Taules amb els gens enriquits als KEGG
Opció 1: Comportament dels gens enriquits en totes les comparatives.
Patró de gens p value 0.1
| compare | ups | down | total_1 | ups_2 | down_2 | total_2 | ups | down | total_1 | ups_2 | down_2 | total_2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| SUP vs DEF | 54 | 264 | 318 | 1 | 7 | 8 | 1160 | 675 | 1835 | 23 | 30 | 53 |
| WT- SUP vs DEF | 262 | 670 | 932 | 8 | 58 | 66 | 1066 | 301 | 1367 | 9 | 1 | 10 |
| DF1- SUP vs DEF | 98 | 130 | 228 | NA | NA | NA | 2733 | 1234 | 3967 | 97 | 268 | 365 |
| mDf1-SUP vs DEF | 105 | 576 | 681 | 2 | 75 | 77 | 2386 | 854 | 3240 | 46 | 18 | 64 |
| mWt- SUP vs DEF | 223 | 684 | 907 | 2 | 1 | 3 | 1410 | 511 | 1921 | 25 | 17 | 42 |
| NORMAL- SUP vs DEF | 67 | 264 | 331 | NA | NA | NA | 1390 | 1121 | 2511 | 44 | 259 | 303 |
| mWt and WT- SUP vs DEF | 225 | 114 | 339 | 5 | 1 | 6 | 1074 | 427 | 1501 | 22 | 12 | 34 |
| DF1 and RSA- SUP vs DEF | 153 | 165 | 318 | 7 | 3 | 10 | 1295 | 530 | 1825 | 73 | 13 | 86 |
| mDf1 and WT- SUP vs DEF | 822 | 1305 | 2127 | 8 | 212 | 220 | 1410 | 511 | 1921 | 25 | 17 | 42 |
| mWt and DF1- SUP vs DEF | 296 | 908 | 1204 | 2 | 5 | 7 | 3995 | 2190 | 6185 | 310 | 727 | 1037 |
| mDf1 and DF1- SUP vs DEF | 84 | 118 | 202 | NA | NA | NA | 2781 | 1108 | 3889 | 59 | 36 | 95 |
| DF1 and NORMAL- SUP vs DEF | 164 | 183 | 347 | 2 | 1 | 3 | 863 | 557 | 1420 | 11 | 15 | 26 |
| mWt and DF1 and RSA-SUP vs DEF | 455 | 1139 | 1594 | 13 | 22 | 35 | 1077 | 367 | 1444 | 11 | 4 | 15 |
| mDf1 and DF1 and RSA- SUP vs DEF | 344 | 661 | 1005 | 9 | 43 | 52 | 2681 | 1154 | 3835 | 131 | 55 | 186 |
| mWt and WT and NORMAL- SUP vs DEF | 225 | 114 | 339 | 5 | 1 | 6 | 1853 | 1482 | 3335 | 73 | 181 | 254 |
| mDf1 and WT and NORMAL- SUP vs DEF | 822 | 1305 | 2127 | 8 | 212 | 220 | 1295 | 530 | 1825 | 73 | 13 | 86 |
| mWt and DF1 and NORMAL- SUP vs DEF | 321 | 575 | 896 | 6 | 3 | 9 | 3995 | 2190 | 6185 | 310 | 727 | 1037 |
| mDf1 and DF1 and NORMAL- SUP vs DEF | 287 | 222 | 509 | 7 | 5 | 12 | 1691 | 613 | 2304 | 71 | 15 | 86 |
| compare | ups | down | total_1 | ups_2 | down_2 | total_2 | ups | down | total_1 | ups_2 | down_2 | total_2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RSA vs NORMAL | 154 | 636 | 790 | 2 | 9 | 11 | 1924 | 1664 | 3588 | 10 | 100 | 110 |
| SUP-RSA vs NORMAL | 184 | 135 | 319 | 2 | 3 | 5 | 2097 | 1561 | 3658 | 39 | 235 | 274 |
| DEF- RSA vs NORMAL | 411 | 973 | 1384 | 1 | 54 | 55 | 976 | 593 | 1569 | 20 | 7 | 27 |
| DF1- RSA vs NORMAL | 28 | 269 | 297 | NA | NA | NA | 1958 | 1476 | 3434 | 21 | 277 | 298 |
| mWt- RSA vs NORMAL | 287 | 849 | 1136 | NA | NA | NA | 647 | 1497 | 2144 | 9 | 9 | 18 |
