Tarea 4

¿Cuantos casos activos hay en nuestro país?

#install.packages("leaflet")
#install.packages("sp")
#install.packages("sf")
#install.packages("chilemapas")

library(data.table)
library(tidyverse)
library(leaflet) # Mapas
library(sp)
library(broom)
library(janitor) #Paquete para limpiar datos
library(rgbif) #Datos para ejemplo de mapas
library(sf) #Geografia
library(chilemapas) #Geografía de Chile
library(RColorBrewer)
library(plotly)

library(ggplot2)

rm(list=ls())

casosactivos<-fread('https://raw.githubusercontent.com/MinCiencia/Datos-COVID19/master/output/producto19/CasosActivosPorComuna.csv')

casosactivos<-casosactivos[!Comuna %like% "Desconocido",] 

Fechas <-names(casosactivos)
Fechas <- Fechas[6:116]

casosactivos<-melt(data = casosactivos,id.vars = c("Region","Comuna","Codigo comuna","Poblacion"),measure.vars = Fechas ,variable.name = "Fecha")

casosactivos_suma<- casosactivos[,.(Suma_Casosactivos=sum(value)), by=.(`Codigo comuna`,Comuna,Poblacion)]

casosactivos_suma[,Porcentaje_Casos_Activos:=(Suma_Casosactivos/Poblacion),by=.(`Codigo comuna`,Comuna)]

casosactivos_suma[, `Codigo comuna` := ifelse(`Codigo comuna` < 10000 , paste0("0",casosactivos_suma$`Codigo comuna`), casosactivos_suma$`Codigo comuna`)] 

mapas<-merge(mapa_comunas,casosactivos_suma,by.x='codigo_comuna', by.y='Codigo comuna')

mapas<-st_sf(mapas)

bins<-seq(0,1,0.2)

paleta<-colorBin(palette = 'Reds',domain = casosactivos$Porcentaje_Casos_Activos,bins = bins)

Mapa de Casos Activos en Chile (por comuna)

labels <- sprintf(
  "<strong>Comuna: %s</strong><br/>Porc. Primera Dosis %g ",
  mapas$Comuna, mapas$Porcentaje_Casos_Activos) %>% lapply(htmltools::HTML)


leaflet(mapas)%>% 
  addProviderTiles(provider = providers$OpenStreetMap.Mapnik)%>%
  addPolygons(color = ~paleta(Porcentaje_Casos_Activos),
              weight = 1, 
              fillOpacity = 0.8,
              label = labels)%>%
  addLegend(pal = paleta, values = ~bins, opacity = 1,position = "bottomright",title ="%. Casos Activos")

Region metropolitana

mapa13 <- mapa_comunas

mapa13 <- mapa_comunas %>% 
  filter(codigo_region==13)

mapa13<-merge(mapa13,casosactivos_suma,by.x='codigo_comuna', by.y='Codigo comuna')

mapa13<-st_sf(mapa13)



pal <- colorNumeric(    # definimos la paleta de colores
  palette = "YlOrBr",
  domain = mapa13$Porcentaje_Casos_Activos)


region13 <- leaflet() %>% 
  addProviderTiles(providers$CartoDB.Positron) %>% 
  addPolygons(data = mapa13,
              fillColor = ~pal(Porcentaje_Casos_Activos),
              color = "#b2aeae",  # usamos código Hex para los colores
              fillOpacity = 1, # rellenamos con color los polígonos
              smoothFactor = 0.2,
              weight = 0.8) %>%   # para el grosor de la línea
  addLegend(pal = pal, # paleta de colores 
            values = mapa13$Porcentaje_Casos_Activos,
            position = "bottomright",
            title = "Promedio General") %>% 
  addScaleBar(position = "topright") # Agregar escala arriba a la derecha

Grafico Casos Activos Region Metropolitana

ggplot(mapa13,aes(x=Comuna, y=Porcentaje_Casos_Activos)) + geom_histogram(stat = "identity") +
labs(x="Comunas", y="% Casos ACtivos", title = "Porcentaje de Casos Activos", subtitle = "en Santiago", caption = "Fuente: Minsal" )