Efecto en el enraizamiento de un árbol
Punto 2: Tema R
Martín Guacaneme
Mayo de 2021
1 Instrucción
Construya un script en R en el cual se evalúe el efecto que tiene la selección de la raíz en la topología del árbol modificando el código de R al usar 3 raíces asignadas. Debe usar el alineamiento NS5_D124.phy para responder su pregunta y considerar el boostrap como soporte de la discusión de sus resultados. Dibuje los correspondientes árboles y sustente su respuesta. Se debe utilizar un for en el código.
Las secuenicas asigandas son AJZ73164.1, AKA64608.1 y AKA62184.1
2 Explicación del script
Primero cargamos las librerías que vamos a usar (si no están instladas se deben instalar).
- El paquete
apees usado para hacer análisis filogenéticos. - El paquete
seqinrse usa para leer alineamiento múltiples.
library(ape)
library(seqinr)A continuación creamos un objeto tree uando como input un alineamiento múltiple global en formato phylip. NS5 es una proteína del virus Dengue.
NS5.phy <- seqinr::read.alignment(file = "NS5_D124.phy", format = "phylip")
NS5.phy## $nb
## [1] 33
##
## $nam
## [1] "AFE84690.1" "AFE84689.1" "AFE84693.1" "AFE84691.1" "AFE84695.1"
## [6] "AFE84694.1" "AFE84700.1" "AFE84698.1" "AFE84697.1" "AFE84696.1"
## [11] "AFE84688.1" "ACJ09468.1" "ACJ09467.1" "ACJ09477.1" "ACJ09476.1"
## [16] "ACJ09475.1" "ACJ09474.1" "ACJ09473.1" "ACJ09472.1" "ACJ09471.1"
## [21] "ACJ09470.1" "ACJ09469.1" "AKA62186.1" "AKA62184.1" "AKA62185.1"
## [26] "AKC56122.1" "AKA64609.1" "AKC56121.1" "AKC56120.1" "AKC56119.1"
## [31] "AKA64625.1" "AKA64608.1" "AJZ73164.1"
##
## $seq
## $seq[[1]]
## [1] "------------------gsligltaratwatniqvainqvrrlignenyldymtsmkrfkn----esdpegalw-------------------------"
##
## $seq[[2]]
## [1] "------------------gsligltaratwatniqvainqvrrlignenyldymtsmkrfkn----esdpegalw-------------------------"
##
## $seq[[3]]
## [1] "------------------gsligltaratwatniqvainqvrrlignenyldymtsmkrfkn----esdpegalw-------------------------"
##
## $seq[[4]]
## [1] "------------------gsligltaratwatniqvainqvrrlignenyldymtsmkrfkn----esdpegalw-------------------------"
##
## $seq[[5]]
## [1] "------------------gsligltaratwatniqvainqvrrlignenyldymtsmkrfkn----esdpegalw-------------------------"
##
## $seq[[6]]
## [1] "------------------gsligltaratwatniqvainqvrrlignenyldymtsmkrfkn----esdpegalw-------------------------"
##
## $seq[[7]]
## [1] "------------------gsligltaratwatniqvainqvrrlignenyldymtsmkrfkn----esdpegalw-------------------------"
##
## $seq[[8]]
## [1] "------------------gsligltaratwatniqvainqvrrlignenyldymtsmkrfkn----esdpegalw-------------------------"
##
## $seq[[9]]
## [1] "------------------gsligltaratwatniqvainqvrrlignenyldymtsmkrfkn----esdpegalw-------------------------"
##
## $seq[[10]]
## [1] "------------------gsligltaratwatniqvainqvrrlignenyldymtsmkrfkn----esdpegalw-------------------------"
##
## $seq[[11]]
## [1] "------------------gsligltaratwatniqvainqvrrlignenyldymtsmkrfkn----esdpegalw-------------------------"
##
## $seq[[12]]
## [1] "--------------------vyimmgkrekklgefgkakgsraiwy----mwlgarflefea----lgflnadhw-------------------------"
