Trabajo Clase 3
Ismael Trujillo
4/5/2021
CollapsibleTree
Situacion 1
set.seed(7234)
proteina<-c( rnorm(40,3,0.12), rnorm(40,3.2,0.18), rnorm(40,3.4,0.15))
parcela<-gl(4,30,120, labels = c('p1','p2','p3','p4'))
fertilizacion<-gl(3,10,120, labels = c('0','200','400'))
df=data.frame(fertilizacion,parcela,proteina)
df$repeticion = seq(1,10,1)
library(collapsibleTree)
collapsibleTree(df, hierarchy = c("parcela","fertilizacion","repeticion","proteina"))##Situacion 2
set.seed(7234)
CE<-c(rnorm(40,400,15), rnorm(40,500,17), rnorm(40,600,17))
#conductancia estomatica
variedad<-gl(2,60,120, labels = c('v1','v2'))
fenologia<-gl(2,30,120, labels = c('dv','f'))
#dv: desarrolllo vegetativo-f: floracion
senzor<-gl(2,15,120, labels = c('ab','dt'))
data=data.frame(senzor,fenologia,variedad,CE)
tapply(data$CE, list(data$variedad,data$fenologia), mean)## dv f
## v1 401.4096 469.8705
## v2 527.0689 603.7143library(collapsibleTree)
library(colorspace)
collapsibleTreeSummary(data, hierarchy = c("variedad","fenologia","senzor","CE"), attribute = "CE", tooltip = T, linkLength = 150, maxPercent = 50)##situacion 3
set.seed(7234)
aceite<-c(rnorm(96,20,2))
limon<-gl(2,48,96, labels = c('genotipo1','genotipo2'))
ferti<-gl(3,16,96, labels = c('quimico','organico','mixto'))
cote<-gl(2,8,96, labels = c('mes','año'))
repetir<-seq(1,8,1)
dat = data.frame(aceite,limon,ferti,cote,repetir)
collapsibleTreeSummary(dat, hierarchy = c("limon","ferti","cote","repetir","aceite"), tooltip = T)media = tapply(dat$aceite, list(dat$limon,dat$ferti,dat$cote), mean);media## , , mes
##
## quimico organico mixto
## genotipo1 20.62028 19.90044 19.83904
## genotipo2 21.10207 19.00448 18.43069
##
## , , año
##
## quimico organico mixto
## genotipo1 20.84739 19.80782 19.86707
## genotipo2 19.71701 20.35674 20.70043sd = tapply(dat$aceite, list(dat$limon,dat$ferti,dat$cote), sd);sd## , , mes
##
## quimico organico mixto
## genotipo1 1.866425 2.890578 2.432002
## genotipo2 2.265315 2.486830 2.795576
##
## , , año
##
## quimico organico mixto
## genotipo1 2.370706 2.364121 3.184641
## genotipo2 1.943487 2.172934 2.821394CV = 100*sd/media
CV## , , mes
##
## quimico organico mixto
## genotipo1 9.051409 14.52520 12.25867
## genotipo2 10.735038 13.08549 15.16805
##
## , , año
##
## quimico organico mixto
## genotipo1 11.371716 11.93529 16.02974
## genotipo2 9.856908 10.67427 13.62964dat$relacion=interaction(dat$limon,dat$ferti,dat$cote)
dat## aceite limon ferti cote repetir relacion