| mDf1- RSA vs NORMAL | 382 | 947 | 1329 | 1 | 91 | 92 | 2493 | 1455 | 3948 | 69 | 233 | 302 |
| DF1 and DEF- RSA vs NORMAL | 77 | 202 | 279 | 1 | 0 | 1 | 523 | 466 | 989 | 9 | 6 | 15 |
| DF1 and SUP- RSA vs NORMAL | 175 | 302 | 477 | 3 | 6 | 9 | 1272 | 1215 | 2487 | 39 | 43 | 82 |
| mWt and DEF- RSA vs NORMAL | 234 | 380 | 614 | 5 | 22 | 27 | 1220 | 793 | 2013 | 35 | 98 | 133 |
| mWt and DF1- RSA vs NORMAL | 51 | 247 | 298 | NA | NA | NA | 435 | 731 | 1166 | 30 | 30 | 60 |
| mWt and SUP- RSA vs NORMAL | 542 | 1029 | 1571 | 3 | 85 | 88 | 2485 | 1488 | 3973 | 115 | 360 | 475 |
| mDf1 and DEF- RSA vs NORMAL | 576 | 821 | 1397 | 1 | 74 | 75 | 2344 | 1187 | 3531 | 81 | 174 | 255 |
| mDf1 and DF1- RSA vs NORMAL | 464 | 1038 | 1502 | NA | NA | NA | 2683 | 1475 | 4158 | 69 | 250 | 319 |
| mDf1 and SUP- RSA vs NORMAL | 369 | 911 | 1280 | 5 | 78 | 83 | 2392 | 1661 | 4053 | 88 | 248 | 336 |
| mWt and DF1 and DEF- RSA vs NORMAL | 73 | 76 | 149 | 2 | 1 | 3 | 198 | 297 | 495 | 7 | 8 | 15 |
| mWt and DF1 and SUP- RSA vs NORMAL | 169 | 541 | 710 | 4 | 19 | 23 | 896 | 1123 | 2019 | 79 | 163 | 242 |
| mDf1 and DF1 and DEF- RSA vs NORMAL | 424 | 572 | 996 | 1 | 38 | 39 | 1677 | 916 | 2593 | 43 | 86 | 129 |
| mDf1 and DF1 and SUP- RSA vs NORMAL | 746 | 1667 | 2413 | 5 | 192 | 197 | 3588 | 2636 | 6224 | 165 | 707 | 872 |
| compare | ups | down | total_1 | ups_2 | down_2 | total_2 | ups | down | total_1 | ups_2 | down_2 | total_2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| DF1 vs WT | 296 | 516 | 812 | 1 | 13 | 14 | 2706 | 991 | 3697 | 12 | 108 | 120 |
| DEF- DF1 vs WT | 626 | 913 | 1539 | 6 | 94 | 100 | 3036 | 1475 | 4511 | 105 | 374 | 479 |
| mWt- DF1 vs WT | 1016 | 912 | 1928 | 15 | 138 | 153 | 3773 | 1308 | 5081 | 425 | 443 | 868 |
| SUP- DF1 vs WT | 187 | 174 | 361 | 1 | 1 | 2 | 1875 | 598 | 2473 | 11 | 8 | 19 |
| mDf1- DF1 vs WT | 64 | 156 | 220 | 1 | 5 | 6 | 834 | 775 | 1609 | 10 | 13 | 23 |
| NORMAL- DF1 vs WT | 260 | 239 | 499 | 1 | 9 | 10 | 2264 | 673 | 2937 | 15 | 62 | 77 |
| mWt and DEF- DF1 vs WT | 774 | 689 | 1463 | 20 | 154 | 174 | 2550 | 1210 | 3760 | 444 | 461 | 905 |
| mWt and SUP- DF1 vs WT | 1147 | 1063 | 2210 | 14 | 95 | 109 | 4482 | 1373 | 5855 | 502 | 424 | 926 |
| mDf1 and DEF- DF1 vs WT | 242 | 547 | 789 | 3 | 38 | 41 | 1930 | 1179 | 3109 | 71 | 166 | 237 |
| mDf1 and SUP- DF1 vs WT | 149 | 265 | 414 | 3 | 3 | 6 | 759 | 1743 | 2502 | 22 | 23 | 45 |
| DEF and NORMAL-DF1 vs WT | 426 | 424 | 850 | 3 | 38 | 41 | 2316 | 890 | 3206 | 85 | 165 | 250 |
| mWt and NORMAL- DF1 vs WT | 960 | 691 | 1651 | 15 | 82 | 97 | 3825 | 1071 | 4896 | 375 | 346 | 721 |
