library(microdatasus)
library(tidyverse)## ── Attaching packages ─────────────────────────────────────── tidyverse 1.3.1 ──## ✓ ggplot2 3.3.5 ✓ purrr 0.3.4
## ✓ tibble 3.1.3 ✓ dplyr 1.0.7
## ✓ tidyr 1.1.3 ✓ stringr 1.4.0
## ✓ readr 2.0.0 ✓ forcats 0.5.1## ── Conflicts ────────────────────────────────────────── tidyverse_conflicts() ──
## x dplyr::filter() masks stats::filter()
## x dplyr::lag() masks stats::lag()library(stringr)Essa etapa baixa os dados do DataSUS. Pequei apenas um mês e uma UF.
dados_sih <- fetch_datasus(year_start = 2021, month_start = 1, year_end = 2021, month_end = 1, uf = "RJ", information_system = "SIH-RD")Essa etapa atribui o rótulo das variáveis categóricas e outras informações úteis.
dados_sih <- process_sih(dados_sih)Aqui filtramos os registros onde o diagnóstico principal (variável DIAG_PRINC) começa com o código CID-10 para COVID-19 (B34).
covid_sih <- dados_sih %>%
filter(str_detect(string = DIAG_PRINC, pattern = "^B34"))Primeiros seis registros da tabela.
head(covid_sih)## UF_ZI ANO_CMPT MES_CMPT ESPEC CGC_HOSP N_AIH IDENT
## 1 330000 1 1 Clínica médica <NA> 3320106738014 Principal
## 2 330000 1 1 Clínica médica <NA> 3321101882527 Principal
## 3 330000 1 1 Pediatria <NA> 3321101878039 Principal
## 4 330000 1 1 Clínica médica <NA> 3320106737420 Principal
## 5 330000 1 1 Clínica médica <NA> 3320106737651 Principal
## 6 330000 1 1 Clínica médica <NA> 3321101877060 Principal
## CEP MUNIC_RES NASC SEXO UTI_MES_IN UTI_MES_AN UTI_MES_AL
## 1 24473130 330490 1932-12-10 Feminino 0 0 0
## 2 24852648 330190 1960-11-12 Masculino 0 0 0
## 3 24743100 330490 2020-11-23 Masculino 0 0 0
## 4 24723780 330490 1956-03-25 Feminino 0 0 0
## 5 24743130 330490 1936-10-05 Feminino 0 0 0
## 6 28970000 330020 1940-10-28 Masculino 0 0 0
## UTI_MES_TO MARCA_UTI UTI_INT_IN UTI_INT_AN UTI_INT_AL UTI_INT_TO
## 1 6 UTI adulto - tipo II 0 0 0 0
## 2 8 UTI adulto - tipo II 0 0 0 0
## 3 0 Não utilizou UTI 0 0 0 0
## 4 11 UTI adulto - tipo II 0 0 0 0
## 5 8 UTI adulto - tipo II 0 0 0 0
## 6 5 UTI adulto - tipo II 0 0 0 0
## DIAR_ACOM QT_DIARIAS PROC_SOLIC PROC_REA VAL_SH VAL_SP VAL_SADT VAL_RN
## 1 0 14 0303010223 0303010223 3913.54 726.29 0 0
## 2 0 0 0303010223 0303010223 6110.70 846.41 0 0
## 3 0 1 0303010223 0303010223 1195.99 304.01 0 0
## 4 5 5 0303010223 0303010223 9873.67 1049.81 0 0
## 5 0 1 0303010223 0303010223 5351.75 846.41 0 0
## 6 0 0 0303010223 0303010223 3290.53 643.01 0 0
## VAL_ACOMP VAL_ORTP VAL_SANGUE VAL_SADTSR VAL_TRANSP VAL_OBSANG VAL_PED1AC
## 1 0 0 0 0 0 0 0
## 2 0 0 0 0 0 0 0
## 3 0 0 0 0 0 0 0
## 4 0 0 0 0 0 0 0
## 5 0 0 0 0 0 0 0
## 6 0 0 0 0 0 0 0
## VAL_TOT VAL_UTI US_TOT DT_INTER DT_SAIDA DIAG_PRINC