library(clhs)
## PUNTO 1: Una muestra aleatoria de 64 bolsas con fibra de coco para cultivo de Arándanos (de una capacidad de 20 lit) pesan en promedio 4.5 kg. Genere los datos de la muestra usando rnorm(64;4.35;0.15) fijando su semilla con su número de cédula y pruebe la hipótesis de que el peso es inferior a 4.5 kg. Utilice un =0.05. Concluya desde un punto de vista agronómico y explique una razón por la cual un peso inferior puede ser un problema desde un punto de vista del riego o dosificación de agroquímicos.
set.seed(1000518135)
mfc=rnorm(64,4.35,0.15)
hist(mfc)
cuantile_t=qt(p=0.05,df=500-1,lower.tail = TRUE)
medcritica = (cuantile_t * sd(mfc))/sqrt(64)+ 4.5;medcritica
## [1] 4.469488
abline(v=mean(mfc),lwd = 2,col = "red")
abline(v=4.5,lwd = 2,col = "blue")
abline(v=medcritica,lwd=2,col= "black")

mean(mfc)
## [1] 4.349635
sd(mfc)
## [1] 0.1481238
summary(mfc)
##    Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max. 
##   3.774   4.282   4.336   4.350   4.447   4.688
### Hipotesis nula: las bolsas con fibra de coco para cultivo de Arándanos pesan menos de 4.5 kg
###Hipótesis alterna:las bolsas con fibra de coco para cultivo de Arándanos pesan igual o más de 4.5 kg

\[H_0: \mu_{mfc} < 4.5\\ H_a: \mu_{mfc} \ ≥4.5\]

##Pruba T-student para la media de una población normal

sim_1= replicate(500, rnorm(64,4.35,0.15)) 
dim(sim_1)
## [1]  64 500
med= colMeans(sim_1)
length(med)
## [1] 500
## Cuantile de la distribución T- student
## Nivel de confianza = 1- alpha
## Nivel de significancia = alpha
##Cuantile T
cuantile_t=qt(p=0.05,df=500-1,lower.tail = TRUE)
cuantile_t1.1= qt(p = 0.05,df = 499, lower.tail = FALSE);cuantile_t1.1
## [1] 1.647913
## Media crítica
medcritica = (cuantile_t * sd(mfc))/sqrt(64)+ 4.5;medcritica
## [1] 4.469488
medcritica1.1 = (cuantile_t1.1 * sd(mfc))/sqrt(64)+ 4.5;medcritica1.1
## [1] 4.530512
medcritica1.1
## [1] 4.530512
hist(med,xlim = c(4.28, 4.55))
abline(v=mean(mfc),lwd = 2,col = "red")
abline(v=4.5,lwd = 2,col = "black")
abline(v=medcritica,lwd=2,col= "blue")
abline(v= medcritica1.1, lwd=2, col= "blue")

## Como se puede observar en la gráfica No se rechaza la hipótesis nula  donde las bolsas con fibra de coco para cultivo de Arándanos pesan menos de 4.5 kg, debido a que la media de los datos es  4.35, muy por debajo de 4.5 kg, además, se re afirma esta hipotesis debido a que la media de los datos (4.35) queda muy por debajo de la media crítica (4.46). 
## PUNTO 2: Se supone que una máquina mezcla granos partidos de arroz con granos completos en bolsas de 1/4 Kg a razón de 1:24. Se observa que una bolsa contiene 6000 granos enteros y 350 granos partidos. A un nivel de significancia de 0.05 pruebe la hipótesis de que la máquina mezcladora de granos está excediendo la cantidad de granos partidos y por ende no se está manteniendo la razón 1:24.

## Hipótesis nula:La máquina mezcladora de granos está cumpliendo la relación 1:24 con una cantidad de granos partidos menor o igual de 250 granos.
## Hipótesis alterna:La máquina mezcladora de granos está excediendo la cantidad de 250 granos partidos, incumpliendo la relación 1:24

\[H_0: \\grpartidos ≤ 1/24 \\ H_a: \ gr partidos \ > 1/24\]

set.seed(1000518135)
m1=c(350,6000)
Granos_completos = (6000)
Granos_partidos = (350)
datos = data.frame(Granos_completos, Granos_partidos)
datos/6350
##   Granos_completos Granos_partidos
## 1        0.9448819      0.05511811
proporcion = c(1/24,23/24)
pruebachi= chisq.test(m1,p=proporcion)
pval = pruebachi$p.value
pval
## [1] 8.131924e-08
ifelse(pval>0.05, 'No rechazo Ho', 'Rechazo Ho')
## [1] "Rechazo Ho"
## Se rechaza la hipótesis nula debido a que la máquima mezcladora de granos no está cumpliendo con la relación 1:24
## PUNTO 3. Las muestras de agua se toman del agua utilizada para refrigeración cuando se vierte desde una central eléctrica a un río. Se ha determinado que la temperatura media del agua descargada sea como máximo de 65° C para que no haya efectos negativos en el ecosistema del río. Para investigar si la central cumple la normativa que prohíbe una temperatura media del agua superior a este valor los investigadores tomarán 50 muestras de agua según un protocolo de muestreo y registrarán la temperatura de cada muestra. Los datos resultantes se utilizarán para probar las hipótesis H0:µ=65 contra Ha:µ>65. En el contexto de este ejemplo, describa los errores de tipo I y Tipo II. ¿Qué tipo de error consideraría más grave? Explique. Genere con rnorm (50;65.8;0.3) los datos de la muestra con una semilla asociada a su cédula. Contraste las hipótesis antes formuladas usando =0.05.
set.seed(1000518135)
muestra_agua=rnorm (50,65.8,0.3)
hist(muestra_agua)
cuantile_t1=qt(p=0.05,df=500-1,lower.tail = FALSE)
medcritica1 = (cuantile_t1 * sd(muestra_agua))/sqrt(50)+ 65;medcritica1
## [1] 65.07114
abline(v=mean(muestra_agua),lwd = 2,col = "red")
abline(v=65,lwd = 2,col = "blue")
abline(v=medcritica1,lwd=2,col= "black")

