AE3UCI_11

Valeria Cuen, Valeria Acosta, Eduardo Cuevas, Fernando Altamirano

17/10/2021


library(pacman)
p_load(markdown,knitr,dplyr,tidyr, tidyverse, lubridate, summarytools,ggpubr, kableExtra, reshape2, sf, tmap, readr, devtools, plotly, gganimate, gifski, fdth, multimode, modeest)

INTRODUCCION

Analisis de datos de casos de COVID-19 de México.

En este análisis se verán los casos de COVID 19 en entre las fechas de “2020-02-18” a “2021-10-11” para saber en relación a que subieron los casos de contagio en México, en este caso de estudio se muestran los informes sobres las tendencias de movimiento de casos informados de contagios a lo largo del tiempo desde inicios del año 2020 hasta la fecha sobre el coronavirus.

La enfermedad por coronavirus (COVID‑19) es una enfermedad infecciosa provocada por el virus SARS-CoV-2,el SARS-CoV-2 es un virus de la gran familia de los coronavirus, un tipo de virus que infecta a seres humanos y algunos animales, la infección por el SARS-CoV-2 en las personas se identificó por primera vez en 2019, se piensa que este virus se transmite de una persona a otra en las gotitas que se dispersan cuando la persona infectada tose, estornuda o habla.

library(readr)
datos <- read_csv("CDest.csv")
## Rows: 33 Columns: 611
## -- Column specification --------------------------------------------------------
## Delimiter: ","
## chr   (1): nombre
## dbl (610): cve_ent, poblacion, 18/02/2020, 19/02/2020, 20/02/2020, 21/02/202...
## 
## i Use `spec()` to retrieve the full column specification for this data.
## i Specify the column types or set `show_col_types = FALSE` to quiet this message.

casos diarios de México

Mexico <- t(datos[datos$nombre=="Mexico" ,])
Mexico <- as.vector(Mexico)
Mexico <- Mexico[4:605]
Mexico <- as.numeric(Mexico)
Mexico <- as.vector(Mexico)
cMexico <- cumsum(Mexico)

Fecha = seq(from = as.Date("2020-02-18"), to = as.Date("2021-10-11"), by = 'day')

Mex <- data.frame(Fecha, Mexico) # Casos diarios

cMex <- data.frame(Fecha,cMexico) # Casos acumulados

Grafica Sonora

ggplot(data = Mex) +
  ggtitle("Casos diarios COVID-19 en México")+
  geom_line(mapping = aes(x = Fecha, y = Mexico ))

En la siguiente tabla podemos ver los casos diarios de covid en México desde febrero de 2020 hasta Octubre de 2021, simple vista podemos ver que existen 3 fechas donde se registran los mayores picos de registros siendo finales de junio de 2020 cuando a pesar de seguir las primeras medidas sanitarias para el covid-19 se intento reaundar comercios publicos asi como proliferación de noticias falsas dio como resultado un brote de contagios, la siguiente fecha es en febrero de 2021 que debido a festejos pasados de los meses festivos como noviembre y diciembre, sereporto un aumento gigante a comparación al año anterior, sin embargo gracias al la vacunaion que se dio de diciembre a febrero, las nuevas medidas del gobierno hacia la pandemia y mayor campaña de conciencia se pudo registrar una disminución en la frecuencia de contagios hasta julio de 2021 donde la negligencia en conjunto de eventos electorales asi como nuevas variantes del virus SARS-CoV-2 dio como resultado un repunte maximo historico hasta la fecha.

#Graficos de casos diarios confirmados de México

plot(Mex)

En esta tabla se puede observar la dispersión en los datos de casos registrados, en ella podemos los “picos” de casos máximos conocidos, también la variación de contagios ocurridos al pasar del año.

Datos de casos acumulados en México

g <- ggplot(data=cMex) +
  geom_line(aes(Fecha, cMexico, colour = 'México')) + 
  xlab('Fecha')+
  ylab('Casos Diarios Acumulados') +
    ggtitle ("México COVID-19")
ggplotly(g)
Nacional1 <- data.frame(Fecha, Mexico, cMexico)

En la tabla podemos observar los casos acumulados de Covid-19 desde febrero de 2020 a Octubre de 2021, donde los infectados han aumentado constantemente hasta alrededor de la segunda mitad del año 2020, a pesar de que las infecciones comenzaron a aumentar en marzo se pude ver un crecimiento exponencial entre febrero y julio del mismo año, seguido de febrero del 2021, los casos nuevos se mantuvieron relativamente bajos hasta finales de abril posiblemente debido a la primera dosis de vacunación contra covid-19 y medidas implementadas por el gobierno, sin embargo, a mediados de junio del 2021 aparece un aumento exponencial que concuerda con las elecciones federales que ocurrieron el 6 de junio y con el regreso a clases, reaperturas de negocios y negligencía de la población contribuyeron al incremento de casos de covid-19

