772 zmarłych. Średnia wieku w tej grupie to 73.8300274.

Zależność wiek a zaszczepienie (w grupie bez chorób współistniejących) w procentach:

	<40]	40-60]	60>	Sum
0/1	2.0861833	10.316918	63.79389	76.19699
pełna	0.1481988	1.459188	22.19562	23.80301
Sum	2.2343821	11.776106	85.98951	100.00000

Test chi²

## 
##  Pearson's Chi-squared test
## 
## data:  deaths.table
## X-squared = 122.82, df = 2, p-value < 0.00000000000000022