sim_2= replicate(500, rnorm(50,65.8,0.3)) 
med_agua= colMeans(sim_2)
mean(med_agua)
## [1] 65.79771
sd(med_agua)
## [1] 0.04304917
summary(med_agua)
##    Min. 1st Qu.  Median    Mean 3rd Qu.    Max. 
##   65.67   65.77   65.80   65.80   65.83   65.92
sim_2= replicate(500, rnorm(50,65.8,0.3)) 
dim(sim_2)
## [1]  50 500
med_agua= colMeans(sim_2)
length(med_agua)
## [1] 500
hist(med_agua,xlim = c(64.8, 66))
abline(v=mean(muestra_agua),lwd = 2,col = "red")
abline(v=65,lwd = 2,col = "black")
abline(v=medcritica1,lwd=2,col= "blue")

## Cuantile de la distribución T- student
## Nivel de confianza = 1- alpha
## Nivel de significancia = alpha
##Cuantile T
cuantile_t1=qt(p=0.05,df=500-1,lower.tail = FALSE)
## Media crítica
medcritica1 = (cuantile_t1 * sd(muestra_agua))/sqrt(50)+ 65;medcritica1
## [1] 65.07114
##Error de tipo I: Ocurre si se rechaza la Ho (hipótesis nula) cuando es verdadera.
## Error de tipo II: Ocurre si la Ho (hipótesis nula) es falsa y no se rechaza.

## En este ejemplo se puede incurrir en el error de tipo II cuando NO se rechaza la Ho, la cual nos dice que la temperatura media del agua es IGUAL a 65°C; afirmación que es FALSA debido al estudio de medias realizado, donde la temperatura media del agua está por encima de 65°C, llegando a una media de 65.8°C encontrandose así dentro de la ZONA DE RECHAZO.Este error haría que directamente se rechazara la Ha, la cual nos dice que la temperatura media del agua es MAYOR a 65°C; a pesar de que esta hipótesis sea VERDADERA, comtiendose así un error de tipo I.

## Para el caso estudiado sería gravísimo cometer el error de tipo II donde NO se rechaza la Ho. Si se llega a aceptar la Ho habría efectos negativos en el ecosistema del río, debido a que no se realizará ningun control de las temperaturas de agua descargadas al río por parte de la hidroeléctrica. La normativa que prohíbe una temperatura media del agua superior a 65°C no se aplicaría a esta hidroeléctrica a pesar de NO estar cumpliendo con la normativa, debido a que, como se observó en el estudio, sus aguas descargadas llegan a tener una tenmperatura media de 65.8°C, casi un grado centigrado por arriba del permitido.

\[H_0: \mu_{tmed.agua} ≤ 65°C\\ H_a: \mu_{tmed.agua} \ > 65°C\]

## PUNTO 4:Un agricultor afirma que el rendimiento medio del maíz de la variedad Local supera el rendimiento medio de la variedad alóctona en al menos 0.5 ton/ha. Para comprobar esta afirmación, se plantan 2 hectáreas de cada variedad y se cultivan en condiciones similares. La variedad Local produjo en promedio 5.8 ton/ha con una desviación estándar de 0,58 ton/ha, mientras que la otra variedad rindió en promedio 5.1ton/ha con una desviación estándar de 0.45 ton/ha. Prueba la afirmación del agricultor utilizando un nivel de significación de 0,05. Con los datos dados genere con rnorm de R las muestras de tamaño según la densidad de siembra que considere según la literatura para las 5 hectáreas. Aunque las medidas y las desviaciones obtenidas de las simulaciones pueden diferir de los datos, use los datos simulados para el contraste de hipótesis para un =0.05. 