Medidas de posicion central

Media de México

En promedio, existen 6215 casos registrados desde el inicio de la pandemia (18 de febrero) hasta el ultimo dato registrado (11 Octubre) .

mean(Mexico) # Media Sonora
## [1] 6215.819

Mediana de México

Para estos datos ordenados, la mediana es 5117. Es decir, la mitad de los valores es menor que o igual a 5117 y la otra mitad de los valores es mayor que o igual a 5117.

median(Mexico) # Mediana México
## [1] 5177

Moda de dispersión

La moda de la serie de datos es 4562 siendo este el valor que ocurre con más frecuencia en un conjunto de observaciones, lo cual derivaria en una alta subida de contagios constantes.

mlv(Mexico)
## Warning: argument 'method' is missing. Data are supposed to be continuous. 
##             Default method 'shorth' is used
## [1] 4562.714

Medidas de dispersión

Varianza de México

La varianza mide qué tan dispersos están los datos alrededor de la mediaSe y en este caso se obtuvo una varianza de 27,812,866 resultando un valor alto con lo que entenderiamos que la dispersión de los datos también resultaría demasiado alta.

var(Mexico)
## [1] 27812866

Desviación estandar de México

La desviación estándar obtenida en el conjunto de datos nos ayuda a determinar qué tan dispersos están los datos con respecto a la media, en esta serie de datos se obtuvo una desviación estándar de 5,273 y una media de 6,215, lo que nos daría como resultado una desviación estándar baja que indica que la mayor parte de los datos de la muestra están agrupados cerca de la media, lo cual puede interpretarse a que los datos soy muy diversos y que la dispersión entre ellos es muy grande.

sd(Mexico)
## [1] 5273.791

ANÁLISIS DE SERIES DE TIEMPO (TSA)

