Load tables

library(readxl)
library(raster)
library(sf)
library(tidyverse)
library(mapview)



pasivas<- read_excel("C:/Users/usuario/Desktop/SCMas/grabaciones de Murcielagos.xlsx", sheet = "pasiva")
pasivas$Noches_log <- log(as.numeric(pasivas$Noches) )

referencia  <- read_excel("C:/Users/usuario/Desktop/SCMas/grabaciones de Murcielagos.xlsx", 
 sheet = "referencia")
#get poligon of Colombia
co <- raster::getData("GADM",country="CO",level=1,download=TRUE)
col <-raster::getData("GADM",country="CO",level=0,download=TRUE) 

co_sf <- st_as_sf(co) %>% select(NAME_1)
col_sf <- st_as_sf(col) 

pasivas_sf <- st_as_sf(pasivas, coords = c("Lon", "Lat"), crs = "+proj=longlat +datum=WGS84 +no_defs")

Mapa de grabaciones pasivas

pasivas_sf %>%
  # filter (Tipo == "Grabación Pasiva") %>% 
  select(Nombre, Ecosistema, Equipo, Noches_log) %>%
  mapview(zcol = "Equipo",  cex = "Noches_log", #at = seq(1, 5, 10, 20, 300),
          alpha = 0.2,
          map.types = c("CartoDB.DarkMatter","Esri.WorldImagery", "OpenStreetMap.DE")
  )
pasivas_sf %>%
  # filter (Tipo == "Grabación Pasiva") %>% 
  select(Nombre, Ecosistema, Equipo, Noches) %>%
  mapview(zcol = "Equipo", burst = TRUE, cex = "Noches", #at = seq(1, 5, 10, 20, 300),
          alpha = 0.25,
          map.types = c("CartoDB.DarkMatter","Esri.WorldImagery", "OpenStreetMap.DE")
  )

Tabla de grabaciones de referencia

library(knitr)
library(kableExtra)

