comment-utiliser-tools4DCE
## Le chargement a nécessité le package : plyr
## Le chargement a nécessité le package : tidyverse
## -- Attaching packages --------------------------------------- tidyverse 1.3.1 --
## v ggplot2 3.3.5 v purrr 0.3.4
## v tibble 3.1.6 v dplyr 1.0.8
## v tidyr 1.2.0 v stringr 1.4.0
## v readr 2.1.2 v forcats 0.5.1
## -- Conflicts ------------------------------------------ tidyverse_conflicts() --
## x dplyr::arrange() masks plyr::arrange()
## x purrr::compact() masks plyr::compact()
## x dplyr::count() masks plyr::count()
## x dplyr::failwith() masks plyr::failwith()
## x dplyr::filter() masks stats::filter()
## x dplyr::id() masks plyr::id()
## x dplyr::lag() masks stats::lag()
## x dplyr::mutate() masks plyr::mutate()
## x dplyr::rename() masks plyr::rename()
## x dplyr::summarise() masks plyr::summarise()
## x dplyr::summarize() masks plyr::summarize()
## Le chargement a nécessité le package : scales
##
## Attachement du package : 'scales'
## L'objet suivant est masqué depuis 'package:purrr':
##
## discard
## L'objet suivant est masqué depuis 'package:readr':
##
## col_factor
## Le chargement a nécessité le package : sf
## Linking to GEOS 3.9.1, GDAL 3.2.1, PROJ 7.2.1; sf_use_s2() is TRUE
## Le chargement a nécessité le package : cowplot
## Le chargement a nécessité le package : httr
## Le chargement a nécessité le package : tools
## Le chargement a nécessité le package : xml2
## Le chargement a nécessité le package : ows4R
## Le chargement a nécessité le package : geometa
## Loading ISO 19139 XML schemas...
## Loading ISO 19115 codelists...
## Loading IANA mime types...
## No encoding supplied: defaulting to UTF-8.
## Le chargement a nécessité le package : keyring
## Le chargement a nécessité le package : readxl
## Le chargement a nécessité le package : rvest
##
## Attachement du package : 'rvest'
## L'objet suivant est masqué depuis 'package:readr':
##
## guess_encoding
## Le chargement a nécessité le package : tableHTML
Réalisation de graphiques
Pour rendre les graphiques lisibles lorsqu’une longue chronique comporte quelques données très éloignées du reste de la gamme de mesure, on remplace ces données par une étiquette localisée au sommet ou à la base du graphique selon que la valeur non affichée est inférieure ou supérieure au reste de la gamme de valeurs.
Pour écrêter les valeurs on fait appel à la fonction filtre_donnees_extremes.
la fonction filtre_donnees_extremes sert à écrêter les données que l’on ne souhaite pas afficher à l’écran.
Par exemple si on veut remplacer toutes les données inférieures à 3 par 3 et toutes celles supérieures à 9 par 9 :
filtre_donnees_extremes(x=seq(1:10), xmin=3, xmax=9)
## [1] 3 3 3 4 5 6 7 8 9 9
la fonction compte_decimales sert à déterminer combien de chiffres significatifs comporte un nombre.
Elle sert à déterminer combien de chiffres significatifs il faut conserver sur l’axe des ordonnées dans le graphique final.
## [1] 3
arrondi
Fonction pour calculer les arrondis selon les règles usuelels en France (et non comme la fonction round qui arrondi différemment les nombres terminant par 0.5 selon si leur partie entière est paire ou impaire).
## [1] 2
## [1] 3
## [1] 2
## [1] 2
PercentileDCE
Calcul le percentile selon les règles DCE. Dans l’exemple ci-dessous le percentile 90 correspond au 18ème rang sur 20 valeurs (rang = arrondi((20 x 0.9) + 0.5))
test<-sample(x=1:100, size=20, replace=T)
test%>%sort
## [1] 4 6 13 15 24 37 50 52 53 59 60 62 67 68 69 79 79 86 96 97
PercentileDCE(test, type=0.9)
## [1] 96
Couleurs et échelle des fonds graphiques
Les couleurs et les valeurs des seuils pour les différents paramètres sont listés dans le jeu de données base_seuils
## # A tibble: 6 x 12
## NOM SUPPORT FRACTION PARAMETRE UNITE SEUILMIN SEUILMAX CLASSE NOM_SEUIL
## <chr> <chr> <chr> <chr> <chr> <dbl> <dbl> <chr> <chr>
## 1 TEMPERATU~ 3 <NA> 1301 27 -Inf 20 TRES ~ AM. 25/0~
## 2 TEMPERATU~ 3 <NA> 1301 27 20 21.5 BON AM. 25/0~
## 3 TEMPERATU~ 3 <NA> 1301 27 21.5 25 MOYEN AM. 25/0~
## 4 TEMPERATU~ 3 <NA> 1301 27 25 28 MEDIO~ AM. 25/0~
## 5 TEMPERATU~ 3 <NA> 1301 27 28 Inf MAUVA~ AM. 25/0~
## 6 TEMPERATU~ 3 <NA> 1301 27 -Inf 24 TRES ~ AM. 25/0~
## # ... with 3 more variables: TYPE <chr>, TYPE_BORNE <chr>, SPECIFICITE <chr>
pour avoir la couleur on croise sur les colonnes TYPE et CLASSE avec la table couleurs_classes
## TYPE CLASSE NOM_COULEUR
## 1 DCE TRES BON dodgerblue
## 2 DCE BON green1
## 3 DCE MOYEN yellow
## 4 DCE MEDIOCRE orange
## 5 DCE MAUVAIS red
## 6 DCE INCONNU grey
pour classer les levels on utilise la colonne CLASSE de la data.frame ordre_facteurs_qualite
head(ordre_facteurs_qualite)
## CLASSE
## 1 TRES BON
## 2 BON
## 3 MOYEN
## 4 MEDIOCRE
## 5 MAUVAIS
## 6 INCONNU
Génération d’un objet de classe seuil
Un objet de classe seuil sert à paramétrer les fonds colorer des graphiques. Il précise l’intervalle entre lequel il faut appliquer une classe de qualité et la couleur de la représentation graphique correspondante.