Mex.ts <- ts(Mex, start = c(2020,1), end = c(2021,10), frequency = 12 )
print(Mex)
##          Fecha Mexico
## 1   2020-02-18      0
## 2   2020-02-19      1
## 3   2020-02-20      0
## 4   2020-02-21      0
## 5   2020-02-22      0
## 6   2020-02-23      0
## 7   2020-02-24      1
## 8   2020-02-25      0
## 9   2020-02-26      1
## 10  2020-02-27      5
## 11  2020-02-28      3
## 12  2020-02-29      2
## 13  2020-03-01      2
## 14  2020-03-02      5
## 15  2020-03-03     10
## 16  2020-03-04     10
## 17  2020-03-05     12
## 18  2020-03-06      6
## 19  2020-03-07      7
## 20  2020-03-08      8
## 21  2020-03-09      5
## 22  2020-03-10     17
## 23  2020-03-11     39
## 24  2020-03-12     41
## 25  2020-03-13     66
## 26  2020-03-14     52
## 27  2020-03-15     37
## 28  2020-03-16     77
## 29  2020-03-17    104
## 30  2020-03-18    116
## 31  2020-03-19    151
## 32  2020-03-20    132
## 33  2020-03-21     85
## 34  2020-03-22     70
## 35  2020-03-23    168
## 36  2020-03-24    221
## 37  2020-03-25    185
## 38  2020-03-26    225
## 39  2020-03-27    264
## 40  2020-03-28    191
## 41  2020-03-29    166
## 42  2020-03-30    345
## 43  2020-03-31    311
## 44  2020-04-01    382
## 45  2020-04-02    347
## 46  2020-04-03    392
## 47  2020-04-04    250
## 48  2020-04-05    259
## 49  2020-04-06    631
## 50  2020-04-07    515
## 51  2020-04-08    582
## 52  2020-04-09    483
## 53  2020-04-10    572
## 54  2020-04-11    464
## 55  2020-04-12    477
## 56  2020-04-13    953
## 57  2020-04-14    937
## 58  2020-04-15    985
## 59  2020-04-16    996
## 60  2020-04-17   1145
## 61  2020-04-18    815
## 62  2020-04-19    793
## 63  2020-04-20   1520
## 64  2020-04-21   1470
## 65  2020-04-22   1423
## 66  2020-04-23   1506
## 67  2020-04-24   1733
## 68  2020-04-25   1163
## 69  2020-04-26   1118
## 70  2020-04-27   1940
## 71  2020-04-28   1960
## 72  2020-04-29   1941
## 73  2020-04-30   1884
## 74  2020-05-01   1553
## 75  2020-05-02   1493
## 76  2020-05-03   1377
## 77  2020-05-04   2636
## 78  2020-05-05   2233
## 79  2020-05-06   2388
## 80  2020-05-07   2531
## 81  2020-05-08   2531
## 82  2020-05-09   1656
## 83  2020-05-10   1552
## 84  2020-05-11   3117
## 85  2020-05-12   3067
## 86  2020-05-13   3228
## 87  2020-05-14   3215
## 88  2020-05-15   3693
## 89  2020-05-16   2266
## 90  2020-05-17   1738
## 91  2020-05-18   4182
## 92  2020-05-19   3710
## 93  2020-05-20   4054
## 94  2020-05-21   4104
## 95  2020-05-22   4133
## 96  2020-05-23   2414
## 97  2020-05-24   2004
## 98  2020-05-25   4789
## 99  2020-05-26   4424
## 100 2020-05-27   4566
## 101 2020-05-28   4309
## 102 2020-05-29   4465
## 103 2020-05-30   2822
## 104 2020-05-31   2195
## 105 2020-06-01   5451
## 106 2020-06-02   4837
## 107 2020-06-03   5071
## 108 2020-06-04   5013
## 109 2020-06-05   5157
## 110 2020-06-06   3147
## 111 2020-06-07   2469
## 112 2020-06-08   6288
## 113 2020-06-09   5869
## 114 2020-06-10   5821
## 115 2020-06-11   5470
## 116 2020-06-12   5742
## 117 2020-06-13   3230
## 118 2020-06-14   2699
## 119 2020-06-15   6688
## 120 2020-06-16   6474
## 121 2020-06-17   6177
## 122 2020-06-18   6146
## 123 2020-06-19   6161
## 124 2020-06-20   3734
## 125 2020-06-21   2609
## 126 2020-06-22   7013
## 127 2020-06-23   6615
## 128 2020-06-24   6364
## 129 2020-06-25   6339
## 130 2020-06-26   6618
## 131 2020-06-27   3777
## 132 2020-06-28   3063
## 133 2020-06-29   7562
## 134 2020-06-30   7226
## 135 2020-07-01   7691
## 136 2020-07-02   7099
## 137 2020-07-03   7117
## 138 2020-07-04   3758
## 139 2020-07-05   3098
## 140 2020-07-06   7874
## 141 2020-07-07   7920
## 142 2020-07-08   7453
## 143 2020-07-09   7055
## 144 2020-07-10   7220
## 145 2020-07-11   3926
## 146 2020-07-12   3278
## 147 2020-07-13   8928
## 148 2020-07-14   8463
## 149 2020-07-15   8864
## 150 2020-07-16   8266
## 151 2020-07-17   8050
## 152 2020-07-18   4452
## 153 2020-07-19   3500
## 154 2020-07-20   9134
## 155 2020-07-21   8660
## 156 2020-07-22   8305
## 157 2020-07-23   8094
## 158 2020-07-24   8031
## 159 2020-07-25   4210
## 160 2020-07-26   3068
## 161 2020-07-27   8527
## 162 2020-07-28   8202
## 163 2020-07-29   7669
## 164 2020-07-30   7577
## 165 2020-07-31   6739
## 166 2020-08-01   3834
## 167 2020-08-02   2564
## 168 2020-08-03   7536
## 169 2020-08-04   7392
## 170 2020-08-05   7177
## 171 2020-08-06   6676
## 172 2020-08-07   6627
## 173 2020-08-08   3682
## 174 2020-08-09   2442
## 175 2020-08-10   7265
## 176 2020-08-11   6879
## 177 2020-08-12   6499
## 178 2020-08-13   6456
## 179 2020-08-14   6217
## 180 2020-08-15   3254
## 181 2020-08-16   2340
## 182 2020-08-17   6904
## 183 2020-08-18   6730
## 184 2020-08-19   6300
## 185 2020-08-20   6031
## 186 2020-08-21   6306
## 187 2020-08-22   3162
## 188 2020-08-23   2356
## 189 2020-08-24   7098
## 190 2020-08-25   6696
## 191 2020-08-26   7035
## 192 2020-08-27   6540
## 193 2020-08-28   6334
## 194 2020-08-29   3168
## 195 2020-08-30   2245
## 196 2020-08-31   7043
## 197 2020-09-01   7155
## 198 2020-09-02   6920
## 199 2020-09-03   6299
## 200 2020-09-04   6039
## 201 2020-09-05   2906
## 202 2020-09-06   2098
## 203 2020-09-07   6425
## 204 2020-09-08   6626
## 205 2020-09-09   6064
## 206 2020-09-10   5704
## 207 2020-09-11   5507
## 208 2020-09-12   2814
## 209 2020-09-13   1919
## 210 2020-09-14   6269
## 211 2020-09-15   4370
## 212 2020-09-16   2251
## 213 2020-09-17   6414
## 214 2020-09-18   5613
## 215 2020-09-19   2823
## 216 2020-09-20   1865
## 217 2020-09-21   6318
## 218 2020-09-22   6173
## 219 2020-09-23   5833
## 220 2020-09-24   5405
## 221 2020-09-25   5285
## 222 2020-09-26   2670
## 223 2020-09-27   1838
## 224 2020-09-28   6297
## 225 2020-09-29   5961
## 226 2020-09-30   5554
## 227 2020-10-01   5288
## 228 2020-10-02   5005
## 229 2020-10-03   2455
## 230 2020-10-04   1769
## 231 2020-10-05   5929
## 232 2020-10-06   5954
## 233 2020-10-07   5772
## 234 2020-10-08   5513
## 235 2020-10-09   5665
## 236 2020-10-10   3040
## 237 2020-10-11   2215
## 238 2020-10-12   6825
## 239 2020-10-13   7131
## 240 2020-10-14   6475
## 241 2020-10-15   6465
## 242 2020-10-16   6612
## 243 2020-10-17   3353
## 244 2020-10-18   2368
## 245 2020-10-19   8229
## 246 2020-10-20   8392
## 247 2020-10-21   7418
## 248 2020-10-22   7293
## 249 2020-10-23   7234
## 250 2020-10-24   3503
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## 252 2020-10-26   8409
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## 576 2021-09-15   7294
## 577 2021-09-16   3701
## 578 2021-09-17  11002
## 579 2021-09-18   4454
## 580 2021-09-19   3084
## 581 2021-09-20  11976
## 582 2021-09-21   9667
## 583 2021-09-22   9284
## 584 2021-09-23   8176
## 585 2021-09-24   7889
## 586 2021-09-25   3482
## 587 2021-09-26   2542
## 588 2021-09-27   9686
## 589 2021-09-28   7339
## 590 2021-09-29   6857
## 591 2021-09-30   5914
## 592 2021-10-01   5518
## 593 2021-10-02   2571
## 594 2021-10-03   1895
## 595 2021-10-04   7248
## 596 2021-10-05   5986
## 597 2021-10-06   5441
## 598 2021-10-07   4954
## 599 2021-10-08   4634
## 600 2021-10-09   2008
## 601 2021-10-10   1672
## 602 2021-10-11   5773