## Ho media Variedad local - mediavariedad aloctona ≥ 0.5
## Ha media variedad local- media variedad aloctona < 0.5
vlocal = rnorm(40000, 5.8, 0.58)
mean(vlocal)
## [1] 5.800957
valoctona = rnorm(40000, 5.1, 0.45)
mean(valoctona)
## [1] 5.100747
prueba=t.test(x=vlocal, y=valoctona, alternative ="less", mu=0.5, paired = TRUE, conf.level =0.95);prueba
## 
##  Paired t-test
## 
## data:  vlocal and valoctona
## t = 54.757, df = 39999, p-value = 1
## alternative hypothesis: true difference in means is less than 0.5
## 95 percent confidence interval:
##       -Inf 0.7062237
## sample estimates:
## mean of the differences 
##               0.7002094
pvalor = prueba$p.value
ifelse(pvalor>0.05,'No Rechazo Ho','Rechazo Ho')
## [1] "No Rechazo Ho"

\[H_0: \mu_{med.vlocal} \ - \mu_{med.valoctona} ≥ 0.5\\ H_a: \mu_{med.vlocal} \ - \mu_{med.valoctona} \ < 0.5\]

## PUNTO 5.La porosidad a granel se define como el porcentaje de volumen del espacio intergranular respecto al volumen total de grano a granel. El porcentaje de espacio vacío de los diferentes granos a granel suele ser necesario en los estudios de secado, estudios de flujo de aire y flujo de calor de los granos. La porosidad depende de (a) la forma, (b) las dimensiones y (c) la rugosidad de la superficie del grano. En maíz se conoce una porosidad media de 42.5% (medido con el método de desplazamiento del mercurio). Se toman 30 muestras y se obtiene una media y una desviación estándar de la muestra para una semilla dada por su número de cédula(CC) de mean(rnorm (30;45;2)) y sd(rnorm (30;45;2)). Use un =0.05 para probar la hipótesis de que la porosidad es mayor al valor conocido históricamente para el cultivo de una variedad específica.
## Hipótesis nula Ho: La porosidad el maís tiene un valor medio de porosidad menor o igual a 42.5%.
##Hipótesis alterna Ha: La porosidad del maís tiene un valor medio de porosidad mayor a 42.5%.
set.seed(1000518135)
p_maiz = rnorm (30, 45, 2)
sd(rnorm(30,45,2))
## [1] 1.737983
hist(p_maiz)
abline(v=mean(p_maiz), lwd = 2, col="red")
abline(v= 42.5 , lwd = 2, col = "blue")

mean(p_maiz)
## [1] 44.76905
sim_3 = replicate(500, rnorm (30, 45, 2))
med3 = colMeans(sim_3)
##cuantile T
cuantile_t3= qt(p = 0.05,df = 499, lower.tail = T);cuantile_t3
## [1] -1.647913
cuantile_t3.1= qt(p = 0.05,df = 499, lower.tail = FALSE);cuantile_t3.1
## [1] 1.647913
#med crítica
medcritica2 = (cuantile_t3 * sd(p_maiz))/sqrt(30)+ 42.5;medcritica2
## [1] 41.84082
medcritica2
## [1] 41.84082
medcritica2.1 = (cuantile_t3.1 * sd(p_maiz))/sqrt(30)+ 42.5;medcritica2.1
## [1] 43.15918
medcritica2.1
## [1] 43.15918
hist(med3, xlim = c(41.5, 46.5))
abline(v= mean(p_maiz), lwd =2 , col = "red")
abline(v= 42.5, lwd= 2 , col= "black")
abline(v= medcritica2, lwd=2, col= "blue")
abline(v= medcritica2.1, lwd=2, col= "blue")

## Se rechaza Ho debido a que la porosidad media del maíz tiene un porcentaje mayor a 42.5%

\[H_0: \mu_{p.maíz} \leq 42.5\\ H_a: \mu_{p.maíz} > 42.5\]

##PUNTO 6:Con la función expand.grid de R cree una rejilla de 10 filas y 12 columnas y con grid cierre la cuadrícula para que se perciban las 120 celdas. Genere unos datos con la función round(runif(120,0,1.2),0) genere el estado de unas plantas que caen un por celda. El cero representa las sanas y el 1 las enfermas. Pinte un color para cada caso diferente de modo que en la imagen se perciban sanas y enfermas. Asuma la prevalencia total de la enfermedad como la medida de referencia inicial (parámetro) para comparar con los muestreos. Tome muestras aleatorias de tamaño 10:80 y estime la prevalencia en cada caso ( use sample de R). Grafique la prevalencia contra tamaño de muestra y muestre el alejamiento de cada prevalencia con el verdadero valor conocido inicialmente. Haga una nueva rejilla enfermando un 10% adicional a las que estaban enfermas inicialmente asumiendo que ninguna enferma pasa al estado sana, solo sanas pasan a enfermas. Una vez tenga las dos rejillas, calcule para los mismos tamaños de muestra la nueva prevalencia y estime las incidencias asumiendo que cada imagen tiene una separación de 12 días. Haga los gráficos respectivos. Saque las conclusiones respecto del tamaño de muestra. Suponga que muestrear una planta tiene un costo de 20 mil pesos y se tiene un presupuesto de a lo sumo un millón de pesos para cada muestreo. Una vez tenga todos los resultados haga un muestro hipercubo-latino condicionado con la librería clhs de R y ponga como tamaño de muestra el que queda definido por el presupuesto. Muestre en las rejillas en todos los casos las plantas muestreadas de forma aleatoria y espacial. Estime todas las prevalencias e incidencias con este muestreo. Compare ambos resultados y comente las diferencias encontradas y diga la razón que tiene para seleccionar uno de estos como el más conveniente.

