# work file Crosscheck <- read_excel("//childrens/files/OAP/QoL (Arti Desai)/Cross Check/Current Crosscheck 06.22.20 - Present and Do Not Contacts.xlsx")
Crosscheck<- read_excel("~/Downloads/Current Crosscheck 06.22.20 - Present and Do Not Contacts.xlsx")
## Warning in read_fun(path = enc2native(normalizePath(path)), sheet_i = sheet, :
## Expecting numeric in O1733 / R1733C15: got '7122184B'
crosscheck = clean_names(Crosscheck) #standerdizes varaiable names
crosscheck %>% count(final_status) #tells us how many of each variable
## # A tibble: 14 × 2
## final_status n
## <chr> <int>
## 1 Don't Contact 2
## 2 PedsQL Busy 16
## 3 PedsQL Consent No Survey 20
## 4 PedsQL Decline 77
## 5 PedsQL Frequent 1
## 6 PedsQL Ineligible 2446
## 7 PedsQL No Response 339
## 8 PedsQL Nonresearch Complete 9
## 9 PedsQL NonResearch Complete 22
## 10 PedsQL Not Approached 1206
## 11 PedsQL Not Approched 186
## 12 PedsQL Past Sample 2416
## 13 PedsQL Research Complete 239
## 14 <NA> 137
crosscheck$date <- as.Date(crosscheck$date, "%Y/%m/%d")#force date as date
## Warning in as.POSIXlt.POSIXct(x, tz = tz): unknown timezone '%Y/%m/%d'
crosscheck$month <- format(crosscheck$date, "%m") #separates months
currentcrosscheck <- crosscheck %>% filter(date >= "2020-10-01")
currentcrosscheck <- currentcrosscheck %>% filter(date <= "2021-10-15")
currentcrosscheck %>% count(date)
## # A tibble: 154 × 2
## date n
## <date> <int>
## 1 2020-10-22 59
## 2 2020-10-26 62
## 3 2020-10-27 18
## 4 2020-10-28 25
## 5 2020-10-29 4
## 6 2020-10-30 33
## 7 2020-11-02 26
## 8 2020-11-03 8
## 9 2020-11-04 13
## 10 2020-11-05 15
## # … with 144 more rows
currentcrosscheck$unit<- as.factor(currentcrosscheck$room)
#unit assing:MED
crosscheck$unit <- as.factor(crosscheck$unit)
## Warning: Unknown or uninitialised column: `unit`.
## Error: Assigned data `as.factor(crosscheck$unit)` must be compatible with existing data.
## x Existing data has 7116 rows.
## x Assigned data has 0 rows.
## ℹ Only vectors of size 1 are recycled.
levels (currentcrosscheck$unit) <- gsub(".*FA.3.*", "MED",levels(currentcrosscheck$unit))
levels (currentcrosscheck$unit) <- gsub(".*FA.4.*", "MED",levels(currentcrosscheck$unit))
levels (currentcrosscheck$unit) <- gsub(".*FA.5.*", "MED",levels(currentcrosscheck$unit))
levels (currentcrosscheck$unit) <- gsub(".*RB.4.*", "MED",levels(currentcrosscheck$unit))
levels (currentcrosscheck$unit) <- gsub(".*RC.4.*", "MED",levels(currentcrosscheck$unit))
#unit assing:SURG
levels (currentcrosscheck$unit)<- gsub(".*RB.3.*", "SURG",levels(currentcrosscheck$unit))
levels (currentcrosscheck$unit)<- gsub(".*RC.5.*", "SURG",levels(currentcrosscheck$unit))
levels (currentcrosscheck$unit)<- gsub(".*RC.6.*", "SURG",levels(currentcrosscheck$unit))
levels (currentcrosscheck$unit)<- gsub(".*RB.6.*", "SURG",levels(currentcrosscheck$unit))
#unit assing:REHAB
levels (currentcrosscheck$unit)<- gsub(".*RA.3.*", "REHAB",levels(currentcrosscheck$unit))
levels (currentcrosscheck$unit)<- gsub(".*RB.5.*", "REHAB",levels(currentcrosscheck$unit))
#unit assing:PBMU
levels (currentcrosscheck$unit)<- gsub(".*MA.5.*", "PBMU",levels(currentcrosscheck$unit))
levels (currentcrosscheck$unit)<- gsub(".*RA.5.*", "PBMU",levels(currentcrosscheck$unit))
levels (currentcrosscheck$unit)<- gsub(".*RA.4.*", "PBMU",levels(currentcrosscheck$unit))
crosscheck_columns <- currentcrosscheck[ -c(1,3:9,12,14:16) ] #extract only the columns we need
crosscheck_final<- crosscheck_columns[!(crosscheck_columns$final_status=="PedsQL Past Sample"),]#remove past samples