## 1 24.14932 genotipo1 quimico mes 1 genotipo1.quimico.mes
## 2 21.43853 genotipo1 quimico mes 2 genotipo1.quimico.mes
## 3 18.02061 genotipo1 quimico mes 3 genotipo1.quimico.mes
## 4 19.21744 genotipo1 quimico mes 4 genotipo1.quimico.mes
## 5 20.39817 genotipo1 quimico mes 5 genotipo1.quimico.mes
## 6 19.29416 genotipo1 quimico mes 6 genotipo1.quimico.mes
## 7 21.26008 genotipo1 quimico mes 7 genotipo1.quimico.mes
## 8 21.18389 genotipo1 quimico mes 8 genotipo1.quimico.mes
## 9 21.23151 genotipo1 quimico año 1 genotipo1.quimico.año
## 10 20.94619 genotipo1 quimico año 2 genotipo1.quimico.año
## 11 18.85060 genotipo1 quimico año 3 genotipo1.quimico.año
## 12 23.04358 genotipo1 quimico año 4 genotipo1.quimico.año
## 13 21.73477 genotipo1 quimico año 5 genotipo1.quimico.año
## 14 19.74828 genotipo1 quimico año 6 genotipo1.quimico.año
## 15 16.85258 genotipo1 quimico año 7 genotipo1.quimico.año
## 16 24.37159 genotipo1 quimico año 8 genotipo1.quimico.año
## 17 16.92091 genotipo1 organico mes 1 genotipo1.organico.mes
## 18 23.78995 genotipo1 organico mes 2 genotipo1.organico.mes
## 19 16.29226 genotipo1 organico mes 3 genotipo1.organico.mes
## 20 19.75635 genotipo1 organico mes 4 genotipo1.organico.mes
## 21 19.99132 genotipo1 organico mes 5 genotipo1.organico.mes
## 22 19.59441 genotipo1 organico mes 6 genotipo1.organico.mes
## 23 24.31590 genotipo1 organico mes 7 genotipo1.organico.mes
## 24 18.54239 genotipo1 organico mes 8 genotipo1.organico.mes
## 25 17.17694 genotipo1 organico año 1 genotipo1.organico.año
## 26 21.74813 genotipo1 organico año 2 genotipo1.organico.año
## 27 17.90548 genotipo1 organico año 3 genotipo1.organico.año
## 28 19.73723 genotipo1 organico año 4 genotipo1.organico.año
## 29 18.74669 genotipo1 organico año 5 genotipo1.organico.año
## 30 19.37895 genotipo1 organico año 6 genotipo1.organico.año
## 31 24.61198 genotipo1 organico año 7 genotipo1.organico.año
## 32 19.15717 genotipo1 organico año 8 genotipo1.organico.año
## 33 21.05919 genotipo1 mixto mes 1 genotipo1.mixto.mes
## 34 16.58316 genotipo1 mixto mes 2 genotipo1.mixto.mes
## 35 17.61442 genotipo1 mixto mes 3 genotipo1.mixto.mes
## 36 22.51162 genotipo1 mixto mes 4 genotipo1.mixto.mes
## 37 19.03429 genotipo1 mixto mes 5 genotipo1.mixto.mes
## 38 19.90621 genotipo1 mixto mes 6 genotipo1.mixto.mes
## 39 23.63473 genotipo1 mixto mes 7 genotipo1.mixto.mes
## 40 18.36870 genotipo1 mixto mes 8 genotipo1.mixto.mes
## 41 18.92464 genotipo1 mixto año 1 genotipo1.mixto.año
## 42 19.81043 genotipo1 mixto año 2 genotipo1.mixto.año
## 43 15.55800 genotipo1 mixto año 3 genotipo1.mixto.año
## 44 22.14395 genotipo1 mixto año 4 genotipo1.mixto.año
## 45 17.11477 genotipo1 mixto año 5 genotipo1.mixto.año
## 46 23.33391 genotipo1 mixto año 6 genotipo1.mixto.año
## 47 17.55612 genotipo1 mixto año 7 genotipo1.mixto.año
## 48 24.49473 genotipo1 mixto año 8 genotipo1.mixto.año
## 49 23.04506 genotipo2 quimico mes 1 genotipo2.quimico.mes
## 50 21.36555 genotipo2 quimico mes 2 genotipo2.quimico.mes
## 51 20.25160 genotipo2 quimico mes 3 genotipo2.quimico.mes
## 52 21.64480 genotipo2 quimico mes 4 genotipo2.quimico.mes
## 53 19.74036 genotipo2 quimico mes 5 genotipo2.quimico.mes
## 54 24.31321 genotipo2 quimico mes 6 genotipo2.quimico.mes
## 