Pour créer un objet de classe seuil on utilise la fonction setSeuils
setSeuils(
nom_parametre = "parametre test",
nom_seuil = "AM 25 janv 2010",
type_seuil = "DCE",
code_parametre = "1301",
synonymes_parametre = "1301",
support = "3",
code_unite = "27",
base_seuils_color = tools4DCE::base_seuils %>% subset(NOM == "TEMPERATURE" &
SPECIFICITE == "CYPRINICOLE") %>% left_join(couleurs_classes, by = c("CLASSE", "TYPE")) %>%
select(SEUILMIN, SEUILMAX, CLASSE, NOM_COULEUR) %>% mutate_at("CLASSE", factor),
bornesinfinclue = T
)
## Warning in setSeuils(nom_parametre = "parametre test", nom_seuil = "AM 25 janv
## 2010", : Paramètre id_ non renseigné dans la fonction setSeuils.
## An object of class "seuil"
## Slot "nom_parametre":
## [1] "parametre test"
##
## Slot "nom_seuil":
## [1] "AM 25 janv 2010"
##
## Slot "type_seuil":
## [1] "DCE"
##
## Slot "code_parametre":
## [1] "1301"
##
## Slot "synonymes_parametre":
## [1] "1301"
##
## Slot "support":
## [1] "3"
##
## Slot "fraction":
## [1] ""
##
## Slot "code_unite":
## [1] "27"
##
## Slot "seuils":
## SEUILMIN SEUILMAX CLASSE NOM_COULEUR
## 1 -Inf 24.0 TRES BON dodgerblue
## 2 24.0 25.5 BON green1
## 3 25.5 27.0 MOYEN yellow
## 4 27.0 28.0 MEDIOCRE orange
## 5 28.0 Inf MAUVAIS red
##
## Slot "bornesinfinclue":
## [1] TRUE
##
## Slot "specificites":
## [1] ""
Pour créer une liste de seuils prédéfinis à partir des fichiers de données il suffit de taper la commande makeSeuils(). A ce jour 5813 seuils différents sont ainsi définis. On peut se limiter à créer la liste pour un ensemble de codes paramètres en renseignant l’argument CdParametre. Idem pour les codes support, fraction, pour les types de seuils (DCE ou NON_DCE), pour les spécificités (ex. SALMONICOLE ou CYPRINICOLE).
test<-makeSeuils(CdParametre=c("1340", "1301"), specificites=c("CAS_GENERAL", "CYPRINICOLE"), type_seuil = "DCE")
print(test)
## $TEMPERATURE
## An object of class "seuil"
## Slot "nom_parametre":
## [1] "TEMPERATURE"
##
## Slot "nom_seuil":
## [1] "AM. 25/01/2010"
##
## Slot "type_seuil":
## [1] "DCE"
##
## Slot "code_parametre":
## [1] "1301"
##
## Slot "synonymes_parametre":
## [1] "1301"
##
## Slot "support":
## [1] "3"
##
## Slot "fraction":
## [1] NA
##
## Slot "code_unite":
## [1] "27"
##
## Slot "seuils":
## SEUILMIN SEUILMAX CLASSE NOM_COULEUR
## 1 -Inf 24.0 TRES BON dodgerblue
## 2 24.0 25.5 BON green1
## 3 25.5 27.0 MOYEN yellow
## 4 27.0 28.0 MEDIOCRE orange
## 5 28.0 Inf MAUVAIS red
##
## Slot "bornesinfinclue":
## [1] TRUE
##
## Slot "specificites":
## [1] "CYPRINICOLE"
##
##
## $NO3
## An object of class "seuil"
## Slot "nom_parametre":
## [1] "NO3"
##
## Slot "nom_seuil":
## [1] "AM. 25/01/2010"
##
## Slot "type_seuil":
## [1] "DCE"
##
## Slot "code_parametre":
## [1] "1340"
##
## Slot "synonymes_parametre":
## [1] "1340"
##
## Slot "support":
## [1] "3"
##
## Slot "fraction":
## [1] NA
##
## Slot "code_unite":
## [1] "162"
##
## Slot "seuils":
## SEUILMIN SEUILMAX CLASSE NOM_COULEUR
## 1 -Inf 10 TRES BON dodgerblue
## 2 10 50 BON green1
## 3 50 Inf MOYEN yellow
##
## Slot "bornesinfinclue":
## [1] TRUE
##
## Slot "specificites":
## [1] "CAS_GENERAL"
Exemples de graphs en mode points
data0<-data.frame(DatePrel=c("2019-01-01 12:30:00", "2020-05-03 00:00:00","2020-10-25 12:30:00", "2021-07-18 12:30:00")%>%as.POSIXct(tz="Europe/Paris"), RsAna=c(12,35.5,58.3, 42), LqAna=c(3))
graphDCE_points(data0, seuils=makeSeuils(CdParametre = "1340", type_seuil="DCE"), affiche_LQ = T, ymini = 0)
représentation des points hors gamme de mesure
En cas de points hors de l’échelle, la fonction trace remplace ces points par une étiquette colorée qui reprend la valeur du point manquant affiché de la couleur correspondant à sa classe de qualité.
graphDCE_points(data0, seuils=makeSeuils(CdParametre = "1340", type_seuil="DCE"), ymaxi=55, titre = "Nitrates", bilan_annuel = T, nom_legende = "Classe \nqualité")
En l’état, la fonction graphDCE_points ne permet pas d’afficher de légende pour l’affichage des LQ. Ce manque peut être contourné en combinant la fonction legend_LQ() avec la fonction plot_grid du package cowplot.
graph<-graphDCE_points(data0, seuils=makeSeuils(CdParametre = "1340", type_seuil="DCE"), affiche_LQ = T, ymini = 0)
plot_grid(graph, legend_LQ(), rel_heights = c(9,1), ncol=1)
graphs en barre
On peut également réaliser des graphiques en barre, par exemple pour faire des bilans annuels
data<-data.frame(annee=seq(2010,2013), RsAna=c(12,15.5,67,18.3))
graphDCE_bar(data, seuils=makeSeuils(CdParametre = "1340", type_seuil="DCE"),ymaxi=60)
# Attribution d’une classe de qualité à des résultats La fonction affecte une classe permet d’affecter une classe à un résultat
affecte_une_classe(c(10,10.1,50, 50.1), seuil=makeSeuils(CdParametre="1340", type_seuil = "DCE"))
## [1] TRES BON BON BON MOYEN
## Levels: TRES BON BON MOYEN
Bilan sur les taux de quantification
Le package permet de réaliser des graphiques bilans sur les taux de quantification.