DIAG_SECUN
## 1 4639.83 2872.32 840.54 2020-12-24 2021-01-12 B342 0000
## 2 6957.11 3829.76 1260.34 2021-01-16 2021-01-23 B342 0000
## 3 1500.00 0.00 271.73 2021-01-12 2021-01-12 B342 0000
## 4 10923.48 5265.92 1978.89 2020-12-15 2020-12-30 B342 0000
## 5 6198.16 3829.76 1122.85 2020-12-29 2021-01-06 B342 0000
## 6 3933.54 2393.60 712.59 2021-01-02 2021-01-07 B342 0000
## COBRANCA NATUREZA
## 1 Óbito com DO fornecida pelo médico assistente <NA>
## 2 Óbito com DO fornecida pelo médico assistente <NA>
## 3 Alta melhorado <NA>
## 4 Óbito com DO fornecida pelo médico assistente <NA>
## 5 Óbito com DO fornecida pelo médico assistente <NA>
## 6 Alta melhorado <NA>
## NAT_JUR GESTAO RUBRICA
## 1 Órgão Público do Poder Exec Estadual ou Distr Fed Estadual plena 0
## 2 Órgão Público do Poder Exec Estadual ou Distr Fed Estadual plena 0
## 3 Órgão Público do Poder Exec Estadual ou Distr Fed Estadual plena 0
## 4 Órgão Público do Poder Exec Estadual ou Distr Fed Estadual plena 0
## 5 Órgão Público do Poder Exec Estadual ou Distr Fed Estadual plena 0
## 6 Órgão Público do Poder Exec Estadual ou Distr Fed Estadual plena 0
## IND_VDRL MUNIC_MOV COD_IDADE IDADE DIAS_PERM MORTE NACIONAL NUM_PROC CAR_INT
## 1 Não 64 Anos 88 19 Sim Brasil NA Urgência
## 2 Não 64 Anos 60 7 Sim Brasil NA Urgência
## 3 Não 64 Meses 1 0 Não Brasil NA Urgência
## 4 Não 64 Anos 64 15 Sim Brasil NA Urgência
## 5 Não 64 Anos 84 8 Sim Brasil NA Urgência
## 6 Não 64 Anos 80 5 Não Brasil NA Urgência
## TOT_PT_SP CPF_AUT HOMONIMO NUM_FILHOS INSTRU CID_NOTIF CONTRACEP1 CONTRACEP2
## 1 0 NA Não 0 <NA> <NA> <NA> <NA>
## 2 0 NA Não 0 <NA> <NA> <NA> <NA>
## 3 0 NA Não 0 <NA> <NA> <NA> <NA>
## 4 0 NA Não 0 <NA> <NA> <NA> <NA>
## 5 0 NA Não 0 <NA> <NA> <NA> <NA>
## 6 0 NA Não 0 <NA> <NA> <NA> <NA>
## GESTRISCO INSC_PN SEQ_AIH5 CBOR CNAER VINCPREV GESTOR_COD
## 1 Sim 000000000000 Sequencial zerado <NA> 000 <NA> 0
## 2 Sim 000000000000 Sequencial zerado <NA> 000 <NA> 0
## 3 Sim 000000000000 Sequencial zerado <NA> 000 <NA> PERM.MENOR
## 4 Sim 000000000000 Sequencial zerado <NA> 000 <NA> 0
## 5 Sim 000000000000 Sequencial zerado <NA> 000 <NA> 0
## 6 Sim 000000000000 Sequencial zerado <NA> 000 <NA> 0
## GESTOR_TP GESTOR_CPF GESTOR_DT CNES CNPJ_MANT INFEHOSP CID_ASSO
## 1 2 90 <NA> 2298031 42498717000155 <NA> 0000
## 2 2 90 <NA> 2298031 42498717000155 <NA> 0000
## 3 2 90 <NA> 2298031 42498717000155 <NA> 0000
## 4 2 90 <NA> 2298031 42498717000155 <NA> 0000
## 5 2 90 <NA> 2298031 42498717000155 <NA> 0000
## 6 2 90 <NA> 2298031 42498717000155 <NA> 0000
## CID_MORTE COMPLEX FINANC FAEC_TP
## 1 0000 Média complexidade Média e Alta Complexidade (MAC) <NA>
## 2 0000 Média complexidade