Introducción

¿Quienes somos? ¿De donde venimos? ¿Hacia donde vamos? estas son preguntas que nosotros como seres humanos nos realizamos constantemente, las cuales si bien tienen una connotación filosofica, para el caso de las primeras dos se les puede tratar de forma biologica, las cuales se pueden replantear de la siguiente manera ¿Como somos geneticamente hablando? ¿Cualés son nuestros parientes evolutivos? A continuacion analizaremos las diferencias geneticas algunos de nuestros pares evolutivos.

Comparaciones genéticas

A continuación realizaremos comparaciones genéticas a través de un análisis de alineamiento de genes entre dos especies que se dice estan relacionadas. - Humanos - Chimpances

El caso de la insulina

Para observar estas diferencias o similitudes geneticas entre ambas especies es que se ha decidido trabajar con la insulina. Observaremos por un lado la secuencia de insulina humana.

## AAStringSet object of length 1:
##     width seq                                               names               
## [1]   110 MALWMRLLPLLALLALWGPDPAA...KRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN NP_000198.1 insul...

Y por el otro la del chimpance.

## AAStringSet object of length 1:
##     width seq                                               names               
## [1]   110 MALWMRLLPLLVLLALWGPDPAS...KRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN NP_001008996.1 in...

Observación de similitudes

Trabajando con la libreria “Biostrings” podremos realizar el alineamiento de ambas secuencias de insulina, para despues calcular la cantidad de coincidencias y el porcentaje de parentesco.

## Overlap PairwiseAlignmentsSingleSubject (1 of 1)
## pattern: [1] MALWMRLLPLLALLALWGPDPAAAFVNQHLCG...PLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN
## subject: [1] MALWMRLLPLLVLLALWGPDPASAFVNQHLCG...PLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN
## score: 452.3185

A simple vista no parecieran existir muchas diferencias, por esto mismo es que utilizaremos la función “compareStrings” la cual nos indicara con un “?” en donde se encuentren diferencias entre ambas secuencias.

## [1] "MALWMRLLPLL?LLALWGPDPA?AFVNQHLCGSHLVEALYLVCGERGFFYTPKTRREAEDLQVGQVELGGGPGAGSLQPLALEGSLQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN"

Vemos entonces solamente 2 diferencias entre ambas cadenas.

Grado de parentesco

Finalmente calcularemos el número de coincidencias:

## [1] 108

El número de no-coincidencias:

## [1] 2

Y por último el porcentaje de identidad

## [1] 98.18182

Conclusión