##
## $seq[[13]]
## [1] "--------------------vyimmgkrekklgefgkakgsraiwy----mwlgarflefea----lgflnadhw-------------------------"
##
## $seq[[14]]
## [1] "--------------------vyimmgkrekklgefgkakgsraiwy----mwlgarflefea----lgflnadhw-------------------------"
##
## $seq[[15]]
## [1] "--------------------vyimmgkrekklgefgkakgsraiwy----mwlgarflefea----lgflnadhw-------------------------"
##
## $seq[[16]]
## [1] "--------------------vyimmgkrekklgefgkakgsraiwy----mwlgarflefea----lgflnadhw-------------------------"
##
## $seq[[17]]
## [1] "--------------------vyimmgkrekklgefgkakgsraiwy----mwlgarflefea----lgflnadhw-------------------------"
##
## $seq[[18]]
## [1] "--------------------vyimmgkrekklgefgkakgsraiwy----mwlgarflefea----lgflnadhw-------------------------"
##
## $seq[[19]]
## [1] "--------------------vyimmgkrekklgefgkakgsraiwy----mwlgarflefea----lgflnadhw-------------------------"
##
## $seq[[20]]
## [1] "--------------------vyimmgkrekklgefgkakgsraiwy----mwlgarflefea----lgflnadhw-------------------------"
##
## $seq[[21]]
## [1] "--------------------vhimmgkrekklgefgkakgsraiwy----mwlgarflefea----lgflnadhw-------------------------"
##
## $seq[[22]]
## [1] "--------------------vhimmgkrekklgefgkakgsraiwy----mwlgarflefea----lgflnadhw-------------------------"
##
## $seq[[23]]
## [1] "----------------------svnttskmllnrf-ttrhrkptyekdvdlgagtrsvstetekpdmtiigrrlqrlpevhkdtghhdqenp--------"
##
## $seq[[24]]
## [1] "--------------------------------nrf-ttrhrkptyekdvdlgagtrsvstetekpdmtiigrrlqrlpeehketwhsdqenpyrtwayhg"
##
## $seq[[25]]
## [1] "--------------------vsyvttpsemllnmf-ttrhmkptydkdvdlgagtisvstetqkpdmtiigrrlqrlqeehketwhhdhenp--------"
##
## $seq[[26]]
## [1] "--srnsthemywvsgasgnivssvnttskmllnrf-ttrhrkptyekdvdlgagtrsvstetekpdmtiigrrlqr------------------------"
##
## $seq[[27]]
## [1] "--srnsthemywvsgasgnivssvnttskmllnrf-ttrhrkptyekdvdlgagtrsvstetekpdmtiigrrl--------------------------"
##
## $seq[[28]]
## [1] "--srnsthemywvsgasgnivssvnttskmllnrf-ttrhrkptyekdvdlgagtrsvstetekpdmtiigrrlqr------------------------"
##
## $seq[[29]]
## [1] "--srnsthemywvsgasgnivssvnttskmllnrf-ttrhrkptyekdvdlgagtrsvstetekpdmtiigrrlqr------------------------"
##
## $seq[[30]]
## [1] "--srnsthemywvsgasgnivssvnttskmllnrf-ttrhrkptyekdvdlgagtrsvstetekpdmtiigrrlqr------------------------"
##
## $seq[[31]]
## [1] "thsrnsthemywvsgasgnivssvnttskmllnrf-ttrhrkptyekdvdlgagtrsvstetekpdmtiig-----------------------------"
##
## $seq[[32]]
## [1] "--srnsthemywvsgpwenivssvnttskmllnrf-ttrhrkpiyekdvdlgagtrsvstetekpdmtiigrrl--------------------------"
##
## $seq[[33]]
## [1] "-----------wgsgasgnivssvnttskmllnrf-ttrhrkptyekdvdlgagtrsvstetekpdmtiigrrlqrlqee--------------------"
##
##
## $com
## [1] NA
##
## attr(,"class")
## [1] "alignment"Después creamos la matriz de distancia NS5dist usando la función dist.alignment() del paquete seqinr. Cabe notar que la matriz de distancia recopila las medción de las diferencias entre los caracteres (nuclétidos) de las especies, en este caso secuencias de diferentes de una proteían de diferentes virus Dengue.
