set.seed(3104)

# generando variable respuesta
Clorofila = rnorm(192, 48, 2)

# factores
genotipo = gl(n = 3, k = 64, 192, length = 192,labels = c('isabel', 'sureña', 'tomine'))

tercio = gl (2, 32, 192, c("bajo","medio"))
horario = gl(2, 16, 192, c("diurno", "nocturno"))
sensor = gl(2, 8, 192 , c("sa", "sb"))

Respuesta = data.frame(Clorofila, genotipo, tercio , horario, sensor)

library(collapsibleTree)

#Dibuje el diagrama de arbol con conteos por nodo
collapsibleTree (Respuesta,
                hierarchy = c("genotipo", "tercio", "horario", "sensor"))

#¿Cuantas repeticiones hay en este estudio? No se hicieron repeticiones en este esudio

#¿Cuantos tratamientos hay en este estudio? Encontramos que hay 24 tratamiento, teniendo en cuenta que en el primer tratamiento hay 3 niveles, en el segundo hay 2 niveles, en el tercero hay 2 niveles y en el cuarto hay 2 niveles, 3x2x2x2=24

#Obtenga estadisticas descriptivas simultaneas para todos los tratamientos (tapply)

Medias = tapply(Respuesta$Clorofila, list(Respuesta$genotipo, Respuesta$tercio, Respuesta$horario, Respuesta$sensor), mean)
Desviaciones = tapply(Respuesta$Clorofila, list(Respuesta$genotipo, Respuesta$tercio, Respuesta$horario, Respuesta$sensor), sd)

\[CV=s/\bar x ~*100\]

