省人民医院
程永然
2021/1/31
library("survival")
library("survMisc")
library("ggplot2")##
## Attaching package: 'ggplot2'## The following object is masked from 'package:survMisc':
##
## autoplotlibrary("dplyr")##
## Attaching package: 'dplyr'## The following objects are masked from 'package:stats':
##
## filter, lag## The following objects are masked from 'package:base':
##
## intersect, setdiff, setequal, unionlibrary("ggpubr")
library("survminer")##对照组和脑梗组总的生存差异
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## Results may be unexpected or may change in future versions of ggplot2.
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##考虑性别影响，单因素筛选：剔除性别造成的差异指标
## [1] 41## p_value
## 辅助T细胞比例 0.30111226
## 细胞毒T细胞比例 0.09249129
## 总Treg绝对数 0.75632298
## 记忆Treg绝对数 0.90535827
## 纯真Treg比例 0.27699114
## 纯真Treg绝对数 0.38058137
## 活化Treg绝对数 0.96134435
## Th2比例 0.21230882
## Th17比例 0.07504363
## Th17绝对数 0.50736345
## 纯真CD4.T细胞比例 0.56299973
## 中央记忆CD4.T细胞绝对数 0.28044245
## 效应CD4.T细胞比例 0.14947739
## 中央记忆CD8.T细胞绝对数 0.18927284
## 效应CD8.T细胞比例 0.42489528
## 效应CD8.T细胞绝对数 0.18776104
## 效应记忆CD8.T细胞比例 0.31144242
## 效应记忆CD8.T细胞绝对数 0.05052755
## 总B细胞比例 0.30606855
## 过渡期B细胞比例 0.59234781
## 过渡期B细胞绝对数 0.41389533
## 浆母细胞比例 0.28377910
## 浆母细胞绝对数 0.16639429
## 记忆B细胞比例 0.56015864
## 记忆B细胞绝对数 0.31383101
## 纯真B细胞比例 0.69396385
## 总单核细胞绝对数 0.12692045
## 非经典型单核细胞绝对数 0.10840761
## 经典型单核细胞绝对数 0.15646915
## 总DC细胞比例 0.29001457
## 总DC细胞绝对数 0.59497561
## 髓样DC细胞比例 0.33950722
## 髓样DC细胞绝对数 0.45131038
## 浆样DC细胞比例 0.41601664
## 浆样DC细胞绝对数 0.23870559
## 总NK细胞绝对数 0.08813631
## CD56.high.NK细胞绝对数 0.05036931
## CD56.low.NK细胞绝对数 0.06629982
## CD16..NK细胞绝对数 0.08461937
## CD16..NK细胞比例.1 0.37821341
## CD16..NK细胞绝对数.1 0.77417833##对照组和脑梗阻，筛选，单因素分析
## [1] 22## p_value
## 辅助T细胞比例 1.344313e-04
## 细胞毒T细胞比例 6.935225e-04
## 总Treg绝对数 3.109035e-02
## 纯真Treg绝对数 3.427110e-02
## Th17比例 1.204454e-08
## 纯真CD4.T细胞比例 8.277328e-03
## 效应CD8.T细胞绝对数 3.570430e-02
## 效应记忆CD8.T细胞绝对数 9.652531e-08
## 总B细胞比例 3.285855e-02
## 记忆B细胞比例 5.918411e-03
## 记忆B细胞绝对数 2.461282e-02
## 纯真B细胞比例 5.790136e-03
## 总单核细胞绝对数 1.760677e-04
## 非经典型单核细胞绝对数 1.843576e-08
## 经典型单核细胞绝对数 1.007386e-03
## 总DC细胞比例 2.184653e-06
## 总DC细胞绝对数 8.868099e-04
## 髓样DC细胞比例 1.482289e-03
## 髓样DC细胞绝对数 8.843433e-03
## CD56.high.NK细胞绝对数 7.173751e-05
## CD16..NK细胞比例.1 7.950968e-04
## CD16..NK细胞绝对数.1 1.749431e-05##相关性
## corrplot 0.84 loaded
##lasso筛选变量
## Loading required package: Matrix## Loaded glmnet 4.1##通过交叉验证去选择最优的惩罚系数，确定变量个数 
###确定最终纳入的变量指标
## 22 x 1 sparse Matrix of class "dgCMatrix"
## 1
## 辅助T细胞比例 .
## 细胞毒T细胞比例 0.69968949
## 总Treg绝对数 1.50920407
## 纯真Treg绝对数 .
## Th17比例 .
## 纯真CD4.T细胞比例 .
## 效应CD8.T细胞绝对数 .
## 效应记忆CD8.T细胞绝对数 .
## 总B细胞比例 .
## 记忆B细胞比例 .
## 记忆B细胞绝对数 0.81801812
## 纯真B细胞比例 .
## 总单核细胞绝对数 0.07310994
## 非经典型单核细胞绝对数 0.60192663
## 经典型单核细胞绝对数 .
## 总DC细胞比例 .
## 总DC细胞绝对数 .
## 髓样DC细胞比例 .
## 髓样DC细胞绝对数 .
## CD56.high.NK细胞绝对数 5.11189354
## CD16..NK细胞比例.1 .
## CD16..NK细胞绝对数.1 1.26801977##散点图：看下选的指标在对照组和脑梗阻的差异 
##cox单因素分析：计算HR 
##进一步分析这最终选的7个指标表达高低对生存是否有差异：分类标准是根据ROC曲线的AUC阈值选择最佳分类值 ##根据AUC值选出最佳临界值
## name AUC cut_off
## 1 细胞毒T细胞比例 0.710 14.0250
## 2 CD56.high.NK细胞绝对数 0.970 10.3170
## 3 总Treg绝对数 0.460 32.1810
## 4 记忆B细胞绝对数 0.636 38.5220
## 5 总单核细胞绝对数 0.960 294.5220
## 6 非经典型单核细胞绝对数 0.660 20.7550
## 7 CD16+NK细胞绝对数.1 0.860 5.8659##k-m曲线 
## [1] 35.60192
##多因素cox分析
## Loading required package: grid## Loading required package: magrittr## Loading required package: checkmate