Instalación de librerias necesarias para reakizar el ejercicio

knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
library(knitr)
library(kinship2)

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¿Qué es la endogamia?

En humanos la endogamia se refiere a la practica de matrimonio, unión o reproducción entre individuos de ascendencia común; es decir, de una misma familia, linaje o grupo. Por otro lado, en cuanto a los animales podría definirse como el apareamiento entre animales emparentados entre sí genéticamente por ancestros comunes. Consecuencias de la endogamia

knitr::include_graphics("endogamia 2.jpg")

Ejemplo de descendencia endogámica en la raza de perro bull terrier.

Consecuencias de la endogamia.

La práctica de la endogamia puede traer consigo la pérdida de aptitud biológica, menor supervivencia y provocando malformaciones las cuales se prolongan durante generaciones; esto es conocido como depresión endogámica.

knitr::include_graphics("endogamia 1.jpg")

Malformaciones faciales en la familia real los Habsburgo.

¿Como empezar el estudio?

Primero que nada para el calculo e interpretación de la endogamia se debe realizar una tabla pedigree de cruces endogámicos, como referencia se puede tomar la siguiente imagen:

knitr::include_graphics("Tabla pedigree de referencia.png")

Tabla de pedigree utilizada como guía.

Los nombres de la primera columna coreespondientes a id pueden ser cambiados por los nombre propios de los sujetos que se estudian como se demostrará a continuación. Una vez claro el resultado que deberiamos obtener; no proponemos a crear la tabla pedigree con el uso de codigo R de la siguiente manera.

Creación de tabla pedigree

id<-c("Leonardo","Angela","Antonia","María","Carlos","Amanda")
padres<-c(NA,NA,"Leonardo","Leonardo","Leonardo","Leonardo")
madres<-c(NA,NA,"Angela","Antonia","Antonia","Antonia")
sexo<-c(1,2,2,2,1,2)
afectado<-c(0,0,0,1,1,1)
estado<-c(0,0,0,0,1,0)

Pedigree_familia<-data.frame(id,padres,madres,sexo,afectado,estado)
Pedigree_familia

##         id   padres  madres sexo afectado estado
## 1 Leonardo     <NA>    <NA>    1        0      0
## 2   Angela     <NA>    <NA>    2        0      0
## 3  Antonia Leonardo  Angela    2        0      0
## 4    María Leonardo Antonia    2        1      0
## 5   Carlos Leonardo Antonia    1        1      1
## 6   Amanda Leonardo Antonia    2        1      0

Una vez de haber obtenido la tabla de pedigree creamos un objeto con el fin de analizar la endogamia y además de poder gráficar la genealogía endogámica.

Endogamia_familia<-with(Pedigree_familia,pedigree(id=id,dadid=padres,momid=madres,sex=sexo,affected=afectado,status=estado))

Graficar genealogía endogámica

Para el grafico de la genealogia es bastante sencillo, sólo es necesario utilizar el siguiente comando:

plot(Endogamia_familia, cex=1)

Cálculo e interpretación de la endogamia

Y finalmente llegamos a lo que nos compete, para el cálculo de la endogamia es indispensable la instalación de las libreria kinship2, como se realizó al principio de la presentación. Bueno para la interpretación sólo se utiliza un comando, el cual creara una matriz de parentesco de la siguiente forma:

kinship(Endogamia_familia)*2

##          Leonardo Angela Antonia María Carlos Amanda
## Leonardo     1.00   0.00    0.50  0.75   0.75   0.75
## Angela       0.00   1.00    0.50  0.25   0.25   0.25
## Antonia      0.50   0.50    1.00  0.75   0.75   0.75
## María        0.75   0.25    0.75  1.25   0.75   0.75
## Carlos       0.75   0.25    0.75  0.75   1.25   0.75
## Amanda       0.75   0.25    0.75  0.75   0.75   1.25

Una vez obtenido los datos podemos decifrar que las tres crías tienen un nivel de endogamia de 0.25 o 25%, que surge de analizar el valor 1.25 que tiene cada una. El valor 1 representa el coeficiente de parentesco del la cría consigo mismo y el exceso de 1, o sea, el 0.25 restante se refiere a la probabilidad de que sus genes sean identicos por desendencia. De esta manera se interpreta que el 25% de sus genes son identicos por descendencia.

Conclusión

Concluyendo, con lo se ha planteado durante la presentación, la endogamia en humanos podría ser vista como una aberración al tratarse de una forma de reproducción entre individuos de ascendencia común; cosa que a mi parecer es lo acertado, sin embargo la endogamia también sirve para lograr heterosis o vigor híbrido (crianza y mejoramiento selectivo) con el fin de mejorar poblaciones, eso sí sólo cuando es usada en animales.

knitr::include_graphics("gracias!!!.png")

Referencias

1. Endogamia en humanos. https://www.amc.edu.mx/revistaciencia/index.php/ediciones-anteriores/82-vol-58-num-4-octubre-diciembre-2007/comunicaciones-libres/139-ipara-que-sirve-la-endogamia

2. Endogamia en animales. http://bibliotecadigital.udea.edu.co/handle/10495/11007

3. Usos de la Endogamia. https://www.amc.edu.mx/revistaciencia/index.php/ediciones-anteriores/82-vol-58-num-4-octubre-diciembre-2007/comunicaciones-libres/139-ipara-que-sirve-la-endogamia