DIETA. Agrupació de GOs

Plataforma Genòmica i Bioinformàtica

2021-04-15

Patró de gens p value 0.1

dieta
coding
coding+non coding
FC 1.2; pval=0.1
FC 2; pval=0.1
FC 1.2; pval=0.1
FC 2; pval=0.1
compare ups down total_1 ups_2 down_2 total_2 ups down total_1 ups_2 down_2 total_2
SUP vs DEF 54 264 318 1 7 8 1160 675 1835 23 30 53
WT- SUP vs DEF 262 670 932 8 58 66 1066 301 1367 9 1 10
DF1- SUP vs DEF 98 130 228 NA NA NA 2733 1234 3967 97 268 365
mDf1-SUP vs DEF 105 576 681 2 75 77 2386 854 3240 46 18 64
mWt- SUP vs DEF 223 684 907 2 1 3 1410 511 1921 25 17 42
NORMAL- SUP vs DEF 67 264 331 NA NA NA 1390 1121 2511 44 259 303
mWt and WT- SUP vs DEF 225 114 339 5 1 6 1074 427 1501 22 12 34
DF1 and RSA- SUP vs DEF 153 165 318 7 3 10 1295 530 1825 73 13 86
mDf1 and WT- SUP vs DEF 822 1305 2127 8 212 220 1410 511 1921 25 17 42
mWt and DF1- SUP vs DEF 296 908 1204 2 5 7 3995 2190 6185 310 727 1037
mDf1 and DF1- SUP vs DEF 84 118 202 NA NA NA 2781 1108 3889 59 36 95
DF1 and NORMAL- SUP vs DEF 164 183 347 2 1 3 863 557 1420 11 15 26
mWt and DF1 and RSA-SUP vs DEF 455 1139 1594 13 22 35 1077 367 1444 11 4 15
mDf1 and DF1 and RSA- SUP vs DEF 344 661 1005 9 43 52 2681 1154 3835 131 55 186
mWt and WT and NORMAL- SUP vs DEF 225 114 339 5 1 6 1853 1482 3335 73 181 254
mDf1 and WT and NORMAL- SUP vs DEF 822 1305 2127 8 212 220 1295 530 1825 73 13 86
mWt and DF1 and NORMAL- SUP vs DEF 321 575 896 6 3 9 3995 2190 6185 310 727 1037
mDf1 and DF1 and NORMAL- SUP vs DEF 287 222 509 7 5 12 1691 613 2304 71 15 86

Agrupació de GO ORA

  • Es fa un anàlisi semantic dels GO.

  • En grau de similitud entre GO per agrupar es Medium (0.7), essent alt=0.9 i baix 0.4

  • El metode de similitd escollit es el que ve per defecte: Relevance

SUP vs DEF.txt

Heatmap que agrupa esl GO en funció dels criteris establerts

Taula amb la correspondencia de cada GO amb el seu GO agrupat

Agrupació de GO GSEA MEDIUM

  • Es fa un anàlisi semantic dels GO.

  • En grau de similitud entre GO per agrupar es medium (0.7)

  • El metode de similitd escollit es el que ve per defecte: Relevance

SUP vs DEF.txt

Heatmap que agrupa esl GO en funció dels criteris establerts

Taula amb la correspondencia de cada GO amb el seu GO agrupat

Agrupació de GO GSEA ALT

  • Es fa un anàlisi semantic dels GO.

  • En grau de similitud entre GO per agrupar es alt (0.9)

  • El metode de similitd escollit es el que ve per defecte: Relevance

SUP vs DEF.txt

Heatmap que agrupa esl GO en funció dels criteris establerts

Taula amb la correspondencia de cada GO amb el seu GO agrupat