Tarea - Archivos Shapefile

Ejercicios

\(1.\) Identificar una especie y buscar literatura sobre las condiciones de clima aptas para su presencia en un lugar.

\(2.\) Identificar un país representativo en el cual se conozca que vive la especie.

\(3.\) Filtrar el shape global con este país.

\(4.\) Cortar las imagenes de clima para este país.

\(5.\) Crear un mapa de aptitud de clima por medio de los umbrales identificados.

\(6.\) visualizar el mapa e interpretarlo.

\(7.\) Calcular el % de áreas que son aptas en el país (todos los meses aptos).

Cattleya quadricolor

Cattleya quadricolor, mejor conocida como Azucena o Flor de mayo, es una especie de orquídea endémica de Colombia. Esta planta se encuentra distribuida en los departamentos de Quíndio, Risaralda y Valle del Cauca. Es una especie que crece como epífita, es decir que crece sobre otras plantas usandolas solamente como soporte. C. quadricolor se encuentra al interior del bosque seco tropical y del bosque húmedo premontano a temperaturas que van desde los 17°C hasta los 30°C.

A continuación se presenta el mapa de Colombia, país donde se encuentra la especie Cattleya quadricolor.

Mapa de Colombia

require(raster)
global=shapefile("C:/Users/portatil/Desktop/Semestre 9/Bioestadistica/shapeglobal/g2008_0.shp")

plot(global[370,])

En las siguientes figuras se presenta la temperatura de Colombia durante todos lo meses del año

Temperatura de Colombia durante todo el año

pos=which(global$ADM0_NAME=="Colombia")

col=global[pos,]

temp_mapas=list.files("C:/Users/portatil/Desktop/Semestre 9/Bioestadistica/wc2.1_10m_tavg/",full.names = TRUE)
temp_global=stack(temp_mapas)
names(temp_global)=month.name
temp_col=crop(temp_global,col)
temp_col=mask(temp_col,col)
plot(temp_col)

Después de obtener la información sobre la temperatura de Colombia durante todo el año, se presenta el mapa de aptitud de clima de la especie Cattleya quadricolor diseñado utilizando los umbrales de temperatura identificados en la literatura. Esta especie de orquídea vive en el bosque seco tropical y en el bosque húmedo premontano a temperaturas que van desde los 17°C hasta los 30°C.

Mapa de aptitud de Cattleya quadricolor

temp_col_nicho=temp_col>17&temp_col<30

aptitud_colombia=sum(temp_col_nicho)
plot(aptitud_colombia)
plot(col,add=TRUE)

En el mapa de aptitud anterior se puede evidenciar que, según la temperatura óptima, la especie C. quadricolor puede vivir en un área muy extensa de Colombia. Sin embargo, está información debe ser revisada y complementada con otros datos, por ejemplo, el área del país en la que se encuentra bosque seco tropical y bosque húmedo premontano, ecosistemas donde se encuentra la orquídea. De esta manera se puede filtrar la distribución de la especie de una manera más precisa teniendo en cuenta su biología completa.

A continuación se calcula el porcentaje de área que es apta en el país, todo el año, para que la especie Cattleya quadricolor sobrevivia.

mapas=list(temp_col)
temp_all=stack(temp_col)

dist_especie_all=temp_all>17&temp_all<30

aptitud_clima_especie=sum(dist_especie_all)
table(aptitud_clima_especie[]==12)

## 
## FALSE  TRUE 
##   343  2996