Papa
Jcastillab
6/3/2021
library(collapsibleTree)
library(ggplot2)Para esta practica se intentará analizar el efecto que presenta la fertilizacion sobre el rendimiento de cultivos de papa de cuatro variedades diferentes, por lo que los factores a considerar serán el genotipo de la papa y si esta fue fertilizada o no
# usar como semilla su # de CC (últimos 4 digitos)
set.seed(1249)
rendimiento = c(rnorm(250, 3, 0.5), runif(150, 2.5, 2.8))
genotipo = gl(4, 100, 400, c('Criolla', 'Pastusa', 'Tuquerreña', 'Suprema'))
fert = gl(2, 50, 400, c('Fert', 'Control'))(info = data.frame(rendimiento, genotipo, fert))## rendimiento genotipo fert
## 1 2.197305 Criolla Fert
## 2 2.641672 Criolla Fert
## 3 2.811646 Criolla Fert
## 4 3.508318 Criolla Fert
## 5 3.085925 Criolla Fert
## 6 3.476609 Criolla Fert
## 7 2.954993 Criolla Fert
## 8 3.409690 Criolla Fert
## 9 2.846014 Criolla Fert
## 10 3.609418 Criolla Fert
## 11 2.460967 Criolla Fert
## 12 3.599147 Criolla Fert
## 13 2.962168 Criolla Fert
## 14 2.748736 Criolla Fert
## 15 2.584296 Criolla Fert
## 16 1.702550 Criolla Fert
## 17 1.646288 Criolla Fert
## 18 3.194003 Criolla Fert
## 19 2.839203 Criolla Fert
## 20 2.821765 Criolla Fert
## 21 2.844266 Criolla Fert
## 22 2.350678 Criolla Fert
## 23 2.273162 Criolla Fert
## 24 3.233147 Criolla Fert
## 25 3.363336 Criolla Fert
## 26 2.209162 Criolla Fert
## 27 3.487527 Criolla Fert
## 28 3.440487 Criolla Fert
## 29 2.184942 Criolla Fert
## 30 3.012311 Criolla Fert
## 31 2.223730 Criolla Fert
## 32 3.201988 Criolla Fert
## 33 2.588354 Criolla Fert
## 34 3.331564 Criolla Fert
## 35 2.935401 Criolla Fert
## 36 3.045475 Criolla Fert
## 37 2.591225 Criolla Fert
## 38 3.368134 Criolla Fert
## 39 2.763700 Criolla Fert
## 40 3.757698 Criolla Fert
## 41 2.681532 Criolla Fert
## 42 2.932351 Criolla Fert
## 43 3.345476 Criolla Fert
## 44 3.233601 Criolla Fert
## 45 3.391023 Criolla Fert
## 46 3.085592 Criolla Fert
## 47 3.181026 Criolla Fert
## 48 2.619838 Criolla Fert
## 49 2.813777 Criolla Fert
## 50 2.510512 Criolla Fert
## 51 2.873274 Criolla Control
## 52 2.706097 Criolla Control
## 53 3.150804 Criolla Control
## 54 2.693620 Criolla Control
## 55 2.970475 Criolla Control
## 56 3.354561 Criolla Control
## 57 2.063608 Criolla Control
## 58 3.133747 Criolla Control
## 59 3.100312 Criolla Control
## 60 2.909734 Criolla Control
## 61 2.902101 Criolla Control
## 62 2.436307 Criolla Control
## 63 3.162564 Criolla Control
## 64 2.351790 Criolla Control
## 65 3.687711 Criolla Control
## 66 3.549186 Criolla Control
## 67 3.022913 Criolla Control
## 68 2.786666 Criolla Control
## 69 2.596742 Criolla Control
## 70 1.749015 Criolla Control
## 71 2.886590 Criolla Control
## 72 2.808567 Criolla Control
## 73 2.273594 Criolla Control
## 74 2.586202 Criolla Control
## 75 3.217706 Criolla Control
## 76 2.800768 Criolla Control
## 77 3.519112 Criolla Control
## 78 3.253360 Criolla Control
## 79 2.979570 Criolla Control
## 80 3.615601 Criolla Control
## 81 3.564758 Criolla Control
## 82 1.978770 Criolla Control
## 83 3.089407 Criolla Control
## 84 3.059946 Criolla Control
## 85 2.642380 Criolla Control
## 86 3.590459 Criolla Control
## 87 3.408586 Criolla Control
## 88 4.043214 Criolla Control
## 89 3.456815 Criolla Control
## 90 1.831012 Criolla Control
## 91 2.035594 Criolla Control
## 92 3.023360 Criolla Control
## 93 2.871266 Criolla Control
## 94 2.662916 Criolla Control