lote = expand.grid(x = seq(12), y = seq(10))

set.seed(1000518135)
estado = round(runif(120,0,1.2),0)
length(estado)
## [1] 120
estado_nombre = ifelse(estado == 0, 'Sana', 'Enferma')
estado_color = ifelse(estado == 0, 'green', 'red')

plot(lote$x, lote$y, pch = 8, col = estado_color)

#Prevalencia de la enfermedad
table(estado_nombre)
## estado_nombre
## Enferma    Sana 
##      73      47
table(estado_nombre)/120
## estado_nombre
##   Enferma      Sana 
## 0.6083333 0.3916667
x<- (15)
muestra_aleatoria=sample(estado,x,replace=TRUE)
muestra_aleatoria
##  [1] 1 0 1 1 1 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0
length(muestra_aleatoria)
## [1] 15
library(clhs)

N = 120
vec1= 10:80
n_muestra = sample(vec1, size = 60, )
n_muestra
##  [1] 62 38 72 59 10 17 26 32 64 52 30 79 44 27 63 31 14 74 20 67 36 29 60 54 45
## [26] 68 73 49 77 24 28 69 23 70 37 57 41 15 42 76 35 11 33 80 39 75 58 34 16 13
## [51] 12 50 40 56 55 19 51 46 65 71
muestra_1 = lapply(n_muestra, clhs, x= lote)
muestra_1
## [[1]]
##  [1]  25 119  88  17  39 108 109  21  30  47   2 107   8 120  15  73  31  68  49
## [20]  72  85  46  74 103  98  82  60   9  75  11  56   7 100 114  86  93  37  34
## [39]  92  81  19  53  38  65  84 113  94 115  24  64  83  70  58  40  90  61  41
## [58] 106  23  63  80 104
## 
## [[2]]
##  [1]  12 100  11  36 117  18  96  16  99  81  88   5 118  13  22  56  38 106  27
## [20]  37  53  90  82  35  71  51 101  69  64  48  59 115  91  77   7  42  49 114
## 
## [[3]]
##  [1]  25  88  20  86 107  21  43 112 120  11  16 111   9  63  36  35   1   2 110
## [20]  55 101  10  24  41 103  45  65  23  71  74  49  99  56  26  34  78  92  29
## [39]  82  96 105  73 108 118  64  46  75  83 117 104  38  85  91  39   6  18  52
## [58]  72  32  40 102  50   4  69   5  51  58  44  79 115  77  67
## 
## [[4]]
##  [1]  24 109  23  60 118 105   1  92  13  62  37  96 103 113  99 112  82   3  74
## [20]  65  38  22  80  93   7  53  32  16 115 104  44  55  64  33  15  57  48  88
## [39]  29   9  75   5  51  39 106  50  76  25  70  91  31  97 111   8 102  18  78
## [58]  54 114
## 
## [[5]]
##  [1]  82  14  63  90  32  59 120 101   9  40
## 
## [[6]]
##  [1]  85  76  96  14  47 111  32   9 106  82  54  15  65   7  52  78 114
## 
## [[7]]
##  [1]  70  90  14 112  34   1  24  40  81  61   9  41  72  83   3  92  98  36  23
## [20]  31  54  91 106  56  53  19
## 
## [[8]]
##  [1]  82  17  98  16 116  19  97  59  48 120  27  37 117   4  86   3  36  99  77
## [20]   9  92 107 109  90 102  44  67  57  54 103  63  70
## 
## [[9]]
##  [1]   5 110   3  10  84 106  28  98  11  60  93 111  19  27  24   1 114 115  37
## [20]  71  14  82  26  90  70 119  16  43  87   6  50  68  18 117 113  35 100  85
## [39]  48  97 107  32  58  92  78  96  41  39  73  69  80  40  77  44  99  59 102
## [58]  83  47  29  61  54  56  89
## 
## [[10]]
##  [1] 111  42   1 109  15  60  24  34  74 119  32  95  21  91  13 112  70  65 113
## [20]  27  41  71  97  93  83  10  38  88  49  78  35 106  81  53   5  33  63 108
## [39]  98  90  55  66  20  31  94  26  50   6  80 100  37  19
## 
## [[11]]
##  [1]  13  39 108 112 116  86 100  79  97  18  35  91  84  22  51  52   3  93  70
## [20]  65  54  30  59  69  32  92  55   8 102  46
## 
## [[12]]
##  [1]  12 115  18  85  58  38  17   9 120  88  97  82   7 110   2 104  33  24 106
## [20]  13  26  72  39  35   4 103  22 112  99  54  29  64   5  67  59   8 113  21
## [39]  95  63  27  83  55 114  61  46  81 105  45  68  66  44 118  92  93  25  51
## [58]  40  79  28  80  89  56  14  77  43 117  42  70  73  84   6  32  48  47  52
## [77]  10 101  36
## 
## [[13]]
##  [1] 110 120  22  35  92 107  79  73   3  53  95  84   4  27  44  19  37  56  94
## [20]  57  52  41  49  46  86  97  99 112  69 113  87  66  72  67  82  76  70  61
## [39]  74 114  54  42  25  48
## 
## [[14]]
##  [1] 107   2  60  85 110 105  20   3  29  93  67 112  41  22  49  61  94  63   8
## [20]  23 116  89  28  83 102  32   7
## 
## [[15]]
##  [1]   4  86  99  14 120  83   9  74  46  15  35  21  85 112  89  61  34 116  72
## [20]  25   2 109 101  10   8 107  18 108  49  87  95  50  57  91  77  17  45 117
## [39]  68  52  30  82  55  29  47 103  54  76  63  56  32  71  42  31 104  98  90
## [58]  70 115 106  78   6 111
## 
## [[16]]
##  [1]  73  12   5 118 100  84  30  32  91  26 108  23  44 112  16  74  46  70  66
## [20]  17  65  69   3  24  83  33  52  53  54 103  43
## 
## [[17]]
##  [1]  39  52  82  23   7  25 108  80 110  87  69  29  30  20
## 
## [[18]]
##  [1]   1 108  48 111 118  32  23  15  74  21  24  19  35  96 117  10   2  98 112
## [20]  28  37  90  64  31  41   7  73   4  86  56   9  81  97 107  94 113  27  93
## [39] 106  87  47  57 114   5  60  17  25  40  52  58  63  71  67  84  20  61  53
## [58]  85  55  92  76 103 104  46  65  72  45  83  66  42  91  70 102   8
## 
## [[19]]
##  [1]  84  26 109  25  82   8 105  71  24 104  94  53  40  51  67  18  76  65  86
## [20]  46
## 
## [[20]]
##  [1]  36  40 109 107  95  16  98  21  72  74  97 116  39  96   9  81 101  80  24
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## [39]  28  33  30  38  25  76  70   2  45  42  19  68   6  92  93  41  59  63  20