cv=100*Desviaciones/Medias;cv
## , , diurno, sa
## 
##            bajo    medio
## isabel 3.032501 4.270943
## sureña 1.964643 3.936017
## tomine 2.791991 2.525996
## 
## , , nocturno, sa
## 
##            bajo    medio
## isabel 5.134208 5.075761
## sureña 4.681051 2.044784
## tomine 5.691781 4.378428
## 
## , , diurno, sb
## 
##            bajo    medio
## isabel 1.641928 4.295869
## sureña 5.110150 4.013312
## tomine 5.443118 4.222570
## 
## , , nocturno, sb
## 
##            bajo    medio
## isabel 5.628185 3.880965
## sureña 3.237046 3.375911
## tomine 2.368015 4.450208
Respuesta$tratamiento = interaction(Respuesta$genotipo, Respuesta$tercio, Respuesta$horario, Respuesta$sensor)
Respuesta
##     Clorofila genotipo tercio  horario sensor              tratamiento
## 1    49.28470   isabel   bajo   diurno     sa    isabel.bajo.diurno.sa
## 2    45.07225   isabel   bajo   diurno     sa    isabel.bajo.diurno.sa
## 3    46.74807   isabel   bajo   diurno     sa    isabel.bajo.diurno.sa
## 4    48.52793   isabel   bajo   diurno     sa    isabel.bajo.diurno.sa
## 5    48.90402   isabel   bajo   diurno     sa    isabel.bajo.diurno.sa
## 6    47.46767   isabel   bajo   diurno     sa    isabel.bajo.diurno.sa
## 7    47.32670   isabel   bajo   diurno     sa    isabel.bajo.diurno.sa
## 8    49.17210   isabel   bajo   diurno     sa    isabel.bajo.diurno.sa
## 9    47.92509   isabel   bajo   diurno     sb    isabel.bajo.diurno.sb
## 10   49.99754   isabel   bajo   diurno     sb    isabel.bajo.diurno.sb
## 11   47.79609   isabel   bajo   diurno     sb    isabel.bajo.diurno.sb
## 12   48.07591   isabel   bajo   diurno     sb    isabel.bajo.diurno.sb
## 13   48.65061   isabel   bajo   diurno     sb    isabel.bajo.diurno.sb
## 14   48.08005   isabel   bajo   diurno     sb    isabel.bajo.diurno.sb
## 15   49.42309   isabel   bajo   diurno     sb    isabel.bajo.diurno.sb
## 16   48.12357   isabel   bajo   diurno     sb    isabel.bajo.diurno.sb
## 17   50.20390   isabel   bajo nocturno     sa  isabel.bajo.nocturno.sa
## 18   51.57465   isabel   bajo nocturno     sa  isabel.bajo.nocturno.sa
## 19   48.00615   isabel   bajo nocturno     sa  isabel.bajo.nocturno.sa
## 20   44.46409   isabel   bajo nocturno     sa  isabel.bajo.nocturno.sa
## 21   50.97946   isabel   bajo nocturno     sa  isabel.bajo.nocturno.sa
## 22   52.29748   isabel   bajo nocturno     sa  isabel.bajo.nocturno.sa
## 23   48.38187   isabel   bajo nocturno     sa  isabel.bajo.nocturno.sa
## 24   48.25099   isabel   bajo nocturno     sa  isabel.bajo.nocturno.sa
## 25   52.65348   isabel   bajo nocturno     sb  isabel.bajo.nocturno.sb
## 26   51.76814   isabel   bajo nocturno     sb  isabel.bajo.nocturno.sb
## 27   49.03640   isabel   bajo nocturno     sb  isabel.bajo.nocturno.sb
## 28   48.68301   isabel   bajo nocturno     sb  isabel.bajo.nocturno.sb
## 29   45.46495   isabel   bajo nocturno     sb  isabel.bajo.nocturno.sb
## 30   50.10536   isabel   bajo nocturno     sb  isabel.bajo.nocturno.sb
## 31   48.09905   isabel   bajo nocturno     sb  isabel.bajo.nocturno.sb
## 32   44.82158   isabel   bajo nocturno     sb  isabel.bajo.nocturno.sb
## 33   46.99229   isabel  medio   diurno     sa   isabel.medio.diurno.sa
## 34   48.10163   isabel  medio   diurno     sa   isabel.medio.diurno.sa
## 35   48.93749   isabel  medio   diurno     sa   isabel.medio.diurno.sa
## 36   49.84802   isabel  medio   diurno     sa   isabel.medio.diurno.sa
## 37   52.82586   isabel  medio   diurno     sa   isabel.medio.diurno.sa
## 38   48.59653   