Wstęp

Column

Wymagania do przeprowadzenia analizy pola pod krzywą KM

  1. Środowisko R
https://cran.r-project.org/
  1. RStudio
https://rstudio.com/products/rstudio/download/
  1. Pakiet survRM2
install.packages("survRM2")  #zainstaluj pakiet przed pierwszym użyciem
library(survRM2)             #wczytaj pakiet każdorazowo po nowym uruchomieniu środowiska
  1. Plik źródłowy zawierający zmienne: time jako czas zdarzenia, surv jako indeks zdarzenia, treat jako indeks grupy
library(readxl)
pole_dau <- read_excel("pole_dau.xlsx")

Column

Opis funkcji pomocniczych

Funkcje pomocnicze

Dostęp do szczegółowego opisu funkcji zapewnia funkcjia help() lub znak zapytania postawiony przed nazwą funkcji

?rmst2
help("rmst2")

 

Operatory przypisania

Nazwy dla obiektów będących wynikami zastosowanej funkcji nadajemy używając operatora <= lub =

rmean_dau <- rmst2(pole_dau$time,           
                       pole_dau$status,        
                       arm = pole_dau$treat)

 

Odwołanie do elementów obiektu

Dostep do elemntów utworzonego obiektu (np. kolumn lub tabel) zapewnia użycie znaku dolara na końcu nazwy obiektu

rmean_dau$unadjusted.result

 

Zapisywanie danych

write.csv2(rmean_dau$unadjusted.result,        #wskazujemy obiekt do zapisu
           "unadjusted.result.csv",                 #nadajemy nazwę wraz z rozszerzeniem
           row.names = FALSE)                  #określamy, czy pierwsza kolumna ma zawierać liczbę porządkową

Analiza pola pod krzywą KM

Column

Porównanie ograniczonego średniego czasu przeżycia - funkcja rmst2()

Metodyka

Funkcja rmst2() przeprowadza porównania dwóch prób przy użyciu ograniczonego średniego czasu przeżycia (RMST). Obliczane są trzy miary:

  • różnica w RMST (arm=1)-(arm=0)
  • iloraz RMST (arm=1)/(arm=0)
  • stosunek ograniczonej średniej utraty czasu (RMTL) RMTL = (arm=1)/(arm=0))

 

Instrukcja

rmean_dau <- rmst2(pole_dau$time,              #przypisz czas wystąpienia zdarzenia
                       pole_dau$status,        #przypisz indeks zdarzenia, 1 - zgon, 0- dane cenzurowane
                       arm = pole_dau$treat)   #przypisz indeks grupy

 

Otrzymane zbiory danych

adjusted.result - wynik analizy

 

Pomoc

?rmst2

Column

Wynik funkcji


The truncation time, tau, was not specified. Thus, the default tau  20.16  is used. 

Restricted Mean Survival Time (RMST) by arm 
              Est.    se lower .95 upper .95
RMST (arm=1) 5.310 0.797     3.747     6.873
RMST (arm=0) 9.967 0.833     8.334    11.600


Restricted Mean Time Lost (RMTL) by arm 
               Est.    se lower .95 upper .95
RMTL (arm=1) 14.848 0.797    13.285    16.411
RMTL (arm=0) 10.191 0.833     8.558    11.824


Between-group contrast 
                       Est. lower .95 upper .95 p
RMST (arm=1)-(arm=0) -4.657    -6.917    -2.397 0
RMST (arm=1)/(arm=0)  0.533     0.380     0.746 0
RMTL (arm=1)/(arm=0)  1.457     1.203     1.765 0

Wizualizacja wyników

plot(rmean_dau, 
     xlab="Czas w miesiącach",            #nadaj nazwę osi x, 
     ylab="Prawdopodobieństwo przeżycia") #nadaj nazwę osi y)

Instrukcja

Kroki w systemie operacyjnym typu Windows

 

  1. Zainstaluj środowisko R na komputerze
https://cran.r-project.org/
  1. Zainstaluj RStudio na komputerze
https://rstudio.com/products/rstudio/download/

 

Kroki w środowisku R

 

  1. Zainstaluj pakiet survRM2 w środowisku R
install.packages("IPDfromKM")  #zainstaluj pakiet przed pierwszym użyciem
library(IPDfromKM)             #wczytaj pakiet każdorazowo po nowym uruchomieniu środowiska
  1. Wczytaj plik źródłowy zawierający zmienne: time jako czas zdarzenia, surv jako indeks zdarzenia, treat jako indeks grupy
library(readxl)
pole_dau <- read_excel("pole_dau.xlsx")
  1. Przeprowadź analizę pola pod krzywą KM
rmean_dau <- rmst2(pole_dau$time,              #przypisz czas wystąpienia zdarzenia
                       pole_dau$status,        #przypisz indeks zdarzenia, 1 - zgon, 0- dane cenzurowane
                       arm = pole_dau$treat)   #przypisz indeks grupy
  1. Przeprowadź wizualizację wyników
plot(rmean_dau, 
     xlab="Czas w miesiącach",            #nadaj nazwę osi x
     ylab="Prawdopodobieństwo przeżycia") #nadaj nazwę osi y

Literatura