# heatable_depto <- DB_camera_trap[,c(28,30,54,55,56,57)]

referencia %>% select ("Nombre", "Familia", "Especie", "Metodo", "Departamento", "Ecosistema") %>%   kbl() %>%
  kable_paper("hover", full_width = T)
Nombre Familia Especie Metodo Departamento Ecosistema
Aída Otálora Ardila Emballonuridae Saccopteryx bilineata Zip-line Atlántico Bosque seco
Aída Otálora Ardila Emballonuridae Saccopteryx leptura Zip-line NA Bosque ripario
Aída Otálora Ardila Molossidae Eumops sp Hand-release Casanare Bosque ripario
Aída Otálora Ardila Molossidae Cynomops sp Zip-line Casanare NA
Aída Otálora Ardila Molossidae Eumops glaucinus Zip-line Casanare NA
Aída Otálora Ardila Molossidae Molossops temminckii Zip-line Casanare NA
Aída Otálora Ardila Molossidae Molossus molossus Hand-release Casanare NA
Aída Otálora Ardila Phyllostomidae Artibeus obscurus Hand-release Casanare NA
Aída Otálora Ardila Phyllostomidae Glossophaga soricina Hand-release Casanare Bosque ripario
Aída Otálora Ardila Phyllostomidae Carollia brevicauda Hand-release Casanare Bosque ripario
Aída Otálora Ardila Phyllostomidae Carollia brevicauda Hand-release Casanare Bosque ripario
Aída Otálora Ardila Phyllostomidae Trinycteris nicefori Zip-line Casanare Bosque ripario
Aída Otálora Ardila NA Noctilio albiventris Zip-line Casanare Sabanas
Aída Otálora Ardila Phyllostomidae Micronycteris sp Zip-line Casanare Bosque ripario
Aída Otálora Ardila Phyllostomidae Carolllia perspicillata Hand-release Casanare Bosque ripario
Aída Otálora Ardila Phyllostomidae Uroderma bilobatum Hand-release Casanare Bosque ripario
Aída Otálora Ardila Vespertilionidae Myotis nigricans Zip-line Casanare Bosque ripario
Aída Otálora Ardila Vespertilionidae Eptesicus diminutus Zip-line Casanare Bosque ripario
Aída Otálora Ardila Emballonuridae Peropteryx sp Hand-release Bolívar refugio
Aída Otálora Ardila Emballonuridae Saccopteryx bilineata Hand-release Atlántico Bosque seco
Aída Otálora Ardila Emballonuridae Saccopteryx canescens Hand-release Atlántico Bosque seco
Aída Otálora Ardila Emballonuridae Saccopteryx leptura Zip-line Atlántico Bosque seco
Aída Otálora Ardila NA Noctilio albiventris Hand-release Atlántico Bosque seco
Aída Otálora Ardila Mormoopidae Mormoops megalophylla Zip-line Santander Bosque seco
Aída Otálora Ardila Mormoopidae Mormoops megalophylla Hand-release Bolívar Bosque seco
Aída Otálora Ardila Mormoopidae Mormoops megalophylla Hand-release Atlántico Bosque seco
Aída Otálora Ardila Mormoopidae Pteronotus parnellii Hand-release Bolívar Bosque seco
Aída Otálora Ardila Mormoopidae Pteronotus parnelli Hand-release Atlántico Bosque seco
Aída Otálora Ardila Mormoopidae Pteronotus gymnonotus Hand-release Bolívar Bosque seco
Aída Otálora Ardila Phyllostomidae Artibeus jamaicensis Hand-release Atlántico Bosque seco
Aída Otálora Ardila Phyllostomidae Artibeus jamaicensis Hand-release Bolívar Bosque seco
Aída Otálora Ardila Phyllostomidae Artibeus jamaicensis Hand-release Santander Bosque seco
Aída Otálora Ardila Phyllostomidae Artibeus lituratus Hand-release Santander Bosque seco
Aída Otálora Ardila Phyllostomidae Carollia perspicillata Hand-release Santander Bosque seco
Aída Otálora Ardila Phyllostomidae Carollia perspicillata Hand-release Atlántico Bosque seco
Aída Otálora Ardila Phyllostomidae Dermanura cinerea Hand-release Atlántico Bosque seco
Aída Otálora Ardila Phyllostomidae Desmodus rotundus Hand-release Atlántico Bosque seco
Aída Otálora Ardila Phyllostomidae Gardnerycteris crenulatum Hand-release Atlántico Bosque seco
Aída Otálora Ardila Phyllostomidae Glossophaga longirostris Hand-release Santander Bosque seco
Aída Otálora Ardila Phyllostomidae Glossophaga longirostris Hand-release Bolívar Bosque seco
Aída Otálora Ardila Phyllostomidae Glossophaga longirostris Hand-release Atlántico Bosque seco
Aída Otálora Ardila Phyllostomidae Glossophaga longirostris Hand-release Magdalena Bosque seco
Aída Otálora Ardila Phyllostomidae Leptonycteris curasoae Hand-release Santander Bosque seco
Aída Otálora Ardila Phyllostomidae Leptonycteris curasoae Hand-release Bolívar Bosque seco
Aída Otálora Ardila Phyllostomidae Leptonycteris curasoae Hand-release Magdalena Bosque seco
Aída Otálora Ardila Phyllostomidae Micronycteris sp Hand-release Atlántico Bosque seco
Aída Otálora Ardila Phyllostomidae Phyllostomus discolor Hand-release Atlántico Bosque seco