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## 
## [[21]]
##  [1]  96 100  47  92  81 112  10 113   1  14  67  39  54  26  73  25  88  11  72
## [20]  75  44  87  64  79  15  86  69   9 105  30  71  58  43   7  83  51
## 
## [[22]]
##  [1]  13  26  96 109   4  82  72  79  35  29  75  20 117  97  44  87  22  93  16
## [20]  91   8  31  51   2 101  53  57  86 114
## 
## [[23]]
##  [1]  88  82 120 106   1   4 109  34  85 110 107  12  33  11 101  62  14  80  48
## [20]  13  54  32  35 118  19  39  87  77 115  96  21  18  74  40  45  25  58  47
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## [58]  68  75  81
## 
## [[24]]
##  [1]  83  48 104  35  97   3  74  16  90  73   9  21 105  24  56 111  28  19   7
## [20]  68  34  69  70  40  43  27 115  88 103  65   6  38  53  14 119  15  45  29
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## 
## [[25]]
##  [1] 120   1  48 110 115  23 101  36  85  50   8 100 106  74  81  88  15  96  21
## [20] 104  94  80   6  26  49  91  79  68  51  58  78   5 114  29  31  35  97  53
## [39] 113  70  64  63   4 102  30
## 
## [[26]]
##  [1]  24  37  52   8  46  75  61   6 113 117  96 119  64  65  23  72  98 106   2
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## [58]  89  10  77  12 116  49  92  68  11  47  80
## 
## [[27]]
##  [1]  24 118 108 119  85  72  41  23 116  95   1  73 117  26 106  29  99 105 114
## [20]  81  49  46  12  44  20  38  34  75  15  65  60  37  11  86  57  55 101  18
## [39]   8   4  52  87   5  78  16 103  92  47  53  93  74  80  62   6  97 115  96
## [58]  42  28  79  63  98  19  54  33  67  68   7  40  59  89  35  30
## 
## [[28]]
##  [1]   1  69  99  16 105  87   5  24 110  35  44 117  62  77  23  95  73   7   9
## [20]  78  51  32  39 100 108  66  59 112  92 114  14  60  74  65  17  58  94  55
## [39]  52  33 115  68  90  20 106   6  64  83 118
## 
## [[29]]
##  [1]  93  97 120  12 117  34  17  88   5  21 109  38 111  95 101  47  37  35  15
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## [39]  58   3  92  13  46  54  71 114  61 100  91 104  16   6  83  41  26  80  20
## [58]  55 105  59  70  65  30  52 115  32 116  69   7  18  89  66  56  43  57  90
## [77]  44
## 
## [[30]]
##  [1] 107 111  22  96   1  27  78  35  24  40  38  45  76  94  67  62  49 113  23
## [20]  68  19  55  59  83
## 
## [[31]]
##  [1] 109  24   5  99  71  78   2  89  46  20  81  52 106  83  40  28 114  60  86
## [20]  30  58 103  38  63  15  33 117  68
## 
## [[32]]
##  [1] 109  23  85  60  26  21  34  46 119  16  44  48  96 111  56  54  53  82 114
## [20]  62  31   3  98  77  64  81 108 102  94  12  13  73   4 117  65  90   2  61
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## [58]  84  86 118  20  32 113  72  79  47  35  49  19
## 
## [[33]]
##  [1]  71  12   1 117 104 112  27  22  59  85   2  80 113  30  36  81 102  46  41
## [20]  52  94 103 115
## 
## [[34]]
##  [1]  37  82  86  99  93   1  87  14 101 113  10 100 107  73  23  22   2   3  88
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## [58]  28  58   6  54  19  51  64  30  78  40  77  90  29
## 
## [[35]]
##  [1] 120   1  73 101 100  95  24  48  62 111  82  61  26  34   8  21   4 105  17
## [20]  79  15  47  22 119  99  28  69  66  32  43 115  10   7  19  51  60  58
## 
## [[36]]
##  [1]  85 109  48 113  64  23  37  59  88  35  26 108  20  99   4  55  34 100  24
## [20]  81  18  74   6  65  57  32 120  82  38  27  17 105  73   8  95  90  79 117
## [39]  29  10  94  86  61 116  71  28  43  52  42 119  51  67  98 114  44  14 107
## 
## [[37]]
##  [1]  97  12 119  71 111   2  94  82  14 105   4  51   7  17 102 112 115  37  93
## [20] 103  72  62  30  90  60  32  53  80  41  78  64  36  73  92  48  19  65  40
## [39]  45 100  58
## 
## [[38]]
##  [1]  88  18  25   8 120  59  67  82  93 110  97  42   5  63 113
## 
## [[39]]
##  [1] 108  11  62 119 118  93  13  12  25  21  96 113  76 106 100  68  75  44   6
## [20]  66  82   8  39  47  14  45  89 117  34  85  73 102  31  53 111  92  36  79
## [39]  19 115 103  29
## 
## [[40]]
##  [1] 109  98  38  64 105  57  