donnees<-data.frame(Parametre=rep(letters[1:5], 100), RsAna=sample(0.1:100, 500, replace=TRUE), LqAna=c(0.5,1,2,6))
donnees<-donnees%>%mutate(RsAna=ifelse(RsAna<LqAna, LqAna, RsAna))
donnees<-donnees%>%mutate(CdRqAna=ifelse(RsAna>LqAna, "1", ifelse(sample(1:100,5)>10,"10","1")))
seuils<-makeSeuils(type_seuil="DCE", CdParametre = "1340")
table_distribution(donnees, seuil=seuils)
## # A tibble: 4 x 6
## # Groups: CLASSE [3]
## CLASSE CdRqAna nb CATEGORIE NOM_COULEUR ALPHA
## <fct> <chr> <int> <chr> <chr> <dbl>
## 1 TRES BON 1 47 TRES BON dodgerblue 1
## 2 TRES BON 10 10 <LQ et LQ de classe TRES BON dodgerblue 0.2
## 3 BON 1 207 BON green1 1
## 4 MOYEN 1 236 MOYEN yellow 1
Il permet également de faire le bilan par paramètre
donnees<-data.frame(parametres=rep(c("1301", "1340", "1335"), 100), RsAna=sample(0.1:100, 300, replace=TRUE), LqAna=c(0.5,1,6))
donnees<-donnees%>%mutate(RsAna=ifelse(RsAna<LqAna, LqAna, RsAna))
donnees<-donnees%>%mutate(CdRqAna=ifelse(RsAna>LqAna, "1", ifelse(sample(1:100,5)>10,"10","1")))
seuils<-makeSeuils(CdParametre=donnees$parametres%>%unique, specificites=c("CYPRINICOLE", rep("CAS_GENERAL",2)), type_seuil = "DCE")
bilan<-groupe_tableau_distribution(donnees, col_CdParametre="parametres", col_CdSupport=NULL, col_CdFraction=NULL, col_CdUnite=NULL, seuils = seuils)
print(bilan)
## # A tibble: 9 x 11
## # Groups: CLASSE [4]
## CLASSE CdRqAna nb CATEGORIE NOM_COULEUR ALPHA parametre code_parametre
## <fct> <chr> <int> <fct> <chr> <dbl> <chr> <chr>
## 1 TRES BON 1 12 TRES BON dodgerblue 1 NO3 1340
## 2 TRES BON 10 1 <LQ et LQ d~ dodgerblue 0.2 NO3 1340
## 3 BON 1 43 BON green1 1 NO3 1340
## 4 MOYEN 1 44 MOYEN yellow 1 NO3 1340
## 5 MAUVAIS 1 99 MAUVAIS red 1 NH4 1335
## 6 MAUVAIS 10 1 <LQ et LQ d~ red 0.2 NH4 1335
## 7 TRES BON 1 22 TRES BON dodgerblue 1 TEMPERAT~ 1301
## 8 TRES BON 10 1 <LQ et LQ d~ dodgerblue 0.2 TEMPERAT~ 1301
## 9 MAUVAIS 1 77 MAUVAIS red 1 TEMPERAT~ 1301
## # ... with 3 more variables: code_support <chr>, code_fraction <chr>,
## # code_unite <chr>
seuils$TEMPERATURE@seuils
## SEUILMIN SEUILMAX CLASSE NOM_COULEUR
## 1 -Inf 24.0 TRES BON dodgerblue
## 2 24.0 25.5 BON green1
## 3 25.5 27.0 MOYEN yellow
## 4 27.0 28.0 MEDIOCRE orange
## 5 28.0 Inf MAUVAIS red
et de faire une sortie graphique de ce bilan
graphDCE_distribution(bilan, titre="Bilan par paramètre")
Chargement de données
Le package tools4DCE offre plusieurs fonctions pour charger des données de qualité des eaux.
Exports Naïades physicochimique
Le site http://www.naiades.eaufrance.fr/acces-donnees#/physicochimie permet d’exporter sous forme de fichiers .zip des résultats physicochimiques.
Le chargement de ces données se fait via la commande resultats<-importe_Naiades_PC(“export.zip”)
Il est possible de restreindre les résultats à une emprise géographique limitée en passant en option un objet sf de l’emprise d’intérêt.
Exemple : shp<-charge_shp_SAGE(“Vilaine”) resultats<-importe_Naiades_PC(“export.zip”, shp)
Les données sont stockées sous forme de liste de data.frame.
resultats[["analyses"]] contient les analyses,
resultats[["cond_env"]] contient les conditions environnementales relevées lors des analyses
resultats[["operations"]] contient le descriptif des opérations
resultats[["CdRqAna"]] contient la signification des divers codes remarques
resultats[["CdUniteMesure"]] contient la table de correspondance code sandre / nom de l'unité
resultats[["CdInsituAna"]] contient la table de correspondance code sandre / nom des codes analyses in situ
resultats[["CdAccreAna"]] contient la table de correspondance code sandre / nom des codes accréditation de l'analyse
resultats[["CdStatutAna"]] contient la table de correspondance code sandre / nom du statut de l'analyse
resultats[["CdDifficulteAna"]] contient la table de correspondance code sandre / nom des codes de difficulté d'analyses
resultats[["CdProducteur"]] contient la table de correspondance code sandre / nom des producteurs de données
Fichiers QESU PHY V2
Le package permet l’import de fichiers xml au format QESU_PC_v2 tel que défini par le SANDRE
Exemple : Resultats<-import_QESU_PHY_v2(“fichier.xml”)
Les résultats sont stockés dans une liste de data.frame avec des noms de colonne identiques à ceux des imports Naïades
Fichiers QESU PHY V3
Le package permet l’import de fichiers xml au format QESU_PC_v3 tel que défini par le SANDRE
Exemple : Resultats<-import_QESU_PHY_v3(“fichier.xml”)
Les résultats sont stockés dans une liste de data.frame avec des noms de colonne identiques à ceux des imports Naïades
Import de données hydrobiologiques depuis HubEau
Le package permet d’importer les résultats d’Hub-Eau sous R facilement
Import des stations de mesures avec des données hydrobiologiques
On peut importer par code station
str(import_hubeau_staq_hbio(liste_stations=c("03174000", "04216000")))
## 'data.frame': 2 obs. of 34 variables:
## $ code_station_hydrobio : chr "03174000" "04216000"
## $ libelle_station_hydrobio: chr "LA SEINE A POSES 2" "VILAINE à RIEUX"
## $ uri_station_hydrobio : logi NA NA
## $ coordonnee_x : num 571754 314948
## $ coordonnee_y : num 6913715 6732499
## $ code_projection : chr "2154" "2154"
## $ code_cours_eau : chr "----0010" "J---0060"
## $ libelle_cours_eau : logi NA NA
## $ uri_cours_eau : logi NA NA
## $ code_masse_eau : chr "HR230C" "GR0011B"
## $ libelle_masse_eau : logi NA NA
## $ uri_masse_eau : logi NA NA
## $ code_sous_bassin : logi NA NA
## $ libelle_sous_bassin : logi NA NA
## $ code_bassin : logi NA NA
## $ libelle_bassin : logi NA NA
## $ code_commune : chr "27474" "56194"
## $ libelle_commune : chr "Poses" "Rieux"
## $ code_departement : chr "27" "56"
## $ libelle_departement : chr "Eure" "Morbihan"
## $ code_region : chr "28" "53"
## $ libelle_region : chr "Normandie" "Bretagne"
## $ codes_reseaux :List of 2
## ..$ : chr "0000000002" "0000000052"
## ..$ : chr "0000000052"
## $ libelles_reseaux :List of 2
## ..$ : chr "0000000002%%Réseau Hydrobiologique et Piscicole" "0000000052%%Contrôle de surveillance des cours d'eau de la France"
## ..$ : chr "0000000052%%Contrôle de surveillance des cours d'eau de la France"
## $ codes_supports :List of 2
## ..$ : chr "13" "11" "10" "27" ...
## ..$ : chr "4" "13" "10" "27"
## $ libelles_supports :List of 2
## ..$ : chr "Macroinvertébrés aquatiques" "Phytoplancton" "Diatomées benthiques" "Macrophytes" ...
## ..$ : chr "Poissons" "Macroinvertébrés aquatiques" "Diatomées benthiques" "Macrophytes"
## $ codes_appel_taxons :List of 2
## ..$ : chr "3110" "1087" "3127" "1089" ...
## ..$ : chr "2028" "871" "31041" "2177" ...
## $ libelles_appel_taxons :List of 2
## ..$ : chr "Prostoma" "Bryozoa" "Cladocera" "Nematoda" ...
## ..$ : chr "Procambarus clarkii" "Orconectes limosus" "Squalius cephalus" "Ameiurus melas" ...
## $ codes_indices :List of 2
## ..$ : chr "5910" "6959" "6955" "6951" ...
## ..$ : chr "7036" "7787" "7786" "7746" ...
## $ libelles_indices :List of 2
## ..$ : chr "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" "Groupe Faunistique Indicateur macroinvertébrés grands cours d'eau - 12 prélèvements" "Variété taxonomique macroinvertébrés grands cours d'eau - 12 prélèvements" "Indice macroinvertébrés grands cours d'eau - 12 prélèvements" ...