## 95 2.536850 Criolla Control
## 96 3.240490 Criolla Control
## 97 2.711818 Criolla Control
## 98 2.341970 Criolla Control
## 99 4.133145 Criolla Control
## 100 3.244885 Criolla Control
## 101 2.943709 Pastusa Fert
## 102 3.251791 Pastusa Fert
## 103 3.261215 Pastusa Fert
## 104 3.248914 Pastusa Fert
## 105 2.682945 Pastusa Fert
## 106 3.775488 Pastusa Fert
## 107 2.507329 Pastusa Fert
## 108 2.816553 Pastusa Fert
## 109 2.790032 Pastusa Fert
## 110 2.497206 Pastusa Fert
## 111 3.535151 Pastusa Fert
## 112 4.116217 Pastusa Fert
## 113 3.715203 Pastusa Fert
## 114 2.797675 Pastusa Fert
## 115 2.243959 Pastusa Fert
## 116 4.405553 Pastusa Fert
## 117 3.406536 Pastusa Fert
## 118 2.986040 Pastusa Fert
## 119 2.421751 Pastusa Fert
## 120 3.232809 Pastusa Fert
## 121 3.484460 Pastusa Fert
## 122 2.904701 Pastusa Fert
## 123 3.482243 Pastusa Fert
## 124 3.232507 Pastusa Fert
## 125 2.506652 Pastusa Fert
## 126 3.167767 Pastusa Fert
## 127 2.282716 Pastusa Fert
## 128 3.300050 Pastusa Fert
## 129 2.760461 Pastusa Fert
## 130 3.191010 Pastusa Fert
## 131 3.325154 Pastusa Fert
## 132 3.012895 Pastusa Fert
## 133 2.536376 Pastusa Fert
## 134 2.832467 Pastusa Fert
## 135 2.277193 Pastusa Fert
## 136 3.785653 Pastusa Fert
## 137 3.331144 Pastusa Fert
## 138 3.629491 Pastusa Fert
## 139 3.562528 Pastusa Fert
## 140 3.132327 Pastusa Fert
## 141 2.592177 Pastusa Fert
## 142 2.761360 Pastusa Fert
## 143 2.732088 Pastusa Fert
## 144 3.033591 Pastusa Fert
## 145 3.467262 Pastusa Fert
## 146 2.441014 Pastusa Fert
## 147 2.734232 Pastusa Fert
## 148 2.675629 Pastusa Fert
## 149 1.960311 Pastusa Fert
## 150 3.544584 Pastusa Fert
## 151 2.728656 Pastusa Control
## 152 3.528690 Pastusa Control
## 153 3.125181 Pastusa Control
## 154 2.968241 Pastusa Control
## 155 2.497576 Pastusa Control
## 156 3.748215 Pastusa Control
## 157 3.853253 Pastusa Control
## 158 2.832244 Pastusa Control
## 159 3.835120 Pastusa Control
## 160 3.855009 Pastusa Control
## 161 2.577436 Pastusa Control
## 162 3.069832 Pastusa Control
## 163 2.344070 Pastusa Control
## 164 3.855985 Pastusa Control
## 165 2.561271 Pastusa Control
## 166 3.460600 Pastusa Control
## 167 3.365691 Pastusa Control
## 168 1.755469 Pastusa Control
## 169 2.285366 Pastusa Control
## 170 2.849345 Pastusa Control
## 171 3.454396 Pastusa Control
## 172 2.816814 Pastusa Control
## 173 2.910282 Pastusa Control
## 174 2.230259 Pastusa Control
## 175 4.221935 Pastusa Control
## 176 2.187829 Pastusa Control
## 177 3.137286 Pastusa Control
## 178 3.600316 Pastusa Control
## 179 3.247319 Pastusa Control
## 180 2.112346 Pastusa Control
## 181 3.853715 Pastusa Control
## 182 2.496765 Pastusa Control
## 183 2.420283 Pastusa Control
## 184 2.939794 Pastusa Control
## 185 2.933951 Pastusa Control
## 186 3.414098 Pastusa Control
## 187 1.897304 Pastusa Control
## 188 2.856245 Pastusa Control
## 189 3.528675 Pastusa Control
## 190 2.890808 Pastusa Control
## 191 2.960321 Pastusa Control
## 192 3.234156 Pastusa Control
## 193 2.665835 Pastusa Control
## 194 3.209535 Pastusa Control
## 195 1.964807 Pastusa Control
## 196 2.990564 Pastusa Control
## 197 3.712975 Pastusa Control
## 198 3.567563 Pastusa Control
## 199 3.394110 Pastusa Control
## 200 3.248593 Pastusa Control
## 201 2.481810 Tuquerreña Fert
## 202 3.360317 Tuquerreña Fert
## 203 3.179351 Tuquerreña Fert
## 204 2.579095 Tuquerreña Fert
## 205 2.612803 Tuquerreña Fert