22  48  17  92  20  37 108  87  88   1  12  47 107
## [20]  33 118 112  31   5  46  72  49  80  62  99  14 113 119  89  76  58  39  34
## [39]  79  67  66  77  35  28 104  83  25  52  93  86  96  54   9  23   7  15  65
## [58]   8 106  32  71  60  42  41 102 115  90   4  11  30 114  78  21  81 117  29
## 
## [[41]]
##  [1]  40  25  10  36  94  99 116  47  98  60 109 105   5 114  90  57  30  80  84
## [20] 107  15  31  39 117  82  52  91  79  20  65  71  62  69  64  58
## 
## [[42]]
##  [1]  39   6  76  53  97 119  67  33  22  92  84
## 
## [[43]]
##  [1] 120  11 109   2  88  35   4  56  43  82  17  68  84  57  87 102  62  27  85
## [20]  53  34   9  83 117  33  89 108  78  80  51  67 103  32
## 
## [[44]]
##  [1]  98  25 111 117   1  23   9  29  88  12  14  46  11  37  94  39  80  50 110
## [20]  24  54  89  18  82 106  35  31  70  47  99  20  90  68  75  57  78 103  67
## [39]  87  33 108 120 104 112  84  17  51  49   6 101  69  44  36  56 105  64  93
## [58]  77  42 113  19  63 118  74  62  28   4   2  95  32  61  30 102  21  55  27
## [77]  92  81  53 115
## 
## [[45]]
##  [1]   6 103  34  60 116  15   8  76  45  26  98  16   3  14  85  59  92  66  21
## [20]  61 100 115  81  53  87  94  80  64  25   7  79 109  17  32  41  40  69  37
## [39]  31
## 
## [[46]]
##  [1]  55   2  12  85  13   4  28  89 116 106 109   3  32  19 110  87  42  25 117
## [20]  75 111 120 113  52  46  31 103 102  15  23  65  44  36  72  74  11 108  26
## [39]  83  34 105  45  39 107  97  50  73  95   7  80  24  78 114  48  82  93  92
## [58]   6   5  64  58  59  22  14  29  81 101  60  68  56  33  54  79  37 115
## 
## [[47]]
##  [1] 110 119  48  97  36  14  57 112  73  96  93   3  81  39  43 104 116  91  59
## [20]  75   8  29  15  95   2  85  98  18  94  83  78  40  11  32 103 106  22  82
## [39]   5  21  52  38  47  46   9  99  69  61  63 114   4  64  68  19  62  56  72
## [58]  37
## 
## [[48]]
##  [1]  27  24 116  49 103  94  20 119  73  47  17  85 117  46 108   4 110  99  30
## [20]  74  35  41  76  54  82  81 102  29  66  63  93  44  61  64
## 
## [[49]]
##  [1]  74  23  40  30 105  94   3   5  68  12  37  24  76 117  57 103
## 
## [[50]]
##  [1]  34  45  99  14   6  67  80   5 109  96  59  52   4
## 
## [[51]]
##  [1]  43  92  16  36  11  63  74  58   1 117 101  18
## 
## [[52]]
##  [1]  88  17  61 104 114  40 107  71  97  18  10   2  21 113  82  12  84  16 112
## [20]  37  73  92  77  93  75  53  72  19  56 103  60  63  68  69   6  28  57  83
## [39]  34  91  64  74  80  50  31  15 117  23  26  62
## 
## [[53]]
##  [1]   2 110  25 112 120  13  79  10  99  35  21  60  23   9  26  53  71  88  86
## [20]  17  65  39  87  83 117  66 106  57  77 104  90  64  16  80   7  52  58 115
## [39]  75  59
## 
## [[54]]
##  [1]   2 109 112   1  11  22  74  99 103  84  26  25  94  66 105  37  15  45  71
## [20]  73  96  69  90  17  48  91 106  58  57  32  80   3  65  55  36  76   6  62
## [39] 104  44  51  47  64  87 114  92 113  18  81  19   7  93 111   9  30  59
## 
## [[55]]
##  [1]  96   5 110   3   7 112  12   1  43  47  28  86  14 106  98 111  37  93  23
## [20] 104  24  73  79  66  36  39  78  57  94  26  76  56 113  58  21  83  55  34
## [39] 107  17  42  40 105  68  81   6  95  54  92  32  52  91  51  31  75
## 
## [[56]]
##  [1]   2 116  69  76  97  87  70  41 119  31  23  13  72  73  22  51 100   6  30
## 
## [[57]]
##  [1]   1  98  13 119 114  27  35  36  48 113  53 103 104  55 106  45  94 109  10
## [20]   2  76  44  16  78  72  82   8 115  24  69  58  75  85  86  93  66  21  49
## [39]  68   3  56  33  67  90   5 112  59  65  28  38  95
## 
## [[58]]
##  [1] 120  24   5  57  15  11  22  92  26  63  38  65  69  48  54  77  51  84  35
## [20]  99 117 104  34  83  13  49 106  64 109  41  85  81  42  46  33 105  59  58
## [39]  74 107  19  79  43 103 114 115
## 
## [[59]]
##  [1]   8  24 115 120  23  33  42  44  97   1  12  25  79  93  91  15 111  37  20
## [20]  35  96  41  95   3  10  40 102  73  58  29  27 110  61  19  80  82  18  77
## [39]  38 103  84  62  88  70  69  30  74   2 104  99  89 106  45  48  55  34   4
## [58]  22  31  49  53  51  50  63 117
## 
## [[60]]
##  [1] 119   1  36  25  13  12 111 104  24  92  85  82  17 101  27  58   3 114  83
## [20] 100  22  90  10 110 117  99  14  21   4  88  39  59   7 115  26 106  37  81
## [39]  44  19  91  42  35  43  32 113  75  53  70  79  20  28  63   9  65  69  72
## [58]   8  61  31  64  41  50  74  60  55  29  30  94 118  68
muestra_enfermas = NULL
for(i in n_muestra){
  muestraa = clhs(x = lote, size = i)
   muestra_enfermas = c(muestra_enfermas, table(estado_nombre[muestraa])['Enferma']/i)
   