## ..$ : chr "Indice Poisson Rivière (IPR)" "Score de la métrique densité totale d'individus (DTI)" "Score de la métrique densité d'individus tolérants (DIT)" "Score de la métrique densité d'individus omnivores (DIO)" ...
## $ latitude : num 49.3 47.6
## $ longitude : num 1.24 -2.13
## $ date_premier_prelevement: Date, format: "1995-06-08" "1976-05-04"
## $ date_dernier_prelevement: Date, format: "2021-10-18" "2021-06-29"
Ou bien par emprise géographique (en se limitant éventellement aux stations qui ont des données sur une période déterminée et pour un type d’indice limités).
Vilaine<-charge_shp_SAGE(nom_sage="Vilaine")
str(import_hubeau_staq_hbio(emprise=Vilaine, an_debut=2018, an_fin=2018, indice=c("poi")))
## 'data.frame': 186 obs. of 34 variables:
## $ code_station_hydrobio : chr "04195400" "04195420" "04195680" "04195950" ...
## $ libelle_station_hydrobio: chr "OUST à SAINT-MARTIN-DES-PRES" "RAU DU MOTTAY à BODEO (LE)" "OUST à SAINT-MAUDAN" "RAU DU LARHON à SAINT-MAUDAN" ...
## $ uri_station_hydrobio : logi NA NA NA NA NA NA ...
## $ coordonnee_x : num 258244 262398 270008 272105 271198 ...
## $ coordonnee_y : num 6819140 6818396 6794891 6794872 6791408 ...
## $ code_projection : chr "2154" "2154" "2154" "2154" ...
## $ code_cours_eau : chr "J8--0230" "J8006000" "J8--0230" "J8034000" ...
## $ libelle_cours_eau : logi NA NA NA NA NA NA ...
## $ uri_cours_eau : logi NA NA NA NA NA NA ...
## $ code_masse_eau : chr "GR0126A" "GR1383" "GR0126C" "GR0126C" ...
## $ libelle_masse_eau : logi NA NA NA NA NA NA ...
## $ uri_masse_eau : logi NA NA NA NA NA NA ...
## $ code_sous_bassin : logi NA NA NA NA NA NA ...
## $ libelle_sous_bassin : logi NA NA NA NA NA NA ...
## $ code_bassin : logi NA NA NA NA NA NA ...
## $ libelle_bassin : logi NA NA NA NA NA NA ...
## $ code_commune : chr "22313" "22009" "22314" "22314" ...
## $ libelle_commune : chr "Saint-Martin-des-Prés" "Le Bodéo" "Saint-Maudan" "Saint-Maudan" ...
## $ code_departement : chr "22" "22" "22" "22" ...
## $ libelle_departement : chr "Côtes d'Armor" "Côtes d'Armor" "Côtes d'Armor" "Côtes d'Armor" ...
## $ code_region : chr "53" "53" "53" "53" ...
## $ libelle_region : chr "Bretagne" "Bretagne" "Bretagne" "Bretagne" ...
## $ codes_reseaux :List of 186
## ..$ : chr "0000000052"
## ..$ : chr "0000000001" "0000000076" "0400010001"
## ..$ : chr "0400000722"
## ..$ : chr "0000000052"
## ..$ : chr "0000000053" "0400000126"
## ..$ : chr "0000000052"
## ..$ : chr "0000000052"
## ..$ : chr "0000000001" "0000000076" "0400010001"
## ..$ : chr "0000000053"
## ..$ : chr "0000000001" "0000000076" "0400010001"
## ..$ : chr "0400000943"
## ..$ : chr "0000000052"
## ..$ : chr "0000000001" "0000000076" "0400010001"
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## ..$ : chr "Lampetra planeri" "Rutilus rutilus" "Cottus gobio" "Barbatula barbatula" ...
## ..$ : chr "Achnanthidium eutrophilum" "Stauroneis thermicola" "Sellaphora nigri" "Reimeria sinuata" ...
## ..$ : chr "Potamopyrgus" "Radix" "Gyraulus" "Armiger" ...
## ..$ : chr "Radix" "Baetis lato sensu" "Potamopyrgus" "Oligochaeta" ...
## ..$ : chr "Ancylidae" "Oligochaeta" "Chironomidae" "Hydropsychidae" ...
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## ..$ : chr "Ancylus" "Potamopyrgus" "Limoniidae" "Oulimnius" ...