isabel  medio   diurno     sa   isabel.medio.diurno.sa
## 39   52.20947   isabel  medio   diurno     sa   isabel.medio.diurno.sa
## 40   47.67231   isabel  medio   diurno     sa   isabel.medio.diurno.sa
## 41   51.23235   isabel  medio   diurno     sb   isabel.medio.diurno.sb
## 42   47.37532   isabel  medio   diurno     sb   isabel.medio.diurno.sb
## 43   46.02020   isabel  medio   diurno     sb   isabel.medio.diurno.sb
## 44   47.56400   isabel  medio   diurno     sb   isabel.medio.diurno.sb
## 45   46.39219   isabel  medio   diurno     sb   isabel.medio.diurno.sb
## 46   48.59696   isabel  medio   diurno     sb   isabel.medio.diurno.sb
## 47   44.27221   isabel  medio   diurno     sb   isabel.medio.diurno.sb
## 48   47.04146   isabel  medio   diurno     sb   isabel.medio.diurno.sb
## 49   44.48885   isabel  medio nocturno     sa isabel.medio.nocturno.sa
## 50   48.70145   isabel  medio nocturno     sa isabel.medio.nocturno.sa
## 51   47.96036   isabel  medio nocturno     sa isabel.medio.nocturno.sa
## 52   48.19183   isabel  medio nocturno     sa isabel.medio.nocturno.sa
## 53   48.32882   isabel  medio nocturno     sa isabel.medio.nocturno.sa
## 54   53.07492   isabel  medio nocturno     sa isabel.medio.nocturno.sa
## 55   47.12127   isabel  medio nocturno     sa isabel.medio.nocturno.sa
## 56   46.52927   isabel  medio nocturno     sa isabel.medio.nocturno.sa
## 57   47.88674   isabel  medio nocturno     sb isabel.medio.nocturno.sb
## 58   47.10231   isabel  medio nocturno     sb isabel.medio.nocturno.sb
## 59   46.69168   isabel  medio nocturno     sb isabel.medio.nocturno.sb
## 60   46.38710   isabel  medio nocturno     sb isabel.medio.nocturno.sb
## 61   44.55059   isabel  medio nocturno     sb isabel.medio.nocturno.sb
## 62   48.31118   isabel  medio nocturno     sb isabel.medio.nocturno.sb
## 63   43.39599   isabel  medio nocturno     sb isabel.medio.nocturno.sb
## 64   48.48168   isabel  medio nocturno     sb isabel.medio.nocturno.sb
## 65   50.84599   sureña   bajo   diurno     sa    sureña.bajo.diurno.sa
## 66   48.46063   sureña   bajo   diurno     sa    sureña.bajo.diurno.sa
## 67   49.61331   sureña   bajo   diurno     sa    sureña.bajo.diurno.sa
## 68   49.42840   sureña   bajo   diurno     sa    sureña.bajo.diurno.sa
## 69   47.82967   sureña   bajo   diurno     sa    sureña.bajo.diurno.sa
## 70   48.98111   sureña   bajo   diurno     sa    sureña.bajo.diurno.sa
## 71   48.08533   sureña   bajo   diurno     sa    sureña.bajo.diurno.sa
## 72   49.26862   sureña   bajo   diurno     sa    sureña.bajo.diurno.sa
## 73   51.59369   sureña   bajo   diurno     sb    sureña.bajo.diurno.sb
## 74   48.59225   sureña   bajo   diurno     sb    sureña.bajo.diurno.sb
## 75   42.95954   sureña   bajo   diurno     sb    sureña.bajo.diurno.sb
## 76   47.37101   sureña   bajo   diurno     sb    sureña.bajo.diurno.sb
## 77   49.63057   sureña   bajo   diurno     sb    sureña.bajo.diurno.sb
## 78   48.72007   sureña   bajo   diurno     sb    sureña.bajo.diurno.sb
## 79   47.75840   sureña   bajo   diurno     sb    sureña.bajo.diurno.sb
## 80   48.00141   sureña   bajo   diurno     sb    sureña.bajo.diurno.sb
## 81   45.07634   sureña   bajo nocturno     sa  sureña.bajo.nocturno.sa
## 82   49.58949   sureña   bajo nocturno     sa  sureña.bajo.nocturno.sa
## 83   49.33564   sureña   bajo nocturno     sa  sureña.bajo.nocturno.sa
## 84   51.41594   sureña   bajo nocturno     sa  sureña.bajo.nocturno.sa
## 85   45.39578   sureña   bajo nocturno     sa  sureña.bajo.nocturno.sa