| SUP and NORMAL- DF1 vs WT | 263 | 208 | 471 | 3 | 3 | 6 | 1928 | 886 | 2814 | 20 | 26 | 46 |
| mDf1 and NORMAL- DF1 vs WT | 91 | 77 | 168 | 3 | 2 | 5 | 513 | 879 | 1392 | 7 | 33 | 40 |
| mWt and SUP and NORMA- DF1 vs WT | 1045 | 749 | 1794 | 16 | 62 | 78 | 2385 | 1023 | 3408 | 486 | 383 | 869 |
| mWt and DEF and NORMAL- DF1 vs WT | 728 | 596 | 1324 | 18 | 115 | 133 | 4370 | 1078 | 5448 | 477 | 320 | 797 |
| mDf1 and DEF and NORMAL- DF1 vs WT | 169 | 260 | 429 | 4 | 11 | 15 | 1242 | 818 | 2060 | 52 | 28 | 80 |
| mDf1 and SUP and NORMAL- DF1 vs WT | 985 | 584 | 1569 | 108 | 6 | 114 | 1624 | 2807 | 4431 | 321 | 56 | 377 |
KEGG
Número de KEGGs compartits entre les diferents comparatives
KEGG per KEGG
Com es comporten els gens involucrats ens els KEGG comuns entre comparatives
[1] 1
Comportaments gens dieta
KEGGs comuns a un màxim de 5
mmu04110: Cell cycle
Taula amb tots els gens comparativa
mmu05012: Parkinson’s disease
Taula amb tots els gens comparativa
mmu05167:
Taula amb tots els gens comparativa
KEGGs comuns a un màxim de 4
mmu03010: Ribosome
Taula amb tots els gens comparativa
mmu04137:
Taula amb tots els gens comparativa
mmu04218:
Taula amb tots els gens comparativa
mmu04530: Tight junction
Taula amb tots els gens comparativa
mmu04720: Long-term potentiation
Taula amb tots els gens comparativa
mmu04921: Oxytocin signaling pathway
Taula amb tots els gens comparativa
mmu05010: Alzheimer’s disease
Taula amb tots els gens comparativa
mmu05022:
Taula amb tots els gens comparativa
KEGGs comuns a un màxim de 3
mmu04120: Ubiquitin mediated proteolysis
Taula amb tots els gens comparativa
mmu04140: Regulation of autophagy
Taula amb tots els gens comparativa
mmu04350: TGF-beta signaling pathway
Taula amb tots els gens comparativa
mmu05171:
Taula amb tots els gens comparativa
KEGGs comuns a un màxim de 3
mmu04520: Adherens junction
Taula amb tots els gens comparativa
mmu04918: Thyroid hormone synthesis
Taula amb tots els gens comparativa
mmu05215: Prostate cancer
Taula amb tots els gens comparativa
mmu05230: Central carbon metabolism in cancer
Taula amb tots els gens comparativa
KEGGs comuns a un màxim de 2
mmu00190: Oxidative phosphorylation
Taula amb tots els gens comparativa
mmu04714:
Taula amb tots els gens comparativa
mmu05020: Prion diseases
Taula amb tots els gens comparativa
KEGGs comuns a un màxim de 2
mmu04614: Renin-angiotensin system
Taula amb tots els gens comparativa
mmu04722: Neurotrophin signaling pathway
Taula amb tots els gens comparativa
mmu04914: Progesterone-mediated oocyte maturation
Taula amb tots els gens comparativa
mmu04961: Endocrine and other factor-regulated calcium reabsorption
