Comparatives p value 0.1. GO. Opció 1

Plataforma Genòmica i Bioinformàtica

2021-03-09

Taules amb els gens enriquits als GO

Opció 1: Comportament dels gens enriquits en totes les comparatives.

Patró de gens p value 0.1

dieta
coding
coding+non coding
FC 1.2; pval=0.1
FC 2; pval=0.1
FC 1.2; pval=0.1
FC 2; pval=0.1
compare ups down total_1 ups_2 down_2 total_2 ups down total_1 ups_2 down_2 total_2
SUP vs DEF 54 264 318 1 7 8 1160 675 1835 23 30 53
WT- SUP vs DEF 262 670 932 8 58 66 1066 301 1367 9 1 10
DF1- SUP vs DEF 98 130 228 NA NA NA 2733 1234 3967 97 268 365
mDf1-SUP vs DEF 105 576 681 2 75 77 2386 854 3240 46 18 64
mWt- SUP vs DEF 223 684 907 2 1 3 1410 511 1921 25 17 42
NORMAL- SUP vs DEF 67 264 331 NA NA NA 1390 1121 2511 44 259 303
mWt and WT- SUP vs DEF 225 114 339 5 1 6 1074 427 1501 22 12 34
DF1 and RSA- SUP vs DEF 153 165 318 7 3 10 1295 530 1825 73 13 86
mDf1 and WT- SUP vs DEF 822 1305 2127 8 212 220 1410 511 1921 25 17 42
mWt and DF1- SUP vs DEF 296 908 1204 2 5 7 3995 2190 6185 310 727 1037
mDf1 and DF1- SUP vs DEF 84 118 202 NA NA NA 2781 1108 3889 59 36 95
DF1 and NORMAL- SUP vs DEF 164 183 347 2 1 3 863 557 1420 11 15 26
mWt and DF1 and RSA-SUP vs DEF 455 1139 1594 13 22 35 1077 367 1444 11 4 15
mDf1 and DF1 and RSA- SUP vs DEF 344 661 1005 9 43 52 2681 1154 3835 131 55 186
mWt and WT and NORMAL- SUP vs DEF 225 114 339 5 1 6 1853 1482 3335 73 181 254
mDf1 and WT and NORMAL- SUP vs DEF 822 1305 2127 8 212 220 1295 530 1825 73 13 86
mWt and DF1 and NORMAL- SUP vs DEF 321 575 896 6 3 9 3995 2190 6185 310 727 1037
mDf1 and DF1 and NORMAL- SUP vs DEF 287 222 509 7 5 12 1691 613 2304 71 15 86
fenotip
coding
coding+non coding
FC 1.2; pval=0.1
FC 2; pval=0.1
FC 1.2; pval=0.1
FC 2; pval=0.1
compare ups down total_1 ups_2 down_2 total_2 ups down total_1 ups_2 down_2 total_2
RSA vs NORMAL 154 636 790 2 9 11 1924 1664 3588 10 100 110
SUP-RSA vs NORMAL 184 135 319 2 3 5 2097 1561 3658 39 235 274
DEF- RSA vs NORMAL 411 973 1384 1 54 55 976 593 1569 20 7 27
DF1- RSA vs NORMAL 28 269 297 NA NA NA 1958 1476 3434 21 277 298
mWt- RSA vs NORMAL 287 849 1136 NA NA NA 647 1497 2144 9 9 18
mDf1- RSA vs NORMAL 382 947 1329 1 91 92 2493 1455 3948 69 233 302
DF1 and DEF- RSA vs NORMAL 77 202 279 1 0 1 523 466 989 9 6 15
DF1 and SUP- RSA vs NORMAL 175 302 477 3 6 9 1272 1215 2487 39 43 82
mWt and DEF- RSA vs NORMAL 234 380 614 5 22 27 1220 793 2013 35 98 133
mWt and DF1- RSA vs NORMAL 51 247 298 NA NA NA 435 731 1166 30 30 60
mWt and SUP- RSA vs NORMAL 542 1029 1571 3 85 88 2485 1488 3973 115 360 475
mDf1 and DEF- RSA vs NORMAL 576 821 1397 1 74 75 2344 1187 3531 81 174 255
mDf1 and DF1- RSA vs NORMAL 464 1038 1502 NA NA NA 2683 1475 4158 69 250 319
mDf1 and SUP- RSA vs NORMAL 369 911 1280 5 78 83 2392 1661 4053 88 248 336
mWt and DF1 and DEF- RSA vs NORMAL 73 76 149 2 1 3 198 297 495 7 8 15
mWt and DF1 and SUP- RSA vs NORMAL 169 541 710 4 19 23 896 1123 2019 79 163 242
mDf1 and DF1 and DEF- RSA vs NORMAL 424 572 996 1 38 39 1677 916 2593 43 86 129
mDf1 and DF1 and SUP- RSA vs NORMAL 746 1667 2413 5 192 197 3588 2636 6224 165 707 872
genotip
coding
coding+non coding
FC 1.2; pval=0.1
FC 2; pval=0.1
FC 1.2; pval=0.1
FC 2; pval=0.1
compare ups down total_1 ups_2 down_2 total_2 ups down total_1 ups_2 down_2 total_2
DF1 vs WT 296 516 812 1 13 14 2706 991 3697 12 108 120
DEF- DF1 vs WT 626 913 1539 6 94 100 3036 1475 4511 105 374 479
mWt- DF1 vs WT 1016 912 1928 15 138 153 3773 1308 5081 425 443 868
SUP- DF1 vs WT 187 174 361 1 1 2 1875 598 2473 11 8 19
mDf1- DF1 vs WT 64 156 220 1 5 6 834 775 1609 10 13 23
NORMAL- DF1 vs WT 260 239 499 1 9 10 2264 673 2937 15 62 77
mWt and DEF- DF1 vs WT 774 689 1463 20 154 174 2550 1210 3760 444 461 905
mWt and SUP- DF1 vs WT 1147 1063 2210 14 95 109 4482 1373 5855 502 424 926
mDf1 and DEF- DF1 vs WT 242 547 789 3 38 41 1930 1179 3109 71 166 237
mDf1 and SUP- DF1 vs WT 149 265 414 3 3 6 759 1743 2502 22 23 45
DEF and NORMAL-DF1 vs WT 426 424 850 3 38 41 2316 890 3206 85 165 250
mWt and NORMAL- DF1 vs WT 960 691 1651 15 82 97 3825 1071 4896 375 346 721
SUP and NORMAL- DF1 vs WT 263 208 471 3 3 6 1928 886 2814 20 26 46
mDf1 and NORMAL- DF1 vs WT 91 77 168 3 2 5 513 879 1392 7 33 40
mWt and SUP and NORMA- DF1 vs WT 1045 749 1794 16 62 78 2385 1023 3408 486 383 869
mWt and DEF and NORMAL- DF1 vs WT 728 596 1324 18 115 133 4370 1078 5448 477 320 797
mDf1 and DEF and NORMAL- DF1 vs WT 169 260 429 4 11 15 1242 818 2060 52 28 80
mDf1 and SUP and NORMAL- DF1 vs WT 985 584 1569 108 6 114 1624 2807 4431 321 56 377