NS5dist <- seqinr::dist.alignment(NS5.phy)
NS5dist## AFE84690.1 AFE84689.1 AFE84693.1 AFE84691.1 AFE84695.1 AFE84694.1
## AFE84689.1 0.0000000
## AFE84693.1 0.0000000 0.0000000
## AFE84691.1 0.0000000 0.0000000 0.0000000
## AFE84695.1 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
## AFE84694.1 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
## AFE84700.1 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
## AFE84698.1 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
## AFE84697.1 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
## AFE84696.1 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
## AFE84688.1 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
## ACJ09468.1 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367
## ACJ09467.1 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367
## ACJ09477.1 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367
## ACJ09476.1 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367
## ACJ09475.1 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367
## ACJ09474.1 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367
## ACJ09473.1 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367
## ACJ09472.1 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367
## ACJ09471.1 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367
## ACJ09470.1 0.7718450 0.7718450 0.7718450 0.7718450 0.7718450 0.7718450
## ACJ09469.1 0.7718450 0.7718450 0.7718450 0.7718450 0.7718450 0.7718450
## AKA62186.1 0.7637626 0.7637626 0.7637626 0.7637626 0.7637626 0.7637626
## AKA62184.1 0.7779866 0.7779866 0.7779866 0.7779866 0.7779866 0.7779866
## AKA62185.1 0.7615773 0.7615773 0.7615773 0.7615773 0.7615773 0.7615773
## AKC56122.1 0.7721100 0.7721100 0.7721100 0.7721100 0.7721100 0.7721100
## AKA64609.1 0.7669650 0.7669650 0.7669650 0.7669650 0.7669650 0.7669650
## AKC56121.1 0.7721100 0.7721100 0.7721100 0.7721100 0.7721100 0.7721100
## AKC56120.1 0.7721100 0.7721100 0.7721100 0.7721100 0.7721100 0.7721100
## AKC56119.1 0.7721100 0.7721100 0.7721100 0.7721100 0.7721100 0.7721100
## AKA64625.1 0.7637626 0.7637626 0.7637626 0.7637626 0.7637626 0.7637626
## AKA64608.1 0.7540739 0.7540739 0.7540739 0.7540739 0.7540739 0.7540739
## AJZ73164.1 0.7721100 0.7721100 0.7721100 0.7721100 0.7721100 0.7721100
## AFE84700.1 AFE84698.1 AFE84697.1 AFE84696.1 AFE84688.1 ACJ09468.1
## AFE84689.1
## AFE84693.1
## AFE84691.1
## AFE84695.1
## AFE84694.1
## AFE84700.1
## AFE84698.1 0.0000000
## AFE84697.1 0.0000000 0.0000000
## AFE84696.1 0.0000000 0.0000000 0.0000000
## AFE84688.1 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
## ACJ09468.1 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367
## ACJ09467.1 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.0000000
## ACJ09477.1 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.0000000
## ACJ09476.1 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.0000000
## ACJ09475.1 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.0000000
## ACJ09474.1 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.0000000
## ACJ09473.1 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.0000000
## ACJ09472.1 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.0000000
## ACJ09471.1 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.7579367 0.0000000
## ACJ09470.1 0.7718450 0.7718450 