  prevalencia = table(estado_nombre[muestraa])/i
  cat('\nn_muestra:',i,'\n')
  print(prevalencia)}
## 
## n_muestra: 62 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.6290323 0.3709677 
## 
## n_muestra: 38 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.6578947 0.3421053 
## 
## n_muestra: 72 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.6527778 0.3472222 
## 
## n_muestra: 59 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.5932203 0.4067797 
## 
## n_muestra: 10 
## 
## Enferma    Sana 
##     0.6     0.4 
## 
## n_muestra: 17 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.6470588 0.3529412 
## 
## n_muestra: 26 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.5384615 0.4615385 
## 
## n_muestra: 32 
## 
## Enferma    Sana 
##   0.625   0.375 
## 
## n_muestra: 64 
## 
## Enferma    Sana 
## 0.59375 0.40625 
## 
## n_muestra: 52 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.5961538 0.4038462 
## 
## n_muestra: 30 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.5333333 0.4666667 
## 
## n_muestra: 79 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.5949367 0.4050633 
## 
## n_muestra: 44 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.7045455 0.2954545 
## 
## n_muestra: 27 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.5925926 0.4074074 
## 
## n_muestra: 63 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.5873016 0.4126984 
## 
## n_muestra: 31 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.5806452 0.4193548 
## 
## n_muestra: 14 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.5714286 0.4285714 
## 
## n_muestra: 74 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.5810811 0.4189189 
## 
## n_muestra: 20 
## 
## Enferma    Sana 
##     0.6     0.4 
## 
## n_muestra: 67 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.5970149 0.4029851 
## 
## n_muestra: 36 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.6388889 0.3611111 
## 
## n_muestra: 29 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.6206897 0.3793103 
## 
## n_muestra: 60 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.5333333 0.4666667 
## 
## n_muestra: 54 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.6666667 0.3333333 
## 
## n_muestra: 45 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.6444444 0.3555556 
## 
## n_muestra: 68 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.6176471 0.3823529 
## 
## n_muestra: 73 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.6438356 0.3561644 
## 
## n_muestra: 49 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.5918367 0.4081633 
## 
## n_muestra: 77 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.5974026 0.4025974 
## 
## n_muestra: 24 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.5833333 0.4166667 
## 
## n_muestra: 28 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.6428571 0.3571429 
## 
## n_muestra: 69 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.5362319 0.4637681 
## 
## n_muestra: 23 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.5217391 0.4782609 
## 
## n_muestra: 70 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.5857143 0.4142857 
## 
## n_muestra: 37 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.7027027 0.2972973 
## 
## n_muestra: 57 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.5964912 0.4035088 
## 
## n_muestra: 41 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.7073171 0.2926829 
## 
## n_muestra: 15 
## 
## Enferma    Sana 
##     0.8     0.2 
## 
## n_muestra: 42 
## 
##  Enferma     Sana 
## 0.547619 0.452381 
## 
## n_muestra: 76 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.5921053 0.4078947 
## 
## n_muestra: 35 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.5142857 0.4857143 
## 
## n_muestra: 11 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.5454545 0.4545455 
## 
## n_muestra: 33 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.6969697 0.3030303 
## 
## n_muestra: 80 
## 
## Enferma    Sana 
##  0.6375  0.3625 
## 
## n_muestra: 39 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.5128205 0.4871795 
## 
## n_muestra: 75 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.6133333 0.3866667 
## 
## n_muestra: 58 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.5344828 0.4655172 
## 
## n_muestra: 34 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.6764706 0.3235294 
## 
## n_muestra: 16 
## 
## Enferma    Sana 
##  0.5625  0.4375 
## 
## n_muestra: 13 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.8461538 0.1538462 
## 
## n_muestra: 12 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.8333333 0.1666667 
## 
## n_muestra: 50 
## 
## Enferma    Sana 
##    0.48    0.52 
## 
## n_muestra: 40 
## 
## Enferma    Sana 
##    0.45    0.55 
## 
## n_muestra: 56 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.6607143 0.3392857 
## 
## n_muestra: 55 
## 
## Enferma    Sana 
##     0.6     0.4 
## 
## n_muestra: 19 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.6842105 0.3157895 
## 
## n_muestra: 51 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.5882353 0.4117647 
## 
## n_muestra: 46 
## 
## Enferma    Sana 
##     0.5     0.5 
## 
## n_muestra: 65 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.5692308 0.4307692 
## 
## n_muestra: 71 
## 
##   Enferma      Sana 
## 0.5211268 0.4788732
plot(n_muestra, muestra_enfermas, pch = 16)
text(n_muestra, muestra_enfermas, n_muestra, pos = 4, cex = 0.6)
abline(h = table(estado_nombre)['Enferma']/120, col = 'red')

