Trabajo Clase 3
Ismael Trujillo
4/5/2021
set.seed(7234)
clorofila= c(rnorm(100, 30, 0.5), rnorm(92,25, 0.75))
genotipo<-gl(3,64,192, labels = c('gen1','gen2','gen3'))
tercio_arbol<-gl(2,32,192, labels = c('bajo', 'medio'))
horario<-gl(2,16,192, labels = c('diurno','nocturno'))
sens<-gl(2,8,192, labels = c('sen1','sen2'))
datos=data.frame(clorofila,genotipo,tercio_arbol,horario,sens)Hay 8 repeticiones de 24 tratamientos
Diagrama de arbol con conteo por nodo
library(collapsibleTree)
collapsibleTreeSummary(datos, hierarchy = c("genotipo","tercio_arbol","horario","sens","clorofila"), tooltip = T)##Estadisticas descriptivas simultaneas
medias2= tapply(datos$clorofila, list(datos$genotipo,datos$tercio_arbol,datos$horario,datos$sens), mean);medias2## , , diurno, sen1
##
## bajo medio
## gen1 30.15507 29.95976
## gen2 29.75112 27.44235
## gen3 24.60457 24.68580
##
## , , nocturno, sen1
##
## bajo medio
## gen1 29.97511 30.27552
## gen2 29.60767 25.52125
## gen3 24.65738 25.31765
##
## , , diurno, sen2
##
## bajo medio
## gen1 30.21185 29.96677
## gen2 30.08918 24.82563
## gen3 25.23943 24.91071
##
## , , nocturno, sen2
##
## bajo medio
## gen1 29.95196 29.92925
## gen2 30.17511 25.17635
## gen3 25.14766 25.33523dv2= tapply(datos$clorofila, list(datos$genotipo,datos$tercio_arbol,datos$horario,datos$sens), sd);dv2## , , diurno, sen1
##
## bajo medio
## gen1 0.4666064 0.6080004
## gen2 0.6217076 2.8475785
## gen3 0.8861478 0.7385043
##
## , , nocturno, sen1
##
## bajo medio
## gen1 0.7226445 0.5663288
## gen2 0.6988940 0.6066260
## gen3 0.6164608 1.2311977
##
## , , diurno, sen2
##
## bajo medio
## gen1 0.5926764 0.7961601
## gen2 0.5432334 0.5356929
## gen3 0.8035737 0.5929179
##
## , , nocturno, sen2
##
## bajo medio
## gen1 0.5910302 0.4858718
## gen2 0.7053484 0.6080016
## gen3 0.7050261 0.9527987cv2=100*(dv2/medias2);cv2## , , diurno, sen1
##
## bajo medio
## gen1 1.547356 2.029390
## gen2 2.089695 10.376585
## gen3 3.601558 2.991616
##
## , , nocturno, sen1
##
## bajo medio
## gen1 2.410815 1.870583
## gen2 2.360516 2.376945
## gen3 2.500107 4.863001
##
## , , diurno, sen2
##
## bajo medio
## gen1 1.961735 2.656810
## gen2 1.805411 2.157822
## gen3 3.183803 2.380173
##
## , , nocturno, sen2
##
## bajo medio
## gen1 1.973261 1.623401
## gen2 2.337517 2.414971
## gen3 2.803546 3.760766Por los promedios y el analisis de las desviacionesde los datos, podemos ver como el gen1 tuvo mayores indeices de clorofila en comparacion con los demas, y el trataiento con mayor clorofila fue el gen1-tercio medio-nocturno-sen1.
