Markdown 実例

基本的使用法

iris の PCA

必要なパッケージを読み込み、データを指定する。

library(datasets, quiet = TRUE)
library(FactoMineR, quiet = TRUE)

## Loading required package: MASS Loading required package: nnet
## 
## Attaching package: 'ellipse'
## 
## 以下のオブジェクトはマスクされています (from 'package:car') :
## 
## ellipse

data(iris)

基本データiris は150件からなる。なお、p 値のようなイタリックもある。
ここで、主成分分析を行う。グラフはこのように配置する。

res <- PCA(iris, graph = FALSE, quali.sup = 5)
par(mfrow = c(1, 2))
plot(res, choix = "var")
plot(res, choix = "ind", habillage = 5)

plot of chunk PCA plot

数式の表示

TeXの数式が書ける。

逆正弦変換の原理。

\[ X_n :Binom(p,n) \ \Longrightarrow \ \arcsin\sqrt{\frac{X_n}{n}} \ \xrightarrow[]{d} \ N(\arcsin\sqrt{p}, \frac{1}{4n}) \]

大量のメッセージを吐くパッケージはメッセージを抑制する。

suppressPackageStartupMessages(library(googleVis))
library(googleVis, verbose = FALSE, quiet = TRUE)

RPubs登録

文書内で実行しない命令は次のように記述する。下記の例は文書がRPubs にPublishできない場合の対処法である。
本文書が pcaexamp.htmlであり、登録アドレスはhttp://rpubs.com/estopub/7689.

require(markdown)
testres <- rpubsUpload("test doc", "pcaexamp.html", method="internal")
if (!is.null(testres$continueUrl)) 
     browseURL(testres$continueUrl) else stop(testres$error)
## 更新の場合
updateres <- rpubsUpload("test doc", "pcaexamp.html", testres$id, method="internal")

RStudio での markdown文書の解説は、下記の R Markdownの項にある。
http://www.rstudio.com/ide/docs/
Markdown文書原著者による、その思想と文法は、日本語訳が存在する。
http://daringfireball.net/projects/markdown/syntax.php # 原文
http://blog.2310.net/archives/6 # 日本語訳