Aída Otálora Ardila Phyllostomidae Sturnira lilium Hand-release Santander Bosque seco
Aída Otálora Ardila Phyllostomidae Sturnira lilium Hand-release Atlántico Bosque seco
Aída Otálora Ardila Phyllostomidae Tonatia bakeri Hand-release Atlántico Bosque seco
Aída Otálora Ardila Vespertilionidae Rhogeessa minutilla Zip-line Santander Bosque seco
Aída Otálora Ardila Molossidae Molossus sp Hand-release Atlántico Bosque seco
Aída Otálora Ardila Noctilionidae Noctilio albiventris Hand-release Atlántico Bosque seco
Aída Otálora Ardila Noctilionidae Noctilio leporinus Hand-release Atlántico Bosque seco
Aída Otálora Ardila Vespertilionidae Myotis nigricans Hand-release Atlántico Bosque seco
Aída Otálora Ardila Emballonuridae Peropteryx sp Hand-release Guaviare Bosque lluvioso tropical
Aída Otálora Ardila Phyllostomidae Phyllostomus hastatus Hand-release Guaviare Bosque lluvioso tropical
Aída Otálora Ardila Emballonuridae Saccopteryx bilineata Hand-release Guaviare Bosque lluvioso tropical
Aída Otálora Ardila Phyllostomidae Artibeus obscurus Hand-release Guaviare Bosque lluvioso tropical
Aída Otálora Ardila Phyllostomidae Carollia castanea Hand-release Guaviare Bosque lluvioso tropical
Aída Otálora Ardila Phyllostomidae Carollia perspicillata Hand-release Guaviare Bosque lluvioso tropical
Aída Otálora Ardila Phyllostomidae Vampyressa pusilla Hand-release Guaviare Bosque lluvioso tropical
Aída Otálora Ardila Vespertilionidae Eptesicus brasiliensis Hand-release Guaviare Bosque lluvioso tropical
Aída Otálora Ardila Phyllostomidae Tonatia bidens Hand-release Meta Bosque lluvioso tropical
Aída Otálora Ardila Phyllostomidae Micronycteris sp Zip-line Meta Bosque lluvioso tropical
Aída Otálora Ardila Vespertilionidae Myotis nigricans Zip-line Meta Bosque lluvioso tropical
Jefferson Sánchez Castrillón Molossidae Cynomops planirostris, Molossops temminckii, Molossus molossus, Molossus bondae Zip-line Santander Bosque seco
Jefferson Sánchez Castrillón Emballonuridae Saccopterix bilineata, Saccopterix leptura, Rhynchonycteris naso Zip-line Santander Bosque seco
Jefferson Sánchez Castrillón Noctilionidae Noctilio albiventris Zip-line Santander Bosque seco
Jefferson Sánchez Castrillón Vespertilionidae Myotis nigricans, Myotis riparius Zip-line Santander Bosque seco
Francisco Sánchez, Angélica Yantén, Karen Bernal, Gabriela Moreno, Fabián Hernández Molossidae Molossus molossus Refugio Meta Exurbano
Francisco Sánchez, Angélica Yantén, Karen Bernal, Gabriela Moreno, Fabián Hernández Emballonuridae Saccopteryx leptura Refugio Meta Exurbano
Francisco Sánchez, Angélica Yantén, Karen Bernal, Gabriela Moreno, Fabián Hernández Noctilionidae Noctilio albiventris Hand-release Meta Estanque piscícola
Francisco Sánchez, Angélica Yantén, Karen Bernal, Gabriela Moreno, Fabián Hernández Phyllostomidae Artibeus planirostris, Phyllostomus discolor Hand-release Meta Área urbana, Exurbana
Francisco Sánchez, Angélica Yantén, Karen Bernal, Gabriela Moreno, Fabián Hernández Phyllostomidae Anura sp., Artibeus planirostris, Carollia sp., Enchistenes hartii, Micronycteris sp., Phyllostomus hastatus, Sturnira sp., Rhinophylla sp., Tonatia saurophila Zip-line Meta Bosque de piedemonte
Francisco Sánchez, Angélica Yantén, Karen Bernal, Gabriela Moreno, Fabián Hernández Vespertilionidae Eptesicus sp. Zip-line NA Bosque de piedemonte
Antonio Guillén Servent Emballonuridae Saccopteryx, Peropteryx, Balantiopteryx, Rhynchonycteris, Cormura, Diclidurus Option 5 Guaviare Bosque lluvioso tropical
Antonio Guillén Servent Molossidae Molossus, Molossops, Cynomops, Eumops, Nyctinomops, Promops Hand-release Guiainía Sabanas
Antonio Guillén Servent Vespertilionidae Eptesicus, Myotis Hand-release Guiainía Sabanas
Daniela Emballonuridae Saccopteryx leptura Zip-line Amazonas Bosque lluvioso tropical
Daniela Martinez Medina Emballonuridae Rhynchonycteris naso Refugio Amazonas Bosque lluvioso tropical
Daniela Martínez Medina Vespertilionidae Histiotus colombiae Refugio Cundinamarca Bosque andino
Daniela Martinez Medina Vespertilionidae Myotis nigricans Hand-release Meta Potrero 
# heatable_depto %>% filter(order=="Carnivora") %>%  select (stateProvince, family) %>% table() %>% as.data.frame.matrix () %>%  heatmap(Colv = NA, Rowv = NA, scale="column") #%>% ztable %>% makeHeatmap() # %>% print(caption="Table 4. Heatmap Table")