datos$trt2= interaction(datos$genotipo,datos$tercio_arbol,datos$horario,datos$sens)
datos## clorofila genotipo tercio_arbol horario sens trt2
## 1 31.03733 gen1 bajo diurno sen1 gen1.bajo.diurno.sen1
## 2 30.35963 gen1 bajo diurno sen1 gen1.bajo.diurno.sen1
## 3 29.50515 gen1 bajo diurno sen1 gen1.bajo.diurno.sen1
## 4 29.80436 gen1 bajo diurno sen1 gen1.bajo.diurno.sen1
## 5 30.09954 gen1 bajo diurno sen1 gen1.bajo.diurno.sen1
## 6 29.82354 gen1 bajo diurno sen1 gen1.bajo.diurno.sen1
## 7 30.31502 gen1 bajo diurno sen1 gen1.bajo.diurno.sen1
## 8 30.29597 gen1 bajo diurno sen1 gen1.bajo.diurno.sen1
## 9 30.30788 gen1 bajo diurno sen2 gen1.bajo.diurno.sen2
## 10 30.23655 gen1 bajo diurno sen2 gen1.bajo.diurno.sen2
## 11 29.71265 gen1 bajo diurno sen2 gen1.bajo.diurno.sen2
## 12 30.76089 gen1 bajo diurno sen2 gen1.bajo.diurno.sen2
## 13 30.43369 gen1 bajo diurno sen2 gen1.bajo.diurno.sen2
## 14 29.93707 gen1 bajo diurno sen2 gen1.bajo.diurno.sen2
## 15 29.21314 gen1 bajo diurno sen2 gen1.bajo.diurno.sen2
## 16 31.09290 gen1 bajo diurno sen2 gen1.bajo.diurno.sen2
## 17 29.23023 gen1 bajo nocturno sen1 gen1.bajo.nocturno.sen1
## 18 30.94749 gen1 bajo nocturno sen1 gen1.bajo.nocturno.sen1
## 19 29.07307 gen1 bajo nocturno sen1 gen1.bajo.nocturno.sen1
## 20 29.93909 gen1 bajo nocturno sen1 gen1.bajo.nocturno.sen1
## 21 29.99783 gen1 bajo nocturno sen1 gen1.bajo.nocturno.sen1
## 22 29.89860 gen1 bajo nocturno sen1 gen1.bajo.nocturno.sen1
## 23 31.07898 gen1 bajo nocturno sen1 gen1.bajo.nocturno.sen1
## 24 29.63560 gen1 bajo nocturno sen1 gen1.bajo.nocturno.sen1
## 25 29.29424 gen1 bajo nocturno sen2 gen1.bajo.nocturno.sen2
## 26 30.43703 gen1 bajo nocturno sen2 gen1.bajo.nocturno.sen2
## 27 29.47637 gen1 bajo nocturno sen2 gen1.bajo.nocturno.sen2
## 28 29.93431 gen1 bajo nocturno sen2 gen1.bajo.nocturno.sen2
## 29 29.68667 gen1 bajo nocturno sen2 gen1.bajo.nocturno.sen2
## 30 29.84474 gen1 bajo nocturno sen2 gen1.bajo.nocturno.sen2
## 31 31.15300 gen1 bajo nocturno sen2 gen1.bajo.nocturno.sen2
## 32 29.78929 gen1 bajo nocturno sen2 gen1.bajo.nocturno.sen2
## 33 30.26480 gen1 medio diurno sen1 gen1.medio.diurno.sen1
## 34 29.14579 gen1 medio diurno sen1 gen1.medio.diurno.sen1
## 35 29.40360 gen1 medio diurno sen1 gen1.medio.diurno.sen1
## 36 30.62790 gen1 medio diurno sen1 gen1.medio.diurno.sen1
## 37 29.75857 gen1 medio diurno sen1 gen1.medio.diurno.sen1
## 38 29.97655 gen1 medio diurno sen1 gen1.medio.diurno.sen1
## 39 30.90868 gen1 medio diurno sen1 gen1.medio.diurno.sen1
## 40 29.59217 gen1 medio diurno sen1 gen1.medio.diurno.sen1
## 41 29.73116 gen1 medio diurno sen2 gen1.medio.diurno.sen2
## 42 29.95261 gen1 medio diurno sen2 gen1.medio.diurno.sen2
## 43 28.88950 gen1 medio diurno sen2 gen1.medio.diurno.sen2
## 44 30.53599 gen1 medio diurno sen2 gen1.medio.diurno.sen2
## 45 29.27869 gen1 medio diurno sen2 gen1.medio.diurno.sen2
## 46 30.83348 gen1 medio diurno sen2 gen1.medio.diurno.sen2
## 47 29.38903 gen1 medio diurno sen2 gen1.medio.diurno.sen2
## 48 31.12368 gen1 medio diurno sen2 gen1.medio.diurno.sen2
## 49 30.76126 gen1 medio nocturno