Package

Melakukan koneksi terhadap database pada R software adalah dengan menggunakan syntax berikut:

install.packages(c("tidyverse", "ggridges", "GGally", "plotly", "grid"), dependencies = TRUE)

Memanggil package yang akan digunakan:

library(tidyverse)
library(ggridges)
library(ggplot2)
library(GGally)
library(plotly)     # Untuk membuat plot interaktif
library(grid)
library(kableExtra)# Akan diperlukan untuk fungsi `arrange`

Data

library(datasets) #untuk data set crimtab
data(esoph)
esoph<-tibble::as_tibble(datasets::esoph)

Data yang digunakan pada praktikum kali ini adalah data esoph.

Data from a case-control study of (o)esophageal cancer in Ille-et-Vilaine, France.

esoph %>%  kbl() %>%  kable_styling()  %>% scroll_box(height = "200px")

summary(esoph) #melihat ringkasan data

##    agegp          alcgp         tobgp        ncases         ncontrols    
##  25-34:15   0-39g/day:23   0-9g/day:24   Min.   : 0.000   Min.   : 1.00  
##  35-44:15   40-79    :23   10-19   :24   1st Qu.: 0.000   1st Qu.: 3.00  
##  45-54:16   80-119   :21   20-29   :20   Median : 1.000   Median : 6.00  
##  55-64:16   120+     :21   30+     :20   Mean   : 2.273   Mean   :11.08  
##  65-74:15                                3rd Qu.: 4.000   3rd Qu.:14.00  
##  75+  :11                                Max.   :17.000   Max.   :60.00

Contoh Visualisasi Data

esoph = esoph %>%  filter(agegp != '45-54')

myplot<-ggplot()+
  geom_point(aes(x=ncases,
                 y=ncontrols,
                 colour=factor(round(ncases)),
                 shape =factor(round(ncases))),
             data=esoph)+ scale_y_reverse()+
  labs(caption ="Scatter Plot Kasus Kanker vs Kontrol")+
  theme(axis.title.x=element_blank(),
        axis.title.y=element_blank())
myplot

## Warning: The shape palette can deal with a maximum of 6 discrete values because
## more than 6 becomes difficult to discriminate; you have 10. Consider
## specifying shapes manually if you must have them.

## Warning: Removed 7 rows containing missing values (geom_point).

Apprehension

Subtansi data disni tidak ada. Hubungan antar kasus kanker dengan jumlah kontrol tidak terlihat jelas. bisa saja kontrol ditambah jumlah orang yang terkena penyakit kanker tidak bertambah. Data yang perlu ditampilkan seharusnya hubungan konsumsi alkohol dan/atau konsumsi tembakau dengan jumlah penderita kanker atau hubungan konsumsi alkohol dan/atau konsumsi tembakau dengan control group.

Clarity

Bentuk shape yang bermacam membuat grafik menjadi tidak jelas. Tidak adanya label x dan label y menjadikan ketidakjelasan pada grafik. Legend juga tidak jelas karena masih dalam bentuk script R.

Consistency

Variabel kasus kanker di variable Y tidak bergerak dari 0-60 tetapi 60-0. Judul grafik diletakkan di bagian caption sehingga tidak konsisten dengan standar grafik.

Efficiency

Bentuk dan warna shape yang berbeda beda padahal artinya sama.

Necessity

Scater plot penderita kanker dan jumlah kontrol saja, tidak dibutuhkan. Perlu ditambahkan variabel kelompok umur, alkohol konsumsi dan/atau konsumsi tembakau.

Truthfulness

Tidak mengambarkan keadaan yang sebenar tentang kasus kanker tersebut. Pembuat grafik menghapus kelompok umur 45-54 tanpa adanya informasi di grafik dengan tujuan menjadikan pembaca salah paham.