55 16.79190 genotipo2 quimico mes 7 genotipo2.quimico.mes
## 56 21.66409 genotipo2 quimico mes 8 genotipo2.quimico.mes
## 57 18.29877 genotipo2 quimico año 1 genotipo2.quimico.año
## 58 23.09941 genotipo2 quimico año 2 genotipo2.quimico.año
## 59 20.97788 genotipo2 quimico año 3 genotipo2.quimico.año
## 60 18.98907 genotipo2 quimico año 4 genotipo2.quimico.año
## 61 21.60465 genotipo2 quimico año 5 genotipo2.quimico.año
## 62 17.48241 genotipo2 quimico año 6 genotipo2.quimico.año
## 63 18.64672 genotipo2 quimico año 7 genotipo2.quimico.año
## 64 18.63714 genotipo2 quimico año 8 genotipo2.quimico.año
## 65 20.72551 genotipo2 organico mes 1 genotipo2.organico.mes
## 66 20.43097 genotipo2 organico mes 2 genotipo2.organico.mes
## 67 19.60642 genotipo2 organico mes 3 genotipo2.organico.mes
## 68 21.22139 genotipo2 organico mes 4 genotipo2.organico.mes
## 69 13.52204 genotipo2 organico mes 5 genotipo2.organico.mes
## 70 19.63928 genotipo2 organico mes 6 genotipo2.organico.mes
## 71 17.46264 genotipo2 organico mes 7 genotipo2.organico.mes
## 72 19.42761 genotipo2 organico mes 8 genotipo2.organico.mes
## 73 22.47146 genotipo2 organico año 1 genotipo2.organico.año
## 74 21.74441 genotipo2 organico año 2 genotipo2.organico.año
## 75 20.08418 genotipo2 organico año 3 genotipo2.organico.año
## 76 17.46629 genotipo2 organico año 4 genotipo2.organico.año
## 77 21.40368 genotipo2 organico año 5 genotipo2.organico.año
## 78 22.88450 genotipo2 organico año 6 genotipo2.organico.año
## 79 17.15892 genotipo2 organico año 7 genotipo2.organico.año
## 80 19.64044 genotipo2 organico año 8 genotipo2.organico.año
## 81 22.99957 genotipo2 mixto mes 1 genotipo2.mixto.mes
## 82 16.53230 genotipo2 mixto mes 2 genotipo2.mixto.mes
## 83 18.36827 genotipo2 mixto mes 3 genotipo2.mixto.mes
## 84 14.80862 genotipo2 mixto mes 4 genotipo2.mixto.mes
## 85 15.76750 genotipo2 mixto mes 5 genotipo2.mixto.mes
## 86 20.45519 genotipo2 mixto mes 6 genotipo2.mixto.mes
## 87 17.74906 genotipo2 mixto mes 7 genotipo2.mixto.mes
## 88 20.76502 genotipo2 mixto mes 8 genotipo2.mixto.mes
## 89 21.45352 genotipo2 mixto año 1 genotipo2.mixto.año
## 90 17.73047 genotipo2 mixto año 2 genotipo2.mixto.año
## 91 23.35013 genotipo2 mixto año 3 genotipo2.mixto.año
## 92 19.70103 genotipo2 mixto año 4 genotipo2.mixto.año
## 93 20.52141 genotipo2 mixto año 5 genotipo2.mixto.año
## 94 21.97317 genotipo2 mixto año 6 genotipo2.mixto.año
## 95 16.16349 genotipo2 mixto año 7 genotipo2.mixto.año
## 96 24.71024 genotipo2 mixto año 8 genotipo2.mixto.añomedias_relacion= tapply(dat$aceite,dat$relacion,mean)
boxplot(dat$aceite~dat$relacion, las = 2, xlab = "", col = c(rep("blue",4), rep("green",4)))
points(1:12, medias_relacion, col = "red", pch = 18)
library(lattice)
bwplot(dat$aceite~dat$relacion)
bwplot(dat$aceite~dat$ferti|dat$limon)
bwplot(dat$aceite~dat$ferti|dat$limon*dat$cote)