INICIANDO EN R
Andresrivas
3/9/2021
UNIVERSIDAD COOPEARTIVA DE COLOMBIA
CONTENIDO:
1.CODIGO
2.GRAFICA
Facultad de Ingenieria
My first markdown Practice #1
Clase Electiva II
Comienzo del codigo:
#paso1 Datas
#se instalan los paquetes a usar primero install.packages("dplyr")...
library(dplyr)##
## Attaching package: 'dplyr'## The following objects are masked from 'package:stats':
##
## filter, lag## The following objects are masked from 'package:base':
##
## intersect, setdiff, setequal, union#ruta
edidiv <- read.csv("C:/Users/felip/Desktop/trabajos E2/CC-RBasics-master/edidiv.csv")
#Muestra las primeras filas
head(edidiv)## organisationName gridReference year taxonName
## 1 Joint Nature Conservation Committee NT265775 2000 Sterna hirundo
## 2 Joint Nature Conservation Committee NT235775 2000 Sterna hirundo
## 3 Joint Nature Conservation Committee NT235775 2000 Sterna paradisaea
## 4 British Trust for Ornithology NT27 2000 Branta canadensis
## 5 British Trust for Ornithology NT27 2000 Branta leucopsis
## 6 The Wildlife Information Centre NT27S 2001 Turdus merula
## taxonGroup
## 1 Bird
## 2 Bird
## 3 Bird
## 4 Bird
## 5 Bird
## 6 Bird#Muestra las últimas filas
tail(edidiv)## organisationName gridReference year
## 25679 The Mammal Society NT278745 2016
## 25680 The Mammal Society NT277724 2016
## 25681 The Mammal Society NT266728 2016
## 25682 The Mammal Society NT270728 2016
## 25683 The Mammal Society NT257762 2016
## 25684 People's Trust for Endangered Species NT2372 2016
## taxonName taxonGroup
## 25679 Sciurus carolinensis Mammal
## 25680 Capreolus capreolus Mammal
## 25681 Sciurus carolinensis Mammal
## 25682 Oryctolagus cuniculus Mammal
## 25683 Vulpes vulpes Mammal
## 25684 Erinaceus europaeus Mammal#Te dice si las variables son continuas, enteras, categóricas o de caracteres
str(edidiv)## 'data.frame': 25684 obs. of 5 variables:
## $ organisationName: chr "Joint Nature Conservation Committee" "Joint Nature Conservation Committee" "Joint Nature Conservation Committee" "British Trust for Ornithology" ...
## $ gridReference : chr "NT265775" "NT235775" "NT235775" "NT27" ...
## $ year : int 2000 2000 2000 2000 2000 2001 2001 2001 2001 2001 ...
## $ taxonName : chr "Sterna hirundo" "Sterna hirundo" "Sterna paradisaea" "Branta canadensis" ...
## $ taxonGroup : chr "Bird" "Bird" "Bird" "Bird" ...#modificar una variable
# Muestra solo las primeras filas de esta columna
head(edidiv$taxonGroup)## [1] "Bird" "Bird" "Bird" "Bird" "Bird" "Bird"#modificar una variable
# Muestra solo las primeras filas de esta columna
head(edidiv$taxonGroup)## [1] "Bird" "Bird" "Bird" "Bird" "Bird" "Bird"# Te dice con qué tipo de variable estamos tratando: es el carácter ahora pero queremos que sea un factor
class(edidiv$taxonGroup)## [1] "character"# ¡¿Qué estamos haciendo aquí?!
edidiv$taxonGroup <- as.factor(edidiv$taxonGroup)
str(edidiv$taxonGroup)## Factor w/ 11 levels "Beetle","Bird",..: 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 ...# Muestra el número de filas y columnas
dim(edidiv)## [1] 25684 5# Te da un resumen de los datos
summary(edidiv)## organisationName gridReference year taxonName
## Length:25684 Length:25684 Min. :2000 Length:25684
## Class :character Class :character 1st Qu.:2006 Class :character
## Mode :character Mode :character Median :2009 Mode :character
## Mean :2009
## 3rd Qu.:2011
## Max. :2016
##
## taxonGroup
## Butterfly :9670
## Bird :7366
## Flowering.Plants:2625
## Mollusc :2226
## Hymenopteran :1391
## Mammal : 960
## (Other) :1446# Le brinda un resumen de esa variable (columna) en particular en su conjunto de datos
summary(edidiv$taxonGroup)## Beetle Bird Butterfly Dragonfly
## 426 7366 9670 421
## Flowering.Plants Fungus Hymenopteran Lichen
## 2625 334 1391 140
## Liverwort Mammal Mollusc
## 125 960 2226#paso3
#Calcular la riqueza de especies
# El primer argumento de la función es el marco de datos, el segundo argumento es la condición por la que desea filtrar. Debido a que solo queremos los escarabajos aquí, decimos: la variable taxonGroup DEBE SER EXACTAMENTE (==) Beetle: elimine todo lo demás del conjunto de datos. (R distingue entre mayúsculas y minúsculas, por lo que es importante tener cuidado con la ortografía. "Beetle" o "Beetles" no habrían funcionado aquí).