sen1 gen1.medio.nocturno.sen1
## 50 30.34139 gen1 medio nocturno sen1 gen1.medio.nocturno.sen1
## 51 30.06290 gen1 medio nocturno sen1 gen1.medio.nocturno.sen1
## 52 30.41120 gen1 medio nocturno sen1 gen1.medio.nocturno.sen1
## 53 29.93509 gen1 medio nocturno sen1 gen1.medio.nocturno.sen1
## 54 31.07830 gen1 medio nocturno sen1 gen1.medio.nocturno.sen1
## 55 29.19798 gen1 medio nocturno sen1 gen1.medio.nocturno.sen1
## 56 30.41602 gen1 medio nocturno sen1 gen1.medio.nocturno.sen1
## 57 29.57469 gen1 medio nocturno sen2 gen1.medio.nocturno.sen2
## 58 30.77485 gen1 medio nocturno sen2 gen1.medio.nocturno.sen2
## 59 30.24447 gen1 medio nocturno sen2 gen1.medio.nocturno.sen2
## 60 29.74727 gen1 medio nocturno sen2 gen1.medio.nocturno.sen2
## 61 30.40116 gen1 medio nocturno sen2 gen1.medio.nocturno.sen2
## 62 29.37060 gen1 medio nocturno sen2 gen1.medio.nocturno.sen2
## 63 29.66168 gen1 medio nocturno sen2 gen1.medio.nocturno.sen2
## 64 29.65929 gen1 medio nocturno sen2 gen1.medio.nocturno.sen2
## 65 30.18138 gen2 bajo diurno sen1 gen2.bajo.diurno.sen1
## 66 30.10774 gen2 bajo diurno sen1 gen2.bajo.diurno.sen1
## 67 29.90160 gen2 bajo diurno sen1 gen2.bajo.diurno.sen1
## 68 30.30535 gen2 bajo diurno sen1 gen2.bajo.diurno.sen1
## 69 28.38051 gen2 bajo diurno sen1 gen2.bajo.diurno.sen1
## 70 29.90982 gen2 bajo diurno sen1 gen2.bajo.diurno.sen1
## 71 29.36566 gen2 bajo diurno sen1 gen2.bajo.diurno.sen1
## 72 29.85690 gen2 bajo diurno sen1 gen2.bajo.diurno.sen1
## 73 30.61787 gen2 bajo diurno sen2 gen2.bajo.diurno.sen2
## 74 30.43610 gen2 bajo diurno sen2 gen2.bajo.diurno.sen2
## 75 30.02105 gen2 bajo diurno sen2 gen2.bajo.diurno.sen2
## 76 29.36657 gen2 bajo diurno sen2 gen2.bajo.diurno.sen2
## 77 30.35092 gen2 bajo diurno sen2 gen2.bajo.diurno.sen2
## 78 30.72113 gen2 bajo diurno sen2 gen2.bajo.diurno.sen2
## 79 29.28973 gen2 bajo diurno sen2 gen2.bajo.diurno.sen2
## 80 29.91011 gen2 bajo diurno sen2 gen2.bajo.diurno.sen2
## 81 30.74989 gen2 bajo nocturno sen1 gen2.bajo.nocturno.sen1
## 82 29.13307 gen2 bajo nocturno sen1 gen2.bajo.nocturno.sen1
## 83 29.59207 gen2 bajo nocturno sen1 gen2.bajo.nocturno.sen1
## 84 28.70215 gen2 bajo nocturno sen1 gen2.bajo.nocturno.sen1
## 85 28.94188 gen2 bajo nocturno sen1 gen2.bajo.nocturno.sen1
## 86 30.11380 gen2 bajo nocturno sen1 gen2.bajo.nocturno.sen1
## 87 29.43726 gen2 bajo nocturno sen1 gen2.bajo.nocturno.sen1
## 88 30.19125 gen2 bajo nocturno sen1 gen2.bajo.nocturno.sen1
## 89 30.36338 gen2 bajo nocturno sen2 gen2.bajo.nocturno.sen2
## 90 29.43262 gen2 bajo nocturno sen2 gen2.bajo.nocturno.sen2
## 91 30.83753 gen2 bajo nocturno sen2 gen2.bajo.nocturno.sen2
## 92 29.92526 gen2 bajo nocturno sen2 gen2.bajo.nocturno.sen2
## 93 30.13035 gen2 bajo nocturno sen2 gen2.bajo.nocturno.sen2
## 94 30.49329 gen2 bajo nocturno sen2 gen2.bajo.nocturno.sen2
## 95 29.04087 gen2 bajo nocturno sen2 gen2.bajo.nocturno.sen2
## 96 31.17756 gen2 bajo nocturno sen2 gen2.bajo.nocturno.sen2
## 97 30.02546 gen2 medio diurno sen1 gen2.medio.diurno.sen1
## 98 29.83313 gen2 medio diurno sen1 gen2.medio.diurno.sen1
## 99 30.02223 