GO

Número de GOs compartits entre les diferents comparatives

GO per GO

Com es comporten els gens involucrats ens els GO comuns entre comparatives

[1] 1

Comportaments gens dieta

GOs comuns a un màxim de 7

GO:0006778 porphyrin-containing compound metabolic process

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0006779 porphyrin-containing compound biosynthetic process

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0006783 heme biosynthetic process

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0033013 tetrapyrrole metabolic process

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0033014 tetrapyrrole biosynthetic process

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0042168 heme metabolic process

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0055072 iron ion homeostasis

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0055076 transition metal ion homeostasis

Taula amb tots els gens comparativa

GOs comuns a un màxim de 6

GO:0005518 collagen binding

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0090092 regulation of transmembrane receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0090100 positive regulation of transmembrane receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0097191 extrinsic apoptotic signaling pathway

Taula amb tots els gens comparativa

GO:2001233 regulation of apoptotic signaling pathway

Taula amb tots els gens comparativa

GOs comuns a un màxim de 6

GO:0003729 mRNA binding

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0005667 transcription regulator complex

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0006417 regulation of translation

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0006913 nucleocytoplasmic transport

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0008154 actin polymerization or depolymerization

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0008361 regulation of cell size

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0010256 endomembrane system organization

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0010494 cytoplasmic stress granule