## 206 3.792123 Tuquerreña Fert
## 207 3.261406 Tuquerreña Fert
## 208 2.600427 Tuquerreña Fert
## 209 3.342653 Tuquerreña Fert
## 210 2.597052 Tuquerreña Fert
## 211 3.016930 Tuquerreña Fert
## 212 2.653115 Tuquerreña Fert
## 213 2.735868 Tuquerreña Fert
## 214 3.113535 Tuquerreña Fert
## 215 2.783352 Tuquerreña Fert
## 216 2.904421 Tuquerreña Fert
## 217 3.611402 Tuquerreña Fert
## 218 2.354875 Tuquerreña Fert
## 219 3.126287 Tuquerreña Fert
## 220 2.778617 Tuquerreña Fert
## 221 2.527338 Tuquerreña Fert
## 222 2.806015 Tuquerreña Fert
## 223 2.864881 Tuquerreña Fert
## 224 2.027539 Tuquerreña Fert
## 225 3.139834 Tuquerreña Fert
## 226 3.809503 Tuquerreña Fert
## 227 3.143999 Tuquerreña Fert
## 228 3.064024 Tuquerreña Fert
## 229 3.321922 Tuquerreña Fert
## 230 2.152171 Tuquerreña Fert
## 231 3.358691 Tuquerreña Fert
## 232 2.509723 Tuquerreña Fert
## 233 2.245506 Tuquerreña Fert
## 234 3.085017 Tuquerreña Fert
## 235 3.983483 Tuquerreña Fert
## 236 3.288157 Tuquerreña Fert
## 237 2.375498 Tuquerreña Fert
## 238 3.172475 Tuquerreña Fert
## 239 2.532988 Tuquerreña Fert
## 240 2.670866 Tuquerreña Fert
## 241 3.302885 Tuquerreña Fert
## 242 4.028383 Tuquerreña Fert
## 243 1.984305 Tuquerreña Fert
## 244 2.775926 Tuquerreña Fert
## 245 2.533094 Tuquerreña Fert
## 246 2.176646 Tuquerreña Fert
## 247 3.472760 Tuquerreña Fert
## 248 3.757921 Tuquerreña Fert
## 249 4.395211 Tuquerreña Fert
## 250 2.769388 Tuquerreña Fert
## 251 2.536751 Tuquerreña Control
## 252 2.735948 Tuquerreña Control
## 253 2.534476 Tuquerreña Control
## 254 2.747127 Tuquerreña Control
## 255 2.582207 Tuquerreña Control
## 256 2.719580 Tuquerreña Control
## 257 2.639105 Tuquerreña Control
## 258 2.610869 Tuquerreña Control
## 259 2.764522 Tuquerreña Control
## 260 2.675296 Tuquerreña Control
## 261 2.725978 Tuquerreña Control
## 262 2.771384 Tuquerreña Control
## 263 2.641977 Tuquerreña Control
## 264 2.523189 Tuquerreña Control
## 265 2.692496 Tuquerreña Control
## 266 2.782334 Tuquerreña Control
## 267 2.595582 Tuquerreña Control
## 268 2.786435 Tuquerreña Control
## 269 2.731352 Tuquerreña Control
## 270 2.796850 Tuquerreña Control
## 271 2.594668 Tuquerreña Control
## 272 2.731427 Tuquerreña Control
## 273 2.751655 Tuquerreña Control
## 274 2.537850 Tuquerreña Control
## 275 2.697456 Tuquerreña Control
## 276 2.764137 Tuquerreña Control
## 277 2.513877 Tuquerreña Control
## 278 2.596984 Tuquerreña Control
## 279 2.743286 Tuquerreña Control
## 280 2.506888 Tuquerreña Control
## 281 2.663204 Tuquerreña Control
## 282 2.759814 Tuquerreña Control
## 283 2.670793 Tuquerreña Control
## 284 2.704751 Tuquerreña Control
## 285 2.722479 Tuquerreña Control
## 286 2.574068 Tuquerreña Control
## 287 2.757578 Tuquerreña Control
## 288 2.615769 Tuquerreña Control
## 289 2.527884 Tuquerreña Control
## 290 2.517639 Tuquerreña Control
## 291 2.711269 Tuquerreña Control
## 292 2.763264 Tuquerreña Control
## 293 2.594289 Tuquerreña Control
## 294 2.557291 Tuquerreña Control
## 295 2.722265 Tuquerreña Control
## 296 2.751408 Tuquerreña Control
## 297 2.720720 Tuquerreña Control
## 298 2.526750 Tuquerreña Control
## 299 2.665740 Tuquerreña Control
## 300 2.780038 Tuquerreña Control
## 301 2.771477 Suprema Fert
## 302 2.601405 Suprema Fert
## 303 2.606916 Suprema Fert
## 304 2.561318 Suprema Fert
## 305 2.587678 Suprema Fert
## 306 2.749354 Suprema Fert
## 307 2.519180 Suprema Fert
