菌叢解析ソフトqiime2を用いた解析
  q2cli version 2021.4.0を用いた。

1 qiime2起動

conda activate qiime2-2021.4
qiime --help

2 サンプルデータをダウンロード

3 データのインポート

3.1 インポートのヘルプ

qiime tools import --help

3.2 manifest.csvの作成　　

  • [サンプルID] [fastqファイルの絶対パス] [ストランド] のようにカンマ区切りテキストファイルを作成する。　
  • 絶対パスをまとめて取得したい場合、realpathを用いた。coreutilsをインストールする必要がある。
    • macの場合: brew install coreutils
    • ubuntuの場合: sudo apt install coreutils
# ヘッダ行の書き出し
echo sample-id","absolute-filepath","direction > manifest.csv 

# manifest.csvにサンプルID, fastqファイルパス,ストランドを追記する
fqs=(*_R1_001.fastq) # fastqファイル名の配列
wd=`pwd` # 現在いるディレクトリの絶対パス

for r1 in ${fqs[@]}
do
  r2=${r1/_R1/_R2} # R2ファイル名
  fqid=(${r1//_/ }) # サンプルID(fastqファイル名を_で分割して配列に入れた)
  cpfq_r1=${wd}/${r1}  # R1の絶対パス 
  cpfq_r2=${wd}/${r2}  # R2の絶対パス
  echo -e ${fqid}","${cpfq_r1}","forward >> manifest.csv # manifest.csvに追記
  echo -e ${fqid}","${cpfq_r2}","reverse >> manifest.csv
done


# 一部表示
head -6 manifest.csv
## sample-id,absolute-filepath,direction
## F3D0,/Users/shogo/pub/sampledata/MiSeq_SOP/F3D0_S188_L001_R1_001.fastq,forward
## F3D0,/Users/shogo/pub/sampledata/MiSeq_SOP/F3D0_S188_L001_R2_001.fastq,reverse
## F3D141,/Users/shogo/pub/sampledata/MiSeq_SOP/F3D141_S207_L001_R1_001.fastq,forward
## F3D141,/Users/shogo/pub/sampledata/MiSeq_SOP/F3D141_S207_L001_R2_001.fastq,reverse
## F3D142,/Users/shogo/pub/sampledata/MiSeq_SOP/F3D142_S208_L001_R1_001.fastq,forward

3.3 インポート

  • 最低限以下のオプションが必要
    • --type,
    • --input-path
    • --output-path
qiime tools import --type SampleData[PairedEndSequencesWithQuality] --input-path manifest.csv --output-path sequence.qza --input-format PairedEndFastqManifestPhred33

# 以下のように出て終了していれば、多分うまくいっている。
# Imported manifest.csv as PairedEndFastqManifestPhred33 to sequence.qza

3.4 qzaをqzvに変換qiime demux summarize

qiime demux summarize --i-data sequence.qza --o-visualization sequence_demux.qzv

 

4 環境.

sessionInfo()
## R version 4.0.3 (2020-10-10)
## Platform: x86_64-apple-darwin17.0 (64-bit)
## Running under: macOS Mojave 10.14.5
## 
## Matrix products: default
## BLAS:   /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/lib/libRblas.dylib
## LAPACK: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/4.0/Resources/lib/libRlapack.dylib
## 
## locale:
## [1] ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8/C/ja_JP.UTF-8/ja_JP.UTF-8
## 
## attached base packages:
## [1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     
## 
## loaded via a namespace (and not attached):
##  [1] digest_0.6.27     R6_2.5.0          jsonlite_1.7.2    magrittr_2.0.1   
##  [5] evaluate_0.14     rlang_0.4.11      stringi_1.6.2     jquerylib_0.1.4  
##  [9] bslib_0.2.5.1     rmarkdown_2.9     tools_4.0.3       stringr_1.4.0    
## [13] xfun_0.24         yaml_2.2.1        compiler_4.0.3    htmltools_0.5.1.1
## [17] knitr_1.33        sass_0.4.0