Taula amb tots els gens comparativa
mmu04962: Vasopressin-regulated water reabsorption
Taula amb tots els gens comparativa
mmu05160: Hepatitis C
Taula amb tots els gens comparativa
mmu05163:
Taula amb tots els gens comparativa
mmu05231: Choline metabolism in cancer
Taula amb tots els gens comparativa
KEGGs comuns a un màxim de 2
mmu01521:
Taula amb tots els gens comparativa
mmu01522:
Taula amb tots els gens comparativa
mmu04010: MAPK signaling pathway
Taula amb tots els gens comparativa
mmu04928:
Taula amb tots els gens comparativa
mmu04934:
Taula amb tots els gens comparativa
mmu05214: Glioma
Taula amb tots els gens comparativa
[1] 2
Comportaments gens fenotip
KEGGs comuns a un màxim de 15
mmu00190: Oxidative phosphorylation
Taula amb tots els gens comparativa
mmu04932: Non-alcoholic fatty liver disease (NAFLD)
Taula amb tots els gens comparativa
mmu05010: Alzheimer’s disease
Taula amb tots els gens comparativa
mmu05020: Prion diseases
Taula amb tots els gens comparativa
KEGGs comuns a un màxim de 6
mmu00071: Fatty acid degradation
Taula amb tots els gens comparativa
mmu01210: 2-Oxocarboxylic acid metabolism
Taula amb tots els gens comparativa
mmu01212: Fatty acid metabolism
Taula amb tots els gens comparativa
mmu04261: Adrenergic signaling in cardiomyocytes
Taula amb tots els gens comparativa
KEGGs comuns a un màxim de 4
mmu00062: Fatty acid elongation
Taula amb tots els gens comparativa
mmu00630: Glyoxylate and dicarboxylate metabolism
Taula amb tots els gens comparativa
mmu05414: Dilated cardiomyopathy
Taula amb tots els gens comparativa
KEGGs comuns a un màxim de 2
mmu04110: Cell cycle
Taula amb tots els gens comparativa
mmu05203: Viral carcinogenesis
Taula amb tots els gens comparativa
mmu05220: Chronic myeloid leukemia
Taula amb tots els gens comparativa
[1] 3
Comportaments gens genotip
KEGGs comuns a un màxim de 13
mmu00190: Oxidative phosphorylation
Taula amb tots els gens comparativa
mmu04932: Non-alcoholic fatty liver disease (NAFLD)
Taula amb tots els gens comparativa
mmu05012: Parkinson’s disease
Taula amb tots els gens comparativa
mmu05014: Amyotrophic lateral sclerosis (ALS)
Taula amb tots els gens comparativa
mmu05020: Prion diseases
Taula amb tots els gens comparativa
KEGGs comuns a un màxim de 12
mmu04714:
Taula amb tots els gens comparativa
mmu05010: Alzheimer’s disease
Taula amb tots els gens comparativa
mmu05022:
Taula amb tots els gens comparativa
KEGGs comuns a un màxim de 3
mmu00010: Glycolysis / Gluconeogenesis
Taula amb tots els gens comparativa
mmu00062: Fatty acid elongation
Taula amb tots els gens comparativa
mmu04922: Glucagon signaling pathway
