CAH avec R

1. On charge les données (jeu de données exemple iris ici)

data(iris)

2. On effectue la CAH (avec agnes, mais c’est nul, hclust est mieux…)

library(cluster)
CAH <- agnes(x = iris, diss = FALSE,
             metric = "euclidean",
             method = "ward", stand = TRUE)

3. Graphique simple (et moche)

plot(CAH, ask = FALSE, which.plots = 2)

N.B. 3 classes, ça semble cool sur ce dataset

4. On découpe

nbClasses <- 3
Clusters <- cutree(tree = CAH, k = nbClasses)

5. On affiche :
   

• 1 : téléchargement d’un script avec plein de jolies fonctions

source("http://addictedtor.free.fr/packages/A2R/lastVersion/R/code.R")

• 2 : On définit l’ordre (gauche -> droite) des classes

ordreClasses <- unique(Clusters[CAH$order])

• 3 : On définit une palette de couleurs

cPal <- c(1:nbClasses)[ordreClasses]

N.B. Ce serait plus propre d’utiliser RColorBrewer, mais la flemme

• 4 : On crée le corps du graphique via la fonction sourcée auparavant

A2Rplot(x = as.hclust(CAH),
        k = nbClasses,
        boxes = FALSE,
        col.up = "gray50",
        col.down = cPal,
        show.labels = FALSE,
        main = "Dendrogramme")

• 5 : On ajoute une légende

legend(x="topleft",
       paste("Cluster",
             1:nbClasses,
             sep=" "),
       cex=1,
       seg.len=4,
       col=cPal,
       pch=NA,
       lty=1,
       lwd=4)