Média e Alta Complexidade (MAC) <NA>
## 3 0000 Média complexidade Média e Alta Complexidade (MAC) <NA>
## 4 0000 Média complexidade Média e Alta Complexidade (MAC) <NA>
## 5 0000 Média complexidade Média e Alta Complexidade (MAC) <NA>
## 6 0000 Média complexidade Média e Alta Complexidade (MAC) <NA>
## REGCT RACA_COR ETNIA SEQUENCIA REMESSA AUD_JUST
## 1 Sem regra contratual Preta <NA> 13326 HE33000001N202101.DTS <NA>
## 2 Sem regra contratual Branca <NA> 13684 HE33000001N202101.DTS <NA>
## 3 Sem regra contratual Preta <NA> 13807 HE33000001N202101.DTS <NA>
## 4 Sem regra contratual Branca <NA> 13313 HE33000001N202101.DTS <NA>
## 5 Sem regra contratual Preta <NA> 13318 HE33000001N202101.DTS <NA>
## 6 Sem regra contratual <NA> <NA> 13434 HE33000001N202101.DTS <NA>
## SIS_JUST VAL_SH_FED VAL_SP_FED VAL_SH_GES VAL_SP_GES VAL_UCI MARCA_UCI
## 1 <NA> 0 0 0 0 0 Não utilizou UCI
## 2 <NA> 0 0 0 0 0 Não utilizou UCI
## 3 <NA> 0 0 0 0 0 Não utilizou UCI
## 4 <NA> 0 0 0 0 0 Não utilizou UCI
## 5 <NA> 0 0 0 0 0 Não utilizou UCI
## 6 <NA> 0 0 0 0 0 Não utilizou UCI
## DIAGSEC1 DIAGSEC2 DIAGSEC3 DIAGSEC4 DIAGSEC5 DIAGSEC6 DIAGSEC7 DIAGSEC8
## 1 A419 J129 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA>
## 2 U049 N189 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA>
## 3 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA>
## 4 A419 J158 N189 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA>
## 5 N189 I500 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA>
## 6 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA>
## DIAGSEC9 TPDISEC1 TPDISEC2 TPDISEC3 TPDISEC4 TPDISEC5 TPDISEC6
## 1 <NA> Pré-existente Pré-existente <NA> <NA> <NA> <NA>
## 2 <NA> Pré-existente Pré-existente <NA> <NA> <NA> <NA>
## 3 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA>
## 4 <NA> Pré-existente Pré-existente Pré-existente <NA> <NA> <NA>
## 5 <NA> Pré-existente Pré-existente <NA> <NA> <NA> <NA>
## 6 <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA> <NA>
## TPDISEC7 TPDISEC8 TPDISEC9 munResStatus munResTipo munResNome munResUf
## 1 <NA> <NA> <NA> ATIVO MUNIC São Gonçalo Rio de Janeiro
## 2 <NA> <NA> <NA> ATIVO MUNIC Itaboraí Rio de Janeiro
## 3 <NA> <NA> <NA> ATIVO MUNIC São Gonçalo Rio de Janeiro
## 4 <NA> <NA> <NA> ATIVO MUNIC São Gonçalo Rio de Janeiro
## 5 <NA> <NA> <NA> ATIVO MUNIC São Gonçalo Rio de Janeiro
## 6 <NA> <NA> <NA> ATIVO MUNIC Araruama Rio de Janeiro
## munResLat munResLon munResAlt munResArea
## 1 -22.82955 -43.03234 26 247.709
## 2 -22.74586 -42.86034 41 430.374
## 3 -22.82955 -43.03234 26 247.709
## 4 -22.82955 -43.03234 26 247.709
## 5 -22.82955 -43.03234 26 247.709
## 6 -22.87744 -42.34110 12 638.023