0.7718450 0.7718450 0.7718450 0.1458650
## ACJ09469.1 0.7718450 0.7718450 0.7718450 0.7718450 0.7718450 0.1458650
## AKA62186.1 0.7637626 0.7637626 0.7637626 0.7637626 0.7637626 0.7071068
## AKA62184.1 0.7779866 0.7779866 0.7779866 0.7779866 0.7779866 0.7071068
## AKA62185.1 0.7615773 0.7615773 0.7615773 0.7615773 0.7615773 0.7518094
## AKC56122.1 0.7721100 0.7721100 0.7721100 0.7721100 0.7721100 0.7071068
## AKA64609.1 0.7669650 0.7669650 0.7669650 0.7669650 0.7669650 0.6992059
## AKC56121.1 0.7721100 0.7721100 0.7721100 0.7721100 0.7721100 0.7071068
## AKC56120.1 0.7721100 0.7721100 0.7721100 0.7721100 0.7721100 0.7071068
## AKC56119.1 0.7721100 0.7721100 0.7721100 0.7721100 0.7721100 0.7071068
## AKA64625.1 0.7637626 0.7637626 0.7637626 0.7637626 0.7637626 0.6900656
## AKA64608.1 0.7540739 0.7540739 0.7540739 0.7540739 0.7540739 0.6831301
## AJZ73164.1 0.7721100 0.7721100 0.7721100 0.7721100 0.7721100 0.7071068
## ACJ09467.1 ACJ09477.1 ACJ09476.1 ACJ09475.1 ACJ09474.1 ACJ09473.1
## AFE84689.1
## AFE84693.1
## AFE84691.1
## AFE84695.1
## AFE84694.1
## AFE84700.1
## AFE84698.1
## AFE84697.1
## AFE84696.1
## AFE84688.1
## ACJ09468.1
## ACJ09467.1
## ACJ09477.1 0.0000000
## ACJ09476.1 0.0000000 0.0000000
## ACJ09475.1 0.0000000 0.0000000 0.0000000
## ACJ09474.1 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
## ACJ09473.1 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
## ACJ09472.1 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
## ACJ09471.1 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
## ACJ09470.1 0.1458650 0.1458650 0.1458650 0.1458650 0.1458650 0.1458650
## ACJ09469.1 0.1458650 0.1458650 0.1458650 0.1458650 0.1458650 0.1458650
## AKA62186.1 0.7071068 0.7071068 0.7071068 0.7071068 0.7071068 0.7071068
## AKA62184.1 0.7071068 0.7071068 0.7071068 0.7071068 0.7071068 0.7071068
## AKA62185.1 0.7518094 0.7518094 0.7518094 0.7518094 0.7518094 0.7518094
## AKC56122.1 0.7071068 0.7071068 0.7071068 0.7071068 0.7071068 0.7071068
## AKA64609.1 0.6992059 0.6992059 0.6992059 0.6992059 0.6992059 0.6992059
## AKC56121.1 0.7071068 0.7071068 0.7071068 0.7071068 0.7071068 0.7071068
## AKC56120.1 0.7071068 0.7071068 0.7071068 0.7071068 0.7071068 0.7071068
## AKC56119.1 0.7071068 0.7071068 0.7071068 0.7071068 0.7071068 0.7071068
## AKA64625.1 0.6900656 0.6900656 0.6900656 0.6900656 0.6900656 0.6900656
## AKA64608.1 0.6831301 0.6831301 0.6831301 0.6831301 0.6831301 0.6831301
## AJZ73164.1 0.7071068 0.7071068 0.7071068 0.7071068 0.7071068 0.7071068
## ACJ09472.1 ACJ09471.1 ACJ09470.1 ACJ09469.1 AKA62186.1 AKA62184.1
## AFE84689.1
## AFE84693.1
## AFE84691.1
## AFE84695.1
## AFE84694.1
## AFE84700.1
## AFE84698.1
## AFE84697.1
## AFE84696.1
## AFE84688.1
## ACJ09468.1
## ACJ09467.1
## ACJ09477.1
## ACJ09476.1
## ACJ09475.1
## ACJ09474.1
## ACJ09473.1
## ACJ09472.1
## ACJ09471.1 0.0000000
## ACJ09470.1 0.1458650 0.1458650
## ACJ09469.1 0.1458650 0.1458650 0.0000000
## AKA62186.1 0.7071068 0.7071068 0.7071068 0.7071068
## AKA62184.1 0.7071068 0.7071068 0.7071068 0.7071068 0.1841149
## AKA62185.1 0.7518094 0.7518094 0.7372098 0.7372098 0.3405026 0.2603778
## AKC56122.1 0.7071068 0.7071068 0.6915641 0.6915641 0.0000000 0.0000000
## AKA64609.1 0.6992059 0.6992059 0.6831301 0.6831301 0.0000000 0.0000000
## AKC56121.1 0.7071068 0.7071068 0.6915641 0.6915641 0.0000000 0.0000000