###Rejilla 2
lote2 = expand.grid(x = seq(12), y = seq(10))

  set.seed(1000518135)
  estado2 = round(runif(120,0,1.4),0)
  length(estado2)
## [1] 120
  estado_nombre2 = ifelse(estado2 == 0, 'Sana', 'Enferma')
  estado_color2 = ifelse(estado2 == 0, 'green', 'red')
  
  plot(lote$x, lote$y, pch = 8, col = estado_color2)

  #Nueva prevalencia de la enfermedad
  table(estado_nombre2)
## estado_nombre2
## Enferma    Sana 
##      85      35
  table(estado_nombre2)/120
## estado_nombre2
##   Enferma      Sana 
## 0.7083333 0.2916667
  #incidencia de la enfermedad en 12 días
  (85-73)/47
## [1] 0.2553191
  ##conclusiones respecto del tamaño de muestra
  ### se puede observar que para la segunda rejilla dpnde enfermamos esl 10% adicional, se presentó un aumento en la prevalencia de la enfermedad, como se esperaba, además se estableció una inidencia del  0.25 luego de 12 días entre muestras.
##muestreo 50 plantas
  library(clhs)
##Lote 1
N1 = 50
n_muestra1 = ceiling(N1)
n_muestra1
## [1] 50
length(n_muestra1)
## [1] 1
muestreolote1 = lapply(n_muestra1, clhs, x= lote)

set.seed(1000518135)
muestreolot1= lote[clhs(x = lote, size = 50),]
plot(lote$x, lote$y, pch = 8, col = estado_color)
points(muestreolot1$x, muestreolot1$y, cex = 1.9)

###prevalencia
datosplantas1=data.frame(sanas=18, enfermas=32)
datosplantas1/50
##   sanas enfermas
## 1  0.36     0.64
##Lote 2
  N1 = 50
n_muestra2 = ceiling(N1)
n_muestra2
## [1] 50
length(n_muestra2)
## [1] 1
muestreolote2 = lapply(n_muestra2, clhs, x= lote2)
set.seed(1000518135)
muestreolot2= lote2[clhs(x = lote2, size = 50),]
plot(lote2$x, lote2$y, pch = 8, col = estado_color2)
points(muestreolot2$x, muestreolot2$y, cex = 1.9)

###prevalencia
datosplantas2=data.frame(sanas=13, enfermas=37)
datosplantas2/50
##   sanas enfermas
## 1  0.26     0.74
###incidenca luego de 12 días
(37-32)/18
## [1] 0.2777778
##Comparación y conclusiónes
### luego de hacer el mustreo aleatorio para los 2 lotes se encontraron los siguientes datos: En el lote 1 hubo un total de 18 planas sanas y 32 plantas enfermas, con una prevalencia de 0.36 y    0.64 respectivamente. En el lote 2 hubo un total de 13 plantas sanas y 37 plantas enfermas, con una prevalencia de 0.26 y 0.74 respectivamente; además se presentó una incidencia de la enfermedad de 0.28% con respecto al primer lote.
### luego de analizar los datos anteriores se llega a la conclusión de que es más conveniente relizar un estudio al lote 2 debido a que con este estudio nos permitiría conocer el dato de la incidencia de la enfermedad en nuestro lote, además de que los resultados obtenidos serían de utilidad para escenarios futuros donde se presente un brote de contagio.