## 308 2.738467 Suprema Fert
## 309 2.581216 Suprema Fert
## 310 2.686409 Suprema Fert
## 311 2.605313 Suprema Fert
## 312 2.769125 Suprema Fert
## 313 2.714229 Suprema Fert
## 314 2.766902 Suprema Fert
## 315 2.659381 Suprema Fert
## 316 2.617879 Suprema Fert
## 317 2.605110 Suprema Fert
## 318 2.612889 Suprema Fert
## 319 2.625134 Suprema Fert
## 320 2.784739 Suprema Fert
## 321 2.653030 Suprema Fert
## 322 2.752796 Suprema Fert
## 323 2.624625 Suprema Fert
## 324 2.624182 Suprema Fert
## 325 2.671445 Suprema Fert
## 326 2.713104 Suprema Fert
## 327 2.793487 Suprema Fert
## 328 2.724503 Suprema Fert
## 329 2.612428 Suprema Fert
## 330 2.778958 Suprema Fert
## 331 2.692533 Suprema Fert
## 332 2.728476 Suprema Fert
## 333 2.625161 Suprema Fert
## 334 2.688040 Suprema Fert
## 335 2.749076 Suprema Fert
## 336 2.578901 Suprema Fert
## 337 2.677622 Suprema Fert
## 338 2.767725 Suprema Fert
## 339 2.782335 Suprema Fert
## 340 2.690462 Suprema Fert
## 341 2.793179 Suprema Fert
## 342 2.558627 Suprema Fert
## 343 2.533132 Suprema Fert
## 344 2.753376 Suprema Fert
## 345 2.576768 Suprema Fert
## 346 2.660030 Suprema Fert
## 347 2.702164 Suprema Fert
## 348 2.638091 Suprema Fert
## 349 2.587100 Suprema Fert
## 350 2.749794 Suprema Fert
## 351 2.781884 Suprema Control
## 352 2.616902 Suprema Control
## 353 2.614773 Suprema Control
## 354 2.695992 Suprema Control
## 355 2.723576 Suprema Control
## 356 2.719305 Suprema Control
## 357 2.599715 Suprema Control
## 358 2.684174 Suprema Control
## 359 2.501442 Suprema Control
## 360 2.522410 Suprema Control
## 361 2.669841 Suprema Control
## 362 2.531936 Suprema Control
## 363 2.617010 Suprema Control
## 364 2.615633 Suprema Control
## 365 2.764523 Suprema Control
## 366 2.736317 Suprema Control
## 367 2.540108 Suprema Control
## 368 2.506545 Suprema Control
## 369 2.644691 Suprema Control
## 370 2.712805 Suprema Control
## 371 2.527498 Suprema Control
## 372 2.532629 Suprema Control
## 373 2.660722 Suprema Control
## 374 2.510184 Suprema Control
## 375 2.725000 Suprema Control
## 376 2.515518 Suprema Control
## 377 2.772065 Suprema Control
## 378 2.583502 Suprema Control
## 379 2.696519 Suprema Control
## 380 2.707496 Suprema Control
## 381 2.669556 Suprema Control
## 382 2.506403 Suprema Control
## 383 2.604112 Suprema Control
## 384 2.615565 Suprema Control
## 385 2.782371 Suprema Control
## 386 2.526914 Suprema Control
## 387 2.698039 Suprema Control
## 388 2.733408 Suprema Control
## 389 2.612946 Suprema Control
## 390 2.613694 Suprema Control
## 391 2.505486 Suprema Control
## 392 2.572069 Suprema Control
## 393 2.571541 Suprema Control
## 394 2.558920 Suprema Control
## 395 2.772284 Suprema Control
## 396 2.665856 Suprema Control
## 397 2.705731 Suprema Control
## 398 2.745504 Suprema Control
## 399 2.657230 Suprema Control
## 400 2.742117 Suprema Controlhist(rendimiento)
# Para este ensayo se tienen ocho tratamientos, igual cantidad que las ramas del arbol Tratamiento 1: Papa criolla fertilizada Tratamiento 2: Papa criolla control Tratamiento 3: Papa pastusa fertilizada Tratamiento 4: Papa pastusa control Tratamiento 5: Papa tuquerreña fertilizada Tratamiento 6: Papa tuquerreña control tratamiento 7: Papa suprema fertilizada Tratamiento 8: Papa suprema control
collapsibleTree(info, hierarchy =c('genotipo','fert'))Revisando los datos se observa que el menor valor registrado fue 1,550 y el mayor 4,444