## ..$ : chr "Achnanthidium subatomoides" "Sellaphora saugerresii" "Sellaphora nigri" "Luticola goeppertiana" ...
## ..$ : chr "Barbatula barbatula" "Squalius cephalus" "Salmo trutta fario" "Phoxinus phoxinus" ...
## ..$ : chr "Nemathelmintha" "Euleuctra geniculata" "Leuctra" "Nemoura" ...
## ..$ : chr "Cladophora" "Melosira" "Phormidium" "Platyhypnidium riparioides" ...
## ..$ : chr "Rhoicosphenia abbreviata" "Planothidium lanceolatum" "Planothidium delicatulum" "Planothidium daui" ...
## ..$ : chr "Reimeria sinuata" "Planothidium lanceolatum" "Planothidium" "Planothidium frequentissimum" ...
## ..$ : chr "Potamopyrgus" "Radix" "Gyraulus" "Armiger" ...
## ..$ : chr "Ancylus" "Baetis lato sensu" "Potamopyrgus" "Oligochaeta" ...
## ..$ : chr "Ulnaria ulna" "Tabellaria flocculosa" "Staurosira" "Simonsenia delognei" ...
## ..$ : chr "Ancylus" "Baetis lato sensu" "Gammarus" "Chironomidae" ...
## ..$ : chr "Barbatula barbatula" "Gasterosteus aculeatus aculeatus" "Phoxinus phoxinus" "Cottus gobio" ...
## ..$ : chr "Lampetra planeri" "Squalius cephalus" "Salmo trutta fario" "Phoxinus phoxinus" ...
## ..$ : chr "Oligochaeta" "Ancylus" "Sphaeriidae" "Sphaerium" ...
## ..$ : chr "Dendrocoelum" "Oligochaeta" "Erpobdellidae" "Glossiphonia" ...
## ..$ : chr "Eolimna minima" "Navicula germainii" "Nitzschia filiformis var. conferta" "Mayamaea atomus" ...
## ..$ : chr "Anguilla anguilla" "Salmo trutta fario" "Phoxinus phoxinus" "Gobio gobio" ...
## ..$ : chr "Kobayasiella" "Eolimna minima" "Nitzschia supralitorea" "Nitzschia subacicularis" ...
## ..$ : chr "Gyraulus" "Oligochaeta" "Asellidae" "Sisyra" ...
## ..$ : chr "Ranunculus penicillatus" "Agrostis stolonifera" "Lemanea" "Rhynchostegium riparioides" ...
## ..$ : chr "Ancylus" "Oligochaeta" "Ephemerella" "Corbicula" ...
## ..$ : chr "Radix" "Physa lato-sensu" "Potamopyrgus" "Oligochaeta" ...
## ..$ : chr "Fissidens bryoides" "Tetraspora" "Oedogonium" "Cladophora" ...
## ..$ : chr "Stauroneis thermicola" "Bacillariophyta" "Skeletonema potamos" "Rhoicosphenia abbreviata" ...
## ..$ : chr "Lampetra planeri" "Salmo trutta fario" "Phoxinus phoxinus" "Cottus gobio" ...
## ..$ : chr "Planothidium lanceolatum" "Surirella angusta" "Discostella pseudostelligera" "Navicula rostellata" ...
## ..$ : chr "Radix" "Oligochaeta" "Glossiphoniidae" "Gammarus" ...
## ..$ : chr "Anguilla anguilla" "Orconectes limosus" "Squalius cephalus" "Rutilus rutilus" ...
## ..$ : chr "Melosira" "Oscillatoria" "Oedogonium" "Batrachospermum" ...
## ..$ : chr "Planorbidae" "Oligochaeta" "Gomphidae" "Ephemerella" ...
## ..$ : chr "Melosira" "Oscillatoria" "Cladophora" "Tetraspora" ...
## ..$ : chr "Rhyacophila lato-sensu" "Echinogammarus" "Aphelocheirus" "Hydraena" ...
## ..$ : chr "Anguilla anguilla" "Orconectes limosus" "Squalius cephalus" "Rutilus rutilus" ...
## ..$ : chr "Lampetra planeri" "Gobio gobio" "Cottus gobio" "Barbatula barbatula" ...
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## ..$ : chr "Radix" "Chironomidae" "Psychodidae" "Elmis" ...
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## ..$ : chr "Radix" "Baetis lato sensu" "Potamopyrgus" "Viviparus" ...
## ..$ : chr "Simonsenia delognei" "Stephanodiscus hantzschii f. tenuis" "Rhoicosphenia abbreviata" "Planothidium minutissimum" ...
## ..$ : chr "Cladophora" "Callitriche hamulata" "Potamogeton crispus" "Ceratophyllum demersum" ...
## ..$ : chr "Sphaeriidae" "Gammarus" "Copepoda" "Tinodes" ...
## ..$ : chr "Procambarus clarkii" "Squalius cephalus" "Pungitius pungitius" "Tinca tinca" ...
## ..$ : chr "Planorbidae" "Potamopyrgus antipodarum" "Oligochaeta" "Erpobdellidae" ...
## ..$ : chr "Procambarus clarkii" "Squalius cephalus" "Rutilus rutilus" "Phoxinus phoxinus" ...
## ..$ : chr "Cocconeis euglypta" "Geissleria acceptata" "Eolimna minima" "Nitzschia paleacea" ...
## ..$ : chr "Sphaeriidae" "Baetis lato sensu" "Oligochaeta" "Erpobdellidae" ...
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## ..$ : chr "Rhoicosphenia abbreviata" "Platessa hustedtii" "Planothidium frequentissimum" "Navicula vilaplanii" ...
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## ..$ : chr "Sphaeriidae" "Oligochaeta" "Tabanidae" "Elmis" ...
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## ..$ : chr "Anguilla anguilla" "Orconectes limosus" "Squalius cephalus" "Ameiurus melas" ...
## ..$ : chr "Cyclotella atomus" "Nitzschia microcephala" "Mayamaea ingenua" "Caloneis aerophila" ...
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## $ libelles_indices :List of 186
## ..$ : chr "Indice Poisson Rivière (IPR)" "Score de la métrique densité totale d'individus (DTI)" "Score de la métrique densité d'individus tolérants (DIT)" "Score de la métrique densité d'individus omnivores (DIO)" ...
## ..$ : chr "Indice Poisson Rivière (IPR)" "Indice polluosensibilité spécifique (I.P.S.)" "Indice Biologique Diatomées (IBD)" "Métrique Polyvoltinisme de l'I2M2" ...
## ..$ : chr "Nombre de taxons contributifs de l'I2M2" "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ ...
## ..$ : chr "Nombre de taxons contributifs de l'I2M2" "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" ...
## ..$ : chr "Indice Biologique Global Normalisé (I.B.G.N.)" "Numéro d'ordre du groupe faunistique indicateur de l'IBGN" "Variété taxonomique de l'IBGN" "Indice macroinvertébrés grands cours d'eau - 12 prélèvements" ...
## ..$ : chr "Indice Poisson Rivière (IPR)" "Score de la métrique densité totale d'individus (DTI)" "Score de la métrique densité d'individus tolérants (DIT)" "Score de la métrique densité d'individus omnivores (DIO)" ...
## ..$ : chr "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ "Nombre de taxons contributifs de l'I2M2" ...
## ..$ : chr "Indice polluosensibilité spécifique (I.P.S.)" "Indice Biologique Diatomées (IBD)" "Nombre de taxons contributifs de l'I2M2" "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" ...
## ..$ : chr "Indice Poisson Rivière (IPR)" "Score de la métrique densité totale d'individus (DTI)" "Score de la métrique densité d'individus tolérants (DIT)" "Score de la métrique densité d'individus omnivores (DIO)" ...
## ..$ : chr "Indice Poisson Rivière (IPR)" "Métrique Indice de Shannon de l'I2M2" "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ ...
## ..$ : chr "Note IBMR robuste" "Indice Biologique Macrophytique en Rivière (I.B.M.R.)" "Indice Poisson Rivière (IPR)" "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" ...
## ..$ : chr "Indice Biologique Diatomées (IBD)" "Indice polluosensibilité spécifique (I.P.S.)" "Indice macroinvertébrés grands cours d'eau - 12 prélèvements" "Groupe Faunistique Indicateur macroinvertébrés grands cours d'eau - 12 prélèvements" ...
## ..$ : chr "Indice polluosensibilité spécifique (I.P.S.)" "Indice Biologique Diatomées (IBD)" "Note IBMR robuste" "Indice Biologique Macrophytique en Rivière (I.B.M.R.)" ...
## ..$ : chr "Métrique Ovoviviparite de l'I2M2" "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ ...
## ..$ : chr "Nombre de taxons contributifs de l'I2M2" "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" ...
## ..$ : chr "Indice polluosensibilité spécifique (I.P.S.)" "Indice Biologique Diatomées (IBD)" "Note IBMR robuste" "Indice Biologique Macrophytique en Rivière (I.B.M.R.)" ...