table_unit_month <- crosscheck_final %>%
tabyl(final_status,month,unit) %>%
adorn_totals(c("row", "col")) %>%
adorn_percentages("row") %>%
adorn_pct_formatting(rounding = "half up", digits = 0) %>%
adorn_ns()
print(table_unit_month) #unit by month
## $MED
## final_status 01 02 03 04 05
## Don't Contact - (0) - (0) - (0) - (0) - (0)
## PedsQL Busy 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0)
## PedsQL Consent No Survey 0% (0) 10% (1) 10% (1) 10% (1) 10% (1)
## PedsQL Decline 7% (2) 11% (3) 15% (4) 19% (5) 15% (4)
## PedsQL Frequent - (0) - (0) - (0) - (0) - (0)
## PedsQL Ineligible 4% (31) 7% (60) 12% (99) 8% (64) 10% (79)
## PedsQL No Response 3% (5) 14% (21) 18% (27) 19% (29) 11% (16)
## PedsQL Nonresearch Complete 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0)
## PedsQL NonResearch Complete 0% (0) 11% (1) 11% (1) 0% (0) 67% (6)
## PedsQL Not Approached 0% (2) 3% (16) 15% (78) 23% (118) 19% (95)
## PedsQL Not Approched 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0)
## PedsQL Research Complete 1% (1) 9% (7) 7% (6) 11% (9) 26% (21)
## Total 2% (41) 7% (109) 13% (216) 14% (226) 13% (222)
## 06 07 08 09 10 11 12 Total
## - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) 100% (0)
## 0% (0) 0% (0) 50% (4) 38% (3) 13% (1) 0% (0) 0% (0) 100% (8)
## 0% (0) 60% (6) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 100% (10)
## 11% (3) 15% (4) 7% (2) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 100% (27)
## - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) 100% (0)
## 9% (69) 14% (110) 8% (67) 4% (33) 14% (110) 5% (43) 5% (41) 100% (806)
## 4% (6) 2% (3) 8% (12) 3% (5) 7% (11) 9% (13) 2% (3) 100% (151)
## 0% (0) 33% (1) 67% (2) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 100% (3)
## 11% (1) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 100% (9)
## 14% (71) 13% (64) 9% (44) 1% (5) 2% (10) 1% (4) 1% (3) 100% (510)
## 0% (0) 0% (0) 20% (14) 16% (11) 64% (44) 0% (0) 0% (0) 100% (69)
## 12% (10) 19% (15) 6% (5) 2% (2) 4% (3) 1% (1) 1% (1) 100% (81)
## 10% (160) 12% (203) 9% (150) 4% (59) 11% (179) 4% (61) 3% (48) 100% (1674)
##
## $NA_
## final_status 01 02 03 04 05 06 07
## Don't Contact - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0)
## PedsQL Busy - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0)
## PedsQL Consent No Survey - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0)
## PedsQL Decline - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0)
## PedsQL Frequent - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0)
## PedsQL Ineligible 0% (0) 100% (1) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0)
## PedsQL No Response - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0)
## PedsQL Nonresearch Complete - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0)
## PedsQL NonResearch Complete - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0)
## PedsQL Not Approached - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0)
## PedsQL Not Approched - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0)
## PedsQL Research Complete - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0)
## <NA> 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0)
## Total 0% (0) 4% (1) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0)
## 08 09 10 11 12 NA_ Total
## - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) 100% (0)
## - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) 100% (0)
## - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) 100% (0)
## - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) 