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0030522 intracellular receptor signaling pathway

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0031331 positive regulation of cellular catabolic process

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0032535 regulation of cellular component size

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0043254 regulation of protein-containing complex assembly

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0051169 nuclear transport

Taula amb tots els gens comparativa

GOs comuns a un màxim de 6

GO:0030016 myofibril

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0030017 sarcomere

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0030018 Z disc

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0031674 I band

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0055001 muscle cell development

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0055002 striated muscle cell development

Taula amb tots els gens comparativa

[1] 2

Comportaments gens fenotip

GOs comuns a un màxim de 15

GO:0005746 mitochondrial respirasome

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0070469 respirasome

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0098798 mitochondrial protein complex

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0098800 inner mitochondrial membrane protein complex

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0098803 respiratory chain complex

Taula amb tots els gens comparativa

GOs comuns a un màxim de 12

GO:0006091 generation of precursor metabolites and energy

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0006119 oxidative phosphorylation

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0015980 energy derivation by oxidation of organic compounds

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0022900 electron transport chain

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0022904 respiratory electron transport chain

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0042773 ATP synthesis coupled electron transport

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0042775 mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0046034 ATP metabolic process

Taula amb tots els gens comparativa

GOs comuns a un màxim de 9

GO:0001883 purine nucleoside binding

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0019001 guanyl nucleotide binding

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0032549 ribonucleoside binding

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0032550 purine ribonucleoside binding

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0032561 guanyl ribonucleotide binding

Taula amb tots els gens comparativa

GOs comuns a un màxim de 7

GO:0006754 ATP biosynthetic process

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0009141 nucleoside triphosphate metabolic process

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0009142 nucleoside triphosphate biosynthetic process

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0015985 energy coupled proton transport, down electrochemical gradient

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0015986 ATP synthesis coupled proton transport

Taula amb tots els gens comparativa

[1] 3

Comportaments gens genotip

GOs comuns a un màxim de 12

GO:0003954 NADH dehydrogenase activity

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0005746 mitochondrial respirasome

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0005747 mitochondrial respiratory chain complex I

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0006091 generation of precursor metabolites and energy

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0008137 NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0015980 energy derivation by oxidation of organic compounds

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0016655 oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0022900 electron transport chain

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0022904 respiratory electron transport chain

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0030964 NADH dehydrogenase complex

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0042773 ATP synthesis coupled electron transport

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0045271 respiratory chain complex I

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0045333 cellular respiration

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0050136 NADH dehydrogenase (quinone) activity

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0098800 inner mitochondrial membrane protein complex

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0098803 respiratory chain complex

Taula amb tots els gens comparativa

GO:1990204 oxidoreductase complex

Taula amb tots els gens comparativa

GOs comuns a un màxim de 7

GO:0006164 purine nucleotide biosynthetic process

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0009144 purine nucleoside triphosphate metabolic process

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0009152 purine ribonucleotide biosynthetic process

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0009199 ribonucleoside triphosphate metabolic process

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0009205 purine ribonucleoside triphosphate metabolic process

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0009206 purine ribonucleoside triphosphate biosynthetic process

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0009260 ribonucleotide biosynthetic process

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0015078 proton transmembrane transporter activity

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0031625 ubiquitin protein ligase binding

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0042776 mitochondrial ATP synthesis coupled proton transport

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0046390 ribose phosphate biosynthetic process

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0072522 purine-containing compound biosynthetic process

Taula amb tots els gens comparativa

GOs comuns a un màxim de 7

GO:0005753 mitochondrial proton-transporting ATP synthase complex

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0009165 nucleotide biosynthetic process

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0016469 proton-transporting two-sector ATPase complex

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0045259 proton-transporting ATP synthase complex

Taula amb tots els gens comparativa

GO:1901293 nucleoside phosphate biosynthetic process

Taula amb tots els gens comparativa

GOs comuns a un màxim de 6

GO:0009141 nucleoside triphosphate metabolic process

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0009145 purine nucleoside triphosphate biosynthetic process

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0015985 energy coupled proton transport, down electrochemical gradient

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0015986 ATP synthesis coupled proton transport

Taula amb tots els gens comparativa

GO:0046933 proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism

Taula amb tots els gens comparativa

Taules Generals

DIETA

FENOTIP

GENOTIP