gen2 medio diurno sen1 gen2.medio.diurno.sen1
## 100 30.50894 gen2 medio diurno sen1 gen2.medio.diurno.sen1
## 101 25.00549 gen2 medio diurno sen1 gen2.medio.diurno.sen1
## 102 24.77442 gen2 medio diurno sen1 gen2.medio.diurno.sen1
## 103 24.83609 gen2 medio diurno sen1 gen2.medio.diurno.sen1
## 104 24.53303 gen2 medio diurno sen1 gen2.medio.diurno.sen1
## 105 24.90394 gen2 medio diurno sen2 gen2.medio.diurno.sen2
## 106 25.82627 gen2 medio diurno sen2 gen2.medio.diurno.sen2
## 107 24.81490 gen2 medio diurno sen2 gen2.medio.diurno.sen2
## 108 24.14120 gen2 medio diurno sen2 gen2.medio.diurno.sen2
## 109 24.23928 gen2 medio diurno sen2 gen2.medio.diurno.sen2
## 110 24.94179 gen2 medio diurno sen2 gen2.medio.diurno.sen2
## 111 25.16188 gen2 medio diurno sen2 gen2.medio.diurno.sen2
## 112 24.57576 gen2 medio diurno sen2 gen2.medio.diurno.sen2
## 113 24.81848 gen2 medio nocturno sen1 gen2.medio.nocturno.sen1
## 114 26.18904 gen2 medio nocturno sen1 gen2.medio.nocturno.sen1
## 115 24.87399 gen2 medio nocturno sen1 gen2.medio.nocturno.sen1
## 116 25.34221 gen2 medio nocturno sen1 gen2.medio.nocturno.sen1
## 117 26.33801 gen2 medio nocturno sen1 gen2.medio.nocturno.sen1
## 118 25.47635 gen2 medio nocturno sen1 gen2.medio.nocturno.sen1
## 119 25.05998 gen2 medio nocturno sen1 gen2.medio.nocturno.sen1
## 120 26.07192 gen2 medio nocturno sen1 gen2.medio.nocturno.sen1
## 121 25.14593 gen2 medio nocturno sen2 gen2.medio.nocturno.sen2
## 122 25.58633 gen2 medio nocturno sen2 gen2.medio.nocturno.sen2
## 123 25.69228 gen2 medio nocturno sen2 gen2.medio.nocturno.sen2
## 124 26.08170 gen2 medio nocturno sen2 gen2.medio.nocturno.sen2
## 125 24.71378 gen2 medio nocturno sen2 gen2.medio.nocturno.sen2
## 126 24.24373 gen2 medio nocturno sen2 gen2.medio.nocturno.sen2
## 127 24.68475 gen2 medio nocturno sen2 gen2.medio.nocturno.sen2
## 128 25.26234 gen2 medio nocturno sen2 gen2.medio.nocturno.sen2
## 129 23.67148 gen3 bajo diurno sen1 gen3.bajo.diurno.sen1
## 130 23.64478 gen3 bajo diurno sen1 gen3.bajo.diurno.sen1
## 131 24.80128 gen3 bajo diurno sen1 gen3.bajo.diurno.sen1
## 132 24.47796 gen3 bajo diurno sen1 gen3.bajo.diurno.sen1
## 133 23.93533 gen3 bajo diurno sen1 gen3.bajo.diurno.sen1
## 134 25.28627 gen3 bajo diurno sen1 gen3.bajo.diurno.sen1
## 135 26.25101 gen3 bajo diurno sen1 gen3.bajo.diurno.sen1
## 136 24.76844 gen3 bajo diurno sen1 gen3.bajo.diurno.sen1
## 137 25.03316 gen3 bajo diurno sen2 gen3.bajo.diurno.sen2
## 138 25.17439 gen3 bajo diurno sen2 gen3.bajo.diurno.sen2
## 139 25.14849 gen3 bajo diurno sen2 gen3.bajo.diurno.sen2
## 140 24.21919 gen3 bajo diurno sen2 gen3.bajo.diurno.sen2
## 141 25.35366 gen3 bajo diurno sen2 gen3.bajo.diurno.sen2
## 142 25.11154 gen3 bajo diurno sen2 gen3.bajo.diurno.sen2
## 143 27.03753 gen3 bajo diurno sen2 gen3.bajo.diurno.sen2
## 144 24.83744 gen3 bajo diurno sen2 gen3.bajo.diurno.sen2
## 145 24.98417 gen3 bajo nocturno sen1 gen3.bajo.nocturno.sen1
## 146 23.70834 gen3 bajo nocturno sen1 gen3.bajo.nocturno.sen1
## 147 24.54266 gen3 bajo nocturno sen1 gen3.bajo.nocturno.sen1
## 148 24.24792 gen3 bajo nocturno