## 86   50.51817   sureña   bajo nocturno     sa  sureña.bajo.nocturno.sa
## 87   48.15722   sureña   bajo nocturno     sa  sureña.bajo.nocturno.sa
## 88   49.02077   sureña   bajo nocturno     sa  sureña.bajo.nocturno.sa
## 89   50.75402   sureña   bajo nocturno     sb  sureña.bajo.nocturno.sb
## 90   49.48863   sureña   bajo nocturno     sb  sureña.bajo.nocturno.sb
## 91   47.91475   sureña   bajo nocturno     sb  sureña.bajo.nocturno.sb
## 92   46.55400   sureña   bajo nocturno     sb  sureña.bajo.nocturno.sb
## 93   47.32875   sureña   bajo nocturno     sb  sureña.bajo.nocturno.sb
## 94   46.83475   sureña   bajo nocturno     sb  sureña.bajo.nocturno.sb
## 95   47.05678   sureña   bajo nocturno     sb  sureña.bajo.nocturno.sb
## 96   49.66150   sureña   bajo nocturno     sb  sureña.bajo.nocturno.sb
## 97   50.82758   sureña  medio   diurno     sa   sureña.medio.diurno.sa
## 98   50.52867   sureña  medio   diurno     sa   sureña.medio.diurno.sa
## 99   47.18844   sureña  medio   diurno     sa   sureña.medio.diurno.sa
## 100  47.94400   sureña  medio   diurno     sa   sureña.medio.diurno.sa
## 101  46.26735   sureña  medio   diurno     sa   sureña.medio.diurno.sa
## 102  47.31665   sureña  medio   diurno     sa   sureña.medio.diurno.sa
## 103  49.78964   sureña  medio   diurno     sa   sureña.medio.diurno.sa
## 104  46.01322   sureña  medio   diurno     sa   sureña.medio.diurno.sa
## 105  45.57005   sureña  medio   diurno     sb   sureña.medio.diurno.sb
## 106  48.09231   sureña  medio   diurno     sb   sureña.medio.diurno.sb
## 107  47.35335   sureña  medio   diurno     sb   sureña.medio.diurno.sb
## 108  48.44740   sureña  medio   diurno     sb   sureña.medio.diurno.sb
## 109  48.69765   sureña  medio   diurno     sb   sureña.medio.diurno.sb
## 110  48.51417   sureña  medio   diurno     sb   sureña.medio.diurno.sb
## 111  51.34649   sureña  medio   diurno     sb   sureña.medio.diurno.sb
## 112  45.26828   sureña  medio   diurno     sb   sureña.medio.diurno.sb
## 113  47.80085   sureña  medio nocturno     sa sureña.medio.nocturno.sa
## 114  48.47753   sureña  medio nocturno     sa sureña.medio.nocturno.sa
## 115  49.04873   sureña  medio nocturno     sa sureña.medio.nocturno.sa
## 116  46.83390   sureña  medio nocturno     sa sureña.medio.nocturno.sa
## 117  49.77849   sureña  medio nocturno     sa sureña.medio.nocturno.sa
## 118  49.33363   sureña  medio nocturno     sa sureña.medio.nocturno.sa
## 119  47.89343   sureña  medio nocturno     sa sureña.medio.nocturno.sa
## 120  47.62841   sureña  medio nocturno     sa sureña.medio.nocturno.sa
## 121  48.03367   sureña  medio nocturno     sb sureña.medio.nocturno.sb
## 122  50.97980   sureña  medio nocturno     sb sureña.medio.nocturno.sb
## 123  46.93652   sureña  medio nocturno     sb sureña.medio.nocturno.sb
## 124  48.54633   sureña  medio nocturno     sb sureña.medio.nocturno.sb
## 125  49.45567   sureña  medio nocturno     sb sureña.medio.nocturno.sb
## 126  45.85165   sureña  medio nocturno     sb sureña.medio.nocturno.sb
## 127  47.43962   sureña  medio nocturno     sb sureña.medio.nocturno.sb
## 128  46.97555   sureña  medio nocturno     sb sureña.medio.nocturno.sb
## 129  46.82780   tomine   bajo   diurno     sa    tomine.bajo.diurno.sa
## 130  48.45801   tomine   bajo   diurno     sa    tomine.bajo.diurno.sa
## 131  45.12135   tomine   bajo   diurno     sa    tomine.bajo.diurno.sa
## 132  48.59381   tomine   bajo   diurno     sa    tomine.bajo.diurno.sa
## 133  47.83747   tomine   bajo   diurno     