DECOMPOSICION DE SERIES DE TIEMPO

Tabla de descomposición de casos en series de tiempo

Mex.ts.desc <- decompose(Mex.ts)
plot(Mex.ts.desc, xlab="year")

En la siguente tabla se aprecia los casos diarios y acumulados a traves del tiempo, de acuerdo a lo observado en las líneas de la grafica vemos que existe un incremento en los contagios por COVID en la población mexicana, esto se puede interpretar en que los casos de contagio registrados siempre van en aumento a pesar de esfuerzos de controlarlos.

Conclusión

¿Por que México tuvo tantos muertos al principio de la pandemia?

Debio a la negligencia y poca credibilidad en el covid-19 a principios de pandemia se incremento de gran manera los casos registrados de infectados en México, ademas de muchos infectados que murieron al no poder o querer ir a un hispital, como hemos visto en tablas anteriores, los datos de registro en México siempre incrementaro desde febrero de 2020 hasta Octubre de 2021, debido diversos actos de ignorancia como participar en eventos festivos o negligencia del gobierno al movilizar el semaforo epidemiologico a su favor a pesar de la pandemia, la cual a pesar de las vacunas y medidas como cuarentenas a principios de 2021, el aumento en casos volvio a incrementar en cuastion de meses debido a las mismas razones de negligencia que sucedio el año pasado.

Valeria Cuen: Es muy notable, y ya todos sabemos que por falta de información, ignorancia de las personas, por no saber como controlar una pandemia causada por un virus totalmente desconocido, entre otras muchas mas cosas que se salían totalmente de nuestras manos, Mexico fue uno de los paises mas afectados en el mundo, siendo en su momento el 4to país con mas muertos en todo el mundo. Hoy en día esta pandemia sigue, pero ya existen muchos recursos para combatir el COVID-19.

Valeria Acosta: El COVID llegó al país Mexicsno en el 2019, para el 2020 el incremento fue tan notorio que muchas personas murieron a causa de esta enfermedad tal y como se ve en la grafica. Del mismo modo vemos que los contagios siguen aunque cabe mencionar que en la actualidad las vacunas son un tema de gran interés y por ello es que a mediados del 2021 el número de contagios disminuyó, debido a que la población estaba protegida. A su vez es importante saber que la vacuna no es 100% segura por lo que vemos el regreso de los casos de COVID en nuestro país. A diferencia de las miles de personas que murieron a causa de este virus, con la llegada de esta vacuna, se controla.

Eduardo Cuevas: Como se vio en las tablas anteriores R nos da la posibilidad de ver y calcular los datos en bruto de una tabla a modelos graficos, en ellos observamos como subia la cantidad de casos registrados de covid en cuestión de meses, a pezar de ligeros decrecimientos en los casos acumulados a mediadios del año 2021 siguio creciendo hasta la fecha de hoy.