Beetle <- filter(edidiv, taxonGroup == "Beetle")
# Puede crear los objetos para los taxones restantes. Si necesita recordar los nombres y la ortografía, escriba resumen (edidiv $ taxonGroup)
Bird <- filter(edidiv, taxonGroup == "Bird")
Butterfly <- filter(edidiv, taxonGroup == "Butterfly")
Dragonfly <- filter(edidiv, taxonGroup == "Dragonfly")
Flowering.Plants <- filter(edidiv, taxonGroup == "Flowering.Plants")
Fungus <- filter(edidiv, taxonGroup == "Fungus")
Hymenopteran <- filter(edidiv, taxonGroup == "Hymenopteran")
Lichen <- filter(edidiv, taxonGroup == "Lichen")
Liverwort <- filter(edidiv, taxonGroup == "Liverwort")
Mammal <- filter(edidiv, taxonGroup == "Mammal")
Mollusc <- filter(edidiv, taxonGroup == "Mollusc")
a <- length(unique(Beetle$taxonName))
b <- length(unique(Bird$taxonName))
c <- length(unique(Butterfly$taxonName))
d <- length(unique(Dragonfly$taxonName))
e <- length(unique(Flowering.Plants$taxonName))
f <- length(unique(Hymenopteran$taxonName))
g <- length(unique(Lichen$taxonName))
h <- length(unique(Liverwort$taxonName))
i <- length(unique(Mammal$taxonName))
j <- length(unique(Mollusc$taxonName))
k <- length(unique(Fungus$taxonName))
#4 Vector y grafótalo
biodiv <- c(a,b,c,d,e,f,g,h,i,j,k)
names(biodiv) <- c("Beetle",
"Bird",
"Butterfly",
"Dragonfly",
"Flowering.Plants",
"Fungus",
"Hymenopteran",
"Lichen",
"Liverwort",
"Mammal",
"Mollusc")
#ayudas
help(barplot)## starting httpd help server ...## donehelp(par)
#5 Crear un marco de datos y trazarlo
# Creando un objeto llamado "taxa" que contiene todos los nombres de taxa
taxa <- c("Beetle",
"Bird",
"Butterfly",
"Dragonfly",
"Flowering.Plants",
"Fungus",
"Hymenopteran",
"Lichen",
"Liverwort",
"Mammal",
"Mollusc")
# Convertir este objeto en un factor, es decir, una variable categórica
taxa_f <- factor(taxa)
# Combinando todos los valores para el número de especies en un objeto llamado riqueza
richness <- c(a,b,c,d,e,f,g,h,i,j,k)
# Creando el marco de datos a partir de los dos vectores
biodata <- data.frame(taxa_f, richness)
#Guardar el archivo
write.csv(biodata, file="biodata.csv")GRAFICAS
#colores para la grafica
color = c("blue","orange","purple")
#ejectuar grafica y modificacion de la misma
barplot(biodiv, xlab = "taxa", ylab = "Number of species",main = "Graficas", col = color, ylim=c(0,600), cex.names= 0.45, cex.axis=1.0, cex.lab=1.2)
OPCIONAL
#Si queremos crear y guardar un diagrama de barras usando el marco de datos.
png("barplot2.png", width=1600, height=600)
barplot(biodata$richness, names.arg=c("Beetle",
"Bird",
"Butterfly",
"Dragonfly",
"Flowering.Plants",
"Fungus",
"Hymenopteran",
"Lichen",
"Liverwort",
"Mammal",
"Mollusc"),
xlab="Taxa", ylab="Number of species", ylim=c(0,600))
dev.off()## png
## 2