qiime2インストール

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  菌叢解析ソフトqiime2インストールメモ(Mac OS X Mojave)

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1 python3インストール

• 以下のサイトからpkgファイルをDL https://www.python.org/downloads/
• python-3.9.6-macosx10.9.pkgをダブルクリックで実行
• LibraryのPATHを.bash_profileに記述する(export PATH=/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.9/bin:$PATH)。記述しなくても後述のpip3のインストールする際に勝手に書き込まれる。

2 pip3インストール

• qiime2を使うのには直接必要なさそうだが

curl https://bootstrap.pypa.io/get-pip.py -o get-pip.py
python3 get-pip.py

# Setting PATH for Python 3.9
# The original version is saved in .bash_profile.pysave
PATH="/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/3.9/bin:${PATH}"

3 Minicondaインストール

• 以下のサイトからダウンロードhttps://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html#latest-miniconda-installer-links
  
• Miniconda3-py39_4.10.3-MacOSX-x86_64.pkgをダブルクリックで実行
• condaが自動的に起動するのを抑制する

conda config --set auto_activate_base false

3.1 チャンネルの追加

• リポジトリのことらしい

# チャネルを追加
conda config --add channels bioconda

# チャンネル一覧を取得
conda config --get channels

--add channels 'conda-forge'   # lowest priority
--add channels 'defaults'
--add channels 'r'
--add channels 'bioconda'   # highest priority

3.2 biocondaで入手可能なプログラム

https://bioconda.github.io/recipes.html

# numpy, scipy, pandas まとめてインストールする場合
conda install numpy scipy pandas

4 qime2インストール

# wgetがない場合インストールする。ここではhomebrewを使ってインストールした。 公式のチュートリアルではcondaを使ってwgetをインストールしている
brew install wget 

# qiime2をダウンロード
wget https://data.qiime2.org/distro/core/qiime2-2021.4-py38-osx-conda.yml

# 仮想環境の作成(yamlファイルの読み込み)
conda env create -n qiime2-2021.4 --file qiime2-2021.4-py38-osx-conda.yml
rm qiime2-2021.4-py38-osx-conda.yml

5 仮想環境をactivate/deactivateする

# 今ある仮想環境を確認する。作成した環境の一覧を見る。
conda info -e
conda env list

# 仮想環境を実行する
conda activate qiime2-2021.4

# "qiime2"とコマンドを叩くだけで起動できるようにする為に.bash_profileにエイリアスを作る
`alias qiime2='conda activate qiime2-2021.4'`

# qiime2のhelp(インストールされているか確認)
qiime --help
qiime --version
qiime tools import --help

# tab補完を有効にする
source tab-qiime

# 仮想環境を抜ける
conda deactivate

# conda environments:
#
base                  *  /opt/miniconda3
qiime2-2021.4            /opt/miniconda3/envs/qiime2-2021.4

6 シェルスクリプトの中でcondaを起動する

# conda環境変数の読み込み(ファイルの場所は環境によって異なる)。
source /opt/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh
# source ${HOME}/miniconda3/etc/profile.d/conda.sh
# source ${HOME}/anaconda2/pkgs/conda-4.7.10-py27_0/etc/profile.d/conda.sh

# qiime2起動
conda activate qiime2-2018.11

# 以降にコマンドを記述する

# 仮想環境を閉じる(いらないかも)
conda deactivate qiime2-2018.11

7 環境.

sessionInfo()

## R version 4.0.3 (2020-10-10)
## Platform: x86_64-apple-darwin17.0 (64-bit)
## Running under: macOS Mojave 10.14.6
## 
## Matrix products: default
## BLAS:   /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/lib/libRblas.dylib
## LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/lib/libRlapack.dylib
## 
## locale:
## [1] ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8/C/ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8
## 
## attached base packages:
## [1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     
## 
## loaded via a namespace (and not attached):
##  [1] digest_0.6.29   R6_2.5.1        jsonlite_1.7.2  magrittr_2.0.3 
##  [5] evaluate_0.14   stringi_1.7.6   rlang_1.0.2     cli_3.2.0      
##  [9] rstudioapi_0.13 jquerylib_0.1.4 bslib_0.3.0     rmarkdown_2.10 
## [13] tools_4.0.3     stringr_1.4.0   xfun_0.25       yaml_2.2.1     
## [17] fastmap_1.1.0   compiler_4.0.3  htmltools_0.5.2 knitr_1.33     
## [21] sass_0.4.0