sa    tomine.bajo.diurno.sa
## 134  45.42083   tomine   bajo   diurno     sa    tomine.bajo.diurno.sa
## 135  46.21579   tomine   bajo   diurno     sa    tomine.bajo.diurno.sa
## 136  46.80770   tomine   bajo   diurno     sa    tomine.bajo.diurno.sa
## 137  45.30988   tomine   bajo   diurno     sb    tomine.bajo.diurno.sb
## 138  48.38730   tomine   bajo   diurno     sb    tomine.bajo.diurno.sb
## 139  44.36374   tomine   bajo   diurno     sb    tomine.bajo.diurno.sb
## 140  47.87022   tomine   bajo   diurno     sb    tomine.bajo.diurno.sb
## 141  52.65188   tomine   bajo   diurno     sb    tomine.bajo.diurno.sb
## 142  45.36428   tomine   bajo   diurno     sb    tomine.bajo.diurno.sb
## 143  47.38879   tomine   bajo   diurno     sb    tomine.bajo.diurno.sb
## 144  47.54257   tomine   bajo   diurno     sb    tomine.bajo.diurno.sb
## 145  50.70051   tomine   bajo nocturno     sa  tomine.bajo.nocturno.sa
## 146  53.29173   tomine   bajo nocturno     sa  tomine.bajo.nocturno.sa
## 147  49.75593   tomine   bajo nocturno     sa  tomine.bajo.nocturno.sa
## 148  51.95746   tomine   bajo nocturno     sa  tomine.bajo.nocturno.sa
## 149  44.69623   tomine   bajo nocturno     sa  tomine.bajo.nocturno.sa
## 150  49.32243   tomine   bajo nocturno     sa  tomine.bajo.nocturno.sa
## 151  46.84403   tomine   bajo nocturno     sa  tomine.bajo.nocturno.sa
## 152  47.66251   tomine   bajo nocturno     sa  tomine.bajo.nocturno.sa
## 153  46.06979   tomine   bajo nocturno     sb  tomine.bajo.nocturno.sb
## 154  46.92024   tomine   bajo nocturno     sb  tomine.bajo.nocturno.sb
## 155  48.33248   tomine   bajo nocturno     sb  tomine.bajo.nocturno.sb
## 156  47.59980   tomine   bajo nocturno     sb  tomine.bajo.nocturno.sb
## 157  48.81723   tomine   bajo nocturno     sb  tomine.bajo.nocturno.sb
## 158  48.05385   tomine   bajo nocturno     sb  tomine.bajo.nocturno.sb
## 159  46.78506   tomine   bajo nocturno     sb  tomine.bajo.nocturno.sb
## 160  45.61814   tomine   bajo nocturno     sb  tomine.bajo.nocturno.sb
## 161  49.56035   tomine  medio   diurno     sa   tomine.medio.diurno.sa
## 162  49.69468   tomine  medio   diurno     sa   tomine.medio.diurno.sa
## 163  50.30362   tomine  medio   diurno     sa   tomine.medio.diurno.sa
## 164  48.12915   tomine  medio   diurno     sa   tomine.medio.diurno.sa
## 165  47.80843   tomine  medio   diurno     sa   tomine.medio.diurno.sa
## 166  50.19968   tomine  medio   diurno     sa   tomine.medio.diurno.sa
## 167  46.89026   tomine  medio   diurno     sa   tomine.medio.diurno.sa
## 168  49.39833   tomine  medio   diurno     sa   tomine.medio.diurno.sa
## 169  47.65949   tomine  medio   diurno     sb   tomine.medio.diurno.sb
## 170  51.04436   tomine  medio   diurno     sb   tomine.medio.diurno.sb
## 171  47.18086   tomine  medio   diurno     sb   tomine.medio.diurno.sb
## 172  49.24917   tomine  medio   diurno     sb   tomine.medio.diurno.sb
## 173  50.62517   tomine  medio   diurno     sb   tomine.medio.diurno.sb
## 174  47.09279   tomine  medio   diurno     sb   tomine.medio.diurno.sb
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mediatrt<-tapply(Respuesta$Clorofila, Respuesta$tratamiento, mean)
boxplot(Respuesta$Clorofila~Respuesta$tratamiento, las=2, xlab = "", col=c(rep("lightgreen",12),rep("lightblue",12)))
(points(c(1:24), mediatrt, col= "blue", pch= 20))

## NULL
library(lattice)
bwplot(Respuesta$Clorofila~Respuesta$tratamiento)

bwplot(Respuesta$Clorofila~Respuesta$genotipo|Respuesta$tercio*Respuesta$horario*Respuesta$sensor)