## AKC56120.1 0.7071068 0.7071068 0.6915641 0.6915641 0.0000000 0.0000000
## AKC56119.1 0.7071068 0.7071068 0.6915641 0.6915641 0.0000000 0.0000000
## AKA64625.1 0.6900656 0.6900656 0.6725927 0.6725927 0.0000000 0.0000000
## AKA64608.1 0.6831301 0.6831301 0.6666667 0.6666667 0.1400280 0.1561738
## AJZ73164.1 0.7071068 0.7071068 0.6915641 0.6915641 0.1873172 0.1458650
## AKA62185.1 AKC56122.1 AKA64609.1 AKC56121.1 AKC56120.1 AKC56119.1
## AFE84689.1
## AFE84693.1
## AFE84691.1
## AFE84695.1
## AFE84694.1
## AFE84700.1
## AFE84698.1
## AFE84697.1
## AFE84696.1
## AFE84688.1
## ACJ09468.1
## ACJ09467.1
## ACJ09477.1
## ACJ09476.1
## ACJ09475.1
## ACJ09474.1
## ACJ09473.1
## ACJ09472.1
## ACJ09471.1
## ACJ09470.1
## ACJ09469.1
## AKA62186.1
## AKA62184.1
## AKA62185.1
## AKC56122.1 0.3015113
## AKA64609.1 0.3071476 0.0000000
## AKC56121.1 0.3015113 0.0000000 0.0000000
## AKC56120.1 0.3015113 0.0000000 0.0000000 0.0000000
## AKC56119.1 0.3015113 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
## AKA64625.1 0.3162278 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000
## AKA64608.1 0.3364633 0.2373563 0.2373563 0.2373563 0.2373563 0.2373563
## AJZ73164.1 0.2911113 0.1250000 0.1270001 0.1250000 0.1250000 0.1250000
## AKA64625.1 AKA64608.1
## AFE84689.1
## AFE84693.1
## AFE84691.1
## AFE84695.1
## AFE84694.1
## AFE84700.1
## AFE84698.1
## AFE84697.1
## AFE84696.1
## AFE84688.1
## ACJ09468.1
## ACJ09467.1
## ACJ09477.1
## ACJ09476.1
## ACJ09475.1
## ACJ09474.1
## ACJ09473.1
## ACJ09472.1
## ACJ09471.1
## ACJ09470.1
## ACJ09469.1
## AKA62186.1
## AKA62184.1
## AKA62185.1
## AKC56122.1
## AKA64609.1
## AKC56121.1
## AKC56120.1
## AKC56119.1
## AKA64625.1
## AKA64608.1 0.2425356
## AJZ73164.1 0.1301889 0.2839809Para construir el árbol la función nj (Neighbour Joining) de ape es usada sobre la matriz de distancia. En este caso el árbol tiene 33 puntas y 31 nodos internos.
NS5tree <- ape::nj(NS5dist)
NS5tree##
## Phylogenetic tree with 33 tips and 31 internal nodes.
##
## Tip labels:
## AFE84690.1, AFE84689.1, AFE84693.1, AFE84691.1, AFE84695.1, AFE84694.1, ...
##
## Unrooted; includes branch lengths.Podemos acceder a los nombres de las secuencias del árbol de arriba idexando por tip.label, que es uno de los atributos de la clase phylo, con $.
NS5tree$tip.label## [1] "AFE84690.1" "AFE84689.1" "AFE84693.1" "AFE84691.1" "AFE84695.1"
## [6] "AFE84694.1" "AFE84700.1" "AFE84698.1" "AFE84697.1" "AFE84696.1"
## [11] "AFE84688.1" "ACJ09468.1" "ACJ09467.1" "ACJ09477.1" "ACJ09476.1"
## [16] "ACJ09475.1" "ACJ09474.1" "ACJ09473.1" "ACJ09472.1" "ACJ09471.1"
## [21] "ACJ09470.1" "ACJ09469.1" "AKA62186.1" "AKA62184.1" "AKA62185.1"
## [26] "AKC56122.1" "AKA64609.1" "AKC56121.1" "AKC56120.1" "AKC56119.1"
## [31] "AKA64625.1" "AKA64608.1" "AJZ73164.1"Para ponerle raíz al arbolito usamos la función (método) root del paquete ape.
RootedNS5tree <- ape::root(NS5tree, outgroup = "AJZ73164.1", r = TRUE)Finalmente, dibujamos el árbol usando la función plot.phylo del paquete ape. El pirmer argumento que se pasa es un objeto de clase phylo. El parámetro cex (Character EXpansion) acepta un valor numérico con el cual se escala el nombre de las etiquetas de nodos y de puntas. Mientras que el parámetro type acepta los argumentos "p", "c", "u" o "r", filograma, cladograma, inenraizado y radial, respectivamente.