summary(info)## rendimiento genotipo fert
## Min. :1.646 Criolla :100 Fert :200
## 1st Qu.:2.595 Pastusa :100 Control:200
## Median :2.746 Tuquerreña:100
## Mean :2.856 Suprema :100
## 3rd Qu.:3.133
## Max. :4.406Observando los diagramas de caja de cada genotipo se observa que las medias en cada variedad coinciden con sus medianas en todas las variedades, salvo en la papa tuquerreña, en donde la media es un poco mayor que la mediana, ademas de presentar un valor atipico fuera del diagrama, tambien se puede observar que los datos se encuentran algo dispersos en las tres primeras variedades, sobre todo en papa criolla, pero en papa suprema ocurre lo contrario, sus valores se encuentran mas concrentradas sobre un dalor espcifico de rendimiento. Con esta grafica puede concluirse muy prematuramente que la seleccion genotipo tiene un papel importante para el rendimiento del cultivo
medias_genotipo = tapply(info$rendimiento,info$genotipo, mean)
boxplot(info$rendimiento~info$genotipo)
points(c(1,2,3,4),medias_genotipo, col = 'blue', pch = 20)
# Por otro lado, viendo la relacion entre el rendimiento y la fertilizacion se observa que los datos de los controles se encuentran algo mas concentrados que los datos de fertilizacion, sim embargo, estos primeros presentan muchos mas valores atipicos que los segundos, por lo que no es concluyente la relacion entre la fertilizacion y el rendimiento
medias_fert = tapply(info$rendimiento,info$fert, mean)
boxplot(info$rendimiento~info$fert)
points(c(1,2),medias_fert, col = 'orange', pch = 20)
# Juntando los dos factores se observa que las medias de rendimientos fueron mas altas con las papas criollas, sobre todo en los controles, presentando una diferencia notable respecto al resto, por lo que para esta variedad, al igual que para la papa pastusa y la tuquerreña la fertilizacion cumple un papel vital a la hora de tener buenos rendimientos, sin embargo, la papa suprema presenta rendimientos bajos con respecto a las otras, pero esta practimente no se ve afectada por la presencia o ausencia de fertilizantes
(medias_2 = tapply(info$rendimiento, list(info$genotipo, info$fert), mean))## Fert Control
## Criolla 2.902035 2.932199
## Pastusa 3.046322 3.023923
## Tuquerreña 2.963232 2.666774
## Suprema 2.672905 2.637809Este diagrama de barras confirma lo explicado anteriormente
info$tratamientos= interaction(info$genotipo, info$fert)
ggplot(info, aes(x = tratamientos,y = rendimiento)) + geom_bar(stat = 'identity',position = 'dodge')
(mediana = tapply(info$rendimiento, list(info$genotipo,info$fert), median))## Fert Control
## Criolla 2.933876 2.940105
## Pastusa 3.023243 2.979403
## Tuquerreña 2.884651 2.694976
## Suprema 2.674533 2.630850(des_est = tapply(info$rendimiento, list(info$genotipo, info$fert),sd))## Fert Control
## Criolla 0.48486811 0.53017136
## Pastusa 0.51029758 0.58699660
## Tuquerreña 0.54122738 0.09157321
## Suprema 0.07788563 0.08849318De los ocho tratamientos usados, el mejor tratamiento es la papa suprema fertilizada, a pesar de que tiene una media y mediana baja con respecto a las otras variedades, sus valores estan muy poco dispersos en comparacion a las ya mencionadas
Coeficiente de variacion
\[CV = \frac{S}{\bar x}*100\]
(cv=100*des_est/medias_2)## Fert Control
## Criolla 16.707868 18.081017
## Pastusa 16.751267 19.411761
## Tuquerreña 18.264767 3.433857
## Suprema 2.913894 3.354798