## ..$ : chr "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ "Nombre de taxons contributifs de l'I2M2" ...
## ..$ : chr "Indice Poisson Rivière (IPR)" "Score de la métrique densité totale d'individus (DTI)" "Score de la métrique densité d'individus tolérants (DIT)" "Score de la métrique densité d'individus omnivores (DIO)" ...
## ..$ : chr "Indice Poisson Rivière (IPR)" "Score de la métrique densité totale d'individus (DTI)" "Score de la métrique densité d'individus tolérants (DIT)" "Score de la métrique densité d'individus omnivores (DIO)" ...
## ..$ : chr "Nombre de taxons contributifs de l'I2M2" "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" ...
## ..$ : chr "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ "Indice Poisson Rivière (IPR)" ...
## ..$ : chr "Indice polluosensibilité spécifique (I.P.S.)" "Indice Biologique Diatomées (IBD)" "Métrique Indice de Shannon de l'I2M2" "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" ...
## ..$ : chr "Indice Poisson Rivière (IPR)" "Score de la métrique densité totale d'individus (DTI)" "Score de la métrique densité d'individus tolérants (DIT)" "Score de la métrique densité d'individus omnivores (DIO)" ...
## ..$ : chr "Indice Biologique Diatomées (IBD)" "Indice polluosensibilité spécifique (I.P.S.)" "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ "Indice Invertébrés Multimétrique (I2M2)" ...
## ..$ : chr "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ "Indice Poisson Rivière (IPR)" ...
## ..$ : chr "Indice Biologique Macrophytique en Rivière (I.B.M.R.)" "Indice Poisson Rivière (IPR)" "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ ...
## ..$ : chr "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ "Indice Biologique Diatomées (IBD)" ...
## ..$ : chr "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ "Indice Poisson Rivière (IPR)" ...
## ..$ : chr "Indice Biologique Macrophytique en Rivière (I.B.M.R.)" "Indice polluosensibilité spécifique (I.P.S.)" "Indice Biologique Diatomées (IBD)" "Note IBMR robuste" ...
## ..$ : chr "Indice polluosensibilité spécifique (I.P.S.)" "Indice Biologique Diatomées (IBD)" "Indice Biologique Macrophytique en Rivière (I.B.M.R.)" "Variété taxonomique de l'IBGA" ...
## ..$ : chr "Indice Poisson Rivière (IPR)" "Score de la métrique densité totale d'individus (DTI)" "Score de la métrique densité d'individus tolérants (DIT)" "Score de la métrique densité d'individus omnivores (DIO)" ...
## ..$ : chr "Indice polluosensibilité spécifique (I.P.S.)" "Indice Biologique Diatomées (IBD)" "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ ...
## ..$ : chr "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ "Indice Poisson Rivière (IPR)" ...
## ..$ : chr "Indice Poisson Rivière (IPR)" "Score de la métrique densité totale d'individus (DTI)" "Score de la métrique densité d'individus tolérants (DIT)" "Score de la métrique densité d'individus omnivores (DIO)" ...
## ..$ : chr "Note IBMR robuste" "Indice Biologique Macrophytique en Rivière (I.B.M.R.)" "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ "Indice Invertébrés Multimétrique (I2M2)" ...
## ..$ : chr "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ "Nombre de taxons contributifs de l'I2M2" ...
## ..$ : chr "Note IBMR robuste" "Indice Biologique Macrophytique en Rivière (I.B.M.R.)" "Indice Biologique Diatomées (IBD)" "Indice polluosensibilité spécifique (I.P.S.)" ...
## ..$ : chr "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ "Indice Poisson Rivière (IPR)" ...
## ..$ : chr "Indice Poisson Rivière (IPR)" "Score de la métrique densité totale d'individus (DTI)" "Score de la métrique densité d'individus tolérants (DIT)" "Score de la métrique densité d'individus omnivores (DIO)" ...
## ..$ : chr "Indice Poisson Rivière (IPR)" "Score de la métrique densité totale d'individus (DTI)" "Score de la métrique densité d'individus tolérants (DIT)" "Score de la métrique densité d'individus omnivores (DIO)" ...
## ..$ : chr "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ "Indice polluosensibilité spécifique (I.P.S.)" ...
## ..$ : chr "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ "Nombre de taxons contributifs de l'I2M2" ...
## ..$ : chr "Indice Poisson Rivière (IPR)" "Score de la métrique densité totale d'individus (DTI)" "Score de la métrique densité d'individus tolérants (DIT)" "Score de la métrique densité d'individus omnivores (DIO)" ...
## ..$ : chr "Indice Poisson Rivière (IPR)" "Score de la métrique densité totale d'individus (DTI)" "Score de la métrique densité d'individus tolérants (DIT)" "Score de la métrique densité d'individus omnivores (DIO)" ...
## ..$ : chr "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ "Métrique Richesse Taxonomique de l'I2M2" ...
## ..$ : chr "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ "Indice Poisson Rivière (IPR)" ...
## ..$ : chr "Indice Poisson Rivière (IPR)" "Score de la métrique densité totale d'individus (DTI)" "Score de la métrique densité d'individus tolérants (DIT)" "Score de la métrique densité d'individus omnivores (DIO)" ...
## ..$ : chr "Indice Poisson Rivière (IPR)" "Score de la métrique densité totale d'individus (DTI)" "Score de la métrique densité d'individus tolérants (DIT)" "Score de la métrique densité d'individus omnivores (DIO)" ...
## ..$ : chr "Nombre de taxons contributifs de l'I2M2" "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" ...
## ..$ : chr "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ "Indice Poisson Rivière (IPR)" ...
## ..$ : chr "Note IBMR robuste" "Indice Biologique Macrophytique en Rivière (I.B.M.R.)" "Indice polluosensibilité spécifique (I.P.S.)" "Indice Biologique Diatomées (IBD)" ...
## ..$ : chr "Indice Poisson Rivière (IPR)" "Score de la métrique densité totale d'individus (DTI)" "Score de la métrique densité d'individus tolérants (DIT)" "Score de la métrique densité d'individus omnivores (DIO)" ...
## ..$ : chr "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ "Indice Poisson Rivière (IPR)" ...
## ..$ : chr "Indice macroinvertébrés grands cours d'eau - berges + Chenal" "Groupe Faunistique Indicateur macroinvertébrés grands cours d'eau - berges + Chenal" "Variété taxonomique macroinvertébrés grands cours d'eau - berges + chenal" "Indice polluosensibilité spécifique (I.P.S.)" ...
## ..$ : chr "Nombre de taxons contributifs de l'I2M2" "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" ...
## ..$ : chr "Indice Poisson Rivière (IPR)" "Score de la métrique densité totale d'individus (DTI)" "Score de la métrique densité d'individus tolérants (DIT)" "Score de la métrique densité d'individus omnivores (DIO)" ...
## ..$ : chr "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ "Indice Biologique Diatomées (IBD)" ...
## ..$ : chr "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ "Note IBMR robuste" ...
## ..$ : chr "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ "Indice Biologique Macrophytique en Rivière (I.B.M.R.)" ...