ape::plot.phylo(RootedNS5tree, cex = 0.5, type = "p")
Podemos guardar nuestro dibujo formato pdf con los sigueintes comandos. En este caso no lo vamos a guardar, pero es este el código que se usa para guardarlo en formato.pdf.
pdf("NS5NJunrooted.pdf")
ape::plot.phylo(RootedNS5tree, cex = 0.5, type = "p")
dev.off()3 Solución
Ahora bien, procedemos a evaular la escogencia de la raíz usando el iterador for. Para ello vamos a crear una lista con el nombre de las secuancias asignadas (que deben estar entre las secuencias de NS5tree).
assigned.seqs <- list("AJZ73164.1", "AKA64608.1", "AKA62184.1")Los dibujos:
for (label in assigned.seqs){
RootedNS5tree <- ape::root(NS5tree, outgroup = label, r = TRUE)
ape::plot.phylo(RootedNS5tree, cex = 0.5, type = "r")
title(paste("Arbolito enraizado con la secuencia", label))
}
Los dibujitos en .pdf y a manera de filograma:
for (label in assigned.seqs){
RootedNS5tree <- ape::root(NS5tree, outgroup = label, r = TRUE)
pdf(paste(label, "rooted.pdf"))
ape::plot.phylo(RootedNS5tree, cex = 0.5, type = "p")
title(paste("Arbolito enraizado con la secuencia", label))
dev.off()
}3.1 Significancia estadística de un árbol
Con el código a continuación se procede a hacer el bootstrap de los árboles. Primero se crea la función myrootedprotnjtree para crear arbolitos, necesaria como argumento del método boot.phylo. Aquí usamos un valor para el bootstrap de 100, que el es que viene por defecto.
Todo lo vamos a meter en una estructura de control para que nos arroje los arbolitos enraízados por las tres secuencias asignadas. Los resultados aprecen en formato .pdf en la misma carpeta.
for (seq in assigned.seqs){
#Function definition to root a tree
myrootedprotnjtree <- function(X)
{
alignment <- as.alignment(X) # Convert alignmentmat into the format required by dist.alignment()
distmat <- dist.alignment(alignment) # Calculate the genetic distance matrix
tree <- nj(distmat) # Calculate the neighbour-joining tree
rootedtree <- root(tree, outgroup = seq, r=TRUE) # Convert the tree into a rooted tree
return(rootedtree)
}
NS5_D124R.phy <- read.alignment("NS5_D124.phy",format="phylip")
NS5_D124Rmat <- as.matrix.alignment(NS5_D124R.phy) # Convert the alignment to the format required by boot.phylo()
# Build a rooted phylogenetic tree
NS5_D124Rmatrootree <- myrootedprotnjtree(NS5_D124Rmat)
#Quality
NS5_D124boot <- boot.phylo(NS5_D124Rmatrootree, NS5_D124Rmat, myrootedprotnjtree)
#Tree
pdf(paste(seq, "distanced.pdf"))
plot.phylo(NS5_D124Rmatrootree)
nodelabels(NS5_D124boot)
dev.off()
}Con todos los árboles ya en la misma carpeta podemos analizarlos.Las etiquetas que aparecen ahora en los nodos de los árboles nos permiten determinar si las relaciones evolutivas presentadas por las ramas no son producciones azarosos. Así es como un valor alto significa que existe una fuerte evidencia de que las secuencias a la derecha del nodo se agrupan con exclusión de cualquier otra secuencia.
En las secuencias de nuestros árboles, no podemos saber cuál debería ser la raíz, además todas ellas provienen de cepas de un mismo virus, pero la raíz que escojamos va a alterar el orden de los nodos en el árbol. Por ejemplo, al enraizar el árbol con AKA62184.1 obtenemos menos soporte para las agrupaciones más basales, de hecho se presenta parafilia. Por esto podemos inferir que AKA62184.1 no es una secuencia adecuada para ser raíz. Mientras tanto, AKA64608.1 crea un árbol con dos clados basales mejor soportados (>60) que la secuencia AJZ73164.1.
Parece ser que la raíz arrastra hacia la base las secuencias con las que está más emparentada, si no se escoge bien grupos derivados pueden aparecer como basales. Para evitar escoger una secuencia raíz al azar podríamos usar un grupo hermano del que sabemos con certeza que está más lejanamente emparentado con las secuencias. Esto evitar el problema anteriormente mencionado.