knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
library(knitr)
library(pander)
library(kinship2)

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¿Que es una genealogía?

Es el estudio y seguimiento de la ascendencia y descendencia de una persona o familia. También se llama así al documento que registra dicho estudio expresado como árbol genealógico. La genealogía es una de las Ciencias Auxiliares de la Historia y es trabajada por un genealogista.

El objetivo principal en genealogía es identificar todos los ascendientes y descendientes en un particular árbol genealógico y recoger datos personales sobre ellos.

knitr::include_graphics("fot1.jpg")

Primeros pasos para hacer una genealogía

Los primeros pasos para hacer una genealogía debemos hacerla a mano simulando los comando y el resultado esperados

En la foto anterior no se puede ver muy bien pero es una simulacion de la siguiente linea de codigo de R

id<-c("Gustavo","Dora","Daniel", "Jose", "Javier", "Karina", "Blanca", "Raul", "Jaime", "Diego", "Alexander")
padres<-c(NA,NA,"Gustavo", "Gustavo", "Gustavo", "Gustavo", NA, NA, "Raul", "Jaime", "Jaime")
madres<-c(NA,NA,"Dora","Dora","Dora","Dora", NA, NA, "Blanca", "Karina", "Karina")
sexo<-c(1,2,1,1,1,2,2,1,1,1,1)
afectado<-c(0,0,0,0,0,0,0,0,0,0,0)
estado<-c(1,1,0,0,0,0,0,0,0,0,0)
Familia <- data.frame(id,padres,madres,sexo,afectado,estado)

Comprobar los comandos

Tras escribir muchos comandos debemos comprobar que todo funciona con ese motivo usamos el comando “class”como se ve:

class(id)

## [1] "character"

class(sexo)

## [1] "numeric"

class(Familia)

## [1] "data.frame"

Lo que indica de que se trata el archivo en caso de sexo indica que el 1 es hombre y el 2 mujer por ese motivo es “numeric” en la próxima diapositiva iniciara con lo extraordinario de pogramar

Hacer tablas

se preguntaran de palabras y letras se puede crear una tabla, la respuesta es si, durante toda la presentación han visto lineas de codigos que lentamente van formando información ocupada por Rstudio para poder hacer la magia de la pogramación, para crear una tabla solo hay que recopilar toda la informacion con un comando que es:

knitr::kable(Familia, caption = "Tabla de genealogia de Alexander Berrios")

¡Hacer una genealogia!

llegamos al climax de la presentación al momento de hacer la genealogia antes de pogramarla debes hacerla en la vida real, como yo la hice en la siguiente foto:

Tras hacerla en la vida real debemos hacerla en la programación, en esta presentación posee toda la información para hacer la la genealogía, solo debemos escribir 2 lineas de codigo que esta en la siguiente diapositiva ;)

¡Genealogia!

Berrios <- pedigree(id=id,dadid=padres,momid=madres,sex=sexo, affected=afectado,status=estado)
plot(Berrios, cex = 1.2, col="black")

La tabla de parentesco

Para hacer una tabla de parentesco solo debemos escribir la siguiente linea de codigo:

kin <- kinship(Berrios) *200

knitr::kable(kin,  row.names = TRUE, caption = "Coeficientes de parentesco familia Berrios")

En la tabla se puede observar el % de parentesco en cada individuo de mi familia, desde mi abuelos hasta mí, una muestra que la familia es lo mas importante porque incluso comparten tu genes

Final

Concluyendo, en la anterior presentación inicio sin nada y termino con todo, la pogramación y la genetica son conceptos que parecen no estar unidos pero con solo un curso los unieron… creando una experencia unica en el curso de Programación y Genética del progama BETA con lo anterior me despido pero antes le quiero plantear una pregunta ¿Usted se atreve a progamar genetica? en esta presentación se encuentra todos los comando y indicaciones, se que podrán pero mi tiempo se termino, espero verlos algun día pero por hoy me despido cordialmente Alexander Berrios.

knitr::include_graphics("adios-jefe-me-voy.jpg")