Introducción

En esta guía prepararemos una presentación de uno de los trabajos realizados durante el curso. Lo haremos utilizando Rmarkdown en formato Slidy, este código genera presentaciones similares a PowerPoint de Microsoft con la particularidad que se pueden compartir en internet en el sitio RPubs.

Aquí algunos ejemplos de presentaciones de alumnos del curso de semestres anteriores.

Objetivos de aprendizaje

Los objetivos de aprendizaje de esta guía son:

1.- Elaborar una presentación en Slidy.

2.- Aprender a publicar la presentación Slidy en Rpubs.

Ejercicios

Ejercicio 1. Escoger un trabajo de genética para realizar la presentación

Elegir un trabajo de los realizados durante el curso para realizar una presentación Slidy y ser publicada en RPubs. Los trabajos realizados durante el curso fueron:

Trabajo 1: Mi primer código en R. (Rstudio.cloud = si)

Trabajo 2: ¿Como elaborar genealogías? (Rstudio.cloud = si)

Trabajo 3: Endogamia (Rstudio.cloud = si)

Trabajo 4: Genealogías de sus familias (Rstudio.cloud = si)

Trabajo 5: Introducción a la biología molecular (Rstudio.cloud = no)

Trabajo 6: Bioinformática (Rstudio.cloud = si)

Trabajo 7: Evolución (Rstudio.cloud = si)

Trabajo 8: Muerte misteriosa en el campus (Rstudio.cloud = no)

Si escoges un trabajo con Rstudio.cloud = si, debes ingresar al repositorio de tu trabajo y ahí elaborar tu presentación usando las librerias, datos y códigos disponibles.

Si escoges un trabajo con Rstudio.cloud = no, ingresa al nuevo repositorio de la clase 10 - Biologia molecular o al de la clase 13 - Muerte misteriosa para realizar tu trabajo y crear tu presentación.

Ejercicio 2. Elaborar archivo Rmarkdown

Elabora un archivo o file con extensión .Rmd y configúralo para exportar el resultado como una presentación dinámica html (Slidy). Seleccione File > New file > R Markdwon.

En el título colocar el nombre del trabajo seleccionado.

Figura 1. Ejemplo de como incorporar imagenes.

Figura 1. Ejemplo de como incorporar imagenes.

Luego guarde inmediatamente su script como Trabajo_fin_de_curso_nombre.Rmd. Al finalizar la actividad deberá publicar su presentación Slidy en RPubs.

Ejercicio 3. Configuración del reporte

En el primer bloque de códigos o chunk configure los comandos de la siguiente manera knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE) y cargue las mismas librerías utilizados en el trabajo elegido junto con la librería knitr.

# Puedes instalar librerias con el comando library().
library(knitr)

Ejercicio 4. Preparar una presentación Slidy

Preparar una presentación Slidy con 4 o 5 diapositivas presentando el trabajo elegido.

a. ¿Cómo crear diapositivas?

Para crear diferentes diapositivas puede usar ## al comenzar una frase.

b. ¿Cómo agregar una imagen a la diapositiva?

Para incorporar una imagen que ayude a entender y hacer más entretenida su presentación busca magenes en google, descargalas a tu computadora y luego súbelas con el boton Upload

Usa el comando knitr::include_graphics como se muestra en el siguiente ejemplo.

knitr::include_graphics("Fig_camaleon.jpg")
Figura 1. Ejemplo de como incorporar imagenes.

Figura 1. Ejemplo de como incorporar imagenes.

c. Introducción

Incluye una o dos diapositivas de introducción de tu trabajo.

d. Desarrollo

Incluye tablas, figuras o análisis de genes según sea el trabajo realizado.

e. Finaliza con una ocnslución del trabajo y agrega referencias

Agregar referencias científicas de utilizadas en el desarrollo de la presentación.Por ejemplo:

1 - Definición de mutación link

2.- Secuencia de proteína Spidroin-1 de la araña Trichonephila clavipes link

#1 - Definición de mutación.
#[link](https://www.genome.gov/es/genetics-glossary/Mutacion)

#2.- Secuencia de proteína Spidroin-1 de la araña *Trichonephila clavipes* 
#[link](https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/P19837.3?report=fasta)

Ejercicio 5. Imprimir presentación

Para imprimir la presentación se debe realizar con el botón Knit como se indica a continuación.

Figura 2. Imprimir la presentación en formato Slidy.

Figura 2. Imprimir la presentación en formato Slidy.

Ejercicio 6. Publicar en RPubs

Una vez compilada su presentación Slidy seleccionar Publish en la sección derecha superior de su archivo html, como se indica en la imagen.

Figura 2. Imprimir la presentación en formato Slidy.

Figura 2. Imprimir la presentación en formato Slidy.

Posteriormente elegir publicar en RPubs. Entrarán a la página del Laboratorio de Genética Y Genómica Aplicada donde sus trabajos serán publicados y de acceso libre en internet. Utilizar Username: LG2A y Password: Beta2021

Completar la información solicitada, en descripción del trabajo deben colocar Trabajo de fin de curso

Referencias

1.- Presentaciones Slidy link

2.- Rpubs link