100% (0)
## - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) 100% (0)
## 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 100% (1)
## - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) 100% (0)
## - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) 100% (0)
## - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) 100% (0)
## - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) 100% (0)
## - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) 100% (0)
## - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) 100% (0)
## 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 100% (23) 100% (23)
## 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 96% (23) 100% (24)
##
## $PBMU
## final_status 01 02 03 04 05
## Don't Contact - (0) - (0) - (0) - (0) - (0)
## PedsQL Busy 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0)
## PedsQL Consent No Survey 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0)
## PedsQL Decline 20% (1) 20% (1) 20% (1) 0% (0) 20% (1)
## PedsQL Frequent - (0) - (0) - (0) - (0) - (0)
## PedsQL Ineligible 0% (2) 13% (70) 16% (84) 13% (71) 14% (73)
## PedsQL No Response 0% (0) 24% (10) 5% (2) 0% (0) 20% (8)
## PedsQL Nonresearch Complete 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0)
## PedsQL NonResearch Complete 0% (0) 50% (3) 0% (0) 0% (0) 17% (1)
## PedsQL Not Approached 0% (0) 11% (8) 29% (21) 19% (14) 0% (0)
## PedsQL Not Approched 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0)
## PedsQL Research Complete 0% (0) 24% (5) 14% (3) 0% (0) 0% (0)
## Total 0% (3) 14% (97) 16% (111) 12% (85) 12% (83)
## 06 07 08 09 10 11 12 Total
## - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) 100% (0)
## 0% (0) 0% (0) 0% (0) 67% (2) 33% (1) 0% (0) 0% (0) 100% (3)
## 0% (0) 100% (1) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 100% (1)
## 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 20% (1) 0% (0) 0% (0) 100% (5)
## - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) 100% (0)
## 8% (41) 10% (56) 2% (12) 3% (14) 9% (50) 7% (35) 5% (28) 100% (536)
## 15% (6) 7% (3) 7% (3) 2% (1) 12% (5) 5% (2) 2% (1) 100% (41)
## 0% (0) 0% (0) 100% (1) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 100% (1)
## 33% (2) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 100% (6)
## 17% (12) 13% (9) 1% (1) 8% (6) 0% (0) 1% (1) 0% (0) 100% (72)
## 0% (0) 0% (0) 75% (3) 25% (1) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 100% (4)
## 14% (3) 19% (4) 5% (1) 5% (1) 19% (4) 0% (0) 0% (0) 100% (21)
## 9% (64) 11% (73) 3% (21) 4% (25) 9% (61) 6% (38) 4% (29) 100% (690)
##
## $REHAB
## final_status 01 02 03 04 05
## Don't Contact - (0) - (0) - (0) - (0) - (0)
## PedsQL Busy 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0)
## PedsQL Consent No Survey - (0) - (0) - (0) - (0) - (0)
## PedsQL Decline 0% (0) 0% (0) 20% (1) 40% (2) 0% (0)
## PedsQL Frequent 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0)
## PedsQL Ineligible 0% (0) 11% (10) 11% (10) 11% (10) 3% (3)
## PedsQL No Response 0% (0) 19% (5) 31% (8) 19% (5) 12% (3)
## PedsQL Nonresearch Complete 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0)
## PedsQL NonResearch Complete 0% (0) 0% (0) 100% (1) 0% (0) 0% (0)
## PedsQL Not Approached 0% (0) 2% (1) 25% (13) 9% (5) 26% (14)
## PedsQL Not Approched 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0)
## PedsQL Research Complete 0% (0) 16% (3) 0% (0) 16% (3) 26% (5)
## Total 0% (0) 9% (19) 16% (33) 12% (25) 12% (25)
## 06 07 08 09 10 11 12 Total
## - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) 100% (0)
## 0% (0) 0% (0) 0% (0) 50% (1) 50% (1) 0% (0) 0% (0) 100% (2)
## - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) 100% (0)
## 20% (1) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 20% (1) 0% (0) 0% (0) 100% (5)
## 0% (0) 0% (0) 0% (0) 100% (1) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 100% (1)
## 11% (10) 15% (14) 15% (14) 2% (2) 15% (14) 3% (3) 1% (1) 100% (91)
## 0% (0) 0% (0) 8% (2) 8% (2) 4% (1) 0% (0) 0% (0) 100% (26)
## 0% (0) 0% (0) 100% (1) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 100% (1)
## 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 100% (1)
## 15% (8) 9% (5) 6% (3) 2% (1) 6% (3) 0% (0) 0% (0) 100% (53)
## 0% (0) 0% (0) 33% (2) 50% (3) 17% (1) 0% (0) 0% (0) 100% (6)
## 11% (2) 21% (4) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 11% (2) 0% (0) 100% (19)
## 10% (21) 11% (23) 11% (22) 5% (10) 10% (21) 2% (5) 0% (1) 100% (205)
##
## $SURG
## final_status 01 02 03 04 05
## Don't Contact 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0)
## PedsQL Busy 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0)
## PedsQL Consent No Survey 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0)
## PedsQL Decline 0% (0) 18% (6) 18% (6) 18% (6) 6% (2)
## PedsQL Frequent - (0) - (0) - (0) - (0) - (0)
## PedsQL Ineligible 2% (22) 10% (99) 11% (104) 10% (99) 11% (111)
## PedsQL No Response 0% (0) 9% (11) 27% (32) 29% (35) 8% (9)
## PedsQL Nonresearch Complete 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0)
## PedsQL NonResearch Complete 0% (0) 0% (0) 33% (2) 50% (3) 0% (0)
## PedsQL Not Approached 0% (2) 7% (35) 14% (75) 20% (106) 21% (113)
## PedsQL Not Approched 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0)
## PedsQL Research Complete 0% (0) 5% (6) 5% (6) 14% (16) 26% (29)
## Total 1% (24) 8% (157) 12% (225) 14% (265) 14% (264)
## 06 07 08 09 10 11 12 Total
## 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 100% (1) 0% (0) 0% (0) 100% (1)
## 0% (0) 0% (0) 67% (2) 0% (0) 33% (1) 0% (0) 0% (0) 100% (3)
## 78% (7) 22% (2) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 100% (9)
## 18% (6) 12% (4) 9% (3) 0% (0) 3% (1) 0% (0) 0% (0) 100% (34)
## - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) 100% (0)
## 11% (108) 15% (146) 7% (65) 7% (67) 10% (102) 6% (61) 1% (5) 100% (989)
## 4% (5) 3% (3) 3% (4) 1% (1) 10% (12) 7% (8) 0% (0) 100% (120)
## 25% (1) 0% (0) 50% (2) 25% (1) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 100% (4)
## 17% (1) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 100% (6)
## 11% (58) 14% (73) 9% (46) 1% (8) 3% (14) 1% (4) 0% (0) 100% (534)
## 0% (0) 0% (0) 18% (19) 41% (44) 41% (44) 0% (0) 0% (0) 100% (107)
## 20% (22) 19% (21) 3% (3) 1% (1) 2% (2) 2% (2) 3% (3) 100% (111)
## 11% (208) 13% (249) 8% (144) 6% (122) 9% (177) 4% (75) 0% (8) 100% (1918)
##
## $`SURGERY CENTER`
## final_status 01 02 03 04 05 06 07
## Don't Contact - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0)
## PedsQL Busy - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0)
## PedsQL Consent No Survey - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0)
## PedsQL Decline - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0)
## PedsQL Frequent - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0)
## PedsQL Ineligible - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0)
## PedsQL No Response - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0)
## PedsQL Nonresearch Complete - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0)