sen1 gen3.bajo.nocturno.sen1
## 149 25.28924 gen3 bajo nocturno sen1 gen3.bajo.nocturno.sen1
## 150 24.41419 gen3 bajo nocturno sen1 gen3.bajo.nocturno.sen1
## 151 25.63892 gen3 bajo nocturno sen1 gen3.bajo.nocturno.sen1
## 152 24.43359 gen3 bajo nocturno sen1 gen3.bajo.nocturno.sen1
## 153 25.81363 gen3 bajo nocturno sen2 gen3.bajo.nocturno.sen2
## 154 25.28007 gen3 bajo nocturno sen2 gen3.bajo.nocturno.sen2
## 155 24.55155 gen3 bajo nocturno sen2 gen3.bajo.nocturno.sen2
## 156 25.36799 gen3 bajo nocturno sen2 gen3.bajo.nocturno.sen2
## 157 23.86924 gen3 bajo nocturno sen2 gen3.bajo.nocturno.sen2
## 158 25.29855 gen3 bajo nocturno sen2 gen3.bajo.nocturno.sen2
## 159 26.09548 gen3 bajo nocturno sen2 gen3.bajo.nocturno.sen2
## 160 24.90475 gen3 bajo nocturno sen2 gen3.bajo.nocturno.sen2
## 161 24.49402 gen3 medio diurno sen1 gen3.medio.diurno.sen1
## 162 25.65660 gen3 medio diurno sen1 gen3.medio.diurno.sen1
## 163 24.14343 gen3 medio diurno sen1 gen3.medio.diurno.sen1
## 164 24.25563 gen3 medio diurno sen1 gen3.medio.diurno.sen1
## 165 25.33927 gen3 medio diurno sen1 gen3.medio.diurno.sen1
## 166 23.67470 gen3 medio diurno sen1 gen3.medio.diurno.sen1
## 167 25.57702 gen3 medio diurno sen1 gen3.medio.diurno.sen1
## 168 24.34572 gen3 medio diurno sen1 gen3.medio.diurno.sen1
## 169 25.15882 gen3 medio diurno sen2 gen3.medio.diurno.sen2
## 170 25.19331 gen3 medio diurno sen2 gen3.medio.diurno.sen2
## 171 25.46397 gen3 medio diurno sen2 gen3.medio.diurno.sen2
## 172 24.25770 gen3 medio diurno sen2 gen3.medio.diurno.sen2
## 173 25.05328 gen3 medio diurno sen2 gen3.medio.diurno.sen2
## 174 23.75278 gen3 medio diurno sen2 gen3.medio.diurno.sen2
## 175 25.03697 gen3 medio diurno sen2 gen3.medio.diurno.sen2
## 176 25.36881 gen3 medio diurno sen2 gen3.medio.diurno.sen2
## 177 27.87244 gen3 medio nocturno sen1 gen3.medio.nocturno.sen1
## 178 24.34307 gen3 medio nocturno sen1 gen3.medio.nocturno.sen1
## 179 25.75979 gen3 medio nocturno sen1 gen3.medio.nocturno.sen1
## 180 25.50322 gen3 medio nocturno sen1 gen3.medio.nocturno.sen1
## 181 24.88901 gen3 medio nocturno sen1 gen3.medio.nocturno.sen1
## 182 23.92952 gen3 medio nocturno sen1 gen3.medio.nocturno.sen1
## 183 25.72089 gen3 medio nocturno sen1 gen3.medio.nocturno.sen1
## 184 24.52330 gen3 medio nocturno sen1 gen3.medio.nocturno.sen1
## 185 25.50860 gen3 medio nocturno sen2 gen3.medio.nocturno.sen2
## 186 24.67557 gen3 medio nocturno sen2 gen3.medio.nocturno.sen2
## 187 23.39553 gen3 medio nocturno sen2 gen3.medio.nocturno.sen2
## 188 25.75892 gen3 medio nocturno sen2 gen3.medio.nocturno.sen2
## 189 26.15077 gen3 medio nocturno sen2 gen3.medio.nocturno.sen2
## 190 25.06095 gen3 medio nocturno sen2 gen3.medio.nocturno.sen2
## 191 26.33027 gen3 medio nocturno sen2 gen3.medio.nocturno.sen2
## 192 25.80126 gen3 medio nocturno sen2 gen3.medio.nocturno.sen2medias_trt2=tapply(datos$clorofila,datos$trt2,mean)
boxplot(datos$clorofila~datos$trt2, col = c(rep("blue",6), rep("green",6)))
points(c(1:24), medias_trt2, col = "red", pch = 18)
library(lattice)
bwplot(datos$clorofila~datos$trt2, col=c('red','blue'))