## ..$ : chr "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ "Numéro d'ordre du groupe faunistique indicateur de l'IBGN" ...
## ..$ : chr "Indice Biologique Macrophytique en Rivière (I.B.M.R.)" "Indice Poisson Rivière (IPR)" "Métrique Indice de Shannon de l'I2M2" "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" ...
## ..$ : chr "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ "Indice Biologique Macrophytique en Rivière (I.B.M.R.)" ...
## ..$ : chr "Nombre de taxons contributifs de l'I2M2" "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" ...
## ..$ : chr "Indice Biologique Diatomées (IBD)" "Indice polluosensibilité spécifique (I.P.S.)" "Indice Biologique Macrophytique en Rivière (I.B.M.R.)" "Indice Poisson Rivière (IPR)" ...
## ..$ : chr "Indice Biologique Macrophytique en Rivière (I.B.M.R.)" "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ ...
## ..$ : chr "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ "Indice Biologique Macrophytique en Rivière (I.B.M.R.)" ...
## ..$ : chr "Indice Poisson Rivière (IPR)" "Score de la métrique densité totale d'individus (DTI)" "Score de la métrique densité d'individus tolérants (DIT)" "Score de la métrique densité d'individus omnivores (DIO)" ...
## ..$ : chr "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ "Indice Biologique Diatomées (IBD)" ...
## ..$ : chr "Indice Poisson Rivière (IPR)" "Score de la métrique densité totale d'individus (DTI)" "Score de la métrique densité d'individus tolérants (DIT)" "Score de la métrique densité d'individus omnivores (DIO)" ...
## ..$ : chr "Indice Biologique Diatomées (IBD)" "Indice polluosensibilité spécifique (I.P.S.)" "Indice Poisson Rivière (IPR)" "Métrique Indice de Shannon de l'I2M2" ...
## ..$ : chr "Nombre de taxons contributifs de l'I2M2" "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" ...
## ..$ : chr "Indice Poisson Rivière (IPR)" "Score de la métrique densité totale d'individus (DTI)" "Score de la métrique densité d'individus tolérants (DIT)" "Score de la métrique densité d'individus omnivores (DIO)" ...
## ..$ : chr "Indice Poisson Rivière (IPR)" "Score de la métrique densité totale d'individus (DTI)" "Score de la métrique densité d'individus tolérants (DIT)" "Score de la métrique densité d'individus omnivores (DIO)" ...
## ..$ : chr "Indice Poisson Rivière (IPR)" "Score de la métrique densité totale d'individus (DTI)" "Score de la métrique densité d'individus tolérants (DIT)" "Score de la métrique densité d'individus omnivores (DIO)" ...
## ..$ : chr "Indice Biologique Diatomées (IBD)" "Indice polluosensibilité spécifique (I.P.S.)" "Note IBMR robuste" "Indice Biologique Macrophytique en Rivière (I.B.M.R.)" ...
## ..$ : chr "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ "Nombre de taxons contributifs de l'I2M2" ...
## ..$ : chr "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ "Note IBMR robuste" ...
## ..$ : chr "Indice Poisson Rivière (IPR)" "Score de la métrique densité totale d'individus (DTI)" "Score de la métrique densité d'individus tolérants (DIT)" "Score de la métrique densité d'individus omnivores (DIO)" ...
## ..$ : chr "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ "Indice Poisson Rivière (IPR)" ...
## ..$ : chr "Indice Biologique Macrophytique en Rivière (I.B.M.R.)" "Indice polluosensibilité spécifique (I.P.S.)" "Indice Biologique Diatomées (IBD)" "Métrique Richesse Taxonomique de l'I2M2" ...
## ..$ : chr "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ "Indice Poisson Rivière (IPR)" ...
## ..$ : chr "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ "Nombre de taxons contributifs de l'I2M2" ...
## ..$ : chr "Indice macroinvertébrés grands cours d'eau - berges + Chenal" "Groupe Faunistique Indicateur macroinvertébrés grands cours d'eau - berges + Chenal" "Variété taxonomique macroinvertébrés grands cours d'eau - berges + chenal" "Indice polluosensibilité spécifique (I.P.S.)" ...
## ..$ : chr "Indice Biologique Macrophytique en Rivière (I.B.M.R.)" "Indice Poisson Rivière (IPR)" "Indice polluosensibilité spécifique (I.P.S.)" "Indice Biologique Diatomées (IBD)" ...
## ..$ : chr "Indice macroinvertébrés grands cours d'eau - berges + Chenal" "Groupe Faunistique Indicateur macroinvertébrés grands cours d'eau - berges + Chenal" "Variété taxonomique macroinvertébrés grands cours d'eau - berges + chenal" "Indice polluosensibilité spécifique (I.P.S.)" ...
## ..$ : chr "Indice Poisson Rivière (IPR)" "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ ...
## ..$ : chr "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ "Nombre de taxons contributifs de l'I2M2" ...
## ..$ : chr "Indice Poisson Rivière (IPR)" "Score de la métrique densité totale d'individus (DTI)" "Score de la métrique densité d'individus tolérants (DIT)" "Score de la métrique densité d'individus omnivores (DIO)" ...
## ..$ : chr "Indice Poisson Rivière (IPR)" "Score de la métrique densité totale d'individus (DTI)" "Score de la métrique densité d'individus tolérants (DIT)" "Score de la métrique densité d'individus omnivores (DIO)" ...
## ..$ : chr "Indice polluosensibilité spécifique (I.P.S.)" "Indice Biologique Diatomées (IBD)" "Indice macroinvertébrés grands cours d'eau - 12 prélèvements" "Groupe Faunistique Indicateur macroinvertébrés grands cours d'eau - 12 prélèvements" ...
## ..$ : chr "Indice Biologique Macrophytique en Rivière (I.B.M.R.)" "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ ...
## ..$ : chr "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ "Indice Poisson Rivière (IPR)" ...
## ..$ : chr "Indice Poisson Rivière (IPR)" "Indice Biologique Diatomées (IBD)" "Indice polluosensibilité spécifique (I.P.S.)" "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" ...
## ..$ : chr "Note IBMR robuste" "Indice Biologique Macrophytique en Rivière (I.B.M.R.)" "Indice polluosensibilité spécifique (I.P.S.)" "Indice Biologique Diatomées (IBD)" ...
## ..$ : chr "Métrique Indice de Shannon de l'I2M2" "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ ...
## ..$ : chr "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ "Indice Biologique Macrophytique en Rivière (I.B.M.R.)" ...
## ..$ : chr "Indice Poisson Rivière (IPR)" "Score de la métrique densité totale d'individus (DTI)" "Score de la métrique densité d'individus tolérants (DIT)" "Score de la métrique densité d'individus omnivores (DIO)" ...
## ..$ : chr "Indice Poisson Rivière (IPR)" "Score de la métrique densité totale d'individus (DTI)" "Score de la métrique densité d'individus tolérants (DIT)" "Score de la métrique densité d'individus omnivores (DIO)" ...