## PedsQL NonResearch Complete - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0)
## PedsQL Not Approached 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0)
## PedsQL Not Approched - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0)
## PedsQL Research Complete - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) - (0)
## Total 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0) 0% (0)
## 08 09 10 11 12 Total
## - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) 100% (0)
## - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) 100% (0)
## - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) 100% (0)
## - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) 100% (0)
## - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) 100% (0)
## - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) 100% (0)
## - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) 100% (0)
## - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) 100% (0)
## - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) 100% (0)
## 0% (0) 0% (0) 100% (1) 0% (0) 0% (0) 100% (1)
## - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) 100% (0)
## - (0) - (0) - (0) - (0) - (0) 100% (0)
## 0% (0) 0% (0) 100% (1) 0% (0) 0% (0) 100% (1)
tibblecount <- crosscheck_final %>% count(final_status)
print(tibblecount)
## # A tibble: 13 × 2
## final_status n
## <chr> <int>
## 1 Don't Contact 1
## 2 PedsQL Busy 16
## 3 PedsQL Consent No Survey 20
## 4 PedsQL Decline 71
## 5 PedsQL Frequent 1
## 6 PedsQL Ineligible 2423
## 7 PedsQL No Response 338
## 8 PedsQL Nonresearch Complete 9
## 9 PedsQL NonResearch Complete 22
## 10 PedsQL Not Approached 1170
## 11 PedsQL Not Approched 186
## 12 PedsQL Research Complete 232
## 13 <NA> 23
table_percentages <- crosscheck_final %>%
tabyl(final_status)
print(table_percentages)
## final_status n percent valid_percent
## Don't Contact 1 0.0002216312 0.0002227668
## PedsQL Busy 16 0.0035460993 0.0035642682
## PedsQL Consent No Survey 20 0.0044326241 0.0044553353
## PedsQL Decline 71 0.0157358156 0.0158164402
## PedsQL Frequent 1 0.0002216312 0.0002227668
## PedsQL Ineligible 2423 0.5370124113 0.5397638672
## PedsQL No Response 338 0.0749113475 0.0752951660
## PedsQL Nonresearch Complete 9 0.0019946809 0.0020049009
## PedsQL NonResearch Complete 22 0.0048758865 0.0049008688
## PedsQL Not Approached 1170 0.2593085106 0.2606371129
## PedsQL Not Approched 186 0.0412234043 0.0414346180
## PedsQL Research Complete 232 0.0514184397 0.0516818891
## <NA> 23 0.0050975177 NA
table_percentages_discriptive<- crosscheck_final %>%
tabyl(final_status)%>% adorn_totals(c("row")) %>%
adorn_pct_formatting(rounding = "half up", digits = 0)
knitr::kable(table_percentages_discriptive,col.names = c("Final Status","n","n in percentage","n in valid percentage") , caption = (" Table 1:Consort map data"))%>%
kableExtra::kable_styling(latex_options = c("striped", "scale_down"))
Table 1:Consort map data
|
Final Status
|
n
|
n in percentage
|
n in valid percentage
|
|
Don’t Contact
|
1
|
0%
|
0%
|
|
PedsQL Busy
|
16
|
0%
|
0%
|
|
PedsQL Consent No Survey
|
20
|
0%
|
0%
|
|
PedsQL Decline
|
71
|
2%
|
2%
|
|
PedsQL Frequent
|
1
|
0%
|
0%
|
|
PedsQL Ineligible
|
2423
|
54%
|
54%
|
|
PedsQL No Response
|
338
|
7%
|
8%
|
|
PedsQL Nonresearch Complete
|
9
|
0%
|
0%
|
|
PedsQL NonResearch Complete
|
22
|
0%
|
0%
|
|
PedsQL Not Approached
|
1170
|
26%
|
26%
|
|
PedsQL Not Approched
|
186
|
4%
|
4%
|
|
PedsQL Research Complete
|
232
|
5%
|
5%
|
|
NA
|
23
|
1%
|
|
|
Total
|
4512
|
100%
|
100%
|