## ..$ : chr "Indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou protocole RCS antérieur" "Groupe Faunistique Indicateur de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90"| __truncated__ "Variété taxonomique de l'indice dit \"équivalent\" (Phases A+B) de la méthode macroinvertébrés NF T90-333 ou pr"| __truncated__ "Note IBMR robuste" ...
## .. [list output truncated]
## $ latitude : num 48.3 48.3 48.1 48.1 48.1 ...
## $ longitude : num -2.97 -2.91 -2.78 -2.75 -2.76 ...
## $ date_premier_prelevement: Date, format: "1997-09-16" "2013-07-19" ...
## $ date_dernier_prelevement: Date, format: "2021-09-22" "2019-09-11" ...
Import des indices hydrobiologiques
On peut importer les indices disponibles par code station. Ces indices sont remis en forme pour être directement valorisables avec les fonctions graphiques du package.
str(import_hubeau_indices_hbio(liste_stations=c("03174000", "04216000"), indice=c("mphy")))
## 'data.frame': 14 obs. of 40 variables:
## $ CdParametre : chr "2928" "2928" "2928" "2928" ...
## $ NomParametre : chr "Indice Biologique Macrophytique en Rivière (I.B.M.R.)" "Indice Biologique Macrophytique en Rivière (I.B.M.R.)" "Indice Biologique Macrophytique en Rivière (I.B.M.R.)" "Indice Biologique Macrophytique en Rivière (I.B.M.R.)" ...
## $ CdStationMesureEauxSurface: chr "03174000" "03174000" "03174000" "03174000" ...
## $ libelle_station_hydrobio : chr "LA SEINE A POSES 2" "LA SEINE A POSES 2" "LA SEINE A POSES 2" "LA SEINE A POSES 2" ...
## $ uri_station_hydrobio : logi NA NA NA NA NA NA ...
## $ date_prelevement : chr "2013-08-29T00:00:00Z" "2016-09-19T00:00:00Z" "2017-09-12T00:00:00Z" "2018-10-10T00:00:00Z" ...
## $ RsAna : num 7.14 7.51 7.75 9 8.95 6.59 7.69 8.2 36 34 ...
## $ CdUniteMesure : chr "X" "X" "X" "X" ...
## $ coordonnee_x : num 571754 571754 571754 571754 314948 ...
## $ coordonnee_y : num 6913715 6913715 6913715 6913715 6732499 ...
## $ code_projection : chr "2154" "2154" "2154" "2154" ...
## $ code_cours_eau : chr "----0010" "----0010" "----0010" "----0010" ...
## $ libelle_cours_eau : logi NA NA NA NA NA NA ...
## $ uri_cours_eau : logi NA NA NA NA NA NA ...
## $ code_masse_eau : chr "HR230C" "HR230C" "HR230C" "HR230C" ...
## $ libelle_masse_eau : logi NA NA NA NA NA NA ...
## $ uri_masse_eau : logi NA NA NA NA NA NA ...
## $ code_sous_bassin : logi NA NA NA NA NA NA ...
## $ libelle_sous_bassin : logi NA NA NA NA NA NA ...
## $ code_bassin : logi NA NA NA NA NA NA ...
## $ libelle_bassin : logi NA NA NA NA NA NA ...
## $ code_commune : chr "27474" "27474" "27474" "27474" ...
## $ libelle_commune : chr "Poses" "Poses" "Poses" "Poses" ...
## $ code_departement : chr "27" "27" "27" "27" ...
## $ libelle_departement : chr "Eure" "Eure" "Eure" "Eure" ...
## $ code_region : chr "28" "28" "28" "28" ...
## $ libelle_region : chr "Normandie" "Normandie" "Normandie" "Normandie" ...
## $ CdSupport : chr "27" "27" "27" "27" ...
## $ libelle_support : chr "Macrophytes" "Macrophytes" "Macrophytes" "Macrophytes" ...
## $ CdQualAna : chr "0" "0" "3" "0" ...
## $ libelle_qualification : chr "non définissable" "non définissable" "incertaine" "non définissable" ...
## $ CdMethode : chr "875" "0" "455" "455" ...
## $ libelle_methode : chr "Macrophytes (Points contact) - Détermination de l'indice biologique macrophytique en rivière (IBMR) (NF T90-395 Octobre 2003)" "Méthode inconnue" "Qualité de l'eau - Détermination de l'indice biologique macrophytique en rivière (IBMR) (NF T90-395 Octobre 2003)" "Qualité de l'eau - Détermination de l'indice biologique macrophytique en rivière (IBMR) (NF T90-395 Octobre 2003)" ...
## $ libelle_accreditation : chr "Inconnu" "Inconnu" "Inconnu" "Inconnu" ...
## $ latitude : logi NA NA NA NA NA NA ...
## $ longitude : logi NA NA NA NA NA NA ...
## $ geometry : logi NA NA NA NA NA NA ...
## $ DatePrel : Date, format: "2013-08-29" "2016-09-19" ...
## $ HeurePrel : chr "00:00:00" "00:00:00" "00:00:00" "00:00:00" ...
## $ CdAccreAna : chr "0" "0" "0" "0" ...
Outils pesticides
Le programme contient des outils pour travailler avec les pesticides.
Calculer la somme de pesticides
La fonction calcule_somme_pesticides permet de calculer, pour chaque prélèvement, la somme des pesticides (dont la liste des codes SANDRE peut être passée en option). Elle rend les résultats sous forme d’un tableau dont les colonnes sont compatibles avec l’utilisation des fonctions graphiques ou autre.
data<-data.frame(DatePrel=Sys.Date() + rep(sort(sample(1:500, 10)),3), RsAna=c(round(runif(60,0,0.8), 2)), LqAna=c(0.1), CdStationMesureEauxSurface=c("A","B","C"), CdParametre=c("1200","1201"), CdUniteMesure="133")
data$CdRqAna<-ifelse(data$RsAna>=data$LqAna, "1","10")
calcule_somme_pesticides(data)
## # A tibble: 30 x 9
## CdStationMesureE~ DatePrel CdUniteMesure CdSupport CdFractionAnaly~ CdRqAna
## <chr> <date> <chr> <chr> <chr> <chr>
## 1 A 2022-06-28 133 3 23 1
## 2 B 2022-07-30 133 3 23 1
## 3 C 2022-10-03 133 3 23 1
## 4 A 2023-01-31 133 3 23 1
## 5 B 2023-03-12 133 3 23 1
## 6 C 2023-03-27 133 3 23 1
## 7 A 2023-06-02 133 3 23 1
## 8 B 2023-06-03 133 3 23 1
## 9 C 2023-06-08 133 3 23 1
## 10 A 2023-08-16 133 3 23 1
## # ... with 20 more rows, and 3 more variables: LqAna <dbl>, CdParametre <chr>,
## # RsAna <dbl>
graphDCE_points(calcule_somme_pesticides(data), seuils=makeSeuils(CdParametre="6276", type_seuil="AEP"), separ_